（一）失衡的法庭三角关系
刑事诉讼法由纠问制转向控诉制，不表示人民的诉讼权益能够立刻获得保障。原因在於，当时的控诉制仅具形式，其实质仍不脱纠问色彩。换言之，法官、检察官及被告所组成的法庭三角关系并不平衡。如果法庭的三角关系无法取得平衡，人民将难期待法庭的公平性。在控诉制度下，检察官负责侦查起诉，法官是公正客观的裁决者，被告则应该拥有足够的防御权，以保护自己在诉讼上的权利。
然而，早先的刑事诉讼程序中，检察官不用负担实质举证责任，通常只要在法庭上朗读“如起诉书状所载”等语，便将证据调查的工作交由法官主导，控诉制的精神荡然无存。检察官具备强大的强制处分权，尤其是检察官于侦查中的羁押权，以及长达三日的人犯解送时间，不仅严重侵害人权，更恐使犯罪嫌疑人惧怕国家力量而枉送清白。再者，被告的防御权欠缺，辩护人多受掣肘，使法庭三角关系更加歪曲倾斜。
面对失衡的法庭三角关系，立法者尝试藉由修法加以导正，尤其是1997年的修法，对於法庭三角关系的失衡，有相当重要的矫正作用。该次修法将羁押决定权归属于法官，以符合“法官保留原则”，有利於被告的人权保护。此外，被告的缄默权，讯问被告的态度恳切，避免疲劳等不正方法的讯问，更原则禁止司法员警的夜间询问。为保障人身自由，除非有障碍事由的发生，解送人犯的期间限二十四小时；被告如果是智慧障碍者，应予强制辩护，以保障其防御权。
从疑犯与被告的人权保护看，这些都是相当重要的修法，但对於调整失衡的法庭三角关系，成效有限。因为刑事诉讼的修法未真正落实控诉制，检察官无庸负担实质的举证责任，法官为发现真实而卖力调查，反而形成审检联手攻击被告的氛围，亦难期待法官有客观公正的立场。是故，刑事诉讼法的修正，持续将重心放在调整法庭三角关系失衡的状态，尤其是采取“改良式的当事人进行主义”6，使检察官负担实质的举证责任，强化被告权利；同时修改刑事诉讼法的证据章节，让法庭的证据调查活动由当事人主导，法官则成为真正的客观公正第三人。只有在真相混沌，或为实现正义以及保护被告重大利益时，法院才发动职权调查。
（二）负担过重的司法机器
司法资源有限，要在有限的资源内，将刑事诉讼的功能发挥至大，立法者必须针对不同案情需求，制定相异的程序，避免司法机关的力量虚耗在不必要的案件上。这个问题对於从“职权进行”转向靠近“当事人进行”，尤其重要。随着台湾人口增加，以及法治观念提升，民众使用法院的次数增加。法庭调查证据活动若由当事人主导，可能拖延诉讼进度。如果没有相关配套，必然会造成司法机关过度沉重的负担。
这项议题，长期受立法者关注，1990、1995年持续修正“非通常审理程序”，亦即“简易程序”，1997年更进一步扩大简易程序的适用范围，於刑事诉讼法第449条规定，若被告于侦查中自白，或有其他证据已经足证犯罪，检察官得向法院声请不经通常审判程序（如有必要，则於处刑前讯问被告），改采简易判决处刑；法院亦得酌情适用简易程序。
并非所有的案件都可以进入简易程序，只限於“所科之刑以宣告缓刑、得易科罚金或得易服社会劳动之有期徒刑及拘役或罚金”，也就是法院得为二年以下有期徒刑、拘役或罚金宣告的案件，才可适用简易程序。於此同时，新增简易程序的“量刑协商”，即被告于侦查中自白时，得向检察官表示愿受科刑的范围或愿意接受缓刑宣告，检察官同意者，应记明笔录，并以被告的表示为基础，向法院求刑或请求缓刑宣告。不过，检察官依此求刑前，得徵询被害人意见，并斟酌情形，经被害人同意，命被告向被害人道歉，并支付相当数额的赔偿金。
不过，仅修改简易程序，仍无法达成“明案速断、疑案慎判”的目标，必须要顺延诉讼的脉络，进行整体性思考，试图找寻案件分流的基准点，让每个案件都能适得其所。在侦查阶段，或许可以赋予检察官更多的裁量许可权，在起诉与不起诉之间，另辟蹊径，让犯重罪或轻罪嫌疑者，有不同的处分方式。当检察官起诉後，在正式进入审理阶段前，应建立一道筛网，用以判断案件应依通常或非通常程序审理。因案件分流得宜，自然可以减轻司法机关的压力。
