从上面的记载来看，承乾言行简直是荒谬至极，简直癫狂。他的这些行为让李世民失望至极，将加倍的爱转嫁到了承乾的弟弟李泰身上。李泰喜好文艺，李世民因此在他的王府里设立文学馆，允许他可以自由地接引有学问的人。李泰学习古代的平原、孟尝君养了许多的文学之士以著书、立说，花费数年时间，编成五百五十篇的《括地志》一部。《括地志》著成，李世民令藏之于秘阁，赐李泰锦缎上万。李泰大腹便便，李世民就允许他坐轿子上朝。李世民还亲自访问李泰的王府所在地延康坊第，因为心情不错，就下诏赦免长安犯死罪的囚徒，免延康坊第一年租税，王府属吏都按级别赐予衣帛。
李泰也因李世民的宠爱变得娇纵起来，开始萌生了取代承乾当太子的想法，到处营私结党，甚至在私下里借李世民宠爱的便利在李世民面前悄悄说承乾坏话。承乾厌恶李泰，便派遣杀手纥干承基、张师政等人刺杀李泰，未果。后来，他又打算“与汉王元昌、兵部尚书侯君集、左屯卫中郎将李安俨、洋州刺史赵节、驸马都尉杜荷等谋反，将纵兵入西宫”（《旧唐书》）。到了贞观十七年（643年），齐王祐在齐州谋反。《旧唐书》中说“承乾谓纥干承基曰：‘我西畔宫墙，去大内正可二十步来耳，此间大亲近，岂可并齐王乎！’会承基亦外连齐王，系狱当死，遂告其事。”《新唐书》说“承乾谓承基等：‘我宫西墙，去大内正可二十步棘耳，岂与齐州等？’”
承乾听说齐王造反的事情，便说我如果想要造反的话，离大内不过二十来步，比齐州近多了，何必跟他齐王联手？看他说这话的语气，可以猜想当时有人让他与齐王联合造反，但承乾分明没有那种意图。可惜，他手下纥干承基，竟自己跑去跟齐王联盟，结果，事发，也把承乾牵连了进去（怀疑这个纥干承基正是李泰的内应，阴谋陷害承乾）。
对于儿子谋反的事情，李世民异常痛心，召承乾责问他欲谋反的理由。承乾说：“臣下贵为太子，还要求些什么呢？只因李泰有企图，所以与一些朝廷大臣谋求自保罢了。因此有一些坏人趁机让臣下做出一些不好的事情，如果李泰成为太子，正好让他的计谋得逞。”承乾的话说得很含糊，他没有明确承认自己谋反的事情，反而意指是李泰派人陷害他。李世民在大事情可不含糊，他赞同了承乾的话（恐怕是经调查查实了李泰的陷害罪，但是因皇室面子问题而未载入史册），虽然废掉了承乾的太子位并将他贬到了黔州，却也没有让李泰当太子，反而将他降封为顺阳王，贬到了均州郧乡。
回顾承乾的一生，发现承乾的转变非常突然，非常奇怪。他年幼时，贵为太子，头脑聪明，经常随意糊弄自己的老师，这当属调皮聪明孩子的举动，并不算什么大事情，而后他的行为开始突然癫狂，就让人百思不得一解了。细读史书，发现在承乾行为癫狂的背后，闪现了一个同性恋“情痴”的影子。
史书记载，唐太宗曾经杀过承乾宠爱的一个娈童。这个娈童叫做称心。《旧唐书》载承乾“痛悼称心不已，于宫中构室，立其形像，列偶人车马于前，令宫人朝暮奠祭。承乾数至其处，徘徊流涕。仍于宫中起冢而葬之，并赠官树碑，以申哀悼。承乾自此托疾不朝参者辄逾数月”。可见，称心对于承乾来说，不仅仅是一个随意玩弄的娈童，而且是一个知心知意的爱人。称心的死，让承乾从一个年轻有为的大唐皇储，变成了一个疯疯癫癫、不知所谓的“妖人”。对于承乾来说，情比天下重。由于承乾怀疑他跟称心的事情是李泰向李世民告的密，这才是承乾仇恨李泰的最真实理由。
不管怎样，争储的事情因齐州叛乱一事而尘埃落定。李世民后院失火，让他心痛不已。为了让他的儿子们不再自相残杀，他立了仁孝的李治为太子。他认为如果立李泰为太子，承乾和李治都得死，而立李治为太子，承乾和李泰都能保住性命。血亲相残的悲惨和终生的愧疚，李世民不愿意让自己的儿子们再承受了。
