本来ECFA和《海峡两岸知识产权保护合作协议》的签署应由两岸官方承认并制定相应的配套规定予以具体实施，但现在二者的签署绕过了敏感的政治问题而转向经济问题，这从ECFA序言中“本着世界贸易组织基本原则”的规定亦可看出。此种做法在现阶段的确可以取得可喜的成绩，但从长远来看，我们还是不可避免要谈政治问题。
（二）优先权
虽然《海峡两岸知识产权保护合作协议》首次规定了优先权，突破了两岸原先互不承认优先权的规定，但除了上述的两岸优先权不包括以国家知识产权局作为受理局的PCT申请案的问题外，还存在着其他问题：
首先，从台湾地区2010修正的“专利法”和“商标法”条文来看，其给予大陆的并非岛内优先权，而是修改了原先的国际优先权的条文，将其扩大到了“世贸组织会员”。由此可以看出，台湾地区给予大陆的优先权为国际优先权而非岛内优先权；而从大陆新《专利法》第29条的规定来看，其给予台湾地区的优先权是本国优先权。大陆和台湾地区是同一主权国家下的两个法域，本来二者确认的优先权应是本国优先权，而鉴于两岸尚未统一，台湾地区确认的大陆优先权非岛内优先权，而是国际优先权，这与“一国”的原则相冲突。但两岸尚未统一的现实使得台湾地区在现阶段亦不可能给予大陆岛内优先权，这使得两岸相互给予的优先权既不同于国际优先权，又不同于本国优先权。这也是为什么《海峡两岸知识产权保护合作协议》使用了“确认”优先权的字眼，而非巴黎公约“相互承认优先权”的字眼。这都是由国家主权的象征引发的问题。如前所述，同ECFA和《海峡两岸知识产权保护合作协议》的签署一样，两岸避免了“主权”这个敏感的字眼。但问题依旧是客观存在的，并不是说不去考虑就不存在了，否则便是“刻舟求剑”的形而上学了。只有两岸的尽快统一可以给这些问题一个完满的答案。
其次，《海峡两岸知识产权保护合作协议》规定的优先权不涉及在台湾地区或大陆没有经常居所或者营业所的外国申请人基于台湾地区的基础申请案而向大陆要求优先权的问题。故除台湾地区以外的申请人目前仍然无法基于在台湾地区的基础申请案而向大陆要求优先权，其可以采取与台湾地区申请人共同申请的方式，基于台湾地区申请人在台湾地区的基础申请案，向国家知识产权局提出优先权请求。在申请提交之后，共同申请人可以进行申请权的转让，即由台湾地区的申请人转让给外国申请人。但这对于外国申请人来说仍有很大的不便，他不一定能够找到可以提出共同申请的人，即使找到，日后转让申请的问题谈不拢的话麻烦亦不小。因此，对于外国申请人来说，其宜在大陆或台湾地区设有经常居所或者营业所而直接向经常居所或者营业所地提出申请，如果在大陆或台湾地区均没有经常居所或者营业所的，直接向国家知识产权局提出申请，而非向台湾地区“经济部”智慧财产局提出申请。
（三）审查合作
审查合作可以简化申请人的专利和商标申请，减轻大陆和台湾地区知识产权局的审查负担，减少专利和商标审查资源的浪费，亦能大大提高两岸专利和商标申请的效率。《海峡两岸知识产权保护合作协议》虽然在第4条规定了审查合作，即“双方同意推动相互利用专利检索与审查结果、品种权审查和测试等合作及协商”，但该规定过于笼统，对于双方如何合作等问题均未涉及。
那么台湾地区是否应采用港澳模式与大陆开展审查合作？香港的标准专利实行登录指定国家专利的制度，被指定的专利局包括国家知识产权局、英国专利局和欧洲专利局，其申请程式分为两个阶段：第一阶段为在指定专利当局发表指定专利申请后6个月内（例如国家知识产权局、欧洲专利局或英国专利局其中一个指定专利当局所批予的专利注册为基础），提交记录请求。第二阶段为在指定专利当局批准指定专利后6个月内，提交注册请求。简言之，香港没有建立自己的专利实质审查机构，香港专利局根据指定专利局对专利的检索或审批进行登录。澳门发明专利虽然采取早期公开制（申请人于提交七年内需请求审查），但请求审查一般交由国家知识产权局进行，向澳门申请之发明专利申请案若通过国家知识产权局的审查，将可授予澳门发明专利。澳门发明专利尚可以“中国发明专利延伸至澳门”的方式来取得，即根据《国家知识产权局与澳门特别行政区经济局关于在知识产权领域合作的协定》规定，已向国家知识产权局提出发明专利申请的申请人以及已获国家知识产权局授予发明专利的权利人，可直接根据澳门特别行政区《工业产权法律制度》的规定，向经济局办理相关手续而获得澳门特别行政区的保护。
