（一）平定商团叛乱
1924年10月，广州商团发动叛乱。为了对付商团，孙中山下令组建革命军事委员会。10月9日，鲍罗廷赶往黄埔军校同蒋介石商讨该委员会的人选问题，并且明确表示不同意汪精卫、胡汉民参加。但是，蒋介石不赞成，认为鲍罗廷这样做是“不明本党内情”。如果汪、胡二人不参加革命军事委员会虽然可以免除一些麻烦，但这样一来“麻烦更多”。蒋介石在当天给孙中山的信中坚持要把汪精卫、胡汉民列入军事委员会的名单，否则“不如暂缓组织”。
对于蒋介石的建议，孙中山没有采纳。他在回信中表示，胡汉民、汪精卫不参加革命军事委员会“未尝不可”。他解释说，今日革命非学俄国不可，而“汉民已失此信仰，当然不能加入，于事乃为有济，若必加入，反多妨碍”。至于汪精卫，本来也是“非俄派革命，不加入也可”。他在信中还说：“我党今后之革命，非以俄为师断无成就，而汉民、精卫恐不能降心相从。”由此看来，孙中山在用人方面很大程度以是否赞成他的联俄政策为标准。这一点对蒋介石不会没有触动。从莫斯科回来后，他曾反对这项政策，结果连国民党第一次代表大会的代表资格都没有捞到，更不用说党内职务了。
10月11日，革命军事委员会成立，蒋介石成为了全权委员。尽管孙中山不赞成汪精卫参加军事委员会，但在当天他特许的任命名单里仍然有汪精卫。孙中山、许崇智、廖仲恺、陈友仁、谭平山也是委员会的成员。
10月14日，又在军事委员会内设立了一个常务委员会，由蒋介石、廖仲恺、鲍罗廷三人组成，负责指挥平息商团叛乱的战斗。当天，孙中山下达了平定商团叛乱的手令，要求将参加平息叛乱的所有军队统统归蒋介石指挥。
黄埔军校800名学生参加了这次战斗，并为此成立了机枪队，配置了两个炮兵连。10月14日、15日，广州工团军、农民自卫军、工人纠察队、黄埔军校学生，发动了对商团据点的进攻，一举平息了叛乱。
这一胜利，使国民党、共产党和莫斯科三方都感到振奋，并且“激起了人们对黄埔军校的极大热情”。黄埔军校的学生被当成了“新军的首批代表”，“军校的政治影响已经超出了黄埔岛的范围，成了影响广东一切政治事件的强有力的因素”。此后，在广州，任何一次大的政治活动、游行、群众集会，都少不了黄埔军校的学生。就连工人、青年学生召开大会，也有黄埔学生参加。军校在政治上的日益活跃，使蒋介石的威望得以提高。
平定商团叛乱的胜利，也使蒋介石避免了孙中山的责怪。
（二）加伦眼里的黄埔军校
10月底，加伦以孙中山军事总顾问的身份抵达广州。加伦是一位传奇式的英雄，1916年加入布尔什维克，苏联内战时期很多富有传奇色彩的战斗都同加伦的名字联系在一起。在加伦的指挥下，苏联红军游击队在哥萨克白匪军的后方坚持了40多天。1918年9月，加伦被苏联政府授予红旗勋章。1921年，加伦担任苏联远东军总司令、远东共和国军事部长、陆军部长。1922年，他出任彼得格勒第一军团司令。
加伦到达广州不久，孙中山应冯玉祥的邀请离开广州北上。胡汉民代理大元帅职务，但他不懂军事，也没有军队。11月15日，加伦以军务院院长的身份担任许崇智的军事顾问。蒋介石是许崇智的参谋长。
值此广州商团叛乱刚刚平息，黄埔军校的威信随之而上升。加伦到广州后很快就发现，“军校是名副其实的”。毕业于该校的军官有政治修养，而且“理论和业务素质也高于其他军校的学生”。他对黄埔军校的演习和到学校来学习的学员“都有好的印象”。加伦由此得出结论：“这所军校堪称其他军校的榜样。”
毫无疑问，作为黄埔军校的校长，蒋介石最初也给加伦留下了很好的印象。加伦到广州不久，宋子文在一次谈话中问起他对蒋介石的印象如何。加伦认为蒋介石是一个“能干的将领”。他甚至相信，“蒋介石将军组建一个师和一所军校如能成功的话，那将开创广东的新时期，对付范石生也就不在话下了”。
