在临死之时，朱元璋把锦衣卫留给了朱允炆，他觉得锦衣卫对朱允炆来说是非常有用的。然而，朱允炆不是朱元璋，他天性温和，和他的父亲朱标一样不主张以酷刑维持统治。锦衣卫对于朱允炆来说无异于一件最好的工具，朱元璋深知朱允炆不会像他一样喜好杀戮，对于锦衣卫提交上来的各种情报，朱允炆有他自己的判断标准，可以作出和朱元璋不同的决定。但只要有了锦衣卫，朱允炆就会对他的国家的每一个角落都清楚和了解，每一个王公臣子的动向，他都能知道。“知己知彼”，这样处理朝政才会事半功倍。
“十年磨一剑”，朱元璋把锦衣卫这柄好剑放在鞘里，就是为了悄悄地过渡给他的皇孙，等到朱允炆拔剑出鞘，再有野心的王侯臣子们恐怕都会慑于它的威寒和血腥。
拔掉了所有会威胁明朝统治的刺，还留下了最得力的工具给自己的继承者，朱元璋觉得自古以来的帝王，在传嫡时能做得这么几近“完美”的恐怕没有几个。他心忧燕王谋反，但是他相信有了锦衣卫的朱允炆完全可以把握住朱棣的一举一动，他的儿子再怎么厉害也不可能斗得过他老谋深算的父亲。
还有些不放心的朱元璋，在临终之前又颁布了一条法令：“诸王临国，毋得至京。王国所在文武吏士，听朝廷节制。”
在明处，朱元璋有诸多法令令行禁止，这些律法经过朱元璋这些年的不断完善，他自认基本上事无巨细几乎都可以做到有法可依了；在暗处，朱元璋为他的皇孙组建了堪称世界上最完美的秘密队伍锦衣卫，锦衣卫的强大足以让这个王国的每一个气孔的动静他的皇孙都可以知晓。
可是，当朱元璋的继承者朱允炆登上皇位的时候，看到的景象和朱元璋所预想的却大不相同。由于开国的功臣大多已经被朱元璋除去，朝中文臣武将几乎已经没有可用之人，而由于锦衣卫这样秘密特工的存在，朝中的臣子们人人自危，甚至都不敢直言进谏。另外，燕王在朱元璋去世以后更加肆无忌惮，不断招兵买马，大有窥伺王位的架势。
内忧外患，让朱允炆登上皇位以后更加不知所措了。
锦衣卫是朱元璋一手组建的队伍，正是因为锦衣卫的存在，使满朝臣子担惊受怕，不敢贸然直谏。给皇上当差赚不了几个银子，还得担心说话办事一不小心就要搭上哥们儿弟兄的脑袋，这哪是当官啊，这简直是玩命！
朱允炆担心长此以往，天底下会没有人想来给自己当臣子，到时候自己如果成了光杆儿司令，那就成了千古笑谈了。因而朱允炆登基以后做的第一件事，就是把朱元璋留给自己的“宝剑”锦衣卫真正来个“刀枪入库”。朱允炆当着所有臣子的面，阐明了自己和已过世的太祖朱元璋是不同的，他体恤下臣，他不能允许自己的臣子们过着朝不保夕的日子，他不只是说说，而是实打实地闲置起了锦衣卫，使那些曾经在朱元璋手下的爪牙们再也没有用武之地了。
这时当然已经不是朱元璋初打江山时的纷扰乱世，但是明朝的统治远还没有到稳如泰山的时候，朱元璋当然不知道，他对于开国功臣的大肆杀戮，并没有把身后的明朝江山导入稳定，反而是让明朝政权未来的路变得更加扑朔迷离。
身在边疆的燕王手握重兵，早已逾越了“列爵不临民”的规定，尤其他能征善战，朱标刚刚过世时他就在皇位继承者的候选人中呼声极高。有道是“一山不能容二虎”，明朝的臣民们恐怕十有八九都清楚，朱允炆和朱棣这两只老虎总有一天会掐起来的。
锦衣卫默然接受了悄然到来的事业低谷，从历史的舞台上退了下来，那些被安排在遥远的地方整日命悬一线而又忙碌奔波的特工们，忽然就这么安静了下来。他们又化身为普通人中的一员了，日出而作，日落而息，他们作为锦衣卫的身份似乎伴随着开国皇帝的驾崩而消失了，他们似乎被历史抛弃了，被新皇帝朱允炆遗忘了。
