被告防御权，除了接受律师的协助外，律师辩护的品质也相当重要。就目前而言，整体辩护人的水准参差不齐，尤其是法律扶助的案件上，更形明显。事实上，当被告属於弱势，或受到重罪的起诉，应当接受良好的辩护，方能保障被告权益。故当前应培养刑事专业的扶助律师，并且增加扶助律师的员额，以及扩大扶助范围，彰显法律扶助的精神，同时建立公允的评鉴机制，而确保法律扶助的品质。若法扶不能因应实际需求，也可以考虑恢复公设辩护人的招考，使部分必须受到辩护的案件，得受到最良善的辩护品质。
（二）建构坚实的事实审
由於法官、检察官、被告（含辩护人）三方关系失衡，造成事实审的功能不彰，所以台湾的司法实务，时常可见最高法院以事实不明为由撤销发回更审，使案件经常往返於二、三审之间，久悬未决，徒增人民讼累。因此，近年的刑事诉讼改革，希望解决当前案件经常往返於二、三审的窘境，进而走向金字塔型的诉讼架构－第一审为事实审审判中心，第二审采事後审兼续审制，第三审采严格法律审并采上诉许可制。
金字塔的诉讼架构能否成功，关键在於事实审是否坚实。为了建构坚实事实审，2003年进行近年台湾刑事诉讼法最大，也是最重要的修法。该次修法主要集中在证据章节及（第一审）审判章节，修正的重头戏在於交互诘问、自白法则、传闻法则等，证据俨然成为刑事诉讼实务与研究的重心；又为了建构坚实的事实审，必须使审理集中，避免拖延诉讼。
1.交互诘问的确立
交互诘问的制度，规定在刑事诉讼法第166条以下。修法理由指出，“为落实当事人进行主义之精神，审判程序之进行应由当事人扮演积极主动之角色，而以当事人间之攻击、防御为主轴，因此有关证人、鉴定人诘问之次序、方法、限制内容，即为审判程序进行之最核心部分。”由此可知，交互诘问制度实施之成败与否，实为刑事诉讼制度能否顺利由“职权主义”成功转型为“当事人进行主义”的关键。
交互诘问可以由检察官、被告（或辩护人）分别对证人直接问话，使证人讲出对自己一方有利的证据；或是发现对方所举之证人为不实的虚伪陈述时，可以提出质问，使他的虚伪陈述泄底而不被采信。司法院大法官释字第582号指出：“宪法第十六条保障人民之诉讼权，就刑事被告而言，包含其在诉讼上应享有充分之防御权。刑事被告诘问证人之权利，即属该等权利之一，且属宪法第8条第1项规定“非由法院依法定程序不得审问处罚”之正当法律程序所保障之权利。为确保被告对证人之诘问权，证人于审判中，应依法定程序，到场具结陈述，并接受被告之诘问，其陈述始得作为认定被告犯罪事实之判断依据。”由此可知，交互诘问的主要目的，在於保障被告的反对诘问权，以符合刑事诉讼法的正当法律程序及保障人权要求。
现在台湾刑事法庭活动的重心集中在“交互诘问”，但目前的交互诘问制度在运作上，仍有许多问题尚待解决。譬如，交互诘问时，台湾的法庭上仍然时常出现法官、检察官及辩护人三人一起诘问证人的状况，造成法庭混乱与诉讼拖延；准备程序的功能没有完全发挥，使得交互诘问有时变得相当冗长，且无法凸显诘问的重点。总之，除了司法从业人员素质的提升外，准备程序是交互诘问制度成败的关键，如能在准备程序里，尽力澄清交互诘问所必须的证据，排除交互诘问时不必要提出的证据，越能节省诘问的时间，有效率的发现真实。此外，现行法未一倂改采起诉状一本主义及证据开示制度，多少削减交互诘问制度设计功能，使交互诘问制度之规范目的，大打折扣。
2.刑事审理集中化
2003年刑事诉讼法修正前，刑事司法实务上，法院对於案件的审理模式，尚未有集中审理的概念，法官心证是由多次间隔久远的开庭过程中渐渐成型，最後才以空洞化的审理辩论终结，除了无法集中审理犯罪案件的争点事实，也难进行有效率的法庭活动，自然形成实务工作者不少的积案压力。
