9月19日，上海总工会发表宣言，抨击奉系军阀冒天下之大不韪摧残民众的暴行。指出“我20余万工人，备尝巨艰，而又忍痛坚持，誓死奋斗，所为者何？乃为国家争光荣，为人类张公理，冀以稍挫世界上残暴无厌之帝国主义”，而今会所竟遭封闭，职员俱遭查拿，“爱国者终遭摧残，卖国者反受保护。黄钟毁弃，瓦釜雷鸣。帝国主义之所以得逞，中国之所以将亡，其以此故欤？”
上海总工会被封时，当即下达4项命令：（1）不罢工；（2）不乱动，守秩序（；3）工会照常办事，不要恐慌（；4）英国厂工友坚决要坚持不上工。
当局准备出兵镇压，9月21日，军队抵达安源。当工人上下班，纠察队回俱乐部的时候，两营军队伙同矿警包围俱乐部、合作社和学校，俱乐部被捣毁，俱乐部副主任黄静源等4人被捕。接着，在二校拘捕吴景中等4人，在一校拘捕10人，在三校和合作社亦拘捕多人。合作社10余万元财产被抢掠一空。捣毁俱乐部时，俱乐部内工友只准出不准进，统统拘禁于西、南、北三区的房子里。南区工友几次冲出，均被士兵用枪托打回。冲突中，工人被打死3人，重伤1人。22日，军队又拘捕俱乐部职员数人。23日，紫家冲和株洲两处工会机关被封闭。俱乐部被解散后，矿局开除工人1200余人，除锅炉、电气两部外，全部停工，致失业工人达1万以上。凡被开除者，均以武力押送出境。10月16日，黄静源在俱乐部门前就义。
9月23日，由纱厂、铁厂、印刷等各大工会发起，暂行组织了上海工人代表会议。中共上海区委指示工代会“色彩不宜浓厚，务以能够公开的存在为标准”。24日，上海纱厂总工会等17个工会发表告全国同胞书，抗议奉军封闭总工会，指出“我上海全体工人之于上海总工会，则有形影不离之关系”，“虽已九死一生，亦必不至坐以待毙也”。杨树浦纱厂等工厂35412人共同呼吁各界一致援助启封总工会。上海和外地工会及各界团体函电交驰，声援慰问。正如中共中央在告上海工友书中所指出的，上海工人“已经组织成了伟大的力量”，军阀只能封闭工会于一时，决不可能封闭工会至永久，更不可能封闭工人“万众一心的团结精神”。李立三发表谈话，表示既甘愿为工人奋斗，替工会谋利益，则生死早已置之度外。刘少奇抱病坚持工作，他亲自到工人家中接洽各种事项，并鼓励工人，“在最紧急的时候看他努不努力以为断”。李立三因遭通缉离开上海，刘少奇则留在上海秘密领导工作，直至11月始回湖南养病。
上海工人代表会10月10日发表宣言，指出“五卅惨案谁负其责，早已昭然若揭”，帝国主义者再行司法调查，不过是“以冀抹煞是非”。
10月18日，工代会联合上海市民协会、店员联合会、全国学联、上海学联等8团体，在闸北召开上海市民大会，并拟于游行时自动启封总工会。到会4000余人，自始至终“精神奋发，极形愤慨，虽中间屡遭军警武装冲锋袭击，迄未为所动”。10月15日，孙传芳的军队进入上海。22日，工人代表会等5团体，先后吁请启封总工会。24日，工代会以上海总工会筹备处的名义，在老西门红栏杆桥西东海坊2号办公。10月30日，上海总工会筹备处被封，印总、纱总、上总第五办事处职员15人被捕。
11月29日，上海总工会副委员长刘华在静安寺路被租界当局捕获，并迅速被引渡给淞沪戒严司令部。12月15日，孙传芳抵沪。他指示戒严司令严春阳，将刘华“秘密枪决，灭尸不宣”。工会多方设法营救未成。