可那些舍生忘死的呐喊还在他们的耳朵里回荡，在“胡惟庸案”和“蓝玉案”里那些倒下的尸体和流淌的鲜血还在他们的记忆里挥之不去，朱元璋为了给这些锦衣卫根植下铁血的灵魂用了数十年的光阴，相比之下，那些野史里儿女情长的传奇渲染是多么苍白和单薄。
王朝的领导者朱元璋所持有的手段和魄力足够让一个王朝震颤，所有埋伏在王朝各个地方的耳目们都被他的一举一动指引着，在那个王者的一句话就可以决定苍生命运的时代里，作为“死士”早已经把自己的一切都无奈而决绝地交给了自己的支配者。
所有的锦衣卫都没有办法像平常人一样，说放下就能够放下从前的身份，他们只能痛苦地生活着，在投身现实的同时，又不得不为随时会到来的新的任务而保持高度的警惕。王者的变化无常自古有之，即使是温和的朱允炆也可能有着不为人知的一面，不管是朝中还是隐匿在基层的锦衣卫，都在惶恐地猜测着新主子的心思，这样日复一日地迎来翌日的朝阳。
旧的阴云刚刚散去，新的阴云又遍布天空，锦衣卫在这个时刻之所以被臣子们淡忘，是因为朱允炆和朱棣的角力已经开始。
4．边缘化的“秘密警察”
不可一世的锦衣卫不再是人人敬畏的讨命恶魔了，在朱元璋去世到朱允炆执政这短暂的时期里，他们迅速没落了，成为朝中最被人漠视的群体。锦衣卫指挥使又重新成为对每个王侯大臣都要点头哈腰的小人物，除了担当朱允炆的护卫，他们不再像从前那样忙碌和凶残了，他们没有了本钱，成为了后宫庭院里那沉默的大多数。
没有大臣在深更半夜睡不着觉担心锦衣卫拿着“诏令”来凶神恶煞地敲门了，朝廷官员的亲戚们也不再因为一听说自己家族里有人去朝廷任职就马上去棺材铺里挑木料了。可以说，锦衣卫在历史上的第一次露面就这样结束了，他们如一颗流星般迅速从明朝的天空中划过，陷入了沉寂。
明朝建国之初，出身贫寒的朱元璋出于维护国家政权的考虑，利用锦衣卫这样的秘密机构对威胁统治的功臣名将们进行了大范围的监视和杀戮。可以说，在这段时间里，锦衣卫起到了非常重要的作用。由于时时担心大权旁落，朱元璋在建国后对官僚机构、军队组织都进行了改造，集大权于一身。可以说，朱元璋每天都在废寝忘食地辛勤工作，这让他没有办法分心去做太多监视外廷动向的事情，因此，锦衣卫的出现，首先是分担了朱元璋的工作。
朱元璋并不是一个非常懂得科学办事的皇帝，据著名学者吴晗先生统计，以洪武十七年（1384年）九月间的收文为例，从十四日到二十一日的八天中，共收内外诸司奏折一千六百六十件，计有三千三百九十一事，也就是说他平均每天要看二百多份奏折，处理四百多件事。也就是说，朱元璋皇帝虽然设了很多个部门，但是这些部门里所有的事不论巨细都是他拍板说了算，这样做事倒是让臣子们节省了力气，但是却使他每天都得超负荷工作。
大概正是批阅奏折激发了朱元璋的灵感，所以锦衣卫应运而生，锦衣卫每天要做的事情，也是递折子，臣子们递的是外廷事务的折子，锦衣卫递的就是臣子们的折子。说到这里有个故事，说是有个叫钱宰的人被征编《孟子节文》，散朝回家以后吟了首诗：“四鼓冬冬起着衣，五更朝罢尚嫌迟。何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”结果第二天刚上朝，朱元璋就找他谈话：“先生您昨天回家时候作的那首诗不错啊！不过我并没有嫌迟，把那个‘嫌’字改成‘忧’字怎么样啊？”钱宰一听吓得出了一身冷汗，赶紧磕头谢罪。如果没有锦衣卫，朱元璋就是有三头六臂，恐怕也忙不过来对臣子们有如此耐心而细致的观察。
