第二组主体为大陆的案件主管部门与台湾“法务部”。虽然《两岸公证书使用查证协议》在两岸协助调查取证方面发挥了重要作用，但该渠道由于程序过于繁琐、时间也很长，导致实践中其适用范围十分有限，除非有特别重要的案件和特别重要的证据，两岸很少单独就调查取证使用该种渠道联系。而且，这种渠道主要应用与民商事案件中的证据移交，鲜有适用于解决刑事案件的情况。随着两岸交流的日益增多，两岸互涉犯罪急剧增加，并且犯罪的途径、手段也日益多样化、高科技化，呈现出两岸有组织犯罪大幅增加、反侦察能力强等特点。为了应对快速崛起的两岸跨区域犯罪，两岸警方先后进行了多种形式的合作，如互通情报、建立直接联系渠道以及代为调查取证等。台湾在处理1990年“文山舰撞沉闽平渔5202号案”和“闽平渔5540号闷死案”等刑事案件时，大陆均应台方要求将相关证据传递过去；大陆在侦办1991年“海王号走私案”、“吴文信走私枪支案”等案件时，也得到台湾在证据方面的协助。但当时的两岸警方合作主要是个案合作，并未建立常规化、制度化的渠道。《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》对两岸协助调查取证的既有成果进行确认，规定了两岸相关业务主管部门直接代为取证制度。协议第3条第1款规定：“本协议议定事项，由各方主管部门指定之联络人联系实施。必要时，经双方同意得指定其他单位进行联系。”（详见图表二）自协议签订以来，两岸协助调查取证工作取得快速发展，如两岸警方业已合作侦破“310特大跨境电信诈骗案”、“1011电信诈骗专案”和“8·10电信诈骗专案”等多起电话诈欺案件。据统计，2009年以来，两岸警方共合作打掉跨境诈骗电信犯罪团伙80余个，大陆向台湾遣返移交电信诈骗犯罪嫌疑人50余名，向台湾提供各类证据材料500余份，台湾向大陆提供各类证据材料300余份。应该说，随着两岸关系的日益转暖，通过两岸相关业务专管部门直接代为调查取证的途径，必然会逐步成为两岸协助调查取证的主要方式。
这里需要注意的是，协议中对协助主体使用了“各方主管部门”一词。但两岸案件主管部门比较多元，案件管辖范围也不甚一致，那么，在具体案件中如何确定“主管部门”呢？《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》对此并未明确解决办法，大陆与台湾地区对该问题也有不同的看法。首先，从大陆方面来看，大陆希望建立起两岸业务主管部门的对口协助机制。这点可以从《最高人民法院关于人民法院办理海峡两岸送达文书和调查取证司法互助案件的规定》中窥见一斑。如该规定第15条将人民法院与台湾间的调查取证限定为“与台湾地区法院相互协助调取与诉讼有关的证据”，实际上排除了大陆法院与台湾检察机关以及侦查部门间的协助调查取证可能性。至于大陆警方、检察机关与台湾间的调查取证，则可以直接与台湾警方或检察机关联系即可。其次，从台湾方面看，台湾则希望通过“法务部”统一负责两岸协助调查取证业务，并由“法务部”指令检察机关完成调查协助业务。“海峡两岸调查取证及罪赃移交作业要点”明确了“法务部”为《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》调查取证指定联络人，第17条规定“大陆地区法院、检察院或公安部门直接请求台湾地区检察机关协助调查取证或移交罪赃时，接获请求之检察机关应转由‘法务部’统一协调处理”。该要点第9条则明确检察机关为协助调查取证业务的实际执行机关，“检察机关接获‘法务部’通知执行大陆地区协助请求时，应即分‘助陆’字案，指派专责检察官迅速办理。检察官得自行或指挥检察事务官、司法警察官或司法警察执行前项请求”。两岸观念的分野，主要源自两岸对两岸刑事司法互助定性的不同。大陆将两岸刑事司法互助定性为区际刑事司法互助，台湾是中国大陆法域之外的另一法域，两岸刑事司法互助可不用设立“中央机关”；而台湾近些年来强调两岸刑事司法互助的“国际”司法合作性质，两岸刑事司法互助也应借鉴国际刑事司法合作设立“中央机关”，在台湾承担“中央机关”的就是“法务部”。由于当前两岸关系的复杂性，我们无法对《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》中的折中方式进行肯定或否定性评价，这种做法更多的是两岸妥协的结果。