（三）税捐优惠
1.免缴纳与抵缴营利事业所得税
以BOT模式办理公共建设，系民间机构配合国家经济建设之需要而筹资兴建，考虑其营运初期收入可能难以支付成本支出，有赖往後年度之盈余以弥补兴建期的投资及营运初期之亏损；所以促参法第36条第1项规定：“民间机构得自所参与重大公共建设开始营运後有课税所得之年度起，最长以5年为限，免纳营利事业所得税。”有基於科技进步快速，鼓励BOT厂商购买设备技术与研发，促参法第37条第1项规定：“民间机构得在所参与重大公共建设下支出金额5%至20%限度内，抵挡当年度应纳营利事业所得税额；当年度不足抵减时，得在以後四年度抵减之：一投资于兴建、营运设备或技术。二、购置防治污染设备或技术。三、投资於研究发展、人才培训之支出。”
2.进口关税免征及分期缴纳的优惠
为降低BOT公共建设在兴建期间的资金成本负担，俾以吸引民间机构参与；所以促参法第38条第1及2项规定：“Ι.民间机构及其直接承包商进口供其兴建重大公共建设使用之营建机器、设备、施工用特殊运输工具、训练器材及其所需之零元件，经主办机关证明属实，并经经济部证明其在国内尚未制造供应者，免征进口关税。Ⅱ.民间机构进口供其经营重大公共建设使用之营运机器、设备、训练器材及所需之零组件，经主办机关证明属实，其进口关税得提供适当担保，于开始营运之日起，一年後分期缴纳。”即本条规定民间机构及其直接承包商进口机具设备的关税优惠。
3.地价、房屋与契税减免之优惠
为提高民间机构之投资诱因，促参法第39条第1项规定：“参与重大建设之民间机构在兴建或营运期间，供其直接使用之不动产应课征之地价税，房屋税及取得时应课征之契税，得予适当减免。”即本条规定旨在减轻BOT投资厂商的财务负担。
4.投资股票价款抵减营利事业所得税
为鼓励民间机构参与重大公共建设，促参法第40条第1及2项规定：“Ι.营利事业原始认股或应募参与重大公共建设之民间机构因创立或扩充而发行之记名股票，其持有股票时间达四年以上者，得以其取得该股票之价款20%限度内，抵减当年度应纳营利事业所得税额；当年度不足抵减时，得在四年内抵减之。Ⅱ前项投资抵减，其一年度得抵减总额，以不超过该营利事业当年度应纳营利事业所得税50%为限。但最後年度抵减金额，不在此限。”即私部门因创立或扩充而发行之记名股票，政府给予所得税抵减之优惠。
七、BOT专案相关契约
（一）BOT契约群
又BOT工程项目与一般传统工程项目之契约管理最大的不同，乃在於传统的公共工程契约应依政府采购法办理；而BOT公共工程的兴建，一般被记载於投资契约，应该适用促参法。尤其BOT计画参与的个体，除了政府主管机关外，还有特许公司、投资人、贷款银行机构、承包商、保险公司及专业顾问等，彼此之间的行政管制与经济利益自不相同。唯有靠BOT相关契约的签订，才能使得BOT计画之各方当事人权利与义务得到应有之保障；这些BOT计画中主要的契约，又称为BOT契约群，包括：
1.投资契约（特许权契约）——是BOT专案中的核心契约，为公共建设规划、兴建、营运及转移等及其他相关契约的基础，其契约主体为政府主管机关与特许投资公司，故又称为投资契约。
2.股东协定契约——是指记录股东间彼此投资金额的多寡及权利与义务分派等协定之契约。一般BOT专案之资金大多由特许公司、工程公司、设备供应商及金融机构等民间投资，政府出资或入股的情形较少，例如台湾高铁BOT案。
3.融资契约——由於一般BOT专案的规模庞大，投资者大多需转向银行或贷款机构融资。因此BOT融资机构本身的风险管理可以透过下列两种契约之管理方式来避免：（1）一般保障方式，如固定价格工程契约、工程统包契约、工程履约保证等；（2）特殊保障方式，如政府机关配合为BOT专案融资而作保证或限定期间的备用融资额度契约等。
4.营运管理契约——特许权公司在营运阶段，聘用专业营运公司代为经营管理以减低经济上风险。
