（三）确定关系人所在地或者确认其身份、前科等情况
在海峡两岸互涉犯罪中，犯罪嫌疑人隐匿身份进行作案或逃至对方法域的情形屡见不鲜，两岸亟须建立确认相关人员身份和行踪的机制。《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》确立了“确定关系人所在或确认其身份”的制度。对这一表述，我们可以从如下三个方面来解读。首先，“关系人”的内涵。关系人，即与刑事案件有关系的人，犯罪嫌疑人、被告人、证人、鉴定人等都属此类。在国际刑事司法合作中，一般使用“查找和辨认人员”一词。其次，协助的内容是“确定所在”和“确认身份”。“确定所在”即确认关系人的所在地，如住所地、居所地等。“确认身份”即确认这个人到底是谁，以及性别年龄等个人信息。这里需要注意的是，“前科”是否属于“确认其身份”的范畴。《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》和台湾方面并无明确规定，而《最高人民法院关于人民法院办理海峡两岸送达文书和调查取证司法互助案件的规定》则明确规定前科也属于协助调查取证的范畴。在当前两岸相互不承认对方法律的情况下，两岸的刑事判决在对方都不具有法律效力。关系人在对方法域内的前科行为，并不是本法域定罪量刑的考量因素。此次最高人民法院规定关系人的前科情况可以移送，即便当前对方法域的前科仍无法对本法域内的定罪量刑产生影响，但最高人民法院的做法无疑是开创性的，甚至在一定程度上开启了两岸刑事判决相互承认的大门。最后，在确定关系人所在或身份的时候，只能使用非强制性的手段。如果关系人拒绝提供其个人信息或所在地时，只要关系人未触犯被请求方法律，被请求方也无权对其采取强制措施。因为刑事司法合作本来就是一种国家或地区间的互惠互利措施，是一国或地区司法权在另一国或地区的扩张适用，理应受到被请求方法律的制约。
（四）进行勘验、鉴定、检查、访视、调查、搜索及扣押
勘验、鉴定、检查、访视、调查、搜索及扣押，都是典型的侦查行为，搜索、扣押甚至是非常严厉的侦查行为。两岸对其适用条件和程序都予以严格规定。台湾更是在2001年修法废除了检察官核发搜索票的权力，并确立了“相对法官保留原则”。因此，对于这些侦查行为，一般来说应满足双重犯罪原则。对此，可适用《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》第4条第3款的规定：“一方认为涉嫌犯罪，另一方认为未涉嫌犯罪但有重大社会危害，得经双方同意个案协助。”两岸在协助对方为搜查或扣押时，应先行依据己方法律进行审核是否符合法律规定，审核合格后再依据己方程序为搜查或扣押行为。
（五）协助本法域居民赴对方法域作证或协助对方指定人员至本地区陈述和参与调查取证
虽然《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》并未明确规定“协助本法域居民赴对方法域作证或陈述”和“协助对方指定人员至本地区参与调查取证”，但其内容包括了上述两项协助方式。首先，协助本法域居民赴对方法域作证或陈述。《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》第20条“协助费用”中规定了“为请求方提供协助之证人、鉴定人，因前往、停留、离开请求方所生之费用”，这实际上明确了协助本法域居民赴对方法域作证的制度。同时，最高人民法院也规定了这种取证方式的限制性条件：“台湾地区请求促使大陆居民至台湾地区作证，但未作出非经大陆主管部门同意不得追诉其进入台湾地区之前任何行为的书面声明的，人民法院可以不予协助。”这条明确了对证人的保护措施，也是国际或区际刑事司法合作的惯例。其次，协助对方指定人员至本法域陈述和参与调查取证。海峡两岸属不同法域，各自拥有相对独立的司法管辖权，一法域司法人员无权在对方法域内行使司法权。虽然实践中也有一方调查人员以私人身份直接赴对方地区进行调查取证或聘请对方律师为调查取证行为的案例，但这种以私人身份获取的证据无论是在证据资格还是在证据可采性等方面都存在重大瑕疵，这类证据也难以进行质证。因此，一法域司法人员在另一法域内从事相关司法活动，就必须请求该法域相关主管部门给予司法协助。这种在两岸刑事司法实践中经常出现的协助方式，在大陆规范性文件中尚未出现，但在台湾“海峡两岸调查取证及罪赃移交作业要点”中已有规定。第12条第（三）项对大陆地区指定人员赴台湾调查取证进行规定：“受请求协助大陆地区指定人员至台湾地区参与调查取证1.如请求书内载明拟指定人员于讯问时在场者，应事先将讯问之时间通知大陆地区主管部门并陈报法务部。2.在场之大陆地区指定人员不得直接讯问。但得请检察官代为讯问并进行记录。3.如请求书内载明拟指定人员至台湾地区参与讯问以外之调查，应事先将同意参与之部分及其限制通知大陆地区主管部门并陈报法务部。”可见，一方赴对方调查取证的范围也比较广泛，不仅可以获取证人证言，还可以进行其他形式的调查取证。
