笔者认为，符合诉讼规律的做法应是将主任检察官设计为监督者，而非责任承担者。对于实际承办案件的检察官来说，他们的办案意见必须受到尊重，办案责任也应由其承担。若为避免低质量的检察文书，应兼顾检察一体化和检察官的独立地位，即如台湾地区的经验：一方面可以通过主任检察官建议承办检察官修改办案意见的方式实现；另一方面，如果承办检察官坚持，主任检察官将案件交由检察长决定。检察长可以行使指令权，通过案件的收取和移转，将此案收归自己或交由其他检察官承办，相应地，办案责任由新的承办人承担。然而，若按照大陆目前的制度设计，由承办检察官具体办案，而主任检察官承担办案责任，行政化的办案思路依旧没有改变，这势必会造成主任检察官权力的膨胀，以及承办检察官独立地位的进一步萎缩。
三、两岸主任检察官办案组织形式比较
（一）台湾地区以检察官个人为基本办案单位
台湾检察官以股为单位进行划分，一股代表一名检察官，从《千字文》中取字确定其专属股名。每股检察官配备一定数量的书记官、检察事务官等人员辅助其办案。检察官作出的所有检察文书都要经主任检察官核转，交由检察长批准才可生效。
台湾检察系统并无所谓的“三级审批制”，一线的办案检察官是有职有权的责任主体。案件的侦查、起诉都以检察官个人为基本单位。主任检察官只可就案件办理向承办检察官提出建议，是否采纳由承办人决定。简言之，台湾的主任检察官制度并没有改变办案责任的归属，检察官才是基本的办案组织，并对承办案件负责，他才是独立的责任主体。
（二）大陆采办案组的办案形式
大陆采取的是主任检察官办案组的办案形式。以北京市一分检为例，主任检察官办案组由“主任检察官-主诉（办）检察官-助理检察员-书记员”组成，皇现出四级塔状结构，主任检察官是组内的总指挥官。上海阂行区检察院区分案件的不同类型，主任检察官办案组还有大小之分：每组主任检察官同为一人，但检察官、助理检察员和书记员的具体员额有所不同。
简单案件在主任检察官办案组内消化；而针对复杂、疑难案件，主任检察官领导办案组出具办案建议，交由分管检察长审批决定。对一般的简单案件而言，主任检察官并不实际承办，由主诉（办）检察官作为案件的实际承办人，助理检察员担任前者的助手；书记员负责组内的所有的卷宗案件的记录、卷宗整理、复印、归档、接待律师阅卷等事务性工作。主诉（办）检察官提出办案意见后，由主任检察官审批决定。而面对复杂案件，主任检察官成为实际承办人，主诉（办）检察官、助理检察员和书记员均辅助其工作，没有独立处理复杂案件的资格。
质言之，大陆的主任检察官制度改革是将原本涵盖检察院各级的行政化处理案件方式压缩到主任检察官办案组之内。进步之处在于从原来的“检察官-部门负责人-检察长”的三级审批制，简化为“检察官-主任检察官”及“主任检察官-检察长”的二级审批制。然而，“办案者无决定权，决定者不办案”的实践弊病依旧没有纠正，承办检察官的独立地位依旧难以形成。
（三）大陆主任检察官与部门负责人的关系
在大陆讨论主任检察官制度，还必须考虑主任检察官与部门负责人的关系问题。如果在增设“主任检察官”的同时保留科、处长的行政职务，就必须考虑主任检察官与部门负责人之间的关系如何处理。如果主任检察官在对应的行政级别上低于部门负责人，科、处长掌控着主任检察官的人事权，则检察系统的行政化问题不会得到根本改善，主任检察官独立处理检察事务也无从谈起。
在此问题上，大陆的试行经验皇现出两个特点：其一，部门负责人与主任检察官之间高度重合；其二，部门正副职负责人分理行政与检察事务，担任主任检察官的均为部门副职，正职负责人依旧保留行政官性质。实践中，上海与北京的主任检察官制度要求部门负责人“一岗双职”，即部门负责人是当然的主任检察官；反过来，主任检察官也多由部门负责人担任。例如，北京市一分检的公诉部门现有9名主任检察官，其中有8人是部门副职负责人；在上海市阂行区检察院，试行主任检察官制度的四个部门（侦查监督、公诉、金融检察、未成年人）中，副科长全部为主任检察官或者代理主任检察官，带组办案。如此一来，检察机关在已设有专理人事、行政等事务部门的前提下，每个办案部门又另设一位纯粹的行政官，且官职高于主任检察官。尽管在办案层面，主任检察官是仅次于检察长的职务，但由于人事权掌握在正职科处长手中，报告、请示仍难避免，纵使制度赋予主任检察官独立决定权，其独立性前景仍不容乐观。
四、两岸主任检察官待遇情况对比
主任检察官的待遇是该制度正常发展必须依靠的重要配套措施。在主任检察官的待遇设计方面，一方面必须能够充分调动检察官及主任检察官的积极性；另一方面，也必须采取措施预防主任检察官的官僚化问题。
（一）台湾地区的规定旨在预防主任检察官的官僚化
在台湾地区，考虑到主任检察官自从诞生之日起便隐含着“行政官”色彩，有关主任检察官待遇的诸多规定都在朝着遏制官僚化的方向努力，主要体现在以下三个方面：首先，主任检察官不一定享受更优越的薪资待遇。台湾检察官的薪资待遇不与行政职务挂钩，与是否担任检察首长或者主任检察官并无必然联系。实践中，一些资深检察官已达年资要求，却无意愿担任主任检察官，而是继续担任检察官；也有一些主任检察官的任期已满，但并未升任上一审级，而是回任本级检察官。对于这些检察官而言，他们的职等可能与主任检察官相同，甚至比后者更高，薪资待遇也可能更优。其次，台湾主任检察官并无身份保障的优待。台湾的主任检察官并不因其“主任”身份而有特殊保障，只是因为其有检察官资格而受到身份保障。主任检察官在职级上参照庭长，其身份保障亦与庭长相同。因此，并不存在“终身主任检察官”，当主任检察官不再适任时，便讨论其退场问题。再次，台湾主任检察官有任期限制，任期四年，以连任一次为限。2012年4月27日，“法务部”公布了“高等法院以下各级法院及其分院检察署主任检察官职期调任办法”，结束了“万年主任检察官”的历史。“办法”对地检署和高检署的主任检察官任期和连任次数进行了规定，同时规定了主任检察官的考评制度：在连任之前，需由“法务部”组成的“高等法院以下各级法院及其分院检察署主任检察官职期审查会”对其是否适合连任进行审查，对于不适于连任者，由“法务部检察官人事审议委员会”审议回任检察官。八年任期届满之后，主任检察官需再经考评，决定其是否适合升任至上一级法院检察署担任检察官。主任检察官任期和考评制度的确立在调动主任检察官工作积极性方面发挥了重要作用，敦促主任检察官在其任期之内继续保持勤恳工作。