首先，该协议虽属于民间组织签订的协议，但也有一定的法律约束力。大陆方面的《海峡两岸交流协会章程》第1条规定，海峡两岸关系协会是社会团体法人；台湾方面的《海峡交流基金会章程》第1条也规定，该基金会在性质上是财团法人。二者都不是官方机构，而是民间社团。二者之间签订协议，虽然处于其各自的职责或者业务范围，但所签协议并非具有官方正式法律文件的性质。可是，二者可以接受官方的授权开展某些活动。如大陆方面的《海峡两岸交流协会章程》第4条规定，本会接受有关方面委托，与台湾有关部门和授权团体、人士商谈海峡两岸交往中的有关问题，并可签订协议性文件。台湾方面的《海峡交流基金会章程》第3条载明，其可接受“政府委托”办理有关业务。这就意味着海峡两岸官方机构可以承认两会签订之协议的效力。如国务院台湾事务办公室在官方网站上就将上述协议列“法律法规”栏目中。因而该协议又不同于一般性质的民间组织间协议，而是具有一定法律约束力的文件。而前述港澳特区间的《关于移交被判刑人的安排》却属于不同法域政府间的正式法律文件，具有完全的法律约束力。两个协议（安排）在性质上存在一定的差异。
其次，签订主体与执行主体并不一致，签订主体不属于官方机构，但协议却对有关官方机构具有约束力。《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》的多个条文都有“双方”这样的用词，某些条文中有“己方”、“请求方”、“对方”、“受请求方”等用词。笔者认为，这里的“双方”并不是指签订协议的大陆的“海峡两岸关系协会”和台湾的“海峡交流基金会”两方，而是指二者分别代表的“大陆地区”、“台湾地区”。如协议第12条规定：“双方同意及时通报对方人员被限制人身自由、非病死或可疑为非病死等重要讯息，并依己方规定为家属探视提供便利。”显然，这里的“对方”、“己方”指的就是大陆地区或者台湾地区。其实，这一点从协议第3条关于联系主体的规定中也看出。该条第1款有“双方”、“各方”的用词，但第2款对其他相关事宜的问题作规定时，却将联系主体确定为海峡两岸关系协会、海峡交流基金会，而没有用“双方”这样的词语。因此，根据体系解释的方法，该协议条文所涉及的某一“方”指称的是海峡两岸的某个地区。可见，该协议的签订主体与执行主体并不一致，即签订的主体是具有民间组织性质的海峡两岸关系协会和海峡交流基金会，而具体负责执行该协议的主体却是海峡两岸有关的官方机构，且主要是司法机关、司法行政机关以及刑事侦查机关，即该协议对具体的执行机关也具有约束力。
所以，《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》虽然是海峡两岸民间组织签订的协议，但其都经过了海峡两岸官方的授权，在性质上不再是简单的民间协议，而具有官方的性质，从而对海峡两岸的有关官方机构具有一定的约束力。该协议在性质上的这种模糊性，是由海峡两岸的现实政治状况所决定的，虽然在客观上是其不可避免的一个缺憾，但反映了中国大陆与台湾地区灵活、务实地进行刑事司法合作的精神，因而并不影响该协议的实际运作。
（二）协议的内容过于原则
《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》在内容上比较丰富，广泛地包容了各个方面的刑事司法合作制度。但是，应当注意到，该协议总共24个条文，而具体涉及刑事司法合作的实体性条文仅有7个，且多数刑事司法互助制度在程序上均按照第13条至20条的规定进行。这种简单规定的模式使得相关刑事司法合作制度过于原则。
