第五，从遣返原则来看，《金门协议》仅在第1条规定“应确保遣返作业符合人道精神与安全便利的原则”。《互助协议》则在此基础上，分别于第6条“人员遣返”和第11条“罪犯移管（接返）”增加规定“迅速原则”和“互惠原则”。迅速原则对于及时侦破案件、保障罪犯权利等方面的意义自不待言。在当前背景下，互惠原则之重要性更为突出。由于两岸政治制度和法律冲突的存在，要开展司法互助活动，必须兼顾双方利益，“允许各法域对明显抵触本地区法律秩序的协助请求持必要的保留态度，并在经费、人员等一系列问题上，协调双方的利益”。
第六，从遣返方式上看，《金门协议》规定遣返刑事嫌疑犯或刑事犯只能依循“马尾-马祖”和“厦门-金门”两条海上线路，难以满足两岸共同打击犯罪的实际需要。事实上，实践中已有突破《金门协议》这一限定的实例。《互助协议》第6条规定：“在原有基础上，增加海运或空运直航方式。”这表明，《互助协议》突破了《金门协议》限定的遣返方式，有助于双方直接、及时、灵活、便利地遣返罪犯，避免因中途转运而出现罪犯逃亡等变数。
第七，从司法互助的模式来看，囿于两岸政治因素的影响，刑事司法协助范围一直采取个案协助的模式。《金门协议》仅笼统规定通过双方红十字组织遣返刑事嫌疑犯或刑事犯，实践中这种司法互助也停留在个案协助的层面，没有形成常态性的、制度化的协助管道，影响了遣返的规范性和效率性。而且，这种协助模式“政策性极强，司法协助十分不稳定，只宜作为补充方式”。《互助协议》则突破《金门协议》，确立类案协助与个案协助相结合的模式。《互助协议》第4条“合作范围”明确了“两岸采取措施共同打击双方均认为涉嫌犯罪的行为”，还提出“一方认为涉嫌犯罪，另一方认为未涉嫌犯罪但有重大社会危害，得经双方同意个案协助”。
第八，从外在特征上看，二者也不尽相同。在协议行文方面，《互助协议》充分考虑到两岸法律文化上的差异，“为避免因对同一行为的法律表述不同而造成歧义的误解，在该行为后都以括号的形式保留另一方的法律表达习惯”。比如，移管和接返、被判刑人与受刑事裁判确定人、仲裁裁决与仲裁裁断、证据与卷证等四种不同表达方式。由于历史原因，《金门协议》较少或没有涉及两岸法律文化的差异，故没有作出如此规定。在协议名称方面，《金门协议》重点涉及有关遣返之程序问题，《互助协议》则重点包括共同打击犯罪和司法互助两方面内容。相比较而言，《互助协议》涉及的问题更深入、更细微。在语言风格方面，《互助协议》“在用语上总体上倾向于台湾方面的使用习惯，同时兼顾了大陆的使用习惯，并没有强求一致”。《金门协议》之语言风格则更接近大陆习惯。这或许与《金门协议》签订时的背景有所关联吧。
二、《互助协议》的存在问题
（一）政治因素影响
相比较于其他领域而言，刑事司法合作具有显着的公权力色彩。在《互助协议》签订之前，两岸关于刑事司法互助问题的历史互信较少，“一些纯粹涉台经济犯罪，都实行司法审查和行政审查的‘双重审查’制”，导致许多犯罪案件难以得到有效处理。《互助协议》虽然尽力避开政治敏感区，但在这个问题上同样难以有效解决。比如《互助协议》第1条“合作事项”看似范围十分广泛，但在刑事司法互助方面仍然顾虑重重，对于刑事判决之认可与执行、假释、缓刑、刑事诉讼的移转等广义刑事司法互助仍避而不谈，而代之以“双方同意之其他合作事项”，给日后留下回旋的余地。另外，对于“遣返”一词，两岸有着不同的理解。《互助协议》也并未阐明其确切含义，这必然导致两岸“对于适用‘遣返’的原则往往是双方根据相互关系的走势并结合个案的情况最终决定”。还有，第6条第3款“受请求方认为有重大关切利益等特殊情形者，得视情决定遣返”之“有重大关切利益等特殊情形”也很容易成为任何一方拒绝遣返依本协议应该遣返的政治犯、军事犯、宗教犯甚至重大经济犯等的理由。在没有明文规定的情况下，上述诸多问题只能靠两岸的诚意和良知去践行了。