但就目前这种协助调查模式来看，台湾将“法务部”定位为两岸刑事司法互助“中央机关”的做法有些欠妥当，在实践中也引起一些争论。如对于台湾地区法院请求大陆地区业务主管部门协助调查取证的情形，台湾地区法院是否也必须通过台湾“法务部”提出。对此，台湾“海峡两岸调查取证及罪赃移交作业要点”并未规定。而实践中通常的做法是，台湾法院如需请求大陆业务主管部门（包括大陆法院）协助调查取证，并非直接通过台湾“法务部”提出，而是通过间接方式提出。具体来说，台湾法院首先向海基会申请就大陆地区证据进行调取，海基会收到台湾地方法院的函件后，既可以直接与海协会联系协助事宜，也可以向台湾“法务部”发文通过《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》进行协助。当然，这种间接的申请协助方式程序繁琐、协助效率也大大降低，但这也是两岸尚未确立对口协助机制下的无奈之举。要从根本上解决该问题，只能是确立两岸调查取证的直接合作机制，而非如台湾方面仅仅确立台湾“法务部”作为《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》中协助调查取证的唯一联络人。
二、两岸协助调查取证的方式
《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》第8条第1款规定了两岸协助调查取证的主要方式：“双方同意依己方规定相互协助调查取证，包括取得证言及陈述；提供书证、物证及视听资料；确定关系人所在或确认其身份；勘验、鉴定、检查、访视、调查；搜索及扣押等。”《最高人民法院关于人民法院办理海峡两岸送达文书和调查取证司法互助案件的规定》第15条规定：“人民法院办理海峡两岸调查取证司法互助业务，限于与台湾地区法院相互协助调取与诉讼有关的证据，包括取得证言及陈述；提供书证、物证及视听资料；确定关系人所在地或者确认其身份、前科等情况；进行勘验、检查、扣押、鉴定和查询等。”台湾“海峡两岸调查取证及罪赃移交作业要点”第2条第1款规定：“有下列情形之一，检察机关认为有请求大陆地区主管部门协助之必要者，应检附请求书及相关资料，函请‘法务部’转向大陆地区主管部门提出协助之请求：（一）取得证言及陈述。（二）提供书证、物证及视听资料。（三）确认关系人所在或确认其身份。（四）勘验、鉴定、检查、访视或调查。（五）搜索及扣押。（六）犯罪所得移交或变价移交。”除上述方式外，两岸还存在诸如情资交换、联合调查、 远程视频听证 等合作方式。可见，两岸协助调查取证方式比较广泛，基本包含了较常见的证据形式。具体来说：
（一）代为取得证言或陈述
证言即证人证言。由于两岸都将“犯罪嫌疑人、被告人”与“证人”区分开来，两岸对“证人证言”的理解并不存在太多差异。但何谓“供述”，两岸则存在诸多差异。《刑事诉讼法》中规定了八种法定证据形式，“陈述”是指“被害人陈述”，是与“证人证言”相互独立的一种法定证据形式。而台湾“刑事诉讼法”中的“被害人陈述”并非一种法定证据形式，而被归入“被告人以外之人之陈述”，属于“证人证言”一种。除这种用法外，“陈述”在台湾“刑事诉讼法”中，还在动词意义上使用该词，如“检察官陈述起诉要旨”等。但无论何种用法，《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》都将协助获取犯罪嫌疑人、被告人供述排除在外。对此，笔者认为，这实际上反映了两岸在刑事司法管辖权问题上的一种妥协。两岸刑事司法管辖权问题，是两岸刑事司法合作的核心问题。刑事司法管辖权的实现以“使有关人员或事件接受法院或行政法庭审判”为标志，而前提则是对犯罪嫌疑人、被告人的有效控制。如果一法域对犯罪嫌疑人、被告人实现有效控制，该法域当然可以依法获取其供述；如果未对犯罪嫌疑人、被告人实现有效控制，即便通过对方法域协助获得了相关人员供述，也无法在本法域内对其进行审判，使得管辖权流于形式。因此，在两岸刑事司法管辖权分配上，两岸一般仅就自己控制犯罪嫌疑人、被告人的案件行使管辖权，至于由对岸控制犯罪嫌疑人、被告人的案件，一般就应由对方行使管辖权，己方配合对方实现其管辖权。这一规则反映在协助调查取证上，即是排除犯罪嫌疑人、被告人供述的协助调取。