“集中审理原则”的概念精神，就是要人与物能够齐聚一堂，集中证据调查与审理等时程於一定的时间之内，有条不吝、按部就班的迅速审理终结案件。为达此等目的，刑事审判於开始审判之前即应为相当的准备，避免进行无谓的程序，浪费诉讼资源与时间。在刑事诉讼制度修正为改良式当事人进行主义後，以调查证据为核心的审判程序应如何进行，调查证据之次序、范围、方法及整理，并告知争点等应如何安排，均需要经由法院与当事人讨论决定，因此准备程序的必要性即应运而生。
2003年刑事诉讼法修正第273条，明文订立准备程序的应有作为，使准备程序的进行有法律依据。修法理由明确指出：“刑事审判之集中审理制，要求诉讼程序密集而不间断地进行，则於开始审判之前，即应为相当之准备，始能使审判程序密集、顺畅。故参考日本刑事诉讼法诉讼规则第194条之3规定，将准备程序中应处理之事项，增列其中，以资适用。”
准备程序，最重要的就是在该程序中处理，诸如：（1）起诉效力所及的范围，与有无应变更检察官所引应适用法条的情形；（2）讯问被告、代理人及辩护人对检察官起诉事实是否为认罪答辩，以及决定可否适用简式审判程序或简易程序；（3）案件及证据的重要争点；（4）有关证据能力的意见；（5）晓谕为证据调查声请；（6）证据调查之范围、次序及方法。（7）命提出证物或可为证据之文书，以及（8）其他与审判有关事项。
有充分的准备程序，并在集中审理的情况下，检察官的莅庭才不会流於形式，不违背直接审理原则与言词审理原则，进而匡正诉讼实务中检察官与法官过分纠问的弊端。内容充实的准备程序，应是审判期日法庭活动得以效率进行的前置工作，刑事审理集中化因而能够达到最大的成效。
值得注意的是，为了呼应集中与迅速审理，2010年5月19日，通过“刑事妥速审判法”（下略称速审法），藉此契合“公民与政治权利国际公约”保障人民接受迅速审判的权利。速审法之目的在於，维护刑事审判之公正、合法、迅速，保障人权及公共利益。速审法共计14条，大部属於宣示性条文。不过，速审法第4条就准备程序的落实机制，亦做出明确规范。依该条规定：“法院行准备程序时，应落实刑事诉讼法相关规定，於准备程序终结後，尽速行集中审理，以利案件妥速审理。”若能强化准备程序的功能，势必能加速审理程序，而达到妥速审判的效果。
虽然，有论者认为本条所欲表现的精神已在刑事诉讼法第273条展现，速审法无进一步的详细规定，有重复立法之嫌。然而，本文认为速审法的精神在於“妥速”审判，有效的准备程序绝对可以使诉讼程序更有效率，因此即便速审法未详加规定具体内容，仍符合本法的基本精神。惟未来修法时，可以考虑细致化相关的具体内容。
3.证据法则的制定
刑事诉讼所追求的真实发现，有赖於证据的存在，以及“证据法则”的适用。2003年对证据法则进行全面修正，希望对於事实的认定，能够更加周全。在证据法则的基础原则上，台湾刑事诉讼法第154条规定无罪推定，以此排除传统预断有罪的旧观念，同时要求检察官负担实质举证责任，为被告人权保障提供基础。同条的证据裁判原则，昭示犯罪事实的认定应依证据，无证据不得认定犯罪事实，所有不利被告的犯罪事实都必须要经由证据加以认定。另外，刑事诉讼法第155条是自由心证原则，但心证的形成不能违背经验法则及论理法则；又未经合法调查的证据，不得作为判断的依据，是严格证明法则。
证据能力排除法则的修定，是2003年刑事诉讼法修法的大热门。无证据能力之证据，不得作为判断依据，而关於证据能力有无的判断，有排除法则、自白法则、传闻法则等，于当年刑事诉讼法修正时，均有重要的修定。在排除法则里，有重大违法取证的当然排除，这是法律明文的情形，如刑事诉讼法第158条之2违背讯问禁止规定与告知事项所取得之证言，以及刑事诉讼法第158条之3证人、鉴定人未依法具结所为的陈述等，必须绝对排除其证据能力；另外，也有违反法定程序进行的搜索、扣押等取证时，有无证据能力的认定，依刑事诉讼法第158条之4规定，则应审酌人权保障及公共利益之间均衡维护的相对排除。
