（一）不能说出的真相
陈公博曾经这样说过，有名的3月20日事变，也和西安事变一样，同是一个难解之谜。不过，3月20日事变，其难解是在原因，而西安事变，其难解是在结果。他听说，蒋介石在他的日记里记述过3月20日事变的由来。不过，直到陈公博写《苦笑录》为止，蒋介石还没有公布他的日记。他的记载只是一种非卖品，是专门用来对他的部属进行宣传的，陈公博始终没有看过。
司马璐说，中山舰事件的原因，其中有些牵连到国民党与苏联的合作关系。所以，当事的各方都不便说出它的内幕。中山舰事件的真相，遂成历史疑案。据当时接近蒋介石的董显光说，“其起因各说不同，似均有误会”。他认为，应该以蒋介石“侦得之消息”“为根据”。国民党的历史资料中，提及蒋介石关于中山舰事件的讲演加了一段注释：事后，蒋校长曾为此事发表两次演讲，但为顾虑当时国内外局势及当地复杂情形，不愿将事变底蕴立即宣布。中山舰事件的参与者王柏龄也直言不讳地说：其中的详情，只有鄙人与蒋先生知道，没有得到蒋先生的许可，我固然不敢披露，蒋先生对学生的训话说过，如果要知道此次事变的真相，等我死后看我的日记。于此可以判断此次事件性质之重大。中山舰事件是一个烟幕，不是历史。
那么，中山舰事件发生的原因，到底隐藏着什么样的秘密呢？综合当事人的回忆，主要有以下几种原因。
（二）陈肇英走私
很多当事人都认为，陈肇英走私与中山舰事件的发生有关。周恩来回忆说，李之龙抓住了陈肇英走私的事，报告了汪精卫。陈肇英是蒋介石的人，自然要向蒋介石报告。于是，蒋介石在右派的支持下，乘机发动了3月20日事变。
包惠僧回忆说，李之龙当了海军局局长以后，把陈肇英走私的勾当，报告了汪精卫。汪精卫就下了一个手令给海军局，严禁军警机关走私，并令海军局厉行缉私。李之龙奉命之后，即把虎门要塞司令部的走私船只扣留起来，人员拘禁，货物充公，陈肇英以下有走私嫌疑的人员，都受了处分。这样，陈肇英就与李之龙结下了不解之仇。1926年一二月我任教导师党代表期间，有一次同蒋介石、王柏龄（当时是教导师师长）
到虎门、东莞检阅部队时，陈肇英由广州同我们一路到虎门。陈肇英当时一面向蒋介石诉苦，一面托王柏龄央求我向李之龙说项，希望李不要与他为难，请他把船只放回来。自从李之龙兼任中山舰的舰长，对于大大小小的走私军警机关和人员，是一个威胁，在蒋介石看来也不顺眼。
因此，李之龙就成了众矢之的了。曾任东征军军法处处长的马文车在他的遗稿中这样写到：陈肇英是蒋介石的换帖兄弟，又是他在日本士官学校的同学，情谊很深，是蒋介石的心腹之一。此人担任虎门要塞司令期间，手下拥有几艘兵舰，经常利用职权，调用兵舰大做走私生意，获利甚多。代理海军局局长的李之龙发现陈肇英利用军舰走私的事实，深为愤慨，就报告了汪精卫，经汪的批准，由李之龙出动海军加以制止，曾将陈肇英连同货物一并扣留在海军局。由此，陈肇英与李之龙结下怨仇，就想寻事报复。
关于陈肇英走私一事同中山舰事件的关系，李之龙有过较为详细的叙述。陈肇英是浙江大浦人，1922年率闽南土匪民军，窜扰漳泉潮汕一带，搜刮数十万家财。1925年，兵溃来粤。由于他与蒋介石是同乡关系，同时又是蒋介石的拜把兄弟，因而被任命为虎门要塞司令。据李之龙说，陈肇英当上要塞司令后，凭借他的地位和势力，专门从事扒钱的勾当。在虎门，陈肇英私收过境船货保护费，据说每天有4000元的收入。陈肇英还参与贩卖私盐，让盐商将私盐运至沙角炮台交货，他再利用司令部差船“胜利”号，将私盐拖运至广州。中途如果遇到海军检查时，就拿出伪造的公文，上面写到：查获私盐若干，拖运回省究办，希予放行等字样。如此骗过海军的检查，将私盐拖运到广州。虎门附近的商人，向海军军舰党代表报告了这件事，海军政治部接到党代表报告之后，经海军局长斯米诺夫报告了国民政府。于是，国民政府密令查办。江大舰果然在莲花洋面查获两艘由虎门要塞司令部差船“胜利”号拖运的盐船，并立即报告了海军局。