3月20日，国会参众两院联合委员会就两院通过的草案文本达成协议。3月28日和29日，众议院及参议院分别以339对50票、85对4票正式通过了《台湾关系法》。然后就送到白宫来，让他签署。对其中有的条款，中国方面已经作出反应，提出了抗议。黄华外长表示抗议的最后那段话是这么说的：“美国政府有责任运用自己的影响和职权，确保在处理美台关系的立法调整上不出现任何违反两国建交协议的事情。”
但是，他觉得他有他的难处，中国人不一定能理解他心中的难言苦衷。
他所迈出美中建交的这一步，本身就是极为艰难与沉重的。
他是反复考虑过邓小平说的话的。前任驻北京联络处主任及卸任的中央情报局长乔治·布什1977年访问中国时，邓小平对布什说：“如果在台湾问题上你们需要时间，你们尽可以有足够的时间。”邓小平对万斯国务卿也作过类似的表示：说中国还可以等5年、10年甚至100年再去收复台湾。
应该说，中国没有给华盛顿施加任何时间压力。因此，他有足够的时间考虑如何加强美国在谈判建交问题上的有利位置。但是，他也考虑到：美国无论如何不可能设想与北京关系可以停留在1972年到1978年的水平上。如果说，他还只在佐治亚州州长的位置上时，有限的视野和责任使他对此认识还不那么清楚的话，当他到白宫就任总统以来，就越来越清楚地意识到，与中华人民共和国保持长期、稳定的关系具有根本性的重要意义，这就要求尽快实现关系正常化。中国可以被用来对抗苏联的战略价值，从广泛的战略意义和地域政治上，或更具体的双边关系上讲，都是毫无疑问的。另外，与北京保持长期稳定关系对美国在亚洲保持力量均衡也至关重要。正如尼克松所说：“当中国还在挖掘潜力，学做一流超级大国的时候，我们必须同她发展关系；否则有一天我们会突然面临人类历史上从未遇到过的强大敌人。”
他还相信这一点：没有美中关系正常化，就会有美中双边关系恶化和中苏关系缓和的危险。如果这些危险发生，将会直接危及美国的国家利益。他还感觉到这一点：尽管邓小平对苏联还持相当强硬的态度，但中苏关系恶化的最低谷是在20世纪60年代末与70年代初，邓小平是很讲实际的政治家，如果美国不抓住当前时机与中国实现关系正常化，在中苏关系实现缓和后，美国利益将会受到相当的损失。中国还是一个正在开发中的潜在的巨大市场，西欧国家已经开始捷足先登，美中再不实现正常化将会使美国后悔莫及。
而另一方面，美国利益又要求同台湾继续保持某种关系。曾经有人对他说过，改变历史形成的现行对台政策，将是政治上的自杀行为。
他是深有体会的。理论上讲，华盛顿最好能与台湾保持官方关系，能够继续保持1954年签署的美台《共同防御条约》。然而，北京明确表示，这绝不可能，美国不可能同时与中国和台湾保持关系。北京极为坚决地反对“两个中国、一中一台，或者台湾独立”。而在美国人看来，台湾牵扯到美国战略、经济和政治利益，还牵扯到美国对另一个盟国的道义问题，美国不想在国际事务中被人指责为反复无常。台湾问题深深根植于美国对华政策的历史中。自从1949年中国共产党在大陆政权确立后，华盛顿政策制定者开始时对台湾实行撒手政策，而朝鲜战争使杜鲁门政府改变了这一政策，决定保护台湾，使其成为帮助美国在该地区扼制共产主义扩张的盟友。朝鲜战争后，美国向台湾提供大量军事、技术和经济援助，帮助台湾发展壮大。作为回报，台湾国民党政权提供美国军事基地服务和外交军事合作。他查阅出这样一个数字，1950年至1978年间，美国向台湾提供了110亿美金的援助。就政治和战略利益来说，支持国民党的台湾，将其作为“自由世界”的一部分，尤其在美国对全球共产主义实行遏制的冷战时期，已经成为美国国内政治中难以动摇的信念。从经济上讲，经过二十多年的投资，美国在台湾的商业利益也已经太大，难以忽视。没有人敢建议改变这一对台政策，特别是面对势力强大的国民党游说集团和在国会中的“亲台帮”，任何试图改变现行政策的努力，都被认为是美国政治上的自杀行为。