当上了唐朝的第三代皇帝，李治是幸运的，因为，他继承了父亲太宗的辉煌基业，而且几乎是毫不费事，从外人来看，那就是拣了自己哥哥的便宜，鹬蚌相争，他这个“渔翁”得了利。但是对于他个人的帝王生涯来说，“子承父业”同时又是不幸的。当人们观察他的时候，首先看到的往往是太宗以及贞观之治的耀眼光环；既而在他身后又是中国历史上惟一的一个女皇武则天，在他们两人并驾齐驱的时候，又总是被武则天抢占了风头。
然而，差不多被世人忽略的高宗李治，却平稳地做了35年的皇帝，这在唐朝所有皇帝当中，是除了玄宗以外在位时间最长的。高宗从即位的第二年改元永徽以后，在位期间，一共14次改元；除了他身后的武则天因为经常会在一年当中数次改元而有18个年号外，高宗又是唐朝皇帝中拥有年号最多的一位。
如果将李治从双重光辉的压迫之下提出来，李治其实并不似世人所说的那般懦弱的。
《新唐书》中记载，李世民曾经命令李治“游观习射”，如果是一个懦弱的人，对于自己父亲，并且是一国之君李世民的命令应该是唯唯诺诺的，但是李治却“辞以非所好”。李世民听了李治的回答，大喜，更加看重这个儿子，照理说，他不可能是因为李治违背了他的命令而看重，更准确的是因为李治不卑不亢的回答，让李世民觉得此子是可造之材。于是，李世民决意尽力培养自己的这个儿子成为未来合格明君。
“他让李治搬到他身边居住，每次上朝，都要将李治带上，让他观察当皇帝如何处理国事。在日常生活中也往往借题发挥：看见李治吃饭，就说：‘你要知道稼穑的艰难，不夺农时，才能经常有饭吃。’见李治骑马，就说：‘你应知道不尽其力，才能常有马可骑。’见李治乘船，就说：‘水能载舟，也能覆舟，百姓就像水，君主就如舟。’见李治在树下小憩，就说：‘木要以墨绳为准才能正直，君要能够接受劝谏才会圣明。’李治每次听了这样的话，都会马上毕恭毕敬地肃立，然后感激父皇的教诲，表示一定‘铭记在心’、‘永志不忘’。除此之外，李世民还担心自己死了没有办法传授经验给李治，于是还亲自撰写《帝范》十二篇，从《君体》、《建亲》、《求贤》、《审官》、《纳谏》、《去谗》、《戒盈》、《崇俭》、《赏罚》、《务农》、《阅武》、《崇文》等方面总结自己，对李治循循善诱，要他明晰修身治国安危兴废的帝王之道。”（《正说唐朝二十一帝》）贞观二十年（646年）三月，李世民亲征高丽失败后返回长安，由于旅途劳顿，年事已高，再加上失败的打击，李世民一下子病倒了，就将政务暂由李治代理。在这段期间，李治对自己父亲的照料非常精心，也就是在这段期间，李治认识了父亲的才人武则天，种下了一段情缘。
贞观二十三年（649年）五月二十六日，一代明君唐太宗李世民驾崩于终南山翠微宫，年仅52岁。次年六月，22岁的太子李治即位，是为唐高宗，即大赦天下。
李治身为储君的时候就身负“仁孝”之名，也是凭借“仁孝”登上王位的。在李世民生病期间的尽心护理，谈得上“孝”。李治在位三十五年中，的确是鞠躬尽瘁地为百姓做了很多实事，为以后的开元盛世打下了坚实的基础。
李治一继位就立即暂停了对高丽的战争及土木工程的营造。他即位的第二年召各地地方官询问百姓疾苦，鼓励臣下就国计民生发表意见。同时，他跟李世民一样善于纳谏，有一次，他出外打猎遇雨，就问臣下：“用油布做的雨衣怎么样才能不漏一点水？”臣下说：“要是用瓦做，就不会漏雨了。”言外之意是李治应该想着百姓此时还头无片瓦，不该只想着自己外出打猎淋雨，李治愉快地接受了批评。显庆元年（656年），高宗李治再次征询如何能够减轻百姓负担。大臣来济指出：过多的劳役是老百姓的一大负担，出工则误农时，出钱又花费很多，应该免除一切不急需的徭役征发。高宗虚心采纳。这样虚心求谏与太宗的政治作风在本质上没有任何差异。高宗时期对于法律建设也十分重视。我国现存最完整的成文法典--著名的《唐律疏议》，就是在高宗永徽四年由长孙无忌等大臣修订而成的。相对来说，这一时期的执法状况也是宽平公正的。有一次，大理寺卿唐临向高宗报告说：监狱中在押的犯人只有50多个，其中有2人需要判死刑。这一犯罪率较低的情况与贞观时期相比也是一脉相承的。
