靖康元年(1126年)，金兵进攻汴京(今河南开封)，要求宋徽宗割让三镇：太原、中山(今河北定县)、河间。这时身为职方员外郎的秦桧，提出了较为重要的四条意见。一是金人贪得无厌，要割地只能给燕山一路；二是金人狡诈，要加强守备，不可松懈；三是召集百官详细讨论，选择正确意见写进盟书中；四是把金朝代表安置在外面，不让他们进朝门上殿堂。当时要弭兵就得割地，南宋派秦桧和程璃为割地代表同金人进行谈判。秦桧在谈判中尚能坚持上述意见，于是又升为殿中侍御史、左司谏。后来，金统治者“坚欲得地，不然，进兵取汴京”。朝中百官在讨论中，范宗尹等70人同意割地，秦桧等36人认为不可。
在宋徽宗、钦宗被俘后，女真贵族要宋朝遗臣推立张邦昌为傀儡，秦桧持反对态度。他认为张邦昌过去附会有权势者，干的是有损国家利益的事。而大宋江山倾危，人民苦不堪命，这尽管不是一个人造成的，但张邦昌有不可推卸的责任。对此，老百姓痛恨他像痛恨仇敌似的。如果给他地盘，又让他主宰人民，那么，各地的英雄豪杰定会联合起来鞭责讨伐，张邦昌最后也成不了大金的重臣。一定非立张邦昌为帝，“则京师之民可服，天下之民不可服，京师之宗子可灭，天下之宗子不可灭”。从秦桧提出对金的意见、割地问题上的主张以及反立张邦昌为帝来看，还没有发现他这时有投降活动的迹象。他的官位已提到了御史中丞，威权颇重了。
靖康二年(1127年)，金人以秦桧反立张邦昌为借口，将他捉去，同去的还有他的妻子王氏及侍从等。这时宋徽宗得知康王赵构即位，就致书金帅粘罕，与约和议，叫秦桧将和议书修改加工润色。秦桧还以厚礼贿赂粘罕，金太宗把秦桧送给他弟弟挞懒任用。从此，秦桧亦步亦趋地追随着挞懒，逐渐成为他的亲信。
建炎四年(1130年)，金将挞懒带兵进攻淮北重镇山阳(即楚州，今江苏淮安)，命秦桧同行。为什么要秦桧同行呢？从挞懒的策略看，诱以和议，内外勾结，才能致南宋于亡国之境。这个“内”，只有秦桧可用。而秦桧卖身投靠女真贵族的面目，在南宋朝野还未彻底暴露，所以金统治者把秦桧作为合适的人选了。因此，秦桧南行前与妻子王氏密商计议，作了一番戏剧性表演。王氏故意大喊大叫说：“家父把我嫁给你，当时有资财二十万贯，要你我同甘苦。现在大金国信用你，你就把我丢在路上。”争吵不休。挞懒妻子一车婆听到了，就请王氏到家里问个究竟。这一车婆又说给挞懒，于是也叫王氏以及侍从同秦桧南行。山阳城被攻陷后，金兵纷纷入城。秦桧等则登船而去，行到附近的涟水(今江苏涟水)，被南宋水寨统领丁祀的巡逻兵抓住，并要杀他。秦桧说：“我是御史中丞秦桧。这里有没有秀才，应该知道我的姓名。”有个卖酒的王秀才，从不认识秦桧，但装作认得秦桧的样子，一见就作个大揖说：“中丞劳苦，回来不容易啊！”大家以王秀才既然认识秦桧，就不杀他了，而以礼相待，后来把他们送到行在临安(今浙江杭州)。
秦桧南归后，自称是杀死监视他们的金兵夺船而来的。臣僚们随即提出一连串的问题：孙傅、何粟、司马朴是同秦桧一起被俘的，为什么只有秦桧独回？从燕山府(今北京城西南)到楚州2800里，要跋山涉水，难道路上没有碰上盘查询问，能杀死监守人员，一帆风顺地南归？就算是跟着金将挞懒军队南下，金人有意放纵他，也要把他家眷作为人质扣留，为什么能与王氏偕行而南呢？这些疑问只有他的密友、宰相范宗尹和李回为他辩解，并竭力举荐他忠于赵家皇朝。但疑团并没有完全消除。
《金史》中记载，金宣宗贞佑二年(1214年)，中书舍人孙大鼎上书追述秦桧被女真贵族纵归南宋的事说，金太宗天会八年(1130年)，大臣们在黑龙江柳林集会，担心宋朝复兴。宋朝臣赵鼎、张浚志在复仇，宋将韩世忠、吴阶知于兵事。这样既不可威取，又要看到结仇已深，势难使南宋臣民屈服，还是暗中先放纵为好。另在《金国南迁录》中记载，金国大臣考虑南宋复仇事，议及放纵秦桧归国，鲁王说，只有放宋臣先回，才能使他“顺我”。忠献王粘罕说，这件事在我心里已酝酿三年了，只有一个秦桧可用。我喜欢这个人。“置之军前，试之以事”，表面上虽然拒绝，而内心中经常能“委曲顺从”，秦桧始终主张“南人归南，北人归北”的政策，今天如能放他回南宋，他必得志。就这样金人决定放秦桧南归。结果不出粘罕所料，秦桧回到临安就力主和议，窃踞相位，专权擅国，残杀抗金将领。其后，使南北对峙局势基本形成。
