“清军节节后退，后退到黄河一带，仍不断遭到沮丧的失败。可是，有两个重大的因素使形势不久即行倒转，一是吴三桂的汉奸招牌太过于响亮，不能发出明确的政治号召和建立坚强的领导中心，他既引导满洲鞑靼入关，又杀掉朱由榔全家，使他不能利用明王朝的惯性影响力。他只有自己当皇帝，但在这个紧要关头，新兴的政权无法马上产生向心作用。二是吴三桂老了，有老年人最容易发生的过度小心保守的心理状态，不敢采取冒险行动。他要求绝对的安全，但世界上根本没有绝对安全的革命和叛变。另一个因素是，吴三桂的对手是玄烨（康熙）大帝，这个中国历史上最英明的君主之一，年轻气壮，有刘邦豁达大度的胸襟和李世民知人善任的智慧。”（《中国人史纲》）康熙的作战计划跟吴三桂形成了鲜明的对比。吴三桂占领了湖南后，却立即收住了攻势，不再渡江前进，乃转而在湖南采取守势，沿江布置防御工事，与清军对峙，结果不能出湖南一步。因为吴三桂打到这时已经有了畏惧心，想以湖南为根据地，跟耿精忠和王辅臣的叛军汇合，分左中右三路夹击清廷。于是他遂遣兵一由长沙犯江西，企图与耿精忠合；一由四川犯陕西，企图与王辅臣会合。
就在这时，康熙又一次抓住了机会。他看出叛军内部凝聚力不强，矛盾重重，经不起持久的军事攻击与政治瓦解。于是把重心放在吴三桂身上，坚决打击吴三桂，决不给予可以进行妥协讲和的机会，而对其他的叛变者则大开招抚之门，只要肯降，不咎既往，以此来分化敌人，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。
于是，在这个方针下，康熙把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大兵至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙还大胆放手，利用汉将汉兵来应付作战，使其充分发挥作用。
在这样的进攻策略下，在康熙十五年（1676年），陕西的王辅臣和福建的耿精忠先后投降清朝。第二年，广东的尚之信也投降了。吴三桂外援日削，独自与清军周旋在湖南一隅，并且，部分清军已经通过江西围攻长沙。吴三桂的败势已成定局。
吴三桂在湖南被围困了两年后，于康熙十七年（1678年）三月在衡州称帝，立国号周，建元昭武，大封诸将。但这只不过是吴三桂见胜利无望，最后过把帝王的瘾罢了。在同一年的秋天，吴三桂病死，他的儿子吴世璠继位。由于吴世璠的才智、威望、品行远远地逊色于吴三桂，因此大周国军事战斗力及政治力量迅速崩溃，最终在康熙二十年底，清军围攻昆明，吴世璠被逼自杀，余众出降，三藩得以平定。三藩之乱自康熙十二年爆发，至康熙二十年结束，一共历时8年。
平定三藩，清廷才真正在关内完成了统一，稳定了统治权。从此之后，康熙开始从事行政和财政经济的调整改革，然后致力于解决边疆问题。
5.对战沙俄，平定边疆
平定三藩后，中国迎来了被柏杨先生称作为“第三个黄金时代”的盛世。他说：“第三个黄金时代的最伟大的成就，在于满洲人的清政府为中国开辟了广袤的疆土。东西汉两个王朝和唐王朝都曾为中国增加了一百七十万平方公里的面积，但不久就行失去。而清政府为中国增加的领土，超过从明王朝承袭下来的中国领土的四倍。”《中国人史纲》
1685年，康熙在平定“三藩之乱”后，派将军彭春5月22日从瑷珲起兵五千人，分水路和陆路围攻雅克萨。雅克萨位于今黑龙江省呼玛县西北黑龙江北岸，历史上属于中国。17世纪中叶，沙俄派兵侵占了雅克萨，筑室盘踞。1674年（康熙十三年），沙俄甚至将其编入尼布楚管区，在色楞河与楚库河汇合处建立色楞格斯克，并利用清廷对“三藩”用兵之时，霸占中国大片土地，抢掠财产，杀掠中国百姓。
对于沙俄的跋扈，康熙曾多次采用柔和的手段解决，派使者与沙俄和谈解决边界事端问题，但对方始终无理拒绝。在同沙俄的长期交涉中，康熙发现，俄国佬儿是“山核桃锤着吃”，若非“创以兵威，则罔知惩畏”，于是决意征剿。