首先，具体刑事司法合作制度在实体内容上过于抽象。该协议用七个条文规定了前述八个方面的刑事司法合作制度。而实际上，每个方面的刑事司法合作制度都有比较复杂的内容，在有关的国际条约、区际条约或者某些国家和地区的立法中往往会有详细的规定。例如，该协议第11条规定了“罪犯移管（接返）”，内容仅涉及移管原则、三方同意规则，但不管是在国际刑事司法协助中，还是中国区际刑事司法合作中，被判刑人的移管或者移交都是一种比较重要和复杂的制度，内容涉及指定机关、移管条件、移管拒绝、刑罚执行、重新审理、赦免与减刑等方面。从条文数量上看，中国和乌克兰于2001年7月21日签订的《关于移管被判刑人的条约》共有21个条文。香港与澳门两个特区签订的《关于被判刑人移交的安排》共有14个条文。除此之外，分别类似于该协议中的遣返、刑事司法互助等制度的引渡、刑事司法协助，同样在内容上都很具体，条文数量也较多。例如，中国与巴西于2004年11月12日签订的《引渡条约》共有22个条文，中国与澳大利亚于2006年4月6日签订的《关于刑事司法协助的条约》共有25个条文，比较详尽地对引渡、刑事司法协助的相关问题作出了规定。相比之下，《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》对海峡两岸刑事司法合作的相关制度规定得都比较简略。而且，该协议对某些内容根本没有涉及，如军事犯、死刑犯的处理，犯罪工具的处理等问题。
其次，具体刑事司法合作制度在程序和内容上也不够具体。《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》在其第四章从第13条至第20条以八个条文规定了海峡两岸进行刑事司法合作操作所遵循的程序。尽管在内容上也比较完备地规定了八个方面的问题，但是，这里的规定没有考虑到某些刑事司法合作制度形式上的差异所导致的程序上的不同。例如，被判刑人的移管与刑事嫌疑犯的遣返（在国际刑事司法协助中被称为“引渡”）在程序上存在某些区别，二者与犯罪侦查互助、罪赃移交也存在不同。而且，对于请求的推迟、罪犯权利保障等问题，上述协议也付之阙如。笔者初步认为，该协议对海峡两岸刑事司法互助程序作出如此简单的规定，可能会使该协议缺乏足够的可操作性，从而不利于实际执行机关顺利、有效地开展相关执法活动。
（三）协议的形式具有混合性
从名称上看，《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》涉及两个部分的内容：一是共同打击犯罪问题，二是司法互助问题。其司法互助的内容又可分为三个方面：一是刑事司法互助，如罪赃移交、罪犯移管、人道探视；二是民事司法互助，如判决认可；三是在刑事与民事司法活动中均可展开的互助，如送达文书、调查取证。因此，该协议并不是纯粹的刑事司法互助协议，也不是纯粹的民事司法互助协议，而是将刑事与民事司法互助事宜同时规定于一起、在形式上具有混合性的协议。
在同一个条约或者协议中同时规定民事与刑事司法协助事宜的模式（民刑合一模式），在中国大陆地区对外签订的条约中确实存在，如中国与俄罗斯于1992年6月19日签订的《关于民事和刑事司法协助的条约》。据统计，中国大陆地区与其他国家签订的此类条约共有19个。澳门特别行政区也采用了这种模式与其他国家签订司法互助（协助）协定，如澳门特别行政区与东帝汶签订的《法律及司法互助协定》及与葡萄牙签订的《法律及司法协助协定》。但是，在中国大陆分别就刑事与民事司法协助活动，与其他国家签订协议的模式（即民刑分离模式）却相对处于主导地位。据统计，中国大陆与其他国家签订的刑事司法协助条约有31个。这种模式其实在中国其他法域也同样存在。例如，香港特别行政区就是分别就刑事和民事司法协助事宜与世界上其他国家签订协定，甚至在刑事司法协助方面也区分移交逃犯、移交被判刑人和狭义的刑事司法协助，分别与其他国家或者地区签订协定。经查询有关网站得知，中国台湾地区也采用此种模式，与其他国家有关机构签订司法互助协定，例如，驻美国台北文化代表处与美国在台协会于2002年3月26日签订的《刑事司法互助协定》。总之，在对外签订司法协助的条约或者协定方面，中国各个法域采用的既有民刑分离模式，又有民刑合一模式，而民刑分离模式相对来说处于主导的地位。当然，在当前的情况下，海峡两岸就共同打击犯罪、进行司法互助，采用民刑合一模式签订专门签订协议，经历一个从无到有的过程，比过去有很大的突破，还是值得肯定的。