17日晚，刘华被杀害。上海总工会散发抗议传单，全总上海办事处通电全国，丁晓先、沈雁冰、周予同、胡愈之、郭沫若等44名知名人士发表人权保障宣言。《向导》发表了《悼刘华同志》的文章，赞扬他是“上海无产阶级的首领”。一位失业工人写成《悼刘华》的大鼓词，表示“继他早生未竟志，个个来做革命党”。
在此这期间，工人运动的另一重大事变，就是安源工人俱乐部被镇压。汉冶萍公司因经营不善，债台高筑，欠安源工人薪饷四五个月。公司总经理盛恩颐采纳日本顾问的建议，从上海到武汉、长沙等地活动，贿通湖南省长赵恒惕和江西督办方本仁，以取消工人俱乐部为根本之计。他在长沙即刊登启事，称“凡和萍矿订的各种条件而未经股东会承认的，概不生效”。9月14日，盛恩颐到达安源，一面发放一个月薪水稳住工人，一面请赣西镇守使李鸿程派兵镇压。
10月，租予日商戴生昌轮船公司的长沙大金码头租期届满，湖南全省工团联合会与长沙各公法团联合组成收回大金码头委员会。15日，大金码头工人罢工，并组成大金码头接收委员会。日本商人早已于5月7日与码头业主江西帮箩业头人私下订立续租契约。10月17日，长沙各工会、各学校1万余人冒雨游行，将擅自续租码头的朱多畴、罗清文管理的房屋产业收交委员会管理。12月17日，工人再次游行，启封铅印工会，并烧毁了日商戴生昌的趸船。
12月6日下午，由工人代表会和上海学联、全国学联、妇联、市民协会共同发起的上海市民反段大会在闸北青云路举行。事先，总工会发出游行命令。当日，各工厂罢工，工人整队参加大会，口号是“推倒段祺瑞！”“组织人民政府！”“启封总工会！”“履行复工条件！”到会工人、学生、市民2万余人，“工人群众占全数十分之九”。
会前，武装士兵已经占据会场，保卫团和警察密布附近，严禁开会的布告到处都是。赴会群众于“时间将届时，极勇敢地向前冲去，军警至此亦无法阻止”。会场中用木桌堆成高台，四周围以红布，上书“被压迫民族大示威”，奉系退走后获释的刘贯之，代表总工会发表了演说。游行时，“上海市民反段大会”的白旗开道，队伍十分壮观。军警阻止游行，群众汹涌狂呼而过。游行队伍经过中华新路顺成里上海总工会会所时，群众一拥而上，在“上海总工会万岁”的欢呼声中将总工会牌匾挂出。
在北京，10月以来，工人连续几次参加大型群众集会，反对段祺瑞政府召开关税会议。11月28日，爆发了被称为“首都革命”的反段交锋。当日，到会2万余人，以工人保卫队、学生敢死队为前导，围攻段祺瑞住宅。次日，又在天安门前举行国民大会。国民党右派雇用流氓冒充工人，扯烂北京总工会旗帜。由于国民军无意去段，“首都革命”最终无果而终。然而，“经这几次运动，工人非常信仰工会与党”。11月28日、29日的反段斗争，也“最足以表现其组织能力与争斗能力”。
1926年3月11日晚，天津大沽口炮台国民军自卫还击日舰。16日，日、英、美、法、意、荷、比、西等8国公使以维护《辛丑条约》为由，向中国政府发出最后通牒，并限3日内接受全部条件。中共北方区委决定发动群众示威，督促政府驳回帝国主义的通牒。18日上午，国民党北京特别市党部、北京总工会、北京学生总会等140余团体，北京大学、北京师范大学等80多个学校的学生，共3万余人，在天安门前集会。游行队伍在铁狮子胡同执政府国务院门前请愿时，遭到政府卫队的镇压。截至3月22日，共死47人，失踪40余人，受伤32人，轻伤不可胜计。死者有京绥铁路等处工人5人，受伤者有北京总工会等处工人15人。国民军退出京、津前夕，虽然段祺瑞政府被赶下了台，但是，奉军进占北京，工人运动仍处于困难时期。