打垮李自成，清军开始对付大西军。顺治三年(1646年)正月，鳌拜随肃亲王豪格等率军进攻张献忠大西农民军。清军得知张献忠率军已退到西充一带，鳌拜再次充当先锋，率领先头部队前往狙击。两军相遇，鳌拜等人又是身先士卒，往前猛冲。狭路相逢勇者胜，昔日威风一时的大西军抵挡不住而溃败，张献忠也于此役中被杀。清军击破大西军营垒130余处，斩首数万级，获马骡牲畜12200余匹。打败大西军主力之后，鳌拜等又继续深入，基本上肃清了四川一带的农民军。大西军余部在孙可望、李定国率领下退往云贵地区。击破大西军，鳌拜实居首功。
与多尔衮的对抗
鳌拜不仅是战场上的一员骁将，也是皇太极忠心耿耿的心腹。崇德八年(1643年)八月初九皇太极逝世，满洲亲贵在帝位继承上出现矛盾。皇太极长子肃亲王豪格与皇太极之弟多尔衮争立。皇太极生前统领的正黄旗与镶黄旗拥立豪格，而多尔衮自领的正白旗与镶白旗则拥立多尔衮。双方争执不下，形势极其严峻。
镶黄旗护军统领鳌拜手握重兵，成为这场皇位之争中的核心人物之一。他与两黄旗的其他大臣索尼、谭泰等八人会集于豪格府邸，“共立盟誓，愿死生一处”，密谋拥立肃亲王为帝。鉴于当时紧张的局面，鳌拜等严加戒备，密令兵丁守卫门禁，以防不测。
八月十四日，代善于崇政殿召集会议讨论继承人选。鳌拜于当天清晨与两黄旗大臣盟誓于大清门，坚决拥立先帝(皇太极)之子，并命两旗精锐护军全副武装环卫崇政殿，做好了不惜兵戎相见的准备。当会议争论不休时，鳌拜与效忠于皇太极的一批将领纷纷离座，按剑而前，齐声说道：“我们这些臣子，吃的是先帝的饭，穿的是先帝的衣，先帝对我们的养育之恩有如天高海深。如果不立先帝之子，我们宁可从死先帝于地下！”实际上是以武力威胁多尔衮不得觊觎帝位。在这种形势下，多尔衮不得不做出让步，提出拥立皇太极第九子、6岁的福临继位，由自己和郑亲王济尔哈朗一同辅政。这一折中方案最终为双方所接受。福临即位，改明年为顺治元年。当时正值李自成起义军一路进逼北京、即将推翻明王朝之时，满族统治者内部在帝位继承问题上互相妥协，有利于避免祸起萧墙的悲剧，也有利于清军适时入关，建立起对全国的统治。鳌拜是镶黄旗的重要代表，当初拥戴豪格，继而拥戴福临，在稳定清朝内部的继承秩序方面起到了非常重大的作用。
多尔衮权势欲极强，也非常有才干。他摄政之后，党同伐异，擅权自重。他首先打击的就是他的争位对手豪格及其拥护者。鳌拜本是豪格的坚定拥护者，又不阿附多尔衮，遭到残酷打击自是情理之中。在多尔衮摄政期间，鳌拜受到的大迫害主要有三次。
第一次发生在顺治初年。顺治元年，鳌拜随英亲王阿济格征讨退守陕西的李自成大顺军，立有大功。顺治二年八月，阿济格因为没有及时奉旨班师，而且谎报战功，受到处罚。阿济格是顺治帝的叔父，为人粗暴，藐视小皇帝，私下呼为“孺子”。清廷谕令正黄旗固山额真谭泰会同护军统领鳌拜召集部众，将阿济格“称上为孺子”之语传示晓谕。谭泰顾及英亲王情面，没有照办。鳌拜也因听从了谭泰之言未奉行谕旨，结果不仅征讨李自成的军功不准议叙，还被罚银100两。后来谭泰又与索尼相仇，互相攻击，鳌拜因庇护索尼再次获罪，几被革职。
第二次发生在顺治五年(1648年)。当年二月，征讨张献忠大西军的豪格大军凯旋回京。参领希尔良因冒功邀赏一事遭到处罚，鳌拜也以勘察不实而被议处“应革职，罚银一百两”。三月，贝子屯齐告发郑亲王济尔哈朗当年拥立肃亲王豪格、后又包庇豪格的种种罪状。鳌拜诸人谋立肃亲王之事也被同时告发。多尔衮借此事兴起大狱，严讯诸人。最后，鳌拜以欲立豪格、与诸人盟誓等罪名论死，得旨“罚锾自赎”。四月，侍卫廓步梭又告发鳌拜在皇太极死时“擅发兵丁守门”，再次论死，改革职为民，得旨免革职。鳌拜虽以大功凯旋，在短短数月间却被论死两次，可见其所受打击之严酷、境遇之窘迫。