参谋厅长欧阳琳接江大舰党代表的报告时，陈肇英即恐吓欧阳琳，如果不释放差船，他将进行报复。欧阳琳不敢报告斯米诺夫，口头上说放船，实际上又不敢下令释放。江大舰党代表报告了李之龙。而欧阳琳告诉李之龙，这件事办起来很困难，不如将其释放。欧阳琳还说：“陈肇英自称是蒋介石的兄弟，又是蒋介石的保荐当上了要塞司令，此事与蒋的面子有关。陈肇英只要求释放胜利差轮，答应给10000元作为江大舰士兵的酬劳”。李之龙不买账，说道：“蒋介石保他当要塞司令，是要他革命的，不是要他来扒钱的。扒钱才对蒋介石无面子，这个黑幕不打破，更对蒋介石无面子。无论如何，非报告不可！”欧阳琳告诉李之龙：陈肇英要用非常手段对付。李之龙回答：“什么非常手段！至多不过是用朱卓文对付廖党代表的手段，那又算什么！”李之龙立即报告了斯米诺夫。斯米诺夫报告了军事委员会，李之龙用海军政治部主任的名义报告了总政治部主任陈公博、总党代表汪精卫以及蒋介石。结果，军事委员会将陈肇英撤职查办。蒋介石得知陈肇英走私的消息，置若罔闻，还让陈肇英住在黄埔军校附近要塞司令部，进行反革命阴谋活动，企图报复李之龙。
（三）欧阳格的阴谋
欧阳格自1925年8月来到广东后，想方设法在海军中谋得一个有实力的位置，培植自己的势力，以达到捞钱的目的。当时，海军中有实力的位置，一是海军局局长，二是参谋厅厅长，三是中山舰长。而海军局长已由苏联顾问斯米诺夫担任，参谋厅长、中山舰长由欧阳琳兼任。
欧阳格知道斯米诺夫不好对付，就把目光转向欧阳琳，此人是欧阳格的堂兄。于是，欧阳格就想夺得中山舰舰长的位置。有一次，江固舰舰长因贪污赃款被广州政府扣留，金马舰因走私被虎门要塞缉拿。于是，欧阳格就拿这两件事吓唬欧阳琳，说广州政府要查办中山舰，你赶快逃走。欧阳琳见情况不妙，打算逃往香港。有人责问欧阳格：你把自己的堂兄赶走，好意思接替他的职务吗？欧阳格回答得非常干脆：有政府的命令，为什么不好意思？一个星期之后，中山舰修好后准备下水，却无人负责。这时，斯米诺夫又因事回国。所以，广州政府任命李之龙暂时代理海军局长、参谋厅长和中山舰舰长职务。欧阳格的如意算盘落空，连夜乘船逃往北方，但并没有就此罢休。
18日上午九时，李之龙正在海军局，欧阳格寄来一封印有十字的快信，故作惊讶地问李之龙3个问题：（1）中山舰为什么升火？（2）听说第二师有军队在舰上，究竟有没有？欧阳格在信中还说，军校的人甚为诧异，请立即答复。李之龙认为，这完全是欧阳格捏造的。他答复说：（1）已经派人前去调查；（2）第二师有一个班的兵力驻在军舰上。中山舰现在很安全，请勿挂念。不久，中山舰舰长章臣桐来海军局，说中山舰升火是因为修理汽笛烟突部分尚未完工，广南工厂正在升火，才有汽来试验汽笛。过了一会，欧阳格亲自来了。李之龙告之中山舰升火试验汽笛一事，并说中山舰上的不法士兵已被缴械，现在已经没有什么问题了。欧阳格说：缴得好，你不去缴，我也去缴。他还问李之龙：“你晓得不晓得介石在哪里？”李之龙回答：“不知道。”接着，欧阳格谈起海军军官学校的事情，问李之龙有什么看法。李之龙回答说：“海军军校一事俄国顾问正在起草计划，请你下午来问他。”下午，欧阳格果然又来了，但俄国顾问还没有到。欧阳格对李之龙说：“我有一件事想同你商量，但要等到闲人都散了再说。”到了5点半时，李之龙问欧阳格什么事要商量。他没说出什么要紧的事，只是七扯八扯，说了几句海军军官学校的话。此时，所有的人都已经走完了，欧阳格说：他想搭李之龙的汽车回去。李之龙遂带上欧阳格同行，汽车先到文德楼李之龙的寓所，然后李之龙让司机送欧阳格回家。但是，就在这次下班同行的途中，欧阳格知道了李之龙的住址。
