党的十六大在总结改革开放以来宗教工作经验基础上，正式提出了宗教工作的基本方针，党的十七大又重申了这个方针，这个方针的内容是全面正确地贯彻宗教信仰自由政策，国家依法管理宗教事务，坚持独立自主自办原则，积极引导宗教与社会主义相适应。这个方针标志着以胡锦涛为总书记的党中央，根据中国特色社会主义实践的新要求，在具有长期性、群众性和复杂性的宗教问题上，围绕科学发展观、构建和谐社会和建设中国特色社会主义的主题，提出的重大治国战略思想。这个基本方针具体表现为：
第一，根本宗旨是使信教群众和不信教群众联合起来，建设现代化强国这个共同目标。第二，基本政策是以人为本，尊重人权，全面正确地实行宗教信仰自由政策。第三，依法管理宗教事务，使宗教活动正常有序。第四，对外关系是坚持自主自办原则。第五，政治上团结合作，思想信仰上互相尊重，发挥爱国宗教团体的作用，培养好爱国爱教的人员队伍。第六，基本途径是积极引导宗教与社会主义社会相适应，巩固和发展对宗教界的爱国统一战线。第七，党内建设上，共产党员要坚持马克思主义宗教观，对群众特别是青少年要进行马克思主义唯物论和无神论的教育。