（二）两岸法律冲突
海峡两岸分属不同的法系，属于两个不同的法域。两岸要顺利合作打击跨法域犯罪，亟须解决的首要问题，就是协调好两岸在适用法律尤其是司法管辖权的冲突。作为一份框架性协议，《互助协议》属于程序规范范畴，它是以两岸实体规范为前提条件的，但是，由于两岸刑法在罪名设置、刑罚种类和量刑幅度等方面规定不一，如果“不首先解决某种行为的定性问题，就无法最终解决诉讼问题，两岸的司法协助就难以实现”。而且在案件管辖上，两岸也遵循不同的管辖原则，这些因素都会成为两岸开展刑事司法互助活动的障碍。因此，笔者认为，要顺利落实《互助协议》之各项内容，则必须解决两岸之法律冲突问题。
（三）协议自身缺陷
1.关于《互助协议》的法律效力问题
笔者认为，从协议的签订主体看，《互助协议》在形式上为民间团体签订，但其实质内容又涉及公权力的运作，但若以此进而认为其具有法律效力则似嫌过于草率。在目前两岸现行的法律体系中，如何为其定位对其能否顺利实施则更为重要。从法理上讲，一项规范要取得法律效力有两种方式：一是由有权机关制定而发生法律效力；一是得到有权机关认可与批准而取得法律效力。从《互助协议》制定过程来看，签订主体海协会和海基会是在两岸相关主管机关授权下协商制定的，而且该协议最终又获得了两岸相关部门的认可，因此，《互助协议》对两岸而言具有法律拘束力是无疑的，但是这种拘束力之位阶如何，在两岸存有分歧。1993年7月9日台湾“法务部大陆法规委员会”通过这样一个决议：“两岸所签订之协议，其法律地位应依其协议内容而定，协议内容如与人民权利义务有关，或依宪法第63条规定属国家重要事项，经立法院审议通过者，为相当于‘准条约’；其与人民权利义务无关者，经主管机关许可，为相当于‘准行政协定’。”而在大陆法律体系中，《互助协议》的法律效力“只相当于部委规章或最高法院司法解释的效力……但是，出于两岸协议是对两岸现有规定的一种变通或者补充，因此，在祖国大陆的有关法规与实施协议的部委规章或司法解释不一致时，应当以实施协议的规定为准”。由此可见，在两岸看来，《互助协议》之法律效力位阶并不一致，甚至存在冲突。《互助协议》法律效力认识上的差异容易导致两岸对待协议的态度随着双方政治关系的变化而发生改变，进而影响到协议的实施。
2.关于《互助协议》的体系和措词问题
首先，从体系上看，《互助协议》共5章，分别为总则、共同打击犯罪、司法互助、请求程序和附则。第5条“协助侦查”和第6条“人员遣返”均规定在第2章“共同打击犯罪”之下，这似乎表明两岸共同打击犯罪之司法互助合作项目仅限于协助侦查和人员遣返。但是第3章“司法互助”又规定了送达文书、调查取证、罪赃移交、裁判认可、罪犯移管（接返）和人道探视等6项内容。因此，从协议之编排体系来看，第2章和第3章有所冲突，宜将第2章之第5条和第6条直接归入第3章中，这样一来，既可以准确表达司法互助合作之内容，又可以保证协议体系的规范性。其次，从措词上看，协议中出现“双方”多达33处。若从协议签订主体看，“双方”应指海协会和海基会。但某些条文中所透露出来的信息是：双方有时指海协会和海基会，有时似乎指代两岸相关主管部门，即“双方”之意含混不清。比如第21条“协议变更与履行”和第22条“争议解决”中的“双方”指向是否相同存在疑问。按理说，在实践中遵守协议之双方与具体履行司法互助之双方极有可能系不同主体，即第21条遵守协议之双方应该指具体履行司法协助义务的主体，有时可能是两岸相关主管部门，有时可能是主管部门指定之联络人，有时指海协会和海基会。