6月19日，上海总工会在设立办事处的通告中，要求各办事处负责人应特别注意已罢工的工厂立即组织工会，没有罢工的工厂，也应设法促其组织，并要求注重基层组织的建设，规定按系统各工会每10人为一组，设组长1人；每3组以上，设支部干事会；干事会之上，设工厂委员会。7月中旬，上海总工会宣传科设立演讲团，初定8种演讲题目。工会建设占其中3项：工会之意义；为何组织工会；工会中委员会、支部干事、十人组长之职务与责任。
为了使罢工工人无后顾之忧，二月罢工时，沪西工友俱乐部发放罢工证，罢工工人凭证可领取补助金。五卅罢工中，救济金通过各工会造册发放，“每日每人至少贴补小洋二角，以维持其生计”。这样，各业工会就迅速进入大发展时期。6月7日，上总辖工会44个。6月10日，增加到67个。到9月18日，更达到117个，拥有会员218750名。
在工人区设立办事处，领导各基层工会的同时，上海总工会又致力于建立产业总工会。先后成立的有纱厂总工会、铁厂总工会、印刷总工会。不过，这时候工会指挥权集中于上海总工会及其办事处，产业总工会和下级工会本身未能发挥大的作用。
总罢工之初，各业工会组织罢工工人上街集会游行，散发传单。罢工进入相持阶段，上总通告各办事处、各直属工会，组织演讲团，分至各工会、城乡各地演讲，宣传废除不平等条约和抵制仇货。总工会还组织工人到工商学联合会主办的夏令讲学会听讲，偕同剧社到各工人区实行化装演讲。
数十万人的罢工如果没有纪律约束是不可想象的。7月中旬，总工会发表通告，指出罢工以后第一件要紧的事，“就是要严守纪律，举动处处都要文明，使人无可借口”。“假设有少数的工友，不守秩序，有法外行动，弄到官厅来干涉，就要连累大家，连累工会，甚至罢工因此失败”。总工会特别提请各工友注意，“我们的工会，不是行政机关，也不是司法机关，并没有拿人、截货、打人的权柄”，“无论是工贼，是汉奸，是买卖英、日货的奸商，我们都要文明对付，切不可拿他打他，扣留他们的货物”。严守纪律，约束自己，是总工会坚持罢工，争取同情，避免节外生枝的有效办法。大罢工能够坚持到主动收缩，在工会内部加强了纪律是一个重要条件。
6月，北京政府农商部拟定了《工会条例》（草案），报纸所披露出来的共25条。制定并颁布《工会条例》，是各界的共同要求，但各自的立场则大相径庭。工人要求北京政府制定并颁布《工会条例》，目的是争取工会的合法地位，争取组织工会、集会、罢工、言论、出版等自由，通过法律保障自己的权利。但上海总商会7月2日给北京政府的通电，却代表了资产阶级的立场，认为有了工会法令章程，外国厂主“未必不能遵从”，而且“工人结社有所遵守，而产业发展易于进行”，认为工会法令章程既可作为解决劳资纠纷的法律依据，又可用以约束工人。北京政府从来也不会考虑保障工人的民主权利，这时候抛出《工会条例》（草案），其根本目的在于控制工会组织，限制工会活动，为封闭取缔各地工人已经建立的各种工会组织，镇压工人斗争，制造法律依据。
7月3日，正在筹建中的全国总工会上海办事处和上海总工会，联合致电北京政府，提出对此次制定工会条例的要求与希望：第一，对组织工会的自由，不应加以厂主同意和教育程度等项限制；第二，对罢工、集会、出版、言论的自由和工会代表工人的权利，也不应加以限制，否则，“此次工会条例乃不为给予工人自由而设，反为束缚工人自由而设，则全国工人失望殊甚”。
从报端获悉北京政府工会条例草案具有控制和限制性的内容后，7月6日，全国总工会上海办事处分别致电全国各工会和北京政府，表示反对。7月8日，全总上海办事处、上海总工会联合致电北京政府段祺瑞等人，7月9日，又联衔致电全国各工会，指出工会法令“原为保护劳工利益而设，决不当变为束缚工人之具”。