伺机再起，签订和约
《宋史·秦桧传》记载，南宋政府虽几次派代表与金朝谈判，但仍是一边防守，一边议和。而专与金人解仇议和，实际是从秦桧开始的。因为秦桧在金朝时，首倡和议，所以他南归后，就成为女真贵族的代理人。
秦桧南归后，送给赵构的第一件“见面礼”就是，要想天下无事，就得“南人归南，北人归北”。南宋的军队和将领主要是西北、河北和山东等地人组成的，如果照秦桧“北人归北”的主张去办，就等于把北方土地全部奉献给女真贵族，而且大批不愿降金而南下的北方人士，都得回去受金人统治。就等于南宋自毁长城，自己解除武装，表明对金放弃武力抵抗。秦桧奉送赵构的第二件“见面礼”是他首先递上一份致女真军事贵族挞懒的“求和书”。赵构感到秦桧“忠朴过人”，得到他，高兴得连觉也睡不着，说“又得一佳士也”。秦桧得到赵构如此赏识，就迅速爬上了宰相宝座。
秦桧的两件“礼物”摆在面前，使赵构十分担心地“睡不着”。他不得不考虑，秦桧说“南人归南，北人归北”，我是北方人，该到哪里去呢？秦桧又说，有“二策”，即以河北人归还金国，中原人送给刘豫(他是南宋初年金统治者扶植的傀儡)，当宰相几个月，这“二策”就可轰动天下。而赵构说，自己并没有听到什么震撼性的消息。大臣綦祟礼把赵构的这些意思通告朝廷内外。从此，人们开始认识到秦桧的奸邪了。秦桧的主张引起朝野上下的强烈不满。赵构出于自身的利害，又慑于抗战派和人民抗金、反对议和的形势，不得不罢去秦桧宰相的职务。后来证实，金朝使节到南宋，要求全部送还北方人，恰与秦桧“北人归北”的主张相吻合。有识之士进一步认识到这正是秦桧与金人合谋的结果，秦桧的面目又被看清楚一些。
秦桧罢官，失去权位。他求和投降的政策，一时难以实现，只得忍受着暂时的挫折，静观宋金政治风云的变幻，伺机东山再起。绍兴五年(1135年)粘罕死，挞懒得势。绍兴八年(1138年)，赵构又起用秦桧为相。吏部大臣晏敦复忧虑地说，秦桧是“奸人相”。但因挞懒是秦桧的老主子，这个老主子是主张用诱降议和的策略来促使赵构上钩的。秦桧、赵构和挞懒内外勾结，不愁南宋不亡。
秦桧看到宋金形势在不断地向有利于自己推行乞和求降政策的方向发展，认为此契机也。于是在宋金谈判前夕，以女真贵族代理人的威势，一而再、再而三地对赵构进行反复试探和考察，增强其求和信心，坚定其投降立场。
南宋大臣在朝见赵构之后，只有秦桧留下面奏。请看一个昏君和一个奸相的绝妙对话——秦桧说：“臣僚们对议和畏首畏尾，首鼠两端，这就不能够决断大事。如果陛下决心想讲和，请专与我讨论，不要允许群臣干预。”赵构说：“我只委派你主持。”秦桧说：“我恐怕有不方便之处，希望陛下认真考虑三天，容许我向您另作报告。”过了三天，秦桧又留在赵构身边奏事，赵构想讲和的思想已经很坚定了，但秦桧还以为没有达到火候，他说：“我恐怕别的方面还有不方便，想请陛下再认真考虑三天，容我向您另作报告。”赵构说：“好吧！”又过三天，秦桧就像当初一样，独自留在赵构身边奏事。他清楚地掌握了赵构确实坚定不移地要讲和了，于是拿出早已草拟好的向金求和书，仍声称不许群臣干预。
人们从秦桧和赵构的对话中，看出秦桧牵着赵构的鼻子团团转起来了。
绍兴九年(1139年)，秦桧不顾赵鼎、胡铨、韩世忠、张浚、王庶、岳飞、李纲等反对议和的上书，签订了第一个宋金和约。赵构怕事，装病躲进宫中，由秦桧代行皇帝职权，跪拜在金使面前，签字画押。从此，秦桧在朝廷中的身价提高了，宋金战和问题开始由他左右。
