玉华洞位于将乐县城南7千米处的天阶山麓，属喀斯特岩溶地貌，形成于2.7亿年前，为国家重点风景名胜区。玉华洞景观奇特，是福建省最长最大最壮观的石灰岩溶洞，被誉为“闽山第一洞”、“华东第一洞”，列“中国四大名洞之一”。当地民间传说该洞是神农时代的大仙赤松子采药炼丹和耕作的地方。因洞内钟乳石洁白似玉，华光四射而得名。至宋代，玉华洞已盛名于世。
玉华洞全洞总长10千米，主洞长500米，内有两条通道，分藏禾洞、雷公洞、果子洞、黄泥洞、溪源洞、白云洞6个洞厅和石泉、井泉、灵泉3股泉水。由洞口“一扇风”至洞后“五更天”，计166景，皆为石灰岩溶蚀而形成的各种奇特景物，其中尤以仙人田、炼丹炉、荔枝柱、苍龙出海、童子拜观音等最为形象逼真。洞内彩灯通明，且曲径萦纡，险幽莫测，恰似迷宫。在另辟宝华支洞内还兴建有宝华东园，融天然景观与现代科技为一体。离洞2里许，还有一直径为1米的圆井，地下水由此涌出，水珠呈梅花状，故名梅花井。明代旅行家徐霞客称赞此洞“眩巧争奇，遍布幽奥”，并把它与江苏宜兴“张公洞”媲美。
将乐玉华洞风景名胜区由玉华洞（含金华洞）、银华洞、龟山、曹溪和湖管等景区组成，面积43平方千米，其中以玉华洞景区最负盛名，1991年2月26日列入福建省第二批风景名胜区，2002年5月17日由国务院批准为第四批国家重点风景名胜区。
银华洞在将乐县东南部，漠源乡境内地村石灰山中，距玉华洞13千米，是天然石灰岩溶洞。据《将乐县志》记载，原洞内有120个洞，洞中套洞，景象奇异瑰丽。数百年前，游客众多，衙门、官府人员来游不断，当地村民派粮接待，负担过重，民众愤而自发封填洞口，湮灭其迹。1980年地名普查时，重考其洞，其后重新开发。全洞面积约3000平方米，洞群类型以地下宫殿式为主，通道纵横交错，洞内钟乳、石笋、石柱晶莹透亮，千姿百态，主要有龙马厅、流沙峡、锦鲤湖、南海仙境、新月宫等景点。
甘露岩位于泰宁县金湖畔漈长滩西侧，为一天然洞穴，隐藏在群山峭壁间。洞穴内窄外敞，岩高约80米，宽深各30米，洞左飞瀑垂岩，洞内钟乳滴泉，甘冽沁心。宋绍兴十六年（1146）岩中建寺，名“甘露寺”。其独特之处是“一柱插地，不假片瓦”，即用一根粗大的木柱撑托起重楼叠层，屋顶不用片瓦。寺内有蜃阁、观音阁、南安阁、正殿，都是重檐歇山式木构建筑，雕梁画栋，小巧玲珑，结构巧妙，为中国建筑史上一杰出之作。据《福建通志》记载：1180年，日本重建奈良大佛殿时，曾派高僧重源法师来泰宁甘露寺考察，可见甘露寺于当时已是闻名海外。甘露寺原属省级文物保护单位，1961年毁于大火。1964年9月，邻里乡民献工献料，邑人募捐按原式重建。
状元岩位于泰宁县城北郊长兴村的“文昌顶”，为一月牙形天然岩洞，因南宋庆元二年（1196）状元邹应龙（1173～1245）少时在此读书而得名。状元岩位于状元顶下数十米的绝壁上，如一弯新月深藏灌木丛中，面北，长60余米，最深8米，地面平坦，顶如覆钟。岩壁有清乾隆年间的摩崖石刻“状元岩”三字。“十里青山藏画卷，清香一缕读书魂。”这一对联道出了状元岩的仙姿神韵。岩洞前断崖横空，万山环拱，岩下流泉飞瀑，僻静幽深。沿陡径盘登而上，石级千余，名“斗米阶”，相传为邹应龙亲手所凿。后人用“斗米阶”形容其石磴之多，以此激励后代学者苦读。岩洞高约10米，宽60米，深7米，镌有“状元岩”三字。周边还有双乳峰、晒经崖、五指山、五虎上山和四龙出海等景观，其中传说多与邹应龙有关。山川与人物互相辉映，自然与文化彼此渗透，被誉为“地灵人杰的丹霞圣地”。历代皆有不少文人墨客不避艰险前来缅怀前贤。清初谢高全登临赋诗曰：探幽寻胜到灵岩，路入层霄已隔凡。
丹霞岩地处泰宁金湖西南溪江坊与放坑之间，与丰岩、络珠岩并列成一线，名三仙出洞。岩宽54米，深22米，高约15米，北宋政和七年（1117）邑人江牧所建。南宋李纲曾在此岩读书，岩上镌刻“李忠定公读书处”。