鳌拜所受的第三次打击是在顺治七年(1650年)。这年七月，多尔衮生病，暗示贝子锡翰，想请顺治帝亲临探视自己，锡翰遂秉承其意“请驾临幸”，多尔衮却又以“违令渎请”罪之，并追究鳌拜包庇之罪，论死，后改免死罚赎、降爵。是年十一月，多尔衮死，顺治亲政。总之，在多尔衮摄政期间，鳌拜有功而无赏、无罪而受罚，三次论死，备受打压。
顺治亲政后，鳌拜可以说是在政治上获得了新生。顺治闻知鳌拜、索尼等人曾经盟誓“一心为主，生死与共”，忠心耿耿，遂对鳌拜极为敬重，视为心腹重臣。从此以后，鳌拜随侍顺治身边，直接参与管理国家各类事务，如商讨本章批复程序、联络蒙古科尔沁部、协调太后与皇帝之间的关系、祭奠过世王公妃嫔、协助会审案狱，并倡议“大阅以讲武”，自教武进士骑射，等等。应该说，鳌拜在这一段时间内表现得非常出色。正是由于这个原因，顺治对他也十分关心和信任。顺治十三年(1656年)，鳌拜旧伤复发，卧床不起，顺治亲临鳌拜府邸去看望慰问。顺治十四年(1657年)冬，孝庄太后(即皇太极妻博尔济吉特氏)病重，顺治朝夕侍侯。鳌拜也没闲着，昼夜于宫中侍候，都顾不上自己休息吃饭，深获顺治帝的赞赏。
鳌拜作为“天子自将之师”镶黄旗的重要将领，忠心事主，始终不渝，在皇太极去世后坚决拥立其子为皇位继承人，甚至不惜兵戎相见，最终争得福临继位。他为此与睿亲王多尔衮结下怨仇，在后者摄政期间，多次遭受残酷打击，三次论死。当年曾一起盟誓的黄旗大臣这时早已分化瓦解，改变初衷转而投靠多尔衮者(如谭泰)大获好处。故主皇太极既已去世，其子福临也得以即位，鳌拜此时完全可以为谋求个人利益而党附多尔衮，这在古往今来的官场上是司空见惯之事。但鳌拜面对如此险恶处境，却仍然不屈不挠，始终没有迎合多尔衮。就此而言，鳌拜作为清初一员骁将，其性格是耿直倔强、敢于抗争的。他对故主皇太极忠心耿耿，一片赤诚，而对顺治也始终坚守臣节，称得上是一个难得的忠义之臣。在目前热播的影视剧中，鳌拜给人们留下的都是骄横跋扈、贪婪不法的奸恶形象，他的忠贞耿直这一面恐怕还是鲜为人知的。
与少年康熙的较量
顺治十八年(1661年)正月初八，年轻的福临去世了。鳌拜的政治命运进入了一个转折期。顺治对鳌拜的信任在其对后事的安排里体现出来了。顺治立下遗诏，指定由皇三子玄烨嗣位(即康熙)，以索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣。值得注意的是，顺治没有选择宗室亲王担当辅政大任，而是选择了异姓大臣。这也许跟他幼年时期多尔衮专权的经历有关，他不想再出现一位“多尔衮”来操控子孙的天下。不过，权力也许真是一个魔杖，能够改变一个人的一生。鳌拜功臣、忠臣的形象开始渐渐变形，他再也不像从前忠心扶持皇太极的儿子福临那样对待福临的儿子玄烨了。结果，康熙初年，虽然没有了多尔衮，但却出现了专权的鳌拜。
顺治死后，四位辅政大臣曾经在顺治灵前盟誓，表示同心同德辅佐小皇帝玄烨。虽然这一盟誓意义重大，但事实证明四大臣并不能抱成一团，忠心辅主。位居四辅臣之首的索尼是四朝元老，位望隆重，但已年老多病，畏事避祸，在很多事情上往往疏于过问。苏克萨哈属正白旗，原本依附多尔衮。多尔衮死后，朝局一变，苏克萨哈出来告发刚刚死去的多尔衮，因此受到顺治重用，在四辅臣中名列第二。正由于苏克萨哈是从多尔衮那边分化出来的，索尼等人都瞧不起他。鳌拜与苏克萨哈虽是姻亲，二人却常常因政见不合而发生争论，宛如仇敌。列名第三的遏必隆出自名门，但为人庸懦，遇事无主见，又属镶黄旗，常常附和鳌拜。鳌拜虽然屈居第四，但由于资格老，军功高，常常气势夺人。在这种情况下，鳌拜虽居四辅臣之末位，却得以擅权自重，日益骄横，开始走上专权的道路。
康熙初年，以四辅臣为执政核心的清廷不断调整统治政策，稳定秩序。这些调整包括：在经济上，实行轻徭薄赋、更名田(即被清廷免价给予佃户耕种的明代藩王庄田)，发展生产；在政治上，注意整顿吏治，有步骤地打击江南汉族地主阶级，放慢攻打南明势力的进程以存实力，等等。这样，清朝统治者对全国的统治逐渐巩固。不过，清朝统治者内部的矛盾却在加剧。康熙初年，清廷内部的矛盾主要有以下三个方面。
