上海总工会转入秘密活动以后，1925年9月25日，中共上海区委指定江寿华、谢文锦、项英、林育英组成党团。以工代会名义活动的同时，上总调整了内设机构，下设接洽处、发行处、交通处、日刊编辑处、文件保管处、油印处等。机构适当分散，便于开展秘密活动，避免敌人破坏。除原5大区办事处外加闸北、南市两办事处，均分设接洽处和办公处，较大的工会也将办事处分作公开和秘密两处。12月9日，上海总工会召开11人代表大会，选举上海总工会新的执行委员16人，推李立三为委员长，刘华为副委员长。当时，李立三受通缉去郑州，刘华在狱中，委员长一职由汪寿华代理。这以后半年中，总工会实行半公开工作。会址只留一般职员常驻，重要事项则由秘密办事处决定。鉴于各办事处的工作事实上未脱纱厂范围，上海区委决定于12月1日裁撤各办事处，按产业整顿纱总、印总，重建铁总和码总，加强海员工会的工作，积极筹备电气总工会。各产业工会派出特派员驻各工人区。上海总工会被封后，2700多人被开除，其中很多是工会办事人或积极分子，给工会坚持活动带来极大困难。上海总工会在整顿工会中，注意吸收比较活跃的分子为工会委员或干事，挑选有能力的培养成工人群众的下级领袖。
上海区委预见了低潮时期必将出现工贼乘时复起，资产阶级插手工会的局面，指出“将来谁能得着优势，全看在这组织的酝酿期中，谁的手段巧妙些、敏捷些而定”。为应对这一事态，上海总工会利用各种刊物加以反对，并组织浦东和杨树浦工人实际反对。海员工会登广告揭露虞洽卿在爱国募金中的舞弊行为，削弱虞在海员中的影响。为对付工贼，总工会还整顿了工人自卫团。
在宣传工作方面，上海总工会组织了宣传委员会。日刊改出3日刊，每期发行3000份，画报由每期1万份增加到2万份。临时宣传品，每种少则印3000份，多达10万份。5大工区办事处也一度刊行日刊。印刷总工会、商务印书馆工会还分别有自己的宣传刊物。印刷总工会和海员、邮务均设有俱乐部。
1926年5月28日，中共上海区委发出紧急通告，对五卅烈士公墓奠基礼、市民大会和演讲活动作出周密部署，指定奠基礼活动由陶静轩为工会方面的总指挥，市民大会以陈之一为工会方面的总指挥，各工人区均指定了分指挥。5月29日下午，五卅烈士公墓奠基礼在虹口方家木桥举行。会场内，血衣亭陈列烈士血衣，祭台上摆满烈士遗像，挽联、花圈围护，一片肃穆气氛。陶静轩代表上总宣读了祭文并发表了沉痛演讲。会后举行了游行。
5月30日是五卅惨案发生一周年，以上海总工会、学联、妇联和国民党上海特别市党部名义联合发起的市民五卅周年纪念大会在西门公共体育场举行，1000多个团体6万多人出席，工人和学生是主要参加者。大会结束后，进行了大规模的示威游行。下午，宣讲队在南京路两旁分散埋伏3000多人，发布信号的绿衣邮差一过，一拥而至马路中心，实行飞行集会。小沙渡1000多工人突破警戒线进入公共租界示威游行。整个纪念活动热烈激昂，打破了工人中的沉闷空气，鼓舞了他们的斗志。
在湖北，工学联合会的成立使工人在反帝斗争中有了公开的领导机构，反帝斗争又进一步提高了工人的政治觉悟，工会会员也得到较大幅度的增加。1925年12月，湖北全省工团联合会召开代表大会，成立了武汉工人代表会。由于吴佩孚在武汉东山再起，在军警加强镇压的同时，工贼活动猖獗起来。1926年1月20日，武汉工人代表会召开代表会议，由于工贼告密，3名工人被捕，染织工会、人力车夫工会等受到破坏。
在国民军占领区，建立地方总工会、恢复城市总工会的成绩比较突出。
全国铁路工人第二次代表大会以后，河南境内铁路工运迅速发展，并带动纺织、煤矿、兵工、造币等产业工会的发展，至1925年七八月间，已成立十几个大的工会组织。在中共豫陕区委指导下，王若飞、王荷波、李震瀛、张昆弟、马文彦等召开两次筹备会议，研究了成立河南全省总工会问题。9月18日至20日，河南全省总工会成立大会和京汉铁路工会代表大会，在郑州福寿街青年会内同时举行。到会100多名代表，来自30多个工会和团体。大会由刘文松主持，京汉铁路总工会秘书长李震瀛致祝词，中华全国总工会代表彭芸泡、全国铁路总工会代表王荷波、冯玉祥的代表马伯援、国民军第二军军长兼河南督办岳维峻的代表郑恩成等来宾先后发表了演说。马伯援在演说中说：“组织工会是劳动运动之一种，目的为尊重人格，请求解放”，“我们要打倒资本家，尤其要当心帝国主义资本家侵略手段”。大会通过了《目前政局与工人阶级的责任》、《河南全省总工会章程》等14项决议案，选举产生了全省总工会第一届执行委员会。省工会领导成员的分工，由张昆弟负责全面工作，李震瀛为书记，马文彦为秘书，刘文松、余立亚、刘少猷等委员分驻各大工会。省总工会办公地址设在开封。河南全省总工会的成立，标志着全省工人运动的统一，促进了工人阶级的团结和工人运动的发展。全省7万多名产业工人，参加工会的有3.5万人。
12月下旬，直系军阀李景林被国民军赶出天津，安幸生、辛璞田等获释出狱。1926年1月1日，中共天津地委组织全市各界39个团体召开国民大会，欢迎国民军进驻天津，慰问出狱各界代表。大会通过了11项决议，要求人民享有集会、结社、言论、出版的自由；提出实行工农商学兵大联合，帮助并督促国民军打倒媚外军阀；实行关税自主；召开真正的国民会议，组织南北统一的国民政府，废除一切不平等条约。