肖岩位于泰宁县金湖上码头水际村对面，和侧旁的水漈瀑布共同组成了野趣源景区。肖岩是明末清初泰宁籍名士邱嘉彩的隐居地。邱嘉彩擅长诗文及丹青书画，其父邱秉忠是明末泰宁籍高官江日彩（太仆寺少卿）、江愈敏（尚宝卿）、李春烨（兵部尚书、少保）等人的老师，家学颇有渊源。邱嘉彩于崇祯九年（1636）中举人，后以父丧不再赴试而专门治学。明亡后，邱嘉彩奉母挈妻儿隐居肖岩，足迹不入城市者达二十余年。该岩隐于密林之中，高悬于地，下临绝壁，须缘崖架梯而上。岩穴仅一两丈宽，洞壁有数十石孔。邱嘉彩选中此岩，寓“明室江山已百孔千疮，使遗民无有立锥之地”之意。“肖岩”的得名是后人赞他“国之肖臣，母之肖子”的意思。一条溪水自峨嵋峰九栋岭发源后，于崇山峻岭间一路逶迤而来，至肖岩侧畔，于两峰夹峙中，跌落成金湖景区最为壮观的水漈瀑布。瀑布分两层。上层瀑布落差更小，沿石壁斜斜滑落，称斜漈瀑布。而后溪水在崖间辗转百余米，又从一断崖处垂直跌落，为水漈瀑布。瀑布高约15米，宽约10米，跌落处为金湖湖面。瀑布跌落时如狮吼虎啸，声如洪雷，令人惊心动魄。站于金湖下坊码头水际村远眺水漈瀑布，则如白练悬空，所以水漈瀑布又称“白水漈瀑布”。
宝盖岩位于泰宁县，建于宋绍兴八年（1138），后唐同光中，云游蜀僧定慧曾结茅而居，为千年古刹。寺庙南向，断崖峭壁间，石穴如屋，高广幽邃，殿阁楼榭依穴而建，若龙口含珠。寺间飞泉一道，清源潺潺，四季水声锵然。释家修身处，诵经之声或有间歇，而禅音不绝。进寺之路于崖间辗转而上，道边悬崖处有一石穴，为邹勇夫墓。邹勇夫，五代时人，曾屯兵泰宁。史载“五代干戈相寻，独归化（泰宁古名）人物蕃，田野辟，相安无事，勇夫之力也”，后人念其功绩，尊之为开泰公。
石燕岩位于建宁县金铙山西麓的石燕峰半山腰，为一天然岩洞。明嘉靖十八年（1539），来自燕蓟的大机禅师在此开石径，接石岩，悬柱架屋而居。沿石径盘旋上山，两壁似削，左傍峭壁，右临绝壑，春夏飞瀑流泉，令游人惴惴。登岩小径共36阶，空间仅容一人，拾级而上则岩洞敞然。洞内凿壁悬柱，建庙塑佛，有石凳、石床、石屏、石鼓。岩后绝顶为鹅公石等天然佳景，还有清雍正十三年（1735）徐天昭摩崖石刻，素有“建宁小洞天”之美誉。
第三、自然保护区
格氏栲自然保护区在三明市西南30千米莘口镇楼源小湖村，面积940公顷，木材总储量21万立方米，其中格氏栲占80%以上，是目前世界上面积最大的天然栲树林。100多年前，英国有个姓氏第一个字母为G的林业专家在三明发现这片栲树林，回国后专门撰文介绍，人们因此命名之为格氏栲。
格氏栲系珍稀林木，又名青钩栲，俗称“红柯”，常绿乔木，树冠浓密，开黄花，材质坚实，纹理细密，耐腐蚀，为造船和高档家具的上等材料。树皮可制栲胶，其果实含淀粉，甘甜可食，有“小板栗”之称。这片天然栲树林已有200多年历史，平均树高26米。保护区内伴生有樟、楠、檫、建柏、黄杞、黄楮、山肉桂等24科34属50多种树木，还有水鹿、飞鼠、黑熊、穿山甲、白鹇、足鸡等飞禽走兽。
1960年，这里被国家林业部划为自然保护区。1980年，三明格氏栲被列为省级自然保护区，2000年被国家林业局评为国家森林公园，2002年被国家旅游局授予AAAA级旅游区，同时被福建省列入福建省科普教育基地，并被评为省级文明森林公园。
天宝岩自然保护区位于永安市西洋、上坪、青水3个乡（镇）交界处的石罗山，距市区25千米。该区为戴云山余脉，属于中、低山地貌，海拔1000米以上的山峰有10座，主峰天宝岩海拔1604.8米，最低处海拔580米。区内露出地层的有泥盆纪和侏罗纪的沉积岩，以及深层侵入的花岗岩。保护区面积1.1万公顷，森林覆盖率达96.8%，闽江干流——沙溪的支流苏坑溪、桂溪、薯沙溪3条溪流的源头均在保护区内，是闽江上游的重要水源涵养林区，同时也是森林生态型保护区。据统计，保护区内有各种动植物640余科3200余种，其中有国家一级保护动植物南方红豆杉、钟萼木、金钱豹和黄腹角雉等12种。保护区内植被垂直带谱较明显，随着海拔的递增，依次分布有常绿针叶林、常绿针阔叶混交林、中山苔藓矮曲林。其中，属国家重点保护的树种有南方红豆杉、钟萼木、香果树等15种，属省内数量稀少的树种有百日青、穗花杉等20种，最具特色的当属大面积天然分布的长苞铁杉林、猴头杜鹃树和我国东南地区首次发现的泥炭藓沼泽。这些原始森林的地貌特征、植被特征均为国内罕见，它对研究生态系统和全球气候的变化具有很高的科研价值。