三、近年刑事诉讼法的修正脉动
面对上个世纪末，台湾刑事司法所面临的困境，引发刑事诉讼法一连串的改革，希望藉此改善法庭三角关系间的失衡关系，以及减轻司法机关的负担。具体的变革，诸如，落实检察官举证责任、强化被告防御权、透过交互诘问活络法庭证明活动以及严格证据法则的运用等，都是有利促使当事人间的实质平等的诉讼制度。此外，以往依赖单调的通常程序处理所有司法案件，造成审判机关的沉重负担。因此，近年修正的重点，摆在调整与创设各种缓解讼源的司法程序，如扩大简易程序适用范围、陆续引进缓起诉处分、简式审判以及认罪协商等诉讼机制，企图利用多元化的管道，解决繁简不同的司法案件，减轻讼源。
秉持这个构想，在21世纪後的修正，为台湾的刑事诉讼法揭开新页。综观这些修正，立法者不再利用单一管道解决千变万化的诉讼，而是在实施“改良式当事人进行主义”的制度同时，考虑配合以效率为主的修正脉动，避免虚耗有限的司法资源。
（一）促进当事人的实质平等
针对审检辩三角关系的失衡，近年的刑事诉讼法修正，都是朝着促进当事人实质平等的方向努力，也就是由传统的“职权进行主义”向“当事人进行主义”靠拢。一方面落实检察官的举证责任，另一方面强化被告的辩护权。就当事人平等的角度而言，首应确立检察官的实质举证责任，将诉讼导向以当事人为主轴；于此同时，应强化被告的防御权，以免在当事人进行主义之下，被告权利被牺牲。
1.落实检察官的实质举证责任
刑事诉讼法第161条检察官举证责任的规定，2002年修法以前，“检察官就被告犯罪事实，有举证责任”。此种空洞化的规范，举证责任的范围、方法皆未规定，只有宣示效果，无法督促检察官确实举证。2002年以後，该条修正为：“检察官就被告犯罪事实，应负举证责任，并指出证明之方法。”即要求检察官就调查的途径、与待证事实的关联及证据证明力等事项，均应提出证明方法。也就是说，检察官必须证明起诉案件的内容为真，使法官得到确信有罪的心证，此不但符合实质举证责任的内涵，更能贯彻无罪推定原则。
同时，立法者於刑事诉讼法第161条第2项以下，增设“起诉审查制度”，类似德国的“中间程序”，目的在於督促检察官，彻底强化实质举证责任的色彩。起诉审查制系指，法院於第一次审判期日前，认为检察官指出的证明方法显不足认定被告有成立犯罪可能时，应以裁定定期通知检察官补正；若检察官逾期未补正者，法官得以裁定驳回起诉。因此，法院在第一次审判期日前，应审查检察官的起诉依据。倘若未达被告可能成立犯罪的门槛，应命检察官定期补正，逾期不补正，法官得以裁定驳回的方式，拒绝审理检察官的起诉；被驳回的案件，若检察官不是因发现新事实、新证据而再行起诉，法官应谕知不受理。换言之，透过检察官实质举证责任的规定，再加上起诉审查制度，可以促使检察官善尽举证责任，提升控诉的力道。
不过，检察官的举证责任及相关起诉审查机制，虽然已有明文，但检察官举证是否能产生预期成效，仍有疑虑。由於台湾现行的刑事诉讼采取“卷证并送制度”，法官在审理前已详阅全案卷宗，对於整体案件早已明了于心，检察官的举证似乎流於形式。是故，吾人难以期待，法官在接受所有的侦查卷宗後，仍会持空白心证，聆听检察官与被告（辩护人）之间的攻防。因此，未来若欲深化检察官的举证责任，势必检讨现行卷证并送制度，逐步朝向卷证不并送的刑事审判程序。如此，检察官为了使法官形成有罪心证，必须竭尽所能提出被告有罪的证据，同时也必须说服法官，达到真正落实检察官举证责任的目标。
2.诉讼模式以当事人调查为主
在证据调查方面，也反应出以当事人为主的调查模式。2002年前，刑事诉讼法第163条以法院调查优先于当事人调查6；又同法第287、288条规定，检察官陈述起诉要旨後，审判长应就被诉事实讯问被告，并且应调查证据，显示法院在刑事诉讼的证据调查，扮演主导角色，期望透过法院的职权调查，使刑罚权能具体落实，并能满足人民对於正义的渴望。