从台湾地区对外申请专利案件数的数量来看，其与港澳的情况仍是不同。
由图三可以清晰看出，台湾地区在大陆三种专利申请案件数远远大于港澳专利申请案件总数。台湾地区与港澳的不同之处决定了其不应采用港澳模式，应该保有自己的智慧财产局进行专利等知识产权的审批和授予等。
两岸的审查合作应采取不同于港澳与中国内地的模式而建立两岸自己特有的审查合作模式。就专利方面而言宜采用专利审查高速公路的模式。鉴于专利审查高速公路的优势，其越来越为国际社会所推崇。区域专利审查合作的代表包括欧洲专利审查合作、美日欧专利审查合作、专利审查高速公路等。中国亦于2001年9月起和日韩建立起了专利审查合作。两岸应顺应此一趋势，借鉴各区域高速审查公路机制的优势，实施大陆和台湾地区特有的专利审查高速公路项目，并将商标的审查合作融入专利审查高速公路之中，虽然就现有资料来说，笔者尚未看到有所谓的商标审查高速公路，但相信专利和商标的共性，可以使专利审查高速公路为商标审查合作所用。具体来说包括：
1.建立两岸多层次的定期交流机制，除官方层面的定期交流外，亦要积极推动知识产权中介机构、产业界和相关研究机构的定期交流。
2.建立统一的审查系统，包括统一的文献资料库、专利和商标分类方法及申请格式，统一的检索和审查结果存取平台。
3.建立信息共享和数据交换机制，在国家知识产权局和台湾地区经济部智慧财产局之间实现资讯共用，进行专利和商标统计数据的交换；在两岸官方和民间实现专利和商标资讯的公开、互审和共用。
4.建立海峡两岸专利和商标审查合作的网站，公布两岸技术领域的专利和商标检索和分析，为企业家进行产业布局提供咨询和服务，推动两岸企业间的技术合作和发展。
5.比照CEPA，鼓励两岸专业人员资格的相互承认，推动彼此之间的专业技术人才交流，鼓励台湾地区专业人才到大陆知识产权部门服务，进而建立两岸专业人员资料的相互提供机制，统一两岸专利审查员的培训，促进两岸专利行政及诉讼的公正、专业审判，提高两岸知识产权的合作水平。允许台湾地区居民到大陆参加全国专利代理人员资格考试，允许台湾地区服务提供者在大陆以合资、合作、独资的形式设立有限责任公司，从事商标代理业务。国家工商行政管理总局商标局与香港知识产权署成立商标工作协调小组，作为双方固定的联系机制，加强两地在商标注册业务和商标保护工作等方面的交流与合作。两岸亦可对此加以借鉴，成立专利和商标工作协调小组，作为两岸固定的联系机制，以加强两岸专利权和商标权的合作保护。
（四）争端解决机制
ECFA在第10条作了争端解决规定，《海峡两岸知识产权保护合作协议》作为ECFA下的一项单行协议，当然应当适用ECFA的争端解决规定，即：“一、海峡两岸应不迟于《海峡两岸经济合作框架协议》实施后六个月内就建立适当的争端解决程序展开磋商，并尽速达成协议，以解决任何关于《海峡两岸经济合作框架协议》解释、实施和适用的争端。二、在本条第一款所指的争端解决协议实施前，任何关于《海峡两岸经济合作框架协议》解释、实施和适用的争端，应由海峡两岸通过协商解决，或由根据《海峡两岸经济合作框架协议》第十一条设立的海峡两岸经济合作委员会以适当方式加以解决。”执法协处机制的建立，是在承认并保留两岸知识产权执法工作各自独立性的基础上，强调两岸的“执法协处”，相信此一“求同存异”的做法必将大大提高知识产权的执法效率和保护力度。一方面，互联网的无国界性，使得经由网络（网路）的盗版及仿冒等知识产权侵权现象的根本遏制需要双方的“执法协处”；另一方面，两岸不同的专利和商标保护制度，导致两岸抢注、模仿、翻译等不正当手段侵权行为不断发生，而执法协处机制的建立必将消除这些现象。
