鲜蛋进库要选择气温较低的时间，一般以早晚为宜，最好在早晨。进货最好一次完成，进库时间要短，速度要快，以免库温上升。每次进库量不得超过库容量的15％，为了便于堆放和管理，鲜蛋入库要按品种分别堆垛，贮藏时间长的鲜蛋放在里面，短的放在外面，便于出库。为了使冷库内的温度、湿度均匀和改善库内的通风条件，底层要有垫板或枕木，垛与垛的间距不得低于10厘米；其高度不能超过风道排风口，以利于冷空气畅通对流，便于检查。每批蛋进库时应挂上货牌，记载鲜蛋入库时期、数量、类别、产地以及温度与湿度的变化等情况。冷藏库内温度、湿度的控制是保证良好冷藏效果的关键，若温度太高，引起胚胎发育，导致蛋白变稀；温度过低，导致蛋内水分冻结膨胀，蛋壳冻裂。在冷库内保藏鲜蛋的最适温度为-1℃～0℃，也可采用更低的温度，但最低不能低于-3.5℃。库内温度要保持恒定，不可忽高忽低，每昼夜温度波动范围不得超过1℃。库内的相对湿度以85％～88%为宜。湿度过高很易造成霉菌繁殖；湿度过低会使蛋内水分过多蒸发，气室扩大，蛋失水、失重而增加自然损耗。因此，在鲜蛋冷藏过程中必须定期检查库内温度和湿度。在鲜蛋进库、冷藏期间和出库前要进行质量检查，检查一般按10%抽样或每批按3％～4％抽样，大批贮藏按鲜蛋装车次、批号和等级进行抽检。抽样时要上下、里外、左右、中间都要选取，使抽样有广泛的代表性。抽检分入库前检验、冷藏期检验和出库前检验。检验方法多采用外观检验和灯光透视检查，辅以理化检验和微生物学检验。冷藏蛋在出库时，应先将蛋放在专用的预暖房间内使蛋的温度逐渐升高。因室内外温差大，若冷藏蛋直接出库，由于蛋温较低，与外界热空气接触，蛋壳表面上凝结水珠，会破坏壳外膜，发生这种变化的蛋俗称出汗蛋，微生物则会很容易地进入蛋内，引起蛋的腐败变质。因而冷藏蛋出库前应有一个逐渐升温过程，当蛋温升到比外界温度低3℃～5℃时才可出库。
此外，安全优质鲜蛋在冷库贮存中不能与蔬菜、水果、水产品、有异味、有不同要求的食品和普通蛋品以及其他商品同存一个库房内。因蔬菜、水果水分含量高、湿度大，鲜蛋吸水性强，容易引起发霉变质；水产品有腥味，鲜蛋吸收后会产生异味。且鲜蛋与果蔬冷藏的温度、湿度要求不同，蔬菜冷藏的温度、湿度相对都比较高，冷库难以控制，因此一定要分库冷藏。