然而，2002年刑事诉讼法第163条修正後，刑事诉讼上的证据调查不再以法官为主，而是以当事人为主。法院仅在为求发现真实，维护公平正义，或对被告利益有重大关系时，方有义务进行职权调查。台湾实务判决，也认为法院的调查仅在当事人调查证据後，若有不明确时，方得斟酌情形介入调查。例如，最高法院97年度台上字第5306号判决明白指出：“刑事诉讼法第一百六十三条规定揭櫫当事人调查证据主导权之大原则，法院于当事人主导之证据调查完毕後，认为事实未臻明了仍有待厘清时，始得斟酌具体个案之情形，予以裁量是否补充介入调查。证据如与发见真实不具关连性者，法院未为无益之调查，即不能指为有应调查而不予调查之违法。”从该号判决可以得知，就调查证据的次序，当事人优先于法院，法院须待当事人结束调查证据後，方得考虑是否依职权介入。
近来台湾最高法院101年度第2次刑事庭会议决议，进一步限缩职权调查的范围，仅限於“公平正义的维护”、“有利於被告”事项，法院方有义务职权主动调查。质言之，虽然现行刑事诉讼法第163条第2项规定：“公平正义之维护或对被告之利益有重大关系事项，法院应依职权调查之。”然而，最高法院认为，依《世界人权宣言》第11条第1项及《公民与政治权利国际公约》第14条第2款的规定，无罪推定原则是各国立法例皆应遵守的准则，同时证明被告有罪属於检察官的责任，法院并无义务接续检察官的调查，因此，对於不利被告的事项，检察官需负起举证任务，法院不再依职权介入调查。惟上述决议引发台湾司法审检之间的强力对抗，甚至有检察官上街静坐，表达强烈不满；最高法院则公开回应：“决议乃落实前开无罪推定原则、检察官应负举证责任的规定，符合两公约保障人权的精神，不仅顾及被告的利益，也没有减损被害人的权益，并无法院天平向被告倾斜的疑虑。”对检察官的强烈反抗表示遗憾。
关於法院职权调查地位，各国基於立法体例的不同，采取不同看法。就德国而言，法院的职权兼含搜集与调查证据，此观德国刑事诉讼法第224条第2项规定：“法院为探究真实，应依职权就基础之一切事实与证据方法予以调查。”即可得知。至於美国与日本则采取法院职权调查 为例外的模式，原则上由当事人调查，仅在具备必要性的情况，法院方得职权调查。由於台湾自2002年起的修法，明显朝向当事人进行的方向，因此，应降低法院职权调查的分量，并增加当事人（检察官与被告或辩护人）举证的比例。虽然制度上仍有许多缺漏，如未采卷证不并送的制度，使法院在审前即产生有罪与否的心证。然而，大抵上而言，整体的改革仍符合司法改革会议的精神，朝向当事人进行的方向。因此，即便最高法院101年第2次刑事庭会议决议引发不同的声音，但当事人主义的基本精神依旧不变。
3.被告诉讼防御权的整体强化
对被告而言，如何能强化辩护的权利，提升整体防御的能力，是实行当事人进行主义的重要关键配套。就现行刑事诉讼法而言，共有公设辩护人、义务辩护人、选任辩护人、法扶辩护人；加上2006年起，刑事诉讼法将强制辩护案件扩及至“侦查中”6，使得整体辩护制度已有相当大的规模，对於实行当事人进行主义的改革，有相当程度的帮助。
此外，2009年司法院大法官于释字654号解释阐明：“刑事被告与辩护人能在不受干预下充分自由沟通，为辩护人协助被告行使防御权之重要内涵，应受宪法之保障。”对此，刑事诉讼法因应大法官的解释而加以修正，强化保证被告与律师充分自由沟通之权。2010年刑事诉讼法第34条增订第2项，原则上保障被告与律师侦查中的自由接见、通信等交通权利，如有事证足认其有湮灭、伪造、变造证据或勾串共犯或证人的情形，方得限制或禁止。换言之，侦查中受拘提或逮捕的被告，将拥有与辩护人见面通信的权利，只是接见时间不得逾一小时，且以一次为限。被告与辩护人的自由沟通，不论被告是受羁押或受拘提逮捕，皆不受影响。近年的修法，不但确认被告与律师沟通的权利，更强化被告防御权，对於当事人进行的诉讼模式，有显着的帮助。