但是，对诺亚方舟的存在，有些人还是存在怀疑态度：即使发生特大洪水，地球水位也不会升到5000米的高度，方舟为什么能在亚拉腊山巅呢？难道是地壳变动？美国人卡佐和斯各特认为：
第一，就算发生过诺亚时期的大洪水，即5000年前被几英里深的大水蹂躏过，那么，今天地球表面会成什么样子呢？就连最高的山也会显出流水侵蚀的痕迹，但实际上并非如此。此外，1.2万年前冰封的地区总该有被水改变过的迹象，可它们依然如故。不管海拔多少，那些外露的冰川断层仍保持原始状态。
第二，从科学观点来看，历史上有人见过诺亚方舟的说法是无说服力的。如果方舟在5000年前搁置在亚拉腊山的山顶附近，那它很有可能早就被冰川运动转移到了较低的高地。方舟至少在某种程度上已支离破碎，木头撒遍了亚拉腊山的较低山坡。就我们所知，从来也没人找到过这样大宗的木头，更不用说方舟的残骸了。
第三，人们所提供的“方舟”照片显然都是模糊不清的，并且需要丰富的想象力，才能从点缀山峰及其附近斜坡上的许多形状相似的天然轮廓中辨认出这矩形方舟。说到纳瓦拉找到的“方舟”木头，从3个不同实验室得到的若干龄期值表明其龄期介于1250~1700年，年代太近，因而不符合“方舟说”。
美索不达米亚地区第四，可以设想出5000年前在美索不达米亚地区发生的一场大洪水，诺亚家族预见到当地的江河有泛滥之征兆。于是他们造一只船，贮藏了足够的物资，出于自然的冲动，给牲畜留出了舱位。那场洪水使生命财产损失浩大。数天之后，那只船搁浅在某一高地或丘陵上。随着时间的消逝，这件大事的传说就作为家喻户晓的诺亚方舟故事而留传了下来。
虽然卡佐和斯各特的看法有一定的科学性，但是随后的事件却让人不得不重新对待“诺亚方舟”。
美国学者戴维在亚拉腊山以南的乌兹恩吉利村附近的穆萨山顶上发现了一艘大船，这个村庄与史书上说的尼塞村位于同一地点。这艘船的船头呈洋葱状，船身长164米，长度基本上和《圣经》上记载的诺亚方舟相符。
1989年9月15日，两名美国人乘直升飞机飞越亚拉腊山西南麓上空时，发现了诺亚方舟，并拍摄了照片。驾驶员查克·阿伦说，在亚拉腊山的一处通常由冰川覆盖的、海拔4400米的地方发现了一只方舟形物体，而那处地方的冰川今年夏天因该地区高温天气而水退了。阿伦说：“我百分之百地确信，这就是方舟。”
然而，土耳其地质学家们说，两个美国人所看到的只是一块经过数千年风化侵蚀而形成的顽石而已。
总之，关于世界性大洪水和诺亚方舟是否存在，人们还在互相争论着。但是，人们相信，只有暂时没有解开的谜团，而没有永远的谜团，对诺亚方舟是否存在也是一样。我们坚信，确凿的答案总有一天会摆在人们面前。