到“蓝玉案”后，朱元璋意识到自己已经不再需要利用锦衣卫进行专制统治了，于是他在晚年开始实行比较怀柔的施政手段。史书上记载说，朱元璋晚年让皇太孙朱允炆协助他处理部分政务，朱允炆“尝请于太祖，遍孝礼经，参之历朝刑法，改定洪武律畸重者七十三条，天下莫不颂德焉”，说明朱元璋在治理国家的过程中唱了一阵白脸后，也开始有意地唱红脸了。他是开国之君，而他希望自己的继承者能够顺利守住自己的家业，成为一个守成之君。
作为守成之君，首先需要的就是宽松的政治环境，所以锦衣卫这种高压式的国家暴力机构理所应当就被“打入冷宫”了。但是燕王朱棣让朱元璋最终没有取缔锦衣卫，王朝要想长治久安，就必须时刻注意每一股不安分的火焰，并且及时将那些威胁到王朝根基的火苗扑灭，作为“消防队员”的锦衣卫自然不能缺少。
但是朱允炆终究不是守成之君，因为元朝的守旧势力仍然在漠北虎视眈眈，他的叔叔朱棣也在窥伺王位，所以，过早地实行怀柔政策反而给了朱棣喘息与壮大的机会。后来的“靖难之役”，本来正适合锦衣卫大显身手，如果朱允炆能够给锦衣卫机会，锦衣卫存在于历史上的另一个价值就会及早显现出来：通过锦衣卫掌握充足的情报，能够料敌先机，就不会在作战中那么被动和慌乱。
作为直接向皇帝负责的特殊机构，在得不到皇帝的支持后，锦衣卫就相当于被架空的皮囊，没有一点儿用武之地。而朱允炆天生的性格缺陷，使他在与朱棣的明争暗斗中不断占据主动，又不断陷于被动；不断掌握战局，又不断错失良机。
当然，朱允炆对锦衣卫的排斥也有很多其他原因。当时围绕在朱允炆身边出谋划策的是以黄子澄、齐泰、方孝孺为首的文官集团，而在朱元璋执政期间，正是锦衣卫在朱元璋的授意下杀戮了大批文官，所以文官集团素来对锦衣卫就有着排斥甚至是憎恶的心理，这就注定了在朱允炆执政期间，锦衣卫始终无法得到重用。
另一方面，是朱允炆与锦衣卫之间的矛盾。其实这也是朱明王朝建国后的第三代与开国皇帝朱元璋之间的矛盾，也可以说是文官政治与武官政治的矛盾。这在多年以后，朱棣给锦衣卫带来了第二次的兴盛，而朱高炽和朱瞻基执政时期对待锦衣卫的冷淡态度上得到了印证。
朱元璋的杀戮并没有给朱明王朝带来安定统一的开端，此后朱棣的高压统治也同时证明，国家的统治绝不能够依靠暴力机关或依靠暴力手段，人才的储备对于一个王朝的崛起和延续更起着至关重要的作用。在锦衣卫成为明朝初期统治者们的利器的同时，在处理外廷事务上对锦衣卫的依赖，成为朱明王朝这座“千里之堤”上的第一个“蚁穴”。
当然，也不能因为在明朝初期滋生了锦衣卫这样的“毒瘤”，就一概抹杀建文帝和朱高炽父子的功劳，在明帝国的发育阶段，这些人是作出过非常重大的贡献的。至少，他们都曾经在对于锦衣卫的使用上有过约束，但是他们最终没有办法取缔锦衣卫，甚至于将之真正束之高阁。
朱元璋的高压政治迫使建文帝在执政之初，在面对人才严重匮乏，而自己的几位叔叔又个个虎视眈眈的境地时，使用怀柔政策，冷处理锦衣卫，这其实就是为了巩固政权和聚集人才；朱棣的儿子朱高炽和孙子朱瞻基面临的问题也有些类似，众所周知，为了帝位的明争暗斗，让朱高炽集团的大部分文臣都被朱棣关进了牢狱，而朱高煦也始终关心着北京的一举一动。内忧外患，而两相对比之下，几乎完全搁置了锦衣卫的建文帝最终兵败，失去了帝位，而掌握着锦衣卫的朱瞻基则轻易就把朱高煦准备模仿“靖难”的举措扼杀在了摇篮里。所谓实践出真知，两相对比，看来还是留着锦衣卫事半功倍。
可以说，锦衣卫第一次的兴覆史伴随着的就是明初立国阶段朱元璋的大清洗，以及朱允炆怀柔执政的开始；而伴随着锦衣卫第二次兴覆史的大幕拉开，则是朱允炆的败北和朱棣的胜利，朱明王朝第二次开拓史和专制阶段的到来。