对内仁政不断，老百姓的徭役一直地递减，修路架桥，广开言路，削减刑罚，善待商贾等一系列利国利民的开明政策让才经历战乱不久的国家扶摇直上。所以，李治有“永徽之政，百姓阜安，颇有贞观之遗风”的评价。也许，外人看来，这是对李治的最大褒奖，但是，对李治而言，却不见得那么入耳。这个世界上恐怕没有人愿意活在别人的光环之下，李治也是。他在有生之年里，连续的征服高丽、百济、龟兹、高昌、西突厥诸国，将其并入版图，形成了一个令后世之人汗颜的庞大疆域。唐朝的疆域，李治在位时是最大的。
在李治扩大唐朝疆域的事件中，平定西突厥阿史那贺鲁之乱一事尤其值得一提。“阿史那贺鲁曾在公元648年带领部队归顺唐朝。当时，唐太宗曾经在长安（即今天的西安）皇宫的嘉寿殿里大摆御宴，隆重地欢送他，并且还封他为左骁卫大将军，担任西城瑶池都督府的都督，又把他的部落妥善地安置在庭州莫贺城（今阜康以东）一带。不过，等到唐太宗一死，阿史那贺鲁就率领部落去攻打唐朝安西大都护府的所在地--龟兹。接着他又把部落带到双河一带（今天的博尔塔拉附近），在那里称王称汗，独霸一方，对周围的西突厥十姓部落进行压服，强迫他们和唐朝对立。”（魏学睿《盛唐》）对西域（新疆及中亚东部）诸国来说，中国和西突厥汗国，是两个巨人。西域诸国处在中国和西突厥汗国夹缝中，跟前二世纪时处在中国和匈奴汗国夹缝中一样，十分狼狈。
唐高宗李治在即位以后第二年（公元651年），派大将梁建方和契瑟何力来平定这次叛乱，由于配合失利而导致失败。
根据史书的记载，突厥的祖先是母狼的后代，“其先国于西海之上，为邻国所灭，男女无论少长尽杀之。至一儿，不忍杀，刖足断臂，弃于大泽中。有一牝狼，每衔肉至其所，此儿因食之，得以不死。其后遂与狼交，狼有孕焉”，这种传说为突厥民族罩上了一种恐怖神秘的光环，“其后狼生十男，其一姓阿史那氏，最贤，遂为君长，故牙门建狼头纛，示不忘本也”，突厥民族的狼头大纛正包含了这样一种象征，突厥人是狼的民族，突厥人以战死为光荣，以病终为耻辱。突厥人的“血泪祭”更让中原汉族倒吸一口凉气，“有死者，停尸帐中，家人亲属多杀牛马而祭之，绕帐号呼，以刀划面，血泪交下，七度而止”。这样一个彪悍的民族，充满了天生的野性，因而对大唐的管辖不驯服。
对于公元651年的失败，李治很是恼火，便又在永徽六年（655年）下诏任命程知节（程咬金）担任葱山道行军大总管，二次出兵去平定阿史那贺鲁叛乱。这一次西突厥士兵虽然强悍，但程知节仍旧取得了一定战绩，《资治通鉴》载“与歌逻、处月二部战于榆慕谷，打破之，斩首千余级”，其余程知节部下周智度、苏定方等将也卓有战绩。显庆二年（657年），李治再接再厉，又发大兵，分南北两路讨伐阿史那贺鲁。当时，伊犁道行军大总管苏定方，就是北路大军的总指挥。
由于苏定方本人虚怀若谷、和蔼可亲，平等对待各族将士和副将，与少数民族大将回纥人婆闰相处也非常好。因此，他的这支军队所向披靡。苏定方率领军队从金山（即阿尔泰山）南下以来，一路招降了突厥的葛罗禄、处木昆、突骑施各部落的众多部卒。
唐朝大军顺利地推进到曳喹河（今伊犁地区的巩乃斯河）以西，当时，阿史那贺鲁以十万之众来抵挡苏定方的一万人马。他欺负苏定方人少，就层层包围起来，企图一举消灭，连连三次发动进攻，都被苏定方率军挫败。最后，“汉兵奋迅如霹雳，虏骑崩腾畏蒺藜”，西突厥阿史那贺鲁撤军逃窜，唐军穷追，在碎叶水北岸再次决战，阿史那贺鲁再大败，带着左右少数侍卫，向西逃亡，逃到咸海东南的石国（乌孜别克塔什干市），被石国生擒，交给抵达城下的大唐远征军。在阿史那贺鲁控制下的五弩失毕部落和五咄陆部落，听说阿史那贺鲁失败，都纷纷投奔苏定方的军队。
阿史那贺鲁叛乱平定以后，高宗李治以其地分置昆陵、蒙池二都护府。次年，徙安西部护府于龟兹（今新疆库车）。