亚历山大的“协调政策”和“征服政策”为什么要同时推进呢？这又代表着什么呢？亚历山大的远征，在这个时候似乎发生了很大的改变，他开始沉思“胜利”的定义。胜利是能随着自己的意志而左右周围的人们吗？如果答案是肯定的话，那么亚历山大这次的胜利，究竟算不算胜利呢？这些被征服的人民，非常的桀骜不驯、顽强凶悍，虽赢得了表面上的胜利，但是这些被征服者，却让他疲于奔命，这种胜利，究竟算不算是胜利呢？
长期的拉锯战使士兵们的性情变得非常暴躁，情绪经常失控，彼此之间经常发生冲突。而这个时候的斯皮塔米尼斯和游牧民族缔结了同盟条约，又增加了3000名士兵，势力又得到了增强。他经常在亚历山大的后方搅扰，同时又常常突袭亚历山大各地的要塞，攻击当地的驻军和医院，有的时候把一个又一个的要塞驻军予以歼灭，在巴克特里亚的中心地区，他更发动了一次猛烈的正面攻击，而且得到当地人民的热烈支援。虽然如此，他还是无法获得全面性的胜利，最后在到西部沙漠的途中遇到了亚历山大的军队而遭受惨败。斯皮塔米尼斯是亚历山大东征的过程中所遭遇到的最大强敌。战争拖了一年半之久，而民众的抵抗也是有组织的，而且他们和亚历山大打的是神出鬼没的游击战。但亚历山大的军队中有不少巴克特里亚族的骑兵部队编在里面，使斯皮塔米尼斯的骑兵部队不再独占优势，这也逐渐成为斯皮塔米尼斯最后兵败的隐患。
公元前328年冬天，亚历山大亲自率军袭击斯皮塔米尼斯。当抵抗部队听到亚历山大亲自率兵征讨的时候，一时军心大乱，最后斯皮塔米尼斯也被背叛的部下所杀。在他死后，他的势力仍然没有消失，他所率领的游击队仍维持了半年之久，继续抗击亚历山大，仿佛他的亡灵仍然在指导着部下和亚历山大作战。当地的居民也转移到山区继续抵抗。
从公元前328年到公元前327年冬天，亚历山大一直滞留当地无法行进，继续与同为支持贝苏斯的最有力的豪族——奥克斯雅特斯一族作战。奥克斯雅特斯一族把军事据点迁到山塞中，亚历山大的军队在山区作战，遭受一连串的不顺。山区中冬雪未融，早春的天气又变化不定，时常打雷、降冰雹，或者刮强烈的大风。刚开始，在雪中行军的将士们备尝辛苦；接着，冷风怒号，更使得士兵在三天之内冻死了2000多人。一些士兵倚在树干上，仿佛还在讲话的样子，可是却已经没有了鼻息，原来他们已经死去了。这时的奥克斯雅特斯认为，亚历山大不可能带着军队爬上这么险峻的高山，因此他储备了丰富的粮食，打算盘踞在山头，长期作战。亚历山大劝他投降，他却置之不理。这里是靠近帕米尔高原的一部分，接近欧克斯士河的发源地，围绕着这一带的全是深山绝谷。奥克斯雅特斯曾讽刺说：“除非亚历山大的士兵都生有翅膀，否则我绝不相信他们能登上这么冰冷险峻的高山。”
但是奥克斯雅特斯不知道，亚历山大是从不畏惧困难的。他打算与敌人进行一场心理战。他对士兵们说：“如果有人能登上山头，我将发给他最高的赏金。”有300个士兵愿意一试，他们必须在晚上爬上非常危险的绝壁，这可以说是一项挑战。由于气温很低，手脚不灵活，其中有30个人不慎从峭壁滑落，跌入了万丈深渊，但是其他的人最终还是爬上了山顶，成了奥克斯雅特斯所说的“有翅膀的士兵”。
看到站在山顶的士兵，奥克斯雅特斯的军队吓得完全丧失了战斗意志，事实上，他们贮存了非常丰富的食粮，足可以坚持很长一段时间，但对方军队的惊人之举在心理上瓦解了他们斗志，他们终于向亚历山大投降。这个被称为易守难攻的要塞终于被亚历山大占领了。这场胜利，可以说是亚历山大以他坚强的意志力换来的，对他来说，这是值得庆贺的“胜利”。
拿下了奥克斯雅特斯的据点后，亚历山大再次转入深山中打算进攻那里的要塞。他命令部下将山中的木材砍下来，然后在河川上架桥，修筑栈道。全体官兵分为两班制，大量的人力用来大兴土木，不分昼夜地工作着。当时驻守要塞的将领看到亚历山大指挥下的工程进展得如此迅速，因此还没等交战就投降了。