三、两岸协助调查取证获得证据的证据能力问题
两岸协助调查取证的目的在于获取证据，而证据要想在两岸诉讼程序中顺利使用就必须具有证据能力。在经历了数十年的分裂之后，两岸证据法存在诸多不同。台湾地区近十几年来刑事诉讼程序经历急剧转型，逐渐淡出欧陆职权进行主义架构，汲取当事人进行主义精髓，建构改良式当事人进行主义。2003年台湾地区大幅修订“刑事诉讼法”，引入严谨刑事证据法则，而证据能力规范即为一大亮点。如台湾“刑事诉讼法”第158条及之1、2、3、4、5，第159条及之1、2、3、4、5，第160条等就证据能力问题进行规定，实践中台湾地区法院对证据能力的认定也从“宽松”转向“严谨”。2009年《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》签署生效，两岸刑事证据交流进入新纪元，从大陆地区所取得证据资料是否具备证据能力的问题再次在台湾学界引起争论。因此，下文将对两岸协助调查取证的证据能力问题展开探讨。这里首先需要明确的问题是证据能力有无与两岸文书互免证明并无关系。《海峡两岸共同打击犯罪及司法互助协议》签订后，有观点认为当前两岸协助调查取证获得的证据当然地具有证据能力，其法律渊源是该协议第18条规定，“双方同意依本协议请求及协助提供之证据资料、司法文书及其他资料，不要求任何形式之证明。”笔者并不赞同该种观点，这种观点实际上混淆了文书或证据形式真实与证据能力。从台湾方面来说，协议确立的“互免证明”实际上来源于“台湾地区与大陆地区人民关系条例”第7条的规定，即“在大陆地区制作之文书，经行政院设立或指定之机构或委托之民间团体验证者，推定为真正”。协议确立的仍然是一种文书验证方式，只不过两岸协议把这种验证发展成为互免证明。而且这种推定主要是针对文书、证据材料本身，即推定依据协议协助获得的文书、证据材料本身具有合法性和真实性，是一种行政上的验证程序，并非司法程序内的质证认证程序。如台湾“最高法院”2008年度“台上字第2462号判决”中指出：“台湾地区与大陆地区人民关系条例第7条所定：‘在大陆地区制作之文书，经行政院设立或指定之机构或委托之民间团体验证者，推定为真正。’系关于文书验证效力之规定，与证据能力（指符合法律所规定之证据适格，而得成为证明犯罪事实存在与否之证据资格）之有无，应依刑事诉讼法相关规定加以认定，两者并非相同。申言之，文书是否真正，与证据能力之有无，系属二事，不容混淆。在大陆地区制作之文书，经依法验证者，形式上虽推定为真正，然尚非因此即认具有证据能力。”所以，两岸协助调查取证互免证明并不能推出依此方式获得的证据当然具有证据能力的结论。
两岸对协助调查取证获得证据的证据能力认定的态度不同。先看大陆对协助调查取证取得证据的证据能力的认定。大陆地区坚持实事求是的证据制度，以追求证据的客观真实为第一要务，所以，无论是什么样的证据，也无论证据的收集或取得方式有何差别，只要真实，“一切证据都必须经过查证属实，才能作为定案的依据”，真实性是证据被采纳为定案证据的主要标准。其次，台湾地区对协助调查取得证据主要认定为传闻证据。台湾“最高法院”2007年度“台上字第5388号判决”指出：“被告以外之人于大陆地区公安机关（司法警察）调查时所为之陈述经载明于笔录或书面纪录，同属传闻证据，解释上亦应类推适用第159条之2、第159条之3等规定或依其立法精神，审认是否合乎各该例外容许之要件，据以决定得否承认其证据能力。”可见，被告以外之人于大陆地区公安机关（司法警察）调查时所为之陈述经载明于笔录或书面纪录，在性质上与台湾地区司法警察、司法警察官调查犯罪之被告以外人之警询笔录相同，均属传闻证据；虽然同属传闻证据，大陆地区公安机关（司法警察）究非“刑事诉讼法”第159条之4第1款所称“公务员”，自不能“适用”该条款规定。该判决指出解释上应“类推适用”第159条之2、第159条之3等规定或依其立法精神，审认是否合乎各该例外容许之要件，据以决定得否承认其证据能力。对于台湾对大陆地区协助获得证据证据能力的态度，台湾有观点评价道：“客观上而言，台湾地区实务界人士，在触及有关被告以外之人在大陆公安机关之供述时，事实上的确颇为两难：一来，大陆公安机关以台湾地区“刑诉法”之观点观之，恐怕地位是介于检察官与司法警察官之间，是其供述之证据能力，又不能径认有证据能力，也不能径认无证据能力。再者，更大的问题点在于，倘依台湾地区“最高司法机关”之见解，在严格证明法则中合法调查之部分，面临必须要传唤该等人士到台湾地区法院作证时，绝大多数证人恐均有其事实上困难难以赴台，故其结果，不论应该或实然面，被告以外之人在大陆公安机关之供述，确实有被忽略或有意省略之嫌。”在两岸交流日益密切情况下，虽然两岸取证协助发展迅速，但若两岸对于该类证据证据能力的认识差异过大的话，可能会打击两岸调查取证协助的积极性，不利于两岸刑事司法合作的顺利进行。