两个通电揭露了《工会条例》（草案）违背民主原则的主要事实：其一，它不准各业工人联合组织，限制发起人工作时间、年龄、教育程度，规定必须出具厂主证明，成立手续须当地最高行政官咨请农商部核准，官立、公立工厂工会须得各主管部署核准，违背者除禁止外并处发起人刑罚，“此种层层无理之束缚与限制，真是不准真正工人设立工会”；其二，它限定工会经费存储于代理国库的银行，限制法人自由处置财产权；其三，以官厅监督工会选举，章程的修改还得农商部及主管部署核准，“此其用意无非欲造成官厅御用式之工会”；其四，规定官厅得以违反法令致扰公共安全及妨害公益为由，停止工会会务并予以解散，“此大可为官厅随意解散工会之借口”；其五，对工会职员、任期、收费标准、会员年龄作刻板规定，造成组织和行动上诸多障碍。通电指出这些条文“与真正保障工人利益之工会，有生死存亡绝对不能并立之关系”。号召全国各工会“一致奋起抗争，务必达到修改该条例，使适合于吾人需要之目的而后止”。
为此，上海总工会拟定《工会条例草案》，由工商学联合委员会议通过，并派代表送往北京政府，要求北京政府依据此项草案颁布。同时，7月17日在《民国日报》上刊登以广泛宣传。该条例草案规定工会为法人，与雇主团体立于对等地位；工会在其范围以内，有言论、出版、办理教育事业的自由，必要时依据会员多数决议宣告罢工，凡现行刑律、违警律中所限制之集会等条文，不适用于本法；组织工会，由从事同一业务者10人以上发起的地方联合成立地方总工会，各地同一业务工会联合成立该业工会，以至于全国总工会和全国某业工会联合会，中国工会与外国同性质之团体联合或结合，工会以产业组织为主，亦可根据依实际情形采取职业组织；工会职员由会员选举产生，会员无等级差别；行政官厅对辖区内工会与雇主间的纠纷和冲突，得调查原因实行仲裁，但不得强制执行。该条例草案还规定了工会的职责等事项。
这个草案体现了上海总工会是上海工人利益的真正代表。7月20日，中共中央为工会条例事发表告全国工人书，号召全国工人“决不承认北京政府那样的工会条例”，“推翻违背工人利益的工会条例！”
8月10日，上海总工会发表宣言，提出9项复工条件：
（1）无条件交回上海会审公廨；
（2）租界内出版、言论、集会、结社之自由；
（3）租界华人须与外人有同等参政权利；
（4）承认工人有自由组织工会之权，并承认工会有代表工人之权；
（5）工人全体上工，不得因此次罢工开除工人；
（6）发给罢工期内工资50%；
（7）增加工资15%，工资一律发给大洋；
（8）优待工人，尤须改善女工、童工工作条件；
（9）赔偿死伤学生、工人。
8月中旬，在英、日资本家先后答应“承认中国政府颁布工会条例所组织之工会”、对罢工工人在生活上予以适当之帮助、酌加工资、不得无故开除工人等条件后，各业罢工工人从8月底到9月上旬陆续复工。
8月13日和15日，全总上海办事处、上海总工会先后致电北京政府，要求依照上海总工会拟订的草案，立即颁布工会条例。29日晚，李立三亲赴北京，办理筹款以及有关工会条例事宜。李立三抵达北京以后，始终被暗探盯梢跟踪，行动受到限制，以至于多方设法才得以离京。在北京期间，仅得到临时执政府即日修正工会条例后提请阁议颁布的空洞许诺。农商部所拟原案后经临时法制院修正，交通部审查，其中仍保留“在某种情形下，罢工或闭厂为法制所不许，而为增进劳资好感起见，格外注意和平手段”等控制和限制性条款。报纸披露此类修正后，9月9日、9月14日，全总上海办事处、上海总工会再次先后反对，表示如不加修改而发布，则“誓不承认”。
虽然工会条例终未正式颁布，但经过五卅运动，官厅和资本家不得不承认工会事实上的存在。9月12日，刘少奇在日本工厂工人代表会议上提醒各位代表，“工会条例不要紧，实际工会是要紧的”。全总上海办事处和上海总工会放弃了要求北京政府颁布工会条例，转而在复工和总工会被封后，继续从事半公开活动，在实际工作中切实加强工会建设，领导工人坚持斗争。
全总上海办事处和上海总工会围绕工会条例同北京政府的斗争，虽然没有取得预想的效果，但是，通过这个斗争，进一步暴露了军阀统治当局坚持与工人为敌的反动面目。这次斗争，由上海发展到全国，并持续到1926年春，对广大工人群众政治觉悟的提高和工人运动的进一步发展，起到了一个很好的推动作用。