结果，加伦在广州众多的军事将领当中，尤其是在许崇智同蒋介石的对比中，挑选了地位较低的蒋介石，给予特别的扶助。他在一份报告中提出，应全力以赴使蒋介石的军队“具备良好的军政素质”，而且，“对黄埔军校亦给予同样的关注”。
在加伦和蒋介石的共同主持下，将莫斯科运来的第一批武器，加上平定商团的战利品组建了黄埔军校教导第一团、第二团，蒋介石的亲信何应钦、王柏龄分别担任了两个团的团长。
另外，加伦还帮助蒋介石解决了一个颇为棘手的问题，即黄埔军校的经费问题。他曾问过在广州的苏联顾问，学校每个学员的给养是多少，顾问们却答不上来。他告诉这些顾问：黄埔军校成立时，孙中山既没有经费，也没有枪炮。现在扩大军校规模的问题提出来了，在扩大军校时需要补充必需的经费。
黄埔军校大部分经费是莫斯科提供的，每月为10万粤元，但10月份只给了8.4万元。加伦同廖仲恺协商后，将所欠部分很快补上了，而且还增加了4.7万元。
（三）蒋介石成为国民党二号人物
在1925年8月之前，蒋介石还只是黄埔军校校长、军事委员会委员、国民革命军第一军军长。连国民政府委员都不是，在国民党内一官半职都没有。可是，廖仲恺被刺之后，这位只有38岁的年轻军官一跃而成为国民党内仅次于汪精卫的第二号人物。蒋介石的升迁如此之快，显然得益于苏联顾问的扶助。
7月1日，国民政府成立。汪精卫、胡汉民、许崇智、廖仲恺等16人当选为政府委员，汪精卫、胡汉民、许崇智、谭延闿、林森当选为常务委员，许崇智出任军事部长，胡汉民担任外交部长。
当天，国民政府召开会议，鲍罗廷以总顾问的身份参加会议，并且控制了会议的选举。在鲍罗廷的支持下，汪精卫以全票当选为国民政府主席，成了孙中山逝世后国民党新的政治和军事领袖，他同时又是国民党中央执行委员会主席和常务委员会主席。此外，胡汉民和廖仲恺也都成了政治核心人物。
蒋介石只是在7月3日成立的军事委员会里当了一名委员，主席则是汪精卫。蒋介石对这样的结果感到不满。因此，他对军事委员会的工作表现得并不积极，“远远地呆在黄埔岛上，培植军校力量，打算有朝一日利用他们为其私利效劳”。尽管广东政府已经任命蒋介石为广州卫戍司令，但他迟迟不肯就职，甚至提出辞去所有职务。
7月7日，蒋介石向军事委员会提出6条建议（：1）发展西南革命势力，以抗拒帝国主义；（2）革除军队积弊；（3）统一财政；（4）整理军队；（5）
利用罢工工人建筑道路；（6）统一两广。
这6条建议当中，关键的是统一军事和统一财政。蒋介石提出的这几条建议，矛头是指向许崇智的，其目的是想通过整顿军队，把军权集中到军事委员会，以削弱许崇智的力量。这6条建议得到汪精卫的赞同，并在军事委员会的会议上作出了相应的决议。就在这天，加伦离开了广州。其中的原因，当事人有两种说法。苏联驻北京代表加拉罕解释说，加伦中断在华顾问使命，是因为“他完全病倒了，继续留在广州是绝对不行的”。但是，据中共方面的分析，加伦离开广州另有隐情。中共中央依据张国焘送来的报告，认为这是“鲍罗廷和加伦发生歧见所致”。据张太雷分析，由于“加伦主张支持许崇智为军事首脑，建立军事委员会制度；而鲍罗廷则主张支持蒋介石；结果由莫斯科裁定，否定了加伦的意见”。
问题在于，这种分析具有多大的真实性。孙中山去世后，最有可能接替孙中山的位置有3个人：胡汉民、汪精卫和廖仲恺。在这3个人当中，胡汉民是最不可取的人选。广州商团叛乱时，他没有全力维护国民党的事业。而且，他不赞成联俄、联共。孙中山北上之后，胡汉民代理大元帅。在孙中山去世后两个月，廖仲恺、许崇智、蒋介石致电北京的汪精卫，让他立即返回广州，讨论国民党领导人选的问题。这份电报的起因，是胡汉民想当大元帅。汪精卫、廖仲恺、许崇智、蒋介石、朱培德在汕头商议，决定阻止胡汉民担任这一职务。