天宝岩植被的保护可追溯到200多年前。早在清乾隆四十七年（1782），当地群众就自发在本畲立下了一块禁伐碑，保护森林。清嘉庆十一年（1806），经当时的县衙批准，当地群众又分别在本畲、沟墩坪、香木岭、林后四处立下了四块禁伐碑，这些历史文物在我国自然保护史上极为罕见。1988年，天宝岩被福建省政府批准列为省级自然保护区。2002年，天宝岩晋升为国家级自然保护区。
萝卜岩自然保护区位于沙县富口镇与明溪县夏阳乡交界处，总面积327.3公顷，是国内惟一以楠木为主要保护对象的自然保护区。保护区以樟科和壳斗科为主的中亚热带常绿阔叶树种为主，共有树种184种，其中乔木98种、灌木51种、藤本植物35种。区中楠木分布面积66.7公顷，其面积和密度都较大，保护也完好，被誉为“福建的西双版纳”。1983年，沙县萝卜岩被列为省级自然保护区。
牙梳山自然保护区位于宁化县北部安远乡境域，总面积为4733.3公顷。牙梳山主峰海拔1387.3米。区内有珍稀濒危野生动、植物69种，其中，属国家一级保护的野生动物有金钱豹、云豹、梅花鹿、白颈长尾雉等，属国家一级保护的树种有香果树、钟萼木、南方红豆杉等，属药用的植物有短萼黄连、绞股兰、八角莲、金钱兰等，属观赏的植物有钟花樱、野含笑、春兰、寒兰等，属香料及其他的植物有中华猕猴桃、山苍子、灵芝、茶薪菇、红菇、木耳等。1999年3月，宁化牙梳山被列为省级自然保护区。
峨嵋峰自然保护区位于泰宁县北新桥乡境域，距县城24千米，属于武夷山脉中段西南麓，面积2717.3公顷，因山势类似四川峨嵋山而得名。峨嵋峰主峰海拔1714米，是福建省第七高峰。保护区内山峰秀奇，古树参天，是旅游和科学考察的胜地。2001年6月，泰宁峨嵋峰自然保护区被列为省级自然保护区。
闽江源自然保护区位于建宁县境域东南部，东北部与泰宁交界，总面积13022公顷。闽江源中心位置为北纬26°44′、东经116°54′，海拔950米。千里闽江正源发源于保护区内严峰山西南麓。区内金铙山海拔1858米，是三明境域的第一个高峰。该区是武夷山脉中亚热带森林生态系统保护区的重要组成部分，也是珍稀野生动植物的良好栖息地。区内群峰起伏，沟壑纵横，野生动植物资源极为丰富，植物呈现出十分明显的山地自然垂直带谱和典型的生物多样性，是珍贵的物种基因库。经福建生物工程学院专家考察，闽江源地域有维管束植物163科1054种，属国家一、二级保护的有36种；动物32目76科238种，属国家一、二级保护的有28种，昆虫多达1090种。经福建省卫生厅专家考察，闽江源地域药用动植物达266科1238种。2000年3月，建宁县人民政府将闽江源地域向省人民政府申报为省级自然保护区，2001年9月批准。保护区地域13022公顷，东至泰宁县界，西到伊家乡澜溪村汪家铺，南至均口镇台田村山洋浆，北至濉溪镇高峰村平坑。
均峰山自然保护区位于明溪县东部夏阳乡紫云台，保护区总面积1710公顷，其中核心区688公顷，主峰海拔1061.7米。区内主要保护植物有南方红豆杉、钟萼木等。均峰山两峰之间平坦处有一座均峰寺。该寺建于唐末，祭祀张、饶、萧三仙。寺中有南宋文天祥的墨迹——“显盖紫云”匾额。2003年初，明溪均峰山被列为省级自然保护区。
君子峰自然保护区位于明溪县夏坊乡龙坑村与泰宁县原龙安乡交界处，面积13848公顷。区内山峰雄伟磅礴，山壑陡峭嶙峋，竹木苍劲繁荫，水流清澈湍泻。君子峰海拔1360米，高度超过百里内所有高峰，在山顶观日落日出，景色之美，不逊于泰山。2003年初，明溪君子峰被列为省级自然保护区。