早在清顺治九年（1652年），中俄之间就发生了第一场战斗。当时，沙俄东入黑龙江之时，清军“驻防宁古塔（今黑龙江省海林县）章京海色率所部击之，战于乌扎拉村”。由此为引线，此后中俄之间发生多次外交和军事上的冲突。清廷也多次派兵收复，但都失败。
康熙为人谨慎，决意征讨沙俄后，便详加分析“昔发兵进讨，未获翦除”的原因，最后发现黑龙江一带没有驻兵，从宁古塔出兵反击，每次清军都因粮储不足而停止，并且沙俄侵略军虽为数不多，但由于“筑室散处，耕种自给”，加上尼布楚人与之贸易，故使其得以生存。于是造成我进彼退、我退彼进，“用兵不已，边民不安”的局面。
看清楚情况后，康熙就采取了一系列措施，弥补前几次出兵失败的漏洞。“他先派人侦察地形敌情，派兵割掉侵略军在雅克萨附近种植的庄稼，又令蒙古车臣汗断绝与俄人的贸易，以困惫和封锁侵略者，然后在康熙二十一年（1682年）十二月，调乌喇（今吉林市北）、宁古塔兵1500人往黑龙江城一带，驻扎爱珲、呼玛尔（今呼玛南）。然后又因为乌喇、宁古塔两处距雅克萨路途遥远，所以，命令呼玛尔兵改驻额苏里（今俄斯沃特德内西南）。次年七月，宁古塔副都统萨布素率军进驻额苏里。九月，确定在爱珲筑城永戍，预备炮具、船舰。同时派乌喇、宁古塔兵五六百人、达呼尔（今黑龙江嫩江县境）兵四五百人，调往爱珲一带；修整战具，设置驿站，运储军需。”（《影响中国的100次战争》）在做好一切准备后，康熙开始向沙俄发起了进攻。他命令都统彭春、副都统郎坦、黑龙江将军萨布素率领水陆军3000余人由黑龙江城（今爱珲）出发，5月22日进围雅克萨。清军作战之前，先通知俄军撤离，但是俄军统领托尔布津在中俄对战的多次胜利之中，培养了超强的自信心，对清军的通牒不以为然。24日，从尼布楚增援雅克萨的俄军哥萨克兵乘筏顺江而来，被清军福建藤牌水兵猛劈狠砍，大部分被打入江中，其他溃散而逃，而清军无一伤亡。当天晚上，清军从城南佯攻，其他陆路清军却用神威无敌大将军炮和红夷大炮等火炮从三面轰击雅克萨城，杀伤城内100多人，摧毁所有城堡和塔楼。二十五日黎明，清军发炮轰击，侵略军伤亡甚重，势不能支。托尔布津乞降，率600余人撤往尼布楚。清军赶走侵略军后，平毁雅克萨城，即行回师，留部分兵力驻守爱珲，另派兵在爱珲、墨尔根（今黑龙江嫩江）屯田，加强黑龙江一带防务。
托尔布津在撤往尼布楚途中，遇见由尼布楚开向雅克萨的增援部队，携带着重武器，告诉他驻屯尼布楚的俄国大军随时可以接应。这使托尔布津懊悔不迭，他立刻同援军重返故地，于雅克萨城被中国焚毁后第十七日，再重筑新的雅克萨要塞。
于是，康熙接受了这个挑战，又下令黑龙江将军萨布素等率军讨伐。康熙二十五年（1686年）6月，清军2000余人用神威无敌大将军等火炮日夜向雅克萨城内猛轰，并且使用了从台湾调来参战的400名藤牌兵攀城。俄军胆颤心惊，挖洞穴居，鏖战4昼夜，800名俄军被歼只剩下百余人，托尔布津被击毙。接着，清军在城外掘壕围困，截断城内水源，并击败了俄军的5次反扑。俄军伤亡累累，最后只剩下20余人，弹尽粮绝，危在旦夕。沙皇政府被迫“乞撤雅克萨之围”，并派戈洛文为大使，前来中国举行边界谈判，十一月，清政府为表示谈判诚意，宣布无条件停火，停止攻城，同时命令剩余军队退回尼布楚。
康熙二十八年（1689年），中国钦差大臣索额图和俄国全权公使陆军上将费要多罗，在尼布楚谈判，订立了尼布楚条约，这是中国和近现代欧洲国家签订的第一个条约。根据条约，额尔古纳河、格尔必齐河和直达于海的外兴安岭为中俄边界，外兴安岭和乌第河之间土地的归属另行议定。这样，黑龙江和乌苏里江流域的广大地区被确认为中国的领土。
柏杨先生在《中国人史纲》中写道：“这是一个重要的条约，使中、俄得到和解，为中、俄两国带来一百七十年的和平，跟十一世纪中国与辽帝国澶州和解带来一百一十四年的和平同样重要。俄国对遥远的东方固然力不从心，而中国如果长期从事于东北荒凉寒冷地区的战争，也将精疲力尽。”