此时的汪精卫也急于争夺国民党最高领导权。他从北京回到广州后连忙赶往东征前线，拉拢蒋介石对付胡汉民、廖仲恺和许崇智。而且，汪精卫看得很清楚，他要想达到这一目的还必须得到苏联顾问和中国共产党的支持。以致汪精卫在行动上急速向左转，同苏联顾问密切配合。在平息刘、杨叛乱前夕，鲍罗廷曾私下里向张国焘谈起过国民政府成立的意向。据张国焘说，鲍罗廷对胡汉民的印象是：“有一点毛病，如果什么事情让他知道了，他的亲信也便知道了；随着英国人也便知道了。这样，一切事情都弄糟了。”这几句评语，表明鲍罗廷“对胡并不相信，遇有机会，显然他是要贬抑胡的”。至于汪精卫，鲍罗廷表示：“遇事倒也可和汪商谈。”但他觉得汪精卫太过于谦逊，“不会挺身出来硬干，如果抬他出来负责，似却不会退缩”。当谈到廖仲恺时，鲍罗廷颇为感慨地说“：这样得力而实干的人，可惜太少了。”但他认为，廖仲恺虽然愿意“做些实际工作，却不愿居领导地位”。
鲍罗廷虽然在国民党内既非党员，又是外国人，其职务只不过是广东政府的顾问，但“其发言却有决定性的力量”。他同张国焘的谈话，“暗示出他心目中的国民政府的轮廓；后来事实上也大致如此”。
在鲍罗廷的支持下，汪精卫当上了国民政府主席和军事委员会主席，集党、政、军大权于一身，成为国民党的最高领导者。胡汉民、许崇智也成了核心人物。
鲍罗廷来华工作是斯大林提议的，直接受斯大林的领导，而且必须定期向莫斯科报告情况。因此，国民政府的人事安排，鲍罗廷不可能不征求莫斯科的意见。由此可以推断，国民政府的人事安排，不仅是鲍罗廷个人的意愿，也体现了莫斯科的意图。但是，这种格局并没有维持多久。随后发生的廖仲恺被刺案，为蒋介石的崛起提供了难得的机会。
8月20日，廖仲恺在国民党中央党部门前被暗杀。当天，国民党中央执行委员会、国民政府委员会和军事委员会召开联席会议，鲍罗廷提议由汪精卫、许崇智、蒋介石组成特别委员会，并“授以政治、军事及警察一切全权，应付时局”。广东政府的最高实权，便由国民党中央政治委员会转移到特别委员会手中。鲍罗廷担任特别委员会的顾问，正是这位顾问，把蒋介石推上了这个最高、最有力的领导地位。这是蒋介石夺取政权的第一步，也是决定性的一步。与此同时，蒋介石也在不断扩展自己的势力。在廖仲恺被暗杀的当天，蒋介石下令对广州市实行戒严，还命令何应钦率部执行市区警戒任务，并派兵占领了市区制高点。8月24日，蒋介石宣布就任广州卫戍司令。两天之后，即8月26日，军事委员会对包括粤军在内各部队进行改组，蒋介石担任国民革命军第一军军长。粤军的改组表明蒋介石在军队中的地位日趋巩固，许崇智却极大地丧失了权力和影响。
然而，事情并没有就此止步，蒋介石还利用廖仲恺一案逼走了许崇智。在这一点上，鲍罗廷同蒋介石是一致的。在鲍罗廷看来，许崇智“不是革命将领”。“孙逸仙及其衣衫褴褛的饥饿军队处境十分困难时，曾向富豪许崇智寻求过帮助”，但他没有答应。哪怕孙中山要求许崇智提供1000元，他也不会给。更不用说他对孙中山的任何顺从了。所以，“孙逸仙很憎恨他”。鲍罗廷曾花费很大精力劝说许崇智“加入忠实于孙逸仙和三民主义的人的集团，但没有成功”。于是，鲍罗廷开始怀疑起许崇智。
廖仲恺被暗杀，促使鲍罗廷决心除掉许崇智。因为鲍罗廷发现，许崇智的部下梁鸿楷“直接参与了这场阴谋”。鲍罗廷决定对梁鸿楷采取行动，但许崇智拒绝执行。在此情况下，如果不除掉许崇智，也就无法解除梁鸿楷的武装。“在说服许崇智，把许崇智拉到我们方面的一切努力都无效后，无论如何要清除他”。同时，为了对付陈炯明，鲍罗廷决定“以排除许崇智为代价”。总而言之，鲍罗廷认定，“除了排除许崇智别无出路”。