政府说患疯牛病的牛在进入食物链之前就被发现了。不过，如果牛是在即将送去屠宰前得病呢？或是在表现出任何症状之前早就感染了病毒呢？日本给每头牛都进行了疯牛病检测，这似乎是确保我们所食用的牛肉的安全性的最好办法。
美国确认的第二例疯牛病，即牛脑海绵状病（BSE）是一头“病牛”，也就是说病得无法行走。由于失去行走能力是BSE晚期的一个症状，美国农业部在其监管项目中锁定病牛进行检测，每天要测试约1千头牛。
农业部还禁止病牛进入人类食物链（这些牛是用于宠物食品的）。然而，牛有可能在表现出任何症状之前早就感染了BSE。事实上，农业部猜测12岁的牛有可能在1997年禁止向牛饲喂回收肉和骨粉之前就已感染疯牛病。
因发现疯牛病和相关疾病病因而获诺贝尔奖的史坦利·布鲁希纳认为，所有已屠宰的牛都应进行疯牛病检测。他认为这对消费者的安全非常重要，而且也可以有助于了解疯牛病——例如，观察是否有新的病毒株出现。
农业部反对进行普遍检测，甚至还封杀了一个肉类加工企业——位于堪萨斯的溪石（Creekstone）农场，因为它对每头已屠宰的牛都进行疯牛病检测，想以此保证其牛肉继续向日本出口。农业部认为如果允许溪石农场自行进行检测，就会开下成本高昂的先例，迫使所有肉类加工商都这么做。
每头牛做一次疯牛病检测的开销是30美元，如果要给美国每年屠宰的3500万头牛都做检测，开销将超过10亿美元。普遍检测会将牛肉每磅价格提高大约5美分，如果确实能够保证食品安全，大部分消费者应该是愿意掏这份钱的。
不过，农业部称，给所有牛都进行检测并不妥当，因为美国大部分牛是在年龄18至20个月间屠宰的，而疯牛病在牛的年龄达到30个月之前通常都无法检测出来。
无论如何，新的屠宰方法、禁用病牛，以及更严格的监管措施，都意味着与管理部门不相信疯牛已经波及到了美国的时候相比，现在我们的牛肉更加安全了。