虽然国际环境和美国全球战略形势发生了变化，但台湾仍然没有失去其在美国政治中的重要地位。甚至在尼克松访问北京之后，台湾仍然得到美国国内舆论和政治势力的强大支持，尤其是国会的支持。卡特意识到，自己是无法做到既与中国实现关系正常化而又与台湾保持关系的。
目前，在已经实现美中关系正常化，满足了邓小平提出的美应与台“断交、废约、撤军”三个先决条件之后，他就面临着怎样保护美国在台利益这一非常棘手的问题。从实质上说，他得考虑在台湾利益问题上他能让什么？能让多少？
虽然美中关系正常化是非危机状态下的决策，但是却涉及怎样平衡处理相互矛盾的外交利益。
他当然了解国会两院构成的利益多元化和议员的相对独立性，他对国会听证会中所表现出的那些最露骨、最明目张胆地违反美中《建交联合公报》的建议，曾一再表示反对，有时甚至威胁要使用否决权；他指示助手们政府要坚持两点：
其一，是不能恢复到“倒联络处方案”；其二，不能照搬《共同防御条约》的条款。
为此，政府的班子进行了大量的游说，并诉诸党派利益，请出民主党议会党团领袖说服有关议员：卡特总统正在为中东问题进行重要外交活动，不能在中国问题上引发危机，损害他的威信，这样对本届政府不利。这样，经过两个月的讨论，才通过了这个最后妥协的文本。
当国会最后通过的《台湾关系法》需要总统签字的时候，他的心情就变得复杂和沉重。他感觉到，国家领导人必须有这样的本事，即他所谈判的结果能被国际对手和国内对手同时接受。在国内台面上，任何领导人如果没有满足作为国内制约力量的对手，他将被赶下台；而单纯为了满足国内选民的要求，又很难同国际对手达成协议。他认为，为了让新中国政策被国内接受，台湾未来安全利益不能牺牲。他已经估计了中国方面对某些条款的反应，对此，他准备公开声明总统的立场。
4月10日上午，在经过一个多星期的思索后，卡特终于签署了《台湾关系法》。在签署时，他对个别问题作了保留。与此同时，他还在当天发表了一个经过数日精心推敲修改的声明：
这个法案与我国同中华人民共和国在关系正常化时所达成的协议和理解是一致的。它反映出我们承认中华人民共和国为中国唯一的合法政府。在根据《上海公报》的精神同中国关系正常化后，我期待美中关系在今后的年代里日益加深和扩展，从而有助于我们两国人民的福利和世界和平。
国会行动迅速，工作勤奋，我谨对此表示赞赏。我认为，对属于中国的外交财产问题本来以作出另一种处理为好。我今天的行动并不妨碍今后对这些财产的法律地位作出裁决。但是，在大部分问题上，国会和行政部门在这件事上合作得很好。
国会在这个立法的若干部分明智地给予总统以斟酌的余地。在所有情况下，我将以同我们对台湾人民的幸福的关心相一致的方式，以同我们在与中华人民共和国关系正常化时达成的谅解——1979年1月1日关于建立外交关系的联合公报中所表达的这种谅解相一致的方式行使这种斟酌权。
《台湾关系法》给中美关系留下了危险的“水雷”
当邓小平从新闻广播中得知卡特总统已经签署了国会通过的《台湾关系法》
时，他很关切。当天下午，他正嘱咐秘书打电话催要译件时，外交部已经派专人送来了《台湾关系法》及卡特总统签署时的声明全部译文。
他在美国访问时，卡特特意安排他去了国会，接触了国会两院的领袖和议员，对于国会中反映出的对台湾安全过于关心的情绪有所感受。国民党在美国经营了三四十年，对美国国会两院中的亲台势力的影响是不可小觑的。
他一接到译件，就戴上眼镜细细过目了一遍。
本来两国达成协议宣布建交，美国公开承认中华人民共和国是中国的唯一合法政府，只有一个中国，台湾是中国的一部分。而且美国也宣布了与台湾当局断交。既然如此，美国就应当承认：中国采取什么方式使台湾回归祖国，以完成中国的统一，这完全是中国的内政，根据国际法的基本原则，美国或其他外国都不得加以干涉。
但是，《台湾关系法》却明文规定：
