鲜蛋入库前，应对库内预先消毒和通风换气，保持库内干燥无菌，禁止使用对人体和环境有害的消毒剂。可用石灰进行消毒，但用后应充分洗净。贮藏有机蛋时，以漂白粉作为消毒剂使用时应慎重，库内的垫木、码架等用具应在库外预先用热碱水刷洗，再用清水冲净，置阳光下曝晒，然后入库使用。
用于贮藏的禽蛋，必须来自健康家禽，送入冷藏库的禽蛋，在入库前还须经过严格的外观检查、灯光透视和必要的理化检验与微生物学检验。凡破损蛋、污壳蛋和劣质蛋以及不符合质量与卫生标准的禽蛋，一律不得入库贮存。鲜蛋在冷藏入库前要先经过预冷，禽蛋的内容物是半流动的液体，如果将其直接送至冷库，由于鲜蛋的温度高可使库温上升，水蒸气即可在蛋壳表面凝结成水珠，给微生物的生长和入侵创造了适宜条件。同时，由于鲜蛋骤然遇冷，内容物收缩变小，外界微生物也会随空气一并进入蛋内。冷却可在预冷间或冷库的过道进行，每隔1～2小时降温1℃，使鲜蛋温度逐渐下降，待蛋温达到1℃～2℃，或者将预冷库的温度控制在2℃～4℃，相对湿度为75%～85%时，再入库冷藏。将选好的鲜蛋，按照蛋的种类、色泽、大小分类，经包装后入库贮存，包装时蛋的钝端朝上，包装材料应坚固、清洁卫生、无毒无害、干燥、无吸湿性和无异味，包装时不宜太紧，箱内空气要能流通。