5.保险契约——BOT专案的整体计画之开发乃是一个风险管理过程，各个参与机构间除彼此签订契约外，对於意外的保险或资金纾困也是契约管理的一个重要机制：因此保险契约是弥补各机构间之契约管理的漏洞，确保BOT专案的经济上可行，降低财务风险与工程风险等。
（二）BOT投资契约
上述BOT契约群中，以投资契约为最重要，属主契约；而其他则为附属契约。即在“契约为王”（contact is king）之原则下，BOT专案系以契约来分担风险与责任。尤其投资契约系政府主办机关与民间机构所签订之基本契约，非但由政府赋予民间机构特许经营权，并规划基本权利义务关系。促参法第11条规定：“主办机关与民间机构签订投资契约，记载下列事项：（1）公共建设之规划、兴建、营运及转移；（2）权利金及费用之负担；（3）费率及费率变更；（4）营运期间届满之续约；（5）风险分担；（6）施工或经营不善之处置及关系人介入；（7）稽核及工程序控制管；（8）争议处理及仲裁条款；（9）其他约定事项。”前条中之权利金，其意义代表政府授予民间机构特许经营权利而取得的对价收入，权利金之金额须能反映BOT专案之财务结构。换言之，当BOT厂商之特许经营权之特许权价值愈高，代表该公共建设之营运获利将愈高，故权利金之金额愈大。
至於经营权特许之价值衡量，一般考虑下列经济因素：（1）BOT特许权所提供的营运服务事项是否有涉及垄断或寡断；（2）如涉及垄断或寡断，服务费率之订定标准是否受到法令或契约管制；（3）公有土地之使用，如设定地上权；（4）特许权是否涉及专利或智慧财产权之授权使用；及（5）风险分担，如政府是否提供最低营收保证。尤其在BOT重大交通建设，因其投资金额庞大，兴建期长，投资回收期长，并且营运风险大；此际，虽然该BOT特许权尚不涉及垄断或寡断或独占，但是为了保障社会大众的使用权利，政府应对投资厂商加以监督管理；并对投资厂商以对价方式收取相当的定额权利金、营运权利金，以反应该BOT特许权的价值；尤其当BOT案有设定地上权使用公有土地时，须依法收取土地租金。
BOT项目计画的成功与否，是否能具体完成公共建设及提供营运服务，端赖其投资契约的履约管理。台湾的BOT投资契约，过去最令人诟病的为业主（政府机关）在拟定制式的BOT投资契约时，对於投资厂商的权力行使非但有诸多限制，且对於BOT投资人的责任要求亦相当严苛，权利义务未必公平。例如在BOT投资契约的公共兴建部分，仅约定机关主张终止契约的情形，对於投资人得主张之权利，常见於行政管制内漏未规定或不完备。
诚如政府机关常要求BOT投资人得在公共建设工程为验收完成前，配合政策需要先行使用，但其危险却由BOT投资人负担。例如政府机关与BOT投资人对契约解释不同，公务人员为恐涉入图利厂商之嫌而推托承办责任等，因而影响投资厂商的BOT工程兴建进度等之履约，况且因政府行政审核程序拖延或本位主义而衍生的履约争议亦时有所闻。本文认为BOT投资契约除维护公共利益外，应以公平合理为原则，以提升社会经济发展，促进民间参与公共建设； 即投资契约之履行，应依诚信原则。
台湾的BOT主管机关公共工程委员会参考国际及国内惯例，制定《BOT投资契约要项》，俾期待制定符合公共利益及公平合理之契约范本，以供机关及投资人遵循。至於BOT投资契约要项的内容，按“机关办理促进民间参与公共建设案件作业注意事项”第41点规定：“主办机关与民间机构签订投资契约，应依个案特性，记载下列事项：（1）契约期间（含兴建期间、营运期间；（2）民间机构兴建营运许可权；（3）双方工作范围；（4）双方声明与承诺事项；（5）政府协助事项；（6）用地与设施取得、交付之范围与方式；（7）兴建；（8）营运；（9）附属事业；（10）费率及费率变更；（11）土地租金、权利金及其他费用之计算与缴纳；（12）财务事项；（13）稽核及工程序控制管；（14）契约届满前（时）之移转；（15）履约保证金；（16）保险；（17）营运续效评估机制及营运期间届满之续约；（18）缺失及违约责任（含施工或经营不善之处置及关系人介入）；（19）契约之变更与契约之终止；（20）因主办机关政策变更致投资契约终止、解除之损失补偿；（21）争议处理及仲裁事项；（22）协调委员会之组成时机、方式及运作机制；（23）依法令须经其他有关核准事项、延迟达相当期间或於相当期间未能通过之处理方式；（24）其他约定事项。”惟BOT投资契约要项仅为任意性规定，并不强制机关必须纳入BOT投资契约中，故BOT投资契约内容中双方当事人权利义务是否真正公平合理，有赖於法律经济分析与契约解释，对履约管理及争议处理至关重要。