台湾过去司法实务上，侦查机关时常过度依赖自白，造成刑求取供、威逼利诱等不正讯问方式的产生。自白充满许多不可靠的因素，过度评价自白将造成错误判决和冤狱，所以侦查机关不应过度依赖自白，仍需找寻其他证据（补强证据），以佐证自白犯罪并非虚构，故2003年的修法指出，自白必须符合“任意性”及“真实性”。另外，被告以外之人於审判外的陈述，其证据能力究竟如何，向来是实务的重大困扰，刑事诉讼法引进传闻法则的概念，增修第159条至第159条之5，规定被告以外之人，在法院审判外所为的口头或书面陈述，原则上不得采为证据，但为兼顾现实需要及实务运作之无碍，对於在检警侦调中之陈述（供述证据）及其他纪录、证明文书（非供述证据），於符合必要性、可靠性、可信性的情况保证要件下，本於例外从严的立场，分别情形定其证据能力。
2003年的修法，台湾刑事诉讼法的证据法则规定虽有大幅进步，但仍未尽完满，尤其是条文简略或规范未明，导致适用产生疑义。例如，刑事诉讼法第158条之4违法取证的相对排除，其发生违背法定程序之范围如何，应否均排除其证据能力？最高法院93年台上644号判例虽提出一些判断指标，但仍相当模糊。其他如，刑事诉讼法第159条之1，被告以外之人於审判外，在法官面前的陈述，是否以其於审理期日不能到庭为必要；第159条之4特信性文书的内涵是否具有例行性等。这些问题都亟待解决，无论是司法实务取得共识，或立法者藉由修法以杜争议。
（三）多元化的缓解讼源机制
理想的刑事诉讼制度，是在保障人权的基底下，有效追诉犯罪而实现正义。但是，人权保障与发现真实（有效追诉犯罪）之间，难以寻求稳固的平衡点。例如，被告本来应有直接审理、公开审理、集中审理与言词辩论的机会，才能洗刷冤情或发现事实真相。可是，犯罪态样众多，事实繁简未必相同，若所有案件皆以严格法定程序进行追诉审判，势将拖延诉讼，反而不利真实发现，有违司法正义。故在诉讼资源的分配上，根据案件性质而做不同处理，应更能符合宪法第七条的平等原则。
近年来，台湾刑事诉讼制度的不断更张，证据调查趋於严谨与交互诘问下的法庭攻防，法院必须耗费更多的时间精力进行审判，累积的案件势必无法消化。因此，为了有效缓解当事人进行主义下必然累积的庞大讼源，於侦查中，2002年所新增的“缓起诉制度”，希望先从法院入口前，作为筛选讼源的第一道把关者。同时，达到诉讼经济的目的，减轻法院处理案件的负担，早在1997年，就扩大简易处刑程序的案件范围，於2003年及2004年分别立法增订简式审判程序与引进认罪协商程序。
总归来说，是将案件轻微性、犯罪事实明确性、限制科刑范围与科刑资料充足、被告同意後即得进行的简单审判程序。目的是为疏减讼源，给予并鼓励初犯及轻微犯罪人改过自新的机会，使法官能有更充裕的时间处理复杂的案件，以提升裁判品质，增进人民对司法的信赖。以下简要说明为了有效率缓解案件过多的四个特别程序。
1.增订缓起诉制度
缓起诉制度普遍被认为是兼顾诉讼经济与当事人进行主义应有的配套措施。台湾的缓起诉制度，主要是考察日本缓起诉制度的实务运作结果而来。考察发现，此一制度充分发挥筛检案件功能，法院起诉案件大量减少，被喻为“精密的司法”，协助司法机关将心力投注於重大且复杂的案件，对於轻微没有处罚必要的犯罪，让其在侦查时提前脱离司法程序的枷锁。
台湾的缓起诉规定承袭日本制度，属於起诉便宜原则的运用。检察官对於犯罪嫌疑人提起公诉，主要目的在於请求法院给予适当量刑，期望行为人在接受刑罚制裁後，知道悔改，重新踏入社会。但是，对於有些犯罪人，如果认为没有施加刑罚的必要，在审判前的起诉程序即加以排除，使不进入审判程序，比起一律予以起诉科刑，将更符合诉讼经济与刑事政策的目的。