这里需要注意的是，“同案犯”间的攀供能否协助调查取证。“同案犯”，台湾称之为“共同被告”，这种情形在两岸互涉犯罪中十分普遍。关于“同案犯”供述的性质，大陆学界和实务界观点不一。大陆证据法学界大都认为同案犯供述属于犯罪嫌疑人、被告人供述和辩解的范畴；而司法实务界大都主张其属于证人证言；此外，还有观点认为特殊情况下可为证人证言。台湾对“共同被告”供述的性质认识比较统一，认为其属于证人证言范畴。台湾“刑事诉讼法”中将因“法院就被告本人之案件”而被调查时的“共同被告”等同于“证人”，其原因就是“法院就被告本人之案件调查共同被告时，该共同被告对于被告本人之案件具证人之适格，自应准用有关人证之规定”。在两岸协助调查取证中，同案犯供述能否调取呢？笔者认为，同案犯间的攀供也应纳入两岸协助调查取证的范畴。如前所述，两岸在处理互涉案件时，默认了实际控制原则。而对实际控制原则的默认，从某种意义上将，就是放弃了本法域的管辖权。一旦放弃了管辖权，其先前的违法犯罪行为就不应被评价。这些未被本法域控制的同案犯，在本法域中就不再属于犯罪嫌疑人、被告人。因此，在区际司法合作中，同案犯间的攀供属于证人证言，当然属于协助调查取证的范畴。
（二）协助提供物证、书证及视听资料
随着两岸互涉犯罪的增多和两岸合作办案机制的常规化，两岸协助提供物证、书证、视听资料等证据材料的需要日益增加。《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》确立的两岸协助调查取证的范围十分广泛，基本囊括了《刑事诉讼法》第48条规定的所有证据种类。此外，全国人大于2012年通过新《刑事诉讼法》，增加了电子数据的证据种类。笔者认为，当前两岸互涉犯罪越来越多地通过电信、网络等手段进行，电子数据是证明两岸互涉犯罪的重要证据材料，理应纳入到两岸协助调查取证的范畴。对于协助调取的书证、视听资料、电子证据等，除非请求方明示要求出示原件的，并不需要移交原件，移交经证明无误的真实副本即可。这也是国际刑事司法协助的一般性规定。书证、视听资料是以其内容来证明案件事实的，经证明无误的真实副本当然也可以证明案件事实。而且，书证也较容易损坏或遗失，特别是某些对当事人有特殊价值的书证就更难以移交原件。至于电子数据，则不可能移送原件。与视听资料等传统证据不同，电子数据的原件只存在于初始电脑中，即使是输出之后的也是复本。因此，电子数据不可能移送原件，只能移送复本。对于物证来说，需要以其外在形态或存在状态来证明案件事实。如果移送复制品或照片等，并不一定能完全说明案件事实。因此，物证一般要求移送原物。但无论何种形式的移送，被请求方应当根据请求方的要求尽快归还相关证据材料。
值得注意的是，是否所有的物证、书证、视听资料等证据材料，都可以被协助调查取证。笔者对此持否定态度，这里实际上探讨的是协助调查取证的限度问题。在一法域内部，法定机关实施收集物证、书证、视听资料等证据材料行为的依据是，相关人员可能实施了违法犯罪行为。但在两岸协助调取证据中，并不必然会发生有关人员在本法域内实施了违法犯罪行为的情形。如果某人并未在本法域内实施违法犯罪行为，此时应对方法域请求协助提供物证、书证、视听资料等证据材料，虽然从互惠互利的角度讲是正当的，但这一行为可能会侵犯到被取证人的人身和财产等权利，如被取证人对物证、书证占有的丧失，犯罪记录对被取证人的不利影响，有关机关掌握的尚未公开的秘密、情报等。国际公约中对拒绝执行协助调查取证作了较多的规定，而《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》仅规定了一条。第15条规定：“双方同意因请求内容不符合己方规定或执行请求将损害己方公共秩序或善良风俗等情形，得不予协助，并向对方说明。”《最高人民法院关于人民法院办理海峡两岸送达文书和调查取证司法互助案件的规定》将其扩展为“在不违反法律和相关规定、不损害社会公共利益、不妨碍正在进行的诉讼程序的前提下”，人民法院应当尽力协助调查取证。因此，两岸协助调查取证理应受到一定的限制。