台湾公共工程委员会於2000年6月颁订“1999年促参案件招商档及投资契约参考范本”，供各主办机关办理促参案件应用，但基於促参案件涵盖13项20类公共建设，并且政府机关应办事项也因个案的经济、财务与环境难免有所不同，所以该参考范本的条文自难一体适用；故BOT投资契约内容，主办机关得依公共建设类别及个案特性斟酌修定。
由於工程品质攸关民众使用安全；且工程进度也影响国家经济建设之推动。所以BOT公共建设的品质与进度，为主办机关特别加强监督之重点。於促参法第52条规定：“Ⅰ.民间机构于兴建或营运期间，如有施工进度严重落後、工程品质重大过失、经营不善或其他重大情事发生，主办机关依投资契约得为下列处理，并以书面通知民间机构：（1）要求定期改善；（2）届期不改善或改善无效者，终止其兴建、营运一部或全部。但主办机关依第3项规定同意融资机构、保证人或指定之其他机构接管者，不在此限；（3）因前项中止兴建或营运，或经融资机构、保证人或其指定之其他机构接管後，持续相当期间仍未改善者，终止投资契约。Ⅱ.主办机关依前项规定办理时，应通知融资机构、保证人及政府有关机关。Ⅲ.民间机构有第1项之情形者，融资机关、保证人得经主办机关同意，於一定期限内自行或择定符合法令规定之其他机构，暂时接管该民间机构或继续办理兴建、营运。”由本条知，除施工进度严重落後及品质重大违失外，当民间机构发生经营不善或重大情事时，主办机关亦得行使介入权；以确保公共工程品质，并确保能如约与如期完工，达成提供民众使用之公共利益与促进产业经济发展。
至於主办机关的BOT公共建设的紧急处分权方面，同法第53条规定：“Ⅰ.公共建设之兴建、营运如有施工进度严重落後、工程品质重大过失、经营不善或其他重大情事发生、於情况紧急，迟延即有损害重大公共利益或造成紧急危难之虞时，中央目的事业主管机关得令民间机构停止兴建或营运之一部或全部，并通知政府有关机关。Ⅱ.依前条第1项中止及前项停止其营运一部、全部或终止投资契约时，主办机关得采取适当措施，继续维持公共建设之营运。必要时，并得於以强制接管营运；其接管营运办法，由中央目的事业主管机关于本法公布後一年内订定之。”本条第2项中揭明，基於维护公共利益，中央目的事业主管机关得终止投资契约，以维持公共建设之营运，确保公共经济之发展。
（三）投资契约之法律性质
关於BOT投资契约之法律性质，学术上主要有行政契约说、民事契约说以及混和契约说，其理论基础及区别实益如下：
1.行政契约与民事契约说-系争两说可从：（1）决标公告之性质；（2）契约内容及（3）权利保护三方面分析之：
（1）决标公告之性质：行政契约说认为最优申请人有优先议约之效力，自属行政处分。另依促参法第47条规定：“参与公共建设之申请人与主办机关於申请及审核程序之争议，其异议及申诉，准用政府采购法处理招标、审标或决标争议之规定。”而政府采购法第83条规定：“审议判断，视同诉愿决定。”从而甄审公告应视为行政处分。
（2）契约内容：行政契约说主张依促参法所归结之投资契约内容，不论是促参法第52条或第53条之命令停止兴建或营运强制接管之规定，均可证明BOT契约之标的及目的，在招商、兴建及营运期间，充满着公权力的介入与监督内容。从台湾司法院大法官释字第533号解释知，特许契约之标的为特定公共建设之兴建与营运，攸关重大公共利益，与单纯之行政辅助行为或私契约不同。即投资契约中约定事项，诸如土地徵收取得、主管机关的监督权、强制接管等；均涉及公法上之权利义务，应认为行政契约。