在签订《尼布楚条约》的后一年，清廷又进行了一场大规模的战争。此次战争对象是厄鲁特蒙古的准噶尔部。清初，西北方居住的蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。漠北喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部。漠西厄鲁特蒙古内部又分为准噶尔、和硕特、杜尔伯特、土尔扈特四部。清军入关之前，漠南蒙古就已归附清朝属于内蒙古，喀尔喀蒙古和厄鲁特蒙古各部虽属于外蒙古也与清廷关系密切。蒙古当然只有一个，本没有内外。清廷以蒙古与中国合并的时间有先后，加以分割，先跟中国合并的南半部称内蒙古，后跟中国合并的北半部称外蒙古。
17世纪中叶以后准噶尔部逐渐强盛起来，特别到噶尔丹为汗时期，势力更加强大。他不仅统治了厄鲁特四部，而且占领了天山南路各城，势力达到青海、西藏地区，总国土达到了二百八十万平方公里。此时的噶尔丹雄心勃勃，企图恢复成吉思汗的蒙古帝国，遂起兵进攻漠北喀尔喀蒙古四部。
“已迁到北京的清政府无意向北发展，他们对拥有内蒙古广大的领土和西伯利亚外兴安岭以南广大的领土，已心满意足。”（《中国人史纲》）但是，被准噶尔部打得如丧家之犬的喀尔喀部无可奈何，穷途末路之下决定归附中国。
康熙接到了喀尔喀部的归附信，立刻命令喀尔喀部撤退到内蒙古，并且发给临时急赈救济。然后，向噶尔丹可汗下通牒，要求他放弃使用武力，退出外蒙古。噶尔丹开始答应放弃武力，但必须中国先行交出喀尔喀部的库伦活佛和土谢图汗。康熙当然不会同意，交出库伦活佛和土谢图汗，就是背信弃义的举动，大清国的面子往哪里搁。
于是，噶尔丹遂继续东进，横穿外蒙古高原，抵达二千五百公里外的克鲁伦河下游，第二年，甚至深入到内蒙古，直抵距北京只有三百五十公里的乌兰布通（内蒙古克什克腾旗南）。噶尔丹这种举动是想给清廷一个下马威，以硬碰硬。
面对噶尔丹的猖獗，康熙决定亲征。康熙下谕说：“噶尔丹侵扰喀尔喀及外藩蒙古。此番秣马厉兵，整军运饷，分路进剿，曲尽筹划。告祭天地、宗庙、社稷，务期剿灭噶尔丹，而后出兵。我太祖高皇帝、太宗文皇帝亲行仗剑，以建丕基。朕不法祖行事可乎？”
日本学者宫脇淳子在《最后的游牧帝国》中写道：当时“康熙帝把清军分作三路军，横越戈壁沙漠前去作战。黑龙江将军萨布素所率东路军有35430名将士，从沈阳出发后向东迂回，指向克鲁伦河。康熙帝亲自指挥的中路军将士共37000名，从北京出发，又从现在的内蒙古自治区苏尼特左旗西北向越过戈壁沙漠，直指巴颜乌兰的噶尔丹大本营。抚远大将军费扬古率领的西路军有将士35600名，从内蒙古西部越过阴山山脉，横穿戈壁沙漠，师出翁金河，折而向东，奔向土拉河方面。”
在康熙的亲自指挥下，清军将勇奋力作战，将噶尔丹打得无还击之力。噶尔丹无可奈何之下，只能向俄国求援，愿作俄国收复雅克萨城的先锋。但是，俄国因为跟中国刚签订了《尼布楚条约》，所以对噶尔丹的提议，不作回答。
噶尔丹并不愿意屈服，驻扎在屯科布多做整补训练，1695年，他又垂死挣扎了一次，与三千公里外的嫩江河畔的内蒙古科尔沁部，秘密结盟，向喀尔喀部发动夹击。当噶尔丹再度进攻，东进二千余公里，抵达克鲁伦河时，康熙带领的三路迎击的清军早已进入攻击的位置。噶尔丹再次败退。
康熙曾数次招降噶尔丹。《DEEP中国科学探险》记载：1696年十一月二十七日，他在接见噶尔丹的使者时说：“你回去告诉噶尔丹，不管什么事他必须亲自来跟我谈，不然事情就难以了结。如果他不来，我对他的讨伐就不会终止。我在这个地方等他，限他70天内给我答复。如果过期或者不答应，我必然再进兵讨伐。”虽然噶尔丹“绝没有泄气”，但他已经彻底丧失了抵抗的能力。第二年，噶尔丹退居阿察阿木塔台地方。失败腐蚀了这位草原英雄的身体，三月初，他开始吃不下东西，到十二日开始头疼，十三日中午，噶尔丹结束了他传奇的一生，终年53岁。
噶尔丹死后，喀尔喀蒙古各部又回到了原来的居住地。不过今时不同往日，外蒙古和噶尔丹辖下的科布多、乌梁海两地区已被清政府设置为自己的重镇，并派遣将军和参赞大臣率兵驻守，加强了对喀尔喀蒙古地区的管理和统治。
从此，科布多、乌梁海两地区，面积共一百八十万平方公里的土地，纳入了中国版图。