而第22条所指案件当事人之争议是指请求方与受请求方在处理具体案件时产生的争议，还是指案件当事人或其家属在请求主管部门为其提出司法互助时产生的争议并无明确说明，即第22条之“双方”可能指请求方、受请求方和案件当事人或其家属。诚然，模糊“双方”之具体指代具有缓和两岸紧张的政治氛围，但同时也可能成为阻碍协议顺利实施的因素。另外，条文中多次出现“不违反己方规定”、“依己方规定”等词，其中何谓“规定”，是指法律规定还是政策规定，成文规定还是不成文规定，协议中均未予以明确化，恐怕对于日后两岸之合作会带来更多的争议。另外，如果受请求方不愿意予以协助时，在听闻请求方欲提出相关请求时立即制定相关规定，那么，这“不违反己方规定”和“依己方规定”就等于赋予受请求方拒绝协助时冠冕堂皇的借口了。
3.关于双重犯罪原则之例外问题
《互助协议》第4条“合作范围”确立了折中之双重犯罪原则，即两岸刑事司法互助所指向的罪犯的行为，原则上须两岸刑法皆认为构成犯罪，但对于“一方认为涉嫌犯罪，另一方认为未涉嫌犯罪但有重大社会危害”的特殊案件，须由双方个别协商。这样的规定打破了双重犯罪原则之适用，彰显两岸竭尽全力共同打击犯罪之高度诚意。但是该条文中也存在以下几个问题：第一，第2款第1-4项中分别列举多项犯罪，但在各项犯罪之后又添加一个“等”字，另外，该款第5项规定“其他刑事犯罪”，二者似乎有重复之嫌。在法律性条文中，“等”字通常包含两种含义：一是表示列举未尽（可以叠用）；二是表示列举后煞尾。从条文表述可以看出，该条第1-4项中“等”字应指列举未尽而非列举后煞尾之意。既然如此，这个“等”字所涵盖的范围就很广，但是这样一来第5项“其他刑事犯罪”就没有多大的实质意义了，充其量只是重复宣示第1-4项之各种犯罪而已。第二，该条第3项之“重大社会危害”亦存在不少问题。首先，这里所谓“重大社会危害”之标准是由请求方还是受请求方来认定，或者是双方共同磋商后一致认定，从条文中无法得出答案。其次，若是受请求方单独认定，那么当两岸政治关系再度紧张时这会不会成为受请求方拒绝合作的一个借口，进而导致某些本应受到惩罚的罪犯逍遥法外的情况发生呢？因此，第4条之表述仍显得十分粗疏，为原本扑朔迷离的两岸关系增添了极大的不确定性因素。
4.关于协助侦查和人员遣返问题
第5条和第6条分别对协助侦查和人员遣返作了规定，但对两者之具体程序并未作出具体规定，容易导致实践中无法依据协议开展合作。虽然，《互助协议》的签署和生效并未导致《金门协议》失去效力，实践中可以借鉴适用《金门协议》之遣返程序，但后者本身也存在程序复杂、操作效率低下等诸多弊端。面对越来越多的跨法域犯罪，两岸有必要根据“人道、安全、迅速、便利原则”对此作出一些完善。第5条前半段用“双方同意”表明对双方共同合作侦查就没有不同意的余地，但在后半段却规定“于必要时合作协查、侦办”，似乎表明前半段“交换涉及犯罪有关情资，协助缉捕、遣返刑事犯与刑事嫌疑犯”并非双方共同合作，而是单独行动，前后两段表述上似有矛盾。另外，“于必要时合作”似乎表明前半段之合作并非必要，这显然与实际情况不符。第6条之遣返对象应解释为第4条和第5条所共同打击犯罪与协助侦查范围，此无异议。但是该条第3款规定“受请求方认为有重大关切利益等特殊情形者，得视情决定遣返”却为受请求方在特殊时期提供了又一个拒绝遣返的借口。如前所述，《互助协议》不排斥政治犯、军事犯、宗教犯、经济犯等特殊罪犯的遣返，甚至依据第4条和第5条对一些重大经济犯都应该被遣返回请求方，但若受请求方拒绝遣返，则尽可依照该款“有重大关切利益等特殊情形”推卸责任。因为何谓“有重大关切利益等特殊情形”原本就是一个十分不确定的概念，可解释的空间太大了，而且协议并未对受请求方使用该款作出任何限制。