由于两年的停滞，东征的日程延后了许多。亚历山大占领了两个要塞，却非常尊重当地将领的统治权，他认为这样做才能维持占领区的安定。不仅如此，他还娶了奥克斯雅特斯的女儿罗克萨娜。这是亚历山大在政治上的和解政策，希望借通婚而使这个地区能够永远平定，因为当地的土著非常注重血缘。在征服之后，亚历山大实行宽大的政策，他知道马其顿的将领们非常反对他和罗克萨娜的婚姻，但他还是将罗克萨娜册封为正式的王妃。
由于过去的痛苦经验，虽然这个地区已经“归顺和平定”，但是亚历山大已经不再幻想从此就可以平安无事，他派了1万名步兵、3500名骑兵驻留在占领区，不但如此，他还加强了城市的防御工事，建立了许多新的军事据点。这些建设有许多到现在仍然存在着，这对东西交通有极大的贡献。这些据点后来更成为促进东西方文化交流的纽带，使亚历山大的东征具有积极的意义。
矛盾的激化
亚历山大内心存着一个至死不变的理想，就是要把地中海东部地区融铸成一个文化的总体，然后以日渐扩展的希腊文明去统治它。但自古一将功成万骨枯，亚历山大的理想和野心的背后，是数万名将士十数年来艰苦的征战和对故乡与和平的渴望。是亚历山大越来越背离了曾经并肩作战的将士们，还是将士们逐渐背离了这个野心勃勃的君主，这个问题已经不重要了，摆在他们面前的矛盾，又将引发怎样的冲突呢？
公元前328年夏天，亚历山大停留在马拉罕达临时的宫殿中，连年的苦战和斯皮塔米尼斯的神出鬼没使得马其顿士兵们心力交瘁，他们疲惫、厌倦，希望这场战争马上结束。最后在这一段苦战的时期，竟然发生了误杀朋友的事件。
由于天气的燥热影响了每个人的情绪，加上各地的反抗事件越来越多，不知道什么时候才能够完全平定，而斯皮塔米尼斯又一直没有办法抓到，这些都令人感到泄气和烦躁。士兵们为了发泄内心的抑郁和烦闷，往往只能借酒浇愁，举杯痛饮。大家喝得愈醉，说出来的话就愈粗鲁，到了最后不免发生争吵，大打出手。这种事情本来不足为奇，但是有一天晚上，曾经在格拉尼库斯河战役中救过亚历山大的从军诗人克利图斯在酒宴上唱歌，讽刺那些被斯皮塔米尼斯打败的将士们。虽然有人提出抗议，他却仍然说个不停。他越说越激动，最后竟无法控制情绪，他对亚历山大大声地说：“我现在倒真羡慕那些战死的将士们，至少他们看不到现在的国王已经变成了一个东方的专制君王，我恨不得早一点战死，也许还幸运些！”他仗着酒意，一口气把心中的不满毫无保留地宣泄出来。这位站在马其顿国家中心主义立场的诗人，对于已经“东方化”的亚历山大越来越不满。
亚历山大听了他的冷嘲热讽，暴怒得无法控制，他一气之下拔出佩剑，迅速地刺进了克利图斯的胸膛，将他当场杀死。许久后，亚历山大才清醒过来，发现这位最要好的、曾经救过自己性命的朋友竟然死在自己的手中。他无比悔恨和自责，无法原谅自己所犯下的过错，痛不欲生到已经忘记了自己身负5万名士兵统帅的责任，立刻用短剑往自己的脖子上抹，在场的人赶忙拉住他。
克利图斯事件暴露了一个蕴藏已久的问题：误杀冲突是保守的马其顿人和希腊人对亚历山大“东方化”的强烈不满而引发的冲击。过去和士兵们同甘共苦、把臂言欢的“我们的王”现在却成了莫测高深、远不可及的东方君主。他高高地坐在宝座上，想见他一面还得经过种种的繁文缛节以及好几道的通报，甚至要向波斯人通报，这使过去的将领们感到非常不满而逐渐疏远了亚历山大，也可以说是被亚历山大逐渐疏远了。而过去习惯宫廷气氛的波斯贵族却常常环绕在亚历山大左右，这使他们更为愤恨。
在战时，亚历山大和将士们同甘共苦地生活在一起，彼此打成一片，如今却摆出了帝王的威仪，高踞在豪华宫殿中君王的宝座上，对将士们来说，亚历山大离他们是越来越远了，他们很难想象，这位东方的君主就是曾经和他们在战场上同生死、共患难的亚历山大。
礼仪与阴谋