第一，黄、白旗之争。黄、白旗之间的矛盾由来已久，最早可追溯至清太宗皇太极之时。皇太极登上汗位之后，不久便将自己掌握的正白旗、镶白旗改为正黄旗和镶黄旗，使其地位日益上升。同时，皇太极又将努尔哈赤留给阿济格、多尔衮、多铎三个幼子的正黄旗、镶黄旗改为正白旗、镶白旗，使其地位渐渐下降。从此，黄、白两旗之间便产生了矛盾。皇太极死后，黄、白旗为争立皇帝，关系紧张，后来虽以妥协告终，但彼此成见甚深。多尔衮是正白旗之主，摄政时就很压制反对他的两黄旗。索尼、遏必隆、鳌拜均曾得罪，或降职，或罢官。顺治亲政，政局一变，黄旗抬头，白旗重又失势。苏克萨哈虽以白旗投靠黄旗，但索尼、遏必隆、鳌拜都瞧不起他。黄、白旗之间的矛盾一直延续到康熙初年。
第二，圈地之争。清初圈地时，多尔衮凭借摄政的便利，将冀东肥沃之地圈给正白旗，而于保定、河间、涿州等处另拨土地给镶黄旗。康熙五年(1666年)，鳌拜提出圈地应按八旗排列顺序，冀东的土地按顺序应归黄旗所有，要求和正白旗换地。如果土地不足，“别圈民地补之”。当时户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联都反对换地，以免引起大骚动。苏克萨哈属正白旗，也坚决反对。但索尼、遏必隆则支持鳌拜，形成四辅臣之间的利益冲突。
第三，鳌拜与康熙之争。鳌拜是一个赳赳武夫，历事三朝，但表现前后有异，原因或许在于他辅佐顺治、皇太极余威、余恩犹存，而且顺治也是他力争而立的，所以还能忠心耿耿，可康熙玄烨就不一样了，此时他是三朝老臣，且掌握辅政大权，对年幼的康熙就不那么看得入眼了。这种情形就好像当年阿济格私下称呼顺治为“孺子”一样。不同的是，阿济格还只是背地里表示，而鳌拜却渐渐公然表露。在朝堂之上，鳌拜常常当面顶撞小皇帝，也当着皇帝的面呵斥大臣。朝贺新年时，鳌拜身穿黄袍，仅其帽结与康熙不同。假如鳌拜遇上个末世也就罢了，其皇帝只能忍气吞声，徒叹奈何，可当时的清廷还处于上升态势，小皇帝康熙也不是等闲之辈，鳌拜如此行事，迟早会下场不妙。有一次，鳌拜装病，康熙去探望他，鳌拜卧床，席下放一把刀。康熙的侍卫搜出这把刀，局面很是尴尬而紧张。小皇帝却从容镇静，笑着说：“刀不离身是满洲故俗，不要大惊小怪！”鳌拜的跋扈、小皇帝的机智应变，都可以想见。
鳌拜处于这些矛盾的中心。很明显，鳌拜挑起换地事件，用意在于利用黄、白旗积怨，削弱反对自己的正白旗势力，打击政敌苏克萨哈。在打击对手这方面，大权在握的鳌拜可谓轻车熟路。此前他就曾整治过内大臣费扬古。费扬古之子倭赫是康熙身边的侍卫，在御前对鳌拜表现得不怎么礼貌，鳌拜对此深为衔恨。康熙三年(1664年)四月，鳌拜遂以倭赫等人擅骑御马、取御用弓矢射鹿之罪名将其处死。费扬古对鳌拜痛恨不已，鳌拜又以“怨望”的罪名，将他及其子尼侃、萨哈连一并处死，家产籍没，给予都统穆里玛(鳌拜之弟)。费扬古一门惨遭家破人亡之祸。不过，鳌拜这次意图打击苏克萨哈的举动却失算了，直接导致了自己的下台。
鳌拜没有想到有三个不怕死的官员敢于违拗自己换地的要求。他对户部尚书苏纳海、直隶总督朱昌祚、巡抚王登联三人极为恼怒，分别以苏纳海“藐视上命”、拨地迟误，朱昌祚、王登联“纷更妄奏”的罪名，俱论死罪。康熙虽然年幼，但心知苏纳海等三人并没有什么大罪，只不过是惹怒了鳌拜而被妄加罪名而已，于是召集辅政四大臣询问意见。鳌拜坚持要将三人处以极刑，索尼、遏必隆附和，苏克萨哈知道自己若反对极易惹火烧身，只好沉默不语。但小皇帝却有魄力，不允鳌拜所奏，只是批准刑部拟定的处罚，即将三人各鞭一百，没收家产。鳌拜公然无所顾忌，最终竟矫旨将三人处死。然后，鳌拜强行换地。看起来，他又一次阴谋得逞。实际上，这未必是好事，因为它在小皇帝心中留下的印象绝对不会对鳌拜有利。40年后，康熙还提起这次事件，很痛心自己当时阻止不了鳌拜等人的决定。他说苏纳海三人不仅不当杀，而且不当罪，这纯粹是一场大冤狱。