陷杀岳飞，诛锄忠良
宋金第一个和约签订不到一年，金统治集团内部就发生了政变，对南宋主张用诱降讲和策略的挞懒被杀，宗弼(兀术)上台。从绍兴十年(1140年)起，金撕毁和约，以宗弼当统帅，挥军直取河南、陕西。南宋抗金将领岳飞、刘琦在人民群众的支持下，痛击金兵，打出了一个大好局面。金兵将校纷纷准备投降，甚至素以狡悍着称的金帅乌陵思谋，也控制不了部下，只能下令待岳家军到即降。金将军韩常想以五万骑兵内附，岳飞迎着胜利的形势，非常高兴，对部将们说：“直抵黄龙府(今吉林农安，女真族根据地)，与诸公痛饮耳！”正待不日渡河，而秦桧却想把淮河以北土地送给金朝，命岳飞退兵。岳飞给朝廷的报告说：“金人锐气丧失，气节败坏，把装备粮草全部丢弃，疾走渡河。而我军将士听命效劳，所向披靡。时不再来，机难轻失。”要求乘胜进军。秦桧深知岳飞抗金意志不可夺，就先撤张俊、杨沂中的军队，而后说岳飞孤军不可久留，严令迅速退兵。赵构、秦桧一天之内连下十二道金字牌（用木牌朱漆黄金字，使者举牌疾驰而过，车马行人见之，都得让路，一天要走五百里。用它传送最紧急的军令诏令），紧催撤军，岳飞愤慨惋惜地哭着说：“十年之功，废于一旦！”下令忍痛退兵。百姓拦马痛哭，岳飞悲泣。以赵构、秦桧为代表的南宋投降派是实权派。他们既担心抗金战争的顺利发展会激起女真贵族的不满，也忧虑岳家军的迅速壮大，会威胁他们的统治地位，因此，胜利在望之际，迫令岳飞撤退。
绍兴十一年(1141年)四月，秦桧唯恐重要将领难于驾驭，就想法收他们的兵权，以扫除不利于他投降活动的障碍。于是密奏召三大将韩世忠、张俊、岳飞入朝，“论功行赏”。三将到临安，韩世忠、张俊被任命为枢密使，岳飞为副使(枢密使、枢密副使都是负责军国要政的)。明升官职，实解兵权。同时还撤销了专为对金作战而设置的三个宣抚司。
宗弼得知秦桧解除三大将兵权、自毁长城的消息后，就乘机一再对南宋进行军事威胁。他通知赵构说，各路大军水陆并进，南下问罪，示意如肯顺降，须以淮水为界，把淮水以北土地和人民割让给金国。同时，金朝派人指使秦桧，必杀抗金战争中最出力的岳飞，才可议和。绍兴十一年(1141年)九、十月间，秦桧按金人授意，兴起岳飞之狱。他派谏官万俟卨收集伪证，组织狱词，罗织罪名。秦桧又串通张俊，收买、勾结岳家军重要将领张宪部将王贵、王俊等人，秉承秦桧意旨，诬告张宪欲据襄阳为变，以谋恢复岳飞兵权。张宪遂被捕入狱，将岳飞、岳云父子也送大理寺(南宋最高审判机关)。岳飞被捕后，秦桧加紧投降活动。十一月，宗弼派萧毅到临安，提出“划淮为界，岁币银绢各二十五万，割唐、邓二州”为议和条件。这就是宋金第二个和约，史称“绍兴和议”。
和约签订后，秦桧照女真贵族意图，变本加厉地迫害岳飞等人。岳飞被捕已两月有余，“罪状”还没编造好。一天，秦桧独居书室，吃了柑子，用手指划柑皮，若有所思。秦桧妻王氏素来阴险，看见秦桧的动作就讪笑着说：“老汉怎么一直没有决断呢！捉虎容易，放虎难哪！”秦桧听懂了王氏的意思，写一张小纸片送狱吏。岳飞当天就死在狱中，岳云、张宪被杀于市，这一天正是绍兴十一年十二月二十九日(1142年1月27日)。
秦桧深恨岳飞多次声言和议失策、又上书赵构要求制定国家大政方针。这都与秦桧的投降政策相违背，所以秦桧总想杀掉他。岳飞被捕，有正义感的臣民愤愤不平。岳飞将被害时，韩世忠十分气愤，质问秦桧，岳飞父子究竟犯了多大罪，事实如何，有什么证据？秦桧说：“莫须有。”(这是当时的口语，意思是“可能有”，“也许有”)韩世忠说：“‘莫须有’三字，何以服天下？”这时韩世忠已罢枢密使之职，他满腔愤患，只得骑驴载酒绕西湖了。岳飞被害后，家属流放岭南，被株连者或坐牢或流放，或死于狱中，相反，凡跟着秦桧陷害岳飞的，都各有升迁。
总揽大权，排除异己
秦桧除将岳飞等陷害外，对南宋其他忠臣良将也不放过，迫害手法花样翻新。