虽然《海峡两岸知识产权保护合作协议》应当适用ECFA的争端解决规定，但该条款规定过于模糊和简单，缺少确定性，且只规定了政治方面的争端解决机制。单纯的政治途径难以代替法律解决途径的确定性，建立在法律手段之上的争端解决机制才更能让人信服。故应在此之外设立专门的仲裁机构。仲裁机构应由不代表任何政府的专业人士组成，以独立的专家身份进行工作以保证争端解决的公正和专业。由于种种原因，两岸的争端双方不一定能够事先达成提交仲裁的合意，即使纠纷发生后，处在对立面的双方亦很难达成仲裁合意。且“一岸之隔”使双方在信息交流上存有一定的困难。故可借鉴WIPO的“提交咨询服务”即如果一方当事人希望将争议提交仲裁，可以向仲裁机构提出申请，由仲裁机构把该意向转给另一当事方。如果另一当事方不反对，那么仲裁机构可先以中间人的身份做一些信息交流工作，帮助争端双方了解对方的立场。此举可对有意将知识产权争端提交仲裁的当事方进行专业辅导，为纠纷提交两岸知识产权仲裁机构解决铺平道路。
（五）其他未尽事宜
第一，明确规定申请人以简体字提交专利和商标申请。虽然两岸在沟通交流上不存在任何问题，但是文字用语的不同亦会给两岸带来很多麻烦。在两岸进行经贸交易或相关的法律行为时，尤为重要，彼此的用语若不予以确认，恐难确保自身的权益。根据台湾地区“经济部”智慧财产局于2011年3月3日公告松绑“大陆人民在台申请专利及商标注册作业要点”，大陆向台湾地区“经济部”智慧财产局申请专利或商标，可以先提出简体字版本供台湾地区“经济部”智慧财产局审查，在审查期间内再补送繁体字版本。在“识繁写简”的大背景下，不论是台湾地区申请人向大陆提出的专利或商标申请，还是大陆申请人向台湾地区提出的专利或商标申请，都宜以简体字提出专利和商标申请。
第二，明确ECFA和《海峡两岸知识产权保护合作协议》的英文版本。根据WTO的规定，所有自由贸易协定必须通告世贸组织，并由世贸组织成员进行审议，以确保其符合WTO关于自由贸易协定的规定。在2003年9月29日CEPA附件签署后，国家商务部已向WTO通报。可以预期，在不久的将来，《海峡两岸知识产权保护合作协议》作为ECFA的一部分也将在WTO备案。但是两岸所签ECFA和《海峡两岸知识产权保护合作协议》均未涉及英文版本的事宜，其只包括中文的简体与繁体版本。将来递交WTO进行备案的英文文本是以大陆的版本为准抑或以台湾地区的版本为准，不得而知。撇开英文版本不说，就是在中文的名称上两岸亦存在不同。大陆称《海峡两岸知识产权保护合作协议》，而台湾地区称之为《海峡两岸智慧财产权保护合作协议》。中文尚且不同，英文之不同可想而知。对此问题，希冀两岸有关人员尽早协商解决。
综观世界各国对知识产权法制冲突的解决方式，如欧盟，都是一个循序渐进的过程，先从协调成员国的实体规范开始，然后适时制定跨国的实体规范，最后建立统一的知识产权实体规范。两岸亦不例外。虽然大陆和台湾地区同属于一个主权国家的事实和欧盟不同，但是大陆和台湾地区与欧盟毕竟存在着相似性而具有借鉴可能性。故笔者认为两岸可以借鉴欧盟的做法，具体而言，大陆和台湾地区可废除各区域内自己的注册制度，而只保留海峡两岸知识产权局进行跨区域的专利和商标的授权。在统一两岸专利和商标授权的基础上，建立对授予的跨区域的专利和商标所引发的纠纷专属管辖的司法诉讼机制，统一专利和商标行使、无效及强制许可等实体性规定。待将来中国区域经济合作真正完全一体化后，相信到那时两岸四地不管是在政治、经济，还是在社会制度、法律制度等方面都会得到相当程度的整合。这时可以考虑制定全国统一的专利法和商标法，建立统一的专利和商标申请和注册制度，由各区域共同成立一个有别于各区域现有知识产权局的全新机构，由其办理专利和商标申请和注册等事项。