“美国决定同中华人民共和国建立外交关系，是基于台湾的前途将通过和平方式决定这样的期望”；“认为以非和平方式包括抵制和禁运来决定台湾前途的任何努力，是对太平洋地区的和平与安全的威胁，并为美国所严重关切之事”；“使美国保持能力，以抵御会危及台湾人民的安全或社会经济制度的任何诉诸武力的行为或其他强制形式”；“总统把对台湾人民的安全或社会经济制度的任何威胁，并由此而产生的对美国的利益所造成的任何危险，迅速通知国会，总统和国会依照宪法程序，决定美国应付任何这类危险的适当行动”；在涉及美台关系的性质问题上，该法实际上把台湾当做一个独立的政治实体，企图使美台关系带有某种官方色彩。该法有条款称：“凡当美国法律提及或涉及外国或其他民族、国家、政府或类似实体时，上述各词含义中应包括台湾。”该法规定美台之间在断交后所互设的民间办事机构的工作人员，应享有“为有效执行其职务所必须的特权和豁免”。该法甚至规定，美台之间在1978年底以前有效的“条约”和“协定”，除《共同防御条约》及其有关“协定”外，一律继续有效。这些规定实际上说明美国要把台湾当局继续当做一个“政府”来打交道。
综观该法，许多条款都直接违反了《中美建交公报》和《国际法》基本原则。
这就反映出美国还有相当一部分人在中美建交的情况下，仍然企图保持对台湾的控制，继续干涉中国的内政，并想利用《台湾关系法》作为美国继续介入台湾问题的法律依据。
邓小平细看了这个刚出炉的《台湾关系法》及卡特的有关讲话，就更觉得台湾问题成了建交后中美关系的不稳定因素，将来会成为影响双边关系的障碍。
他觉得，对美国这种干涉别国内政的立法，中国理所当然地要表示反对。然而，他也觉得，要让美国政府完全放弃对中国这一内政的干涉，打消幻想，消除障碍，还需要相当长的时间。
邓小平立即就这个问题，连续向美国人表示了反对意见。
4月16日上午，他在会见梅尔文·普赖斯主席率领的美国众议院军委会议员访华团时就说：当前国际形势发展的趋势要求我们中美两国加强交往与合作，我们双方都要以世界局势这个大局为重，改善和发展我们之间的关系。我们对美国国会最近在中美关系正常化涉及台湾问题的行动当然有意见。希望今后逐步消除这些分歧。像这种问题，美国情况我不很了解，就中国人民来说，是相当敏感的问题。
4月19日上午，他在会见美国参议院外交委员会主席弗兰克·丘奇率领的参院外委会访华团时，也强调指出：中美关系正常化的政治基础是承认只有一个中国。这个基础现在受到一些干扰。我们对美国国会最近通过的《台湾关系法》不满意。这个法案最本质的问题，就是不承认只有一个中国，法案的许多条款表示要保护台湾，说这是美国的利益，还说要卖军火给台湾。一旦台湾有事，美国还要干预。不管措辞如何，意思就是这个意思，所以说这个法案实际上损害了中美关系正常化的政治基础。邓小平还对丘奇说，我们注意到卡特总统在签署这个法案时说，在执行法案时他要遵守中美建交协议。我们以后要看实际行动。
4月28日，中国外交部就此问题向美国驻华使馆提出抗议照会，郑重指出：
中美建交协议是今后中美关系发展的基础和准则。中国政府反对“两个中国”、“一中一台”的立场是坚定不移的，如果美国方面在台湾问题上不恪守建交时达成的协议，而怀有继续干涉中国内政的图谋，这只会给中美关系造成损害，对中美任何一方都不会带来好处。
面对中国方面的强烈抗议，美国国务院于7月6日复照称：美国将遵守同中华人民共和国达成的关于建立外交关系的各项谅解；国会最后通过的美台关系法并不是在每一个细节上都符合政府的意愿，但它为总统提供了充分的酌情处理的权力，使总统得以完全按照符合正常化的方式来执行这项法律。总统就是在这个基础上签署了该法案，使之成为法律的。美国政府一直努力确保该法的措辞不损害我们同贵国政府达成的谅解，或迫使我们政府采取背离这种谅解的行动。
后来的事实也表明，卡特总统在执行该法案的过程中，的确采取了一些措施冷淡对台关系，以防中美关系倒退；但这并不能保证美国的每一届总统都能做到这一点，因此，《台湾关系法》是发展两国关系的一个重大隐患。
因而，有中美关系问题专家评论说：“《台湾关系法》和售台武器问题作为中美关系中的一颗不定时炸弹而遗留下来，成为日后中美双方发生冲突与纠纷的主要根源。”