19日晚7时，欧阳格命令他的卫兵将一封信送到李之龙家中。信中说：傍晚潘文治来报，奉政府之命到海军学校帮忙，问帮何忙，又不肯明说，想必已经委任他当校长而让欧阳格当副校长。请兄告知，究竟有无其事，以便起草辞呈。李之龙回答说：关于潘君一事，我闻汪主席也说过，不过谁正谁副，尚无命令发表，请兄不必灰心，潘君为人很好合作。李之龙的回信让卫兵带回去了。可是，这名卫兵很快就带人来捉拿李之龙，当时，他已经探悉了李之龙的住址及屋里的情形，而且还知道李之龙当晚确实在家里。到了半夜，欧阳格奉蒋介石的命令，指挥王柏龄的第二十师到文德楼捉拿李之龙，中山舰事件由此发生。
事件发生的当天，正是欧阳格告的密。关于这个问题，居正曾告诉陈公博，他已经问过欧阳格，3月20日事件是不是欧阳格告的密？欧阳格说自己不知道什么原故，只是在3月19晚接到蒋介石的密令，要他第二天早晨占领中山舰。欧阳格也不知道什么原因，不久他被抓了起来。
他还不知道什么原故，现在又被释放出来。
那么，3月20日事件的发生到底是怎么一回事？陈公博从各方面的传闻中了解了一些不明的真相。其一是说李之龙谋反，打算在3月20日进攻黄埔，因欧阳格告密，蒋介石才派人占领中山舰，逮捕李之龙。但是，陈公博不理解的是，李之龙是3月20日凌晨在家中被捕的，如果他想进攻黄埔，那为什么不在军舰上？中山舰确实在黄埔军校附近停了两三天，但在19日那天就已经奉蒋介石的命令调回广东。如果说中山舰要进攻黄埔，那为什么又要离开黄埔？但是，无论真相如何，陈公博相信，欧阳格是3月20日事件的祸首。蒋介石在同鲍罗廷达成妥协之后，便囚禁了欧阳格和广州市公安局长吴铁城。据说，这是惩办3月20日事件的首要。
作为当事人的居正，心里十分清楚，欧阳格干了这种见不得人的事情之后，肯定不会对别人说出真相。陈公博竟然天真地认为，欧阳格既然受了这种冤枉，为什么不申辩，不禁替欧阳格鸣起不平来。
居正对陈公博说，你真傻，天下冤枉的事多极了，受点冤枉有什么要紧。欧阳格目前虽然受些冤枉，日后难道没有好处吗？
（四）孙文主义学会的作用
关于孙文主义学会与中山舰事件的关系，当时的报纸曾作过一些报道。时事新报说：据可靠消息，政变系孙文主义学会主动，拘捕党代表，包围省港罢工委员会，均为孙文主义学会中的军人所为。
东方通讯社香港电称：20日对于共产党之非常手段，乃蒋介石部下之孙文主义学会拥护蒋氏而施行的。美国联合国通讯社说：蒋介石在伍朝枢等人的帮助下，在广州变制成功。
孙文主义学会在中山事件中所起的作用，当事人在回忆文章或回忆录里都有过叙述。曾经担任过东征军军法处处长的马文车回忆说，孙中山逝世后，汪精卫成为国民政府主席兼国民党中央政治委员会主席，同时又是军事委员会主席。蒋介石表面上帮助汪精卫，而在骨子里却是别有用心。汪精卫善于笼络国民党内的元老派，又表示坚决拥护联俄、联共、扶助农工三大政策，在当时有一定政治声望。因此，汪精卫开始大权独揽，特别是在用人方面，几乎是一手包办，不征求蒋介石的意见。于是，为了同汪精卫对抗，蒋介石在黄埔军校组建了孙文主义学会，其中主要成员有教育长王柏龄，学生邓文仪、贺衷寒、缪斌等。后来，蒋介石的所有亲信，包括陈肇英、欧阳格、徐桴、陈策、吴铁城等都成了学会的重要成员。学会成立之初，王柏龄、陈肇英、吴铁城曾邀请汪精卫去讲话，表面上对汪精卫故作尊重，背地里却经常造谣，挑拨离间，其中最恶毒的是王柏龄。
蒋介石对共产党的心情，一则恐惧，一则怀恨。他深知“有了军权就有了一切”。在军事上培植自己的势力后，就想实施独裁制度。由于中国共产党在群众中的威信日益高涨，他害怕共产党员也会在军队里深得人心。他由猜忌而恐惧而怀恨，于是，东征结束后，蒋介石千方百计地寻找机会，企图把黄埔军校和国民革命军中的共产党员排挤出去，特别是在第一军，他一定要达到这个目的。
由于以上两种矛盾的存在，蒋介石蓄意兴风作浪，企图反俄、反共，同时打击汪精卫，以排除异己，夺取国民党的领导权。有名的中山舰“政变”事件，于是发生。“政变”的制造者，其实就是蒋介石。参加策划的有孙文主义学会的骨干分子王柏龄、陈肇英、徐桴、欧阳格、吴铁城、陈策、缪斌等。