在刑事和民事司法协助活动中，确实有些制度在实体和程序方面存在一定的共同之处，如法律文书送达，不过，笔者认为，刑事和民事司法协助活动有着不同的性质，主要表现为如下：（1）对象不同，即刑事司法协助活动针对刑事犯罪而展开，民事司法协助的对象则是民商事案件（包括仲裁案件），因而二者主要涉及的合法权益有所不同，即刑事司法协助活动与不同国家的刑事诉讼和刑罚执行紧密相关，更多地关涉国家维护统治秩序的现实利益，而民事司法协助活动尽管也关涉国家民事司法主权，但其主要涉及民众的民事合法权益。（2）执行主体不同。刑事司法协助活动的开展，除了司法行政部门的参与外，还经常需要司法机关（如法院、检察院）以及刑事侦查机关的直接参与，而民事司法协助活动的开展，主要是由司法行政部门负责的。因此，笔者较为积极地肯定采用分离模式签订司法协助的模式，即应分别就刑事和民事司法协助或者互助的事宜，签订相关的协议或者条约。由此观之，《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》采用民刑合一的方式规定司法互助事宜，略有不当。在未来完善该协议时，可采用民刑分离的模式。
四、全面构建中国区际刑事司法合作法律机制的构想
海峡两岸关系协会与海峡交流基金会签订的《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》，在实践的层面上为两岸司法机关更为紧密地开展刑事司法合作，严厉惩治跨境刑事犯罪，提供了较为全面的依据，在理论的层面上则在一定程度上响应了海峡两岸法律界关于尽快签订司法互助协议的呼吁。而从中国区际刑事司法的角度看，该协议对中国范围内各法域的司法机关更为有成效地开展区际刑事司法合作，各法域法学界更为深入地研讨区际刑事法律问题，确实起到了重要的推动作用。该协议的顺利签订以及生效实施，标志着中国各法域的刑事法治合作进入到一个崭新的时代，表明中国区际刑事司法合作之整体法律机制的构建逐步具备条件。中国各法域的司法实务界和法学界，都有必要正视并深入研究如何构建中国区际刑事司法合作法律机制的问题。对此，笔者拟提出如下几个方面的构想并予以探讨。
（一）中国范围内各法域应积极签订刑事司法合作协议
有效地惩治和预防跨境刑事犯罪，不单是海峡两岸司法机关所面临的问题，也是中国其他法域司法部门应该承担的任务，因而通过签订刑事司法互助协议，为打击和防范跨越法域之刑事犯罪提供坚实的法律根据，是中国各个法域维护社会良好秩序的现实需要。中国区际刑事司法互助协议的签订主体自然不能限于海峡两岸的有关组织，而应扩展至中国其他法域的有关机构。换言之，香港特别行政区、澳门特别行政区与大陆地区三者之间，以及台湾地区与香港特别行政区、澳门特别行政区之间，都可以根据彼此的实际需要和法律制度的现行规定，以灵活、务实的态度签订刑事司法互助的协议。
之所以这么说，是因为中国各个法域之间分别互相签订刑事司法互助协议，从理论上看并不存在难以克服的障碍。海峡两岸在不纠缠于政治问题的前提下较为顺利地就两岸开展刑事司法互助签订协议，在一定程度上表明暂时的政治分歧应该让位于海峡两岸的社会稳定与经济发展，让位于人民的切实利益。既然海峡两岸虽有某些政治分歧但仍能就惩治跨境犯罪达成共识，形成具有约束力的协议，那么，在成功实践“一国两制”之政治制度，并不存在政治分歧的中国大陆与香港特别行政区、澳门特别行政区之间，应当更能够直接签订区际刑事司法合作的协议，并在本法域内通过立法的形式将协议的内容转化为有效的法律规定。进一步说，台湾地区与香港特别行政区及其与澳门特别行政区同样可以避开政治问题，就区际刑事司法合作问题进行沟通与交流，签订相关协议，将区际刑事司法合作的内容、模式、主体予以法律化，从而建立稳定的区际刑事司法合作机制。当然，从程序上看，台湾地区与香港及其与澳门特区签订刑事司法互助协议，需要经过特定的步骤。根据《中央人民政府处理“九七”后香港涉台问题的基本原则和政策》与《中央人民政府处理“九九”后澳门涉台问题的基本原则和政策》的精神，在港澳特区方面需要中央人民政府的批准或者经中央人民政府授权的特区行政长官的批准。而台湾地区在目前似乎也不太可能直接在官方层面上与港澳特区签订协议，但台湾方面可根据台湾地区“香港澳门关系条例”第7条的规定，授权其驻港澳特区的相关机构来签订有关协议。在海峡两岸已经有成功范例的情况下，这应该不是太大的问题。