波斯宫廷的传统礼仪中，凡是觐见国王的人，必须行跪拜礼，根据身份地位的不同，礼数也有不同。在希腊人的观念里，行这种五体投地的叩头礼的对象只能是神，而不应是人。如果对人行对神的礼，就表示对神不敬，而对神的不敬会使他们感到十分的惶恐和不安。过去希腊的使节到波斯去的时候，不得不向波斯皇帝行跪拜礼，为了平衡内心的矛盾，他们故意把戒指丢在地上，借着假装去捡戒指而赶快做一个跪拜礼式的姿势。希腊人对习惯行跪拜礼的波斯贵族也非常的瞧不起，他们认为这些人是天生具有奴性的，经常加以种种的嘲笑和侮辱。
而在亚历山大身边协助他实行东西协调政策的马其顿人确曾经向亚历山大建议，作为整个亚洲的帝王，他的地位跟过去已经截然不同，而且权势如日中天，如果采用波斯的跪拜礼更能显示帝王的威仪。马其顿缺少君臣之分，彼此之间太过随便，如果这种风气仍然保持下去的话，亚历山大在东方人的心中将很快丧失他的威信。亚历山大认为这是一项非常好的提议，对他本人而言这项提议不仅能增加他帝王的威仪，同时还可能使保守的希腊人通过礼仪上的改革逐渐被波斯人和波斯文化感染，便决心采纳。
要实行跪拜礼的消息传出去之后，保守的希腊人和马其顿人一致表示强烈反对。但是亚历山大仍一心一意想突破这个难关，虽然这只是试验阶段，但是亚历山大等于是正面和希腊的传统意识挑战了。为了使王权更为神圣化，亚历山大一定让他们以对神的方式来对自己。虽然亚历山大用心良苦，希望东西融和，不要有差别待遇，但是他这么做却遭受到许许多多的阻碍。
公元前327年春天的一个晚上，亚历山大在巴克特拉临时宫殿中宴请幕僚。他要所有赴宴的人每人拿着一个酒杯在国王的面前行跪拜礼，接着和国王互相亲吻面颊，依照这种顺序，依次向国王问好。对希腊人和马其顿人来说，这种跪拜仪式简直是对他们人格的莫大侮辱。过去马其顿君臣之间像朋友一样的随便，可是现在的亚历山大却像神明一样高高地坐在帝王的宝座上，并且要他过去的好友和部下们以跪拜的方式跟他见面。很多人为此表示抗拒，其中亚里士多德的外甥卡利斯特涅斯第一个就表示反对。
卡利斯特涅斯是一位哲学家和史学家，他跟随在亚历山大身边的时候，经常歌颂亚历山大的丰功伟业，甚至到了夸大其词近乎阿谀的程度，他把亚历山大说成“神之子”，并把一切的光荣都归之于亚历山大。但是现在要他对这位他曾经歌颂的神一样的人行跪拜礼的时候，他却坚决不从。毕竟他是一个不折不扣的希腊人，他有希腊人的传统观念，虽然他一直追随着亚历山大而且非常敬佩他，但是他仍然没有办法同意亚历山大的这种做法。他的执拗使得宴会的气氛变得十分紧张。其他人见卡利斯特涅斯都起来强烈地抗议，便更加肆无忌惮地反对了。经历尴尬之后，亚历山大只好放弃了要马其顿人和希腊人对他实行跪拜礼的决定。事后，卡利斯特涅斯虽没有把它放在心里，可是亚历山大却耿耿于怀，他认为这是卡利斯特涅斯对自己政策的一种冒犯行为，使他大为不快，始终怀恨在心。
宴会风波过去了几天之后，在欧克斯士河畔有一支由50名年纪在15岁左右的少年组成的军队正在移动，一桩阴谋事件便萌生并蕴育其间。这些少年都是亚历山大亲自挑选的贵族子弟，在亚历山大身边做侍从，学习一些军政实务，以便将来能成为指挥官。一次，亚历山大在狩猎的时候惩罚了其中一个做错了事的少年，当众用鞭子抽打了他，被惩处的随从觉得遭受很大的侮辱，怀恨不已，因此暗中勾结了几个志同道合的朋友打算暗杀亚历山大。
这些少年们的其中一项任务就是做亚历山大门口的守卫，有一天晚上，正巧守夜的七个人就是计划暗杀事件的七个成员。他们准备在亚历山大睡觉的时候刺杀他。但是令他们担心的，就是亚历山大有彻夜痛饮的习惯。这个晚上，亚历山大可以说是非常的幸运，他正巧整夜都在喝酒，使他们没有下手的机会。过去亚历山大因为喝了太多的酒而烧掉了波斯的皇宫、杀死了他最好的朋友克利图斯，可是这一次喝酒，却意外地救了自己一命。第二天早上，这个阴谋泄露了，在严刑拷问下，有关的人全部都被逮捕，并且交付公开审判，最后所有参与其中的人都被处死。其实这些少年的动机非常单纯，只是个人的私怨，但是经过深入的调查，竟然牵涉到卡利斯特涅斯。