种蛋消毒是提高孵化率和初生雏质量的重要措施。鸭蛋产出后，很容易被粪便、垫料污染，蛋壳表面带有病原微生物。据试验表明，刚产下蛋的蛋壳表面细菌数为100～300个，15分钟后为500～600个，以后将以极快的速度大量繁殖。病原微生物通过蛋壳可进入蛋内部感染发育中的胚胎，或在雏鸭出壳时感染雏鸭使雏鸭发病，并可污染孵化设备及用具，进而传播各种疾病，危害极大。因此，除注意垫料的清洁卫生和及时收集种蛋外，蛋产出后，应立即进行消毒处理，然后再放到种蛋库保存。为了防止重复污染，入孵前还应再进行一次消毒。常用的消毒方法有以下几种：
（1）福尔马林溶液消毒法。这种方法方便且效果非常好。消毒时需用一个密封良好的消毒柜，或在一间小房间内。按每立方米使用福尔马林（含甲醛40％）30毫升，高锰酸钾15克倒入陶瓷或搪瓷容器内（不要用金属器皿），先放高锰酸钾，然后再倒入福尔马林溶液，关闭门窗熏蒸消毒20～30分钟后，打开门窗将气体彻底排出。为了获得较好的消毒效果，消毒时应保持的温度为25℃～27℃，相对湿度为75％～80％。注意将福尔马林保存在阴凉的地方，防止冰冻；高锰酸钾应贮存在暗色玻璃瓶内，使用时不能磨得过细，否则会有爆炸的危险。另外，上述药物有腐蚀性，消毒时产生的气体有刺激性，使用时注意防护，避免与人的皮肤接触或吸入。
（2）新洁尔灭消毒法。用0.1％的新洁尔灭溶液即用5％的新洁尔灭原液加50倍水配成，用喷雾器喷洒于蛋的表面，或将种蛋放在溶液中浸泡3分钟，然后取出待药液干燥后，送入种蛋库或入孵。使用此法消毒时要求药液温度略高于蛋温即保持在43.3℃左右。另外，切忌与肥皂、碘、高锰酸钾和碱等配用，以免药液失效。