9月9日，蒋介石致信汪精卫，对许崇智表示不满，说许崇智不顾大局，把持财政，欲限制第一军的发展。9月15日，许崇智打算调集驻扎东莞、石龙的粤军回广州。9月18日，军事委员会命令蒋介石“全权处置粤局”。当天夜里，蒋介石下令黄埔军校学生抢占了广州周围的要地，防止许崇智的粤军回师广州。第二天，蒋介石致信许崇智，劝他“暂离粤境”。随即，许崇智在武装“护送”下离开了广州。同时，国民政府准予免除许崇智军事部长、粤军总司令和财政总监的职务。
赶走许崇智之后，特别委员会实际上成了汪、蒋两人的“专政”。而且，许崇智离开广州，这对蒋介石后来成为国民党军事领袖具有决定性的意义。随后，鲍罗廷又帮助蒋介石成功地逼走了胡汉民。
鲍罗廷在广州采取的这些行动，却引起了共产国际的严重不安。共产国际东方部书记瓦西里耶夫在给维经斯基的信中表示，“对胡汉民事件以及随后强行撤销国民党活动家的职务，解除许崇智的武装等都是我们绝对无法理解的”。他认为，这种情况“证明广州因左倾而陷入孤立和毁灭”。所以，他希望维经斯基亲自去广州了解情况。
事后，鲍罗廷赶往北京，向联共（布）中央政治局委员伊万诺夫斯基、驻华大使加拉罕作了汇报。他在解释为什么要排除胡汉民的原因时说，胡汉民“始终实行这样一种政策，在这种政策下，即使一个集团垮台了，他也总能同另一个集团一起执政。胡汉民始终做到了这一点，他是一个很聪明、在中国问题上很老练的人。他知道，他在玩弄权术时，必须依靠某种力量，他想在反共口号上找到这个支柱”。他竟然滑到这种地步，说国民党人“把中国太多的权力交给了苏俄”。而且，亲近胡汉民的报纸《国民新闻》“已走到了攻击苏俄的地步”。此外，鲍罗廷还怀疑胡汉民是廖仲恺案的主谋，至少也是“思想上的教唆者”，即使是“间接关系”，但“毕竟有关系”。所以，“为了稳定广东的政局，胡汉民必须离开广州”。鲍罗廷决定以国民党代表的名义，将胡汉民派往莫斯科出席共产国际会议。他甚至希望共产国际能够留住胡汉民，“不让其回国”。
9月22日，胡汉民乘坐苏联轮船离开广州前往苏联，于10月28日抵达莫斯科，开始了长达6个多月的莫斯科之行。
如此一来，国民党几个老资格的当权者，廖仲恺被暗杀，许崇智、胡汉民又相继离开广州，蒋介石实际上成了仅次于汪精卫的国民党第二号人物。
蒋介石十分清楚，他所做的这一切都离不开苏联人的帮助。于是，在逼走许崇智、胡汉民的同时，蒋介石又在公开场合下表白他的革命立场。他在黄埔军校举行的廖仲恺追悼大会上严厉谴责右派是反革命，是心甘情愿地投靠帝国主义的“群小”。他甚至宣称：在我们党军里，“没有什么共产派与反共产派，完全以三民主义为中心，完成国民革命”。9月3日，蒋介石对广州商界发表即席演讲，大加称赞苏联军队。他振振有词地说：“俄国人来帮助我们，是为求中国的自由平等。”而且，国民党的党军，也是“学俄国革命军的编制的”。他还说，民国十二年，我们把陈炯明赶到东江之后，滇、桂军又大批开到广东，他们把持财政，不听政府的命令，不听大元帅指挥，可就这区区几万敌人，我们打来打去都打不走。当时，我就劝大元帅改正军制，并且劝大元帅研究俄国军队为什么这样勇敢。“研究的结果，大元帅特派我到俄国去实地研究”。当我到俄国去的时候，发现“赤卫军那样能守纪律，不骚扰人民，完全为人民做工夫，和人民很亲爱”，而且，人民也同他们团结友好，“这样的军队，有什么打不胜的仗”。所以，我回来后，就决定了，“真要使军队能为人民求自由幸福打仗，能为党实行三民主义打仗，非用俄国赤卫军这种编制不可。故此实行仿照他的方法，训练我们的党军，现在我们的党军已练成了”。但是，还有一点没有做到，那就是“俄国赤卫军能为人民打仗，同时人民亦能帮助赤卫军打仗”。
蒋介石的举动确实让人觉得他是一位“‘左’派军人”，鲍罗廷由此相信，蒋介石已经“明确表明自己是国民党‘左’派信徒，甚至可以说是极‘左’派信徒”。他还向伊万诺夫斯基和加拉罕保证，蒋介石是“完全可靠的”，同他在一起能“完成一项大的工作”。
随着许崇智、胡汉民的离去，鲍罗廷对广州的局势表示出十分乐观。他向伊万诺夫斯基和加拉罕介绍说，从许崇智离开时起，“一切立刻进展神速，不知怎么一下子都活跃起来了”。国民党政治委员会和中央委员会、国民政府，以及广东省政府作出的任何决定都得到贯彻执行，没有受到抵制。以前一直受到或胡汉民或许崇智的抵制，“随着这两个人的离去，我们的决定始终得到了准确无误的贯彻执行”。
（四）周恩来断蒋一臂
第二次东征胜利后，广东革命根据地实现统一。12月，参加东征的黄埔第三期学生返回军校继续学习。但是，此时的黄埔看似平静，实际上是暗流涌动。军校出现两个团体，彼此之间展开了激烈的斗争。
还在黄埔军校创立之初，共产党建立了一个名叫“火星社”的秘密团体。为什么取这个名字呢？因为列宁曾经创办过一家报纸，叫《火星报》，所以，这个团体就称为“火星社”。顾名思义，火星虽然小，但可以燎原。火星社成立于1924年底，负责人有周逸群、蒋先云、李劳工，成员大多数是黄埔军校学生中的共产党员和社会主义青年团员，还有一些进步的青年学生。这个团体团结军校中的进步学生，宣讲革命道理。
后来，为了改造青年军人的意识形态，使学生们明白为什么打仗的道理，1925年2月，也就是第一次出师东征的当天，共产党以火星社为基础，成立了公开的组织，这就是“青年军人联合会”。主要负责人，在学生当中，有李之龙、周逸群、蒋先云、徐向前、陈赓、王一飞、许继慎、左权、李汉藩、张际春、余洒度等。教职员工当中，有金佛庄、茅延桢、鲁易、胡公宽等。青年军人联合会成立时，发表了一个宣言，其中说到：帝国主义的侵略压迫，使中国成了半殖民地国家，军阀在帝国主义的支持下互相争战，中国因此又成为兵匪、军阀、帝国主义共同捣乱的残局。宣言号召青年军人团结起来，打倒帝国主义及其走狗军阀的统治。
2月20日，在第一次东征期间，青年军人联合会出版了《青年军人》杂志，为半月刊。在讨伐陈炯明的战役中，积极配合东征军的宣传工作。在平定杨希闵、刘震寰叛乱的战役中，大力开展政治攻势，对瓦解敌人的斗志起了很好的作用。不久，青年军人联合会又出版了《中国军人》《、兵友必读》、《三月刊》等杂志，宣传统一战线，团结教育广大革命军人。
在共产党员的努力和支持下，青年军人联合会发展得很快。它的活动范围已不局限于黄埔军校，甚至扩展到整个陆军，以至广东以外的地区。湘军讲武堂、滇军干部教导团、粤军宪兵营、鄂军讲武堂都建立了青年军人联合会的支部。
到1925年4月，仅两个月的时间，青年军人联合会会员就发展到2000多人。到1926年8月，增加到2万多人。一时间，影响很大。青年军人联合会的成立，蒋介石的态度并不积极，只是迫于压力，才勉强同意成立这个团体。然而，随着青年军人联合会的迅速发展，尤其是它所产生的影响，蒋介石开始感到不安了，意识到如果任其发展下去，共产党的势力肯定会越来越大。于是，蒋介石决定阻挠青年军人联合会的发展。
当时，国民党右派代表、反动理论家戴季陶成立了一个组织，叫孙文主义学会。这个组织打着拥护孙中山的旗号，实际上反对孙中山的三大政策。蒋介石决定利用这个组织，他暗地地指使黄埔军校的何应钦、王柏龄、曾扩情、贺衷寒于1925年4月24日，也就是青年军人联合会成立两个月之后，在军校也成立了一个孙文主义学会。主要负责人，学生当中有贺衷寒、缪斌、杨引之、冷欣、杜从戎、潘佑强、伍翔、曾扩情、鄂锑、夏伯祷、胡靖安、余程万、李果、胡宗南、桂永清、蒋伏生；教职员中有王柏龄、林振雄、徐样、王文翰、童锡坤、张叔同，以及虎门要塞司令陈肇英、海军将领陈策、欧阳格，公安局长吴铁城。
孙文主义学会出版了《国民革命》周刊和《革命导报》等刊物，并利用《青年旬刊》、《革命青年》和宣传戴季陶主义的《独立旬刊》进行反动宣传。黄埔军校中的反共学生顿时活跃起来。他们散发传单，对青年军人联合会进行攻击和诽谤，处处与之作对。
从上述名单中可以看出，孙文主义学会的主要头目，几乎都是蒋介石的亲信。像王柏龄这样的人，在战场上贪生怕死，但反起共来却十分卖力。于是，蒋介石就让他担任了黄埔军校教授部主任，被称为蒋介石的“第一只手”。受到蒋校长的如此器重，王柏龄受宠若惊。由于有蒋介石在背后撑腰，王柏龄对青年军人联合会大打出手。他不仅指使孙文主义学会出版反动刊物与青年军人龙华对着干，还教唆孙文主义分子监视共产党人和进步学生的行动，限制共产党人的活动。更有甚者，王柏龄甚至让人在深更半夜里偷盗共产党的文件，然后造谣诬陷，寻机肇事，殴打青年军人联合会的会员。
第一次东征，周恩来随军出发，黄埔军校政治部由李汉藩、杨其纲、李默庵三人负责，苏联顾问鲍罗廷的翻译卜士奇挂名代理政治部主任。但卜士奇非常忙，很少到政治部来。本来，政治部在学生当中的威信很高，任何人都不敢小看。可是现在，孙文主义学会分子竟然对政治部不屑一顾，甚至制造事端，处处与政治部为难。李汉藩把这些情况报告了中共广东区委书记陈延年，但问题并没有得到解决。有一天，李汉藩去领办公用品，孙文主义学会骨干、管理处处长林振雄故意刁难。李汉藩同他发生争吵，两人互不相让，越吵越厉害。到后来，两人竟抡起拳头，你一下我一下，打了几个回合，林振雄没有占到什么便宜，就乘李汉藩没注意的时候，掏出手枪对着李汉藩开了一枪，李汉藩连忙一闪，躲过子弹。林振雄气急败坏，又准备向李汉藩开枪。眼看枪声就要响了，就在这时，几名共产党员向林振雄猛扑过去，迅速夺下他的手枪。接着，他们找来一根绳子，把林振雄捆了起来，送到学校禁闭室。由于事态发展过于严重，学校总值日官同各部主任出面维持秩序，不许双方有任何接触。另外，他们派人赶到广州，将情况报告了党代表廖仲恺。廖仲恺接到报告后，火速赶往学校处理事端。经过多方调查，鉴于林振雄开枪打人，廖仲恺下令将其撤职查办。李汉藩对林振雄也有不当之处，给予记大过处分。林振雄被撤职，自感没趣，就跑到东江找蒋介石诉苦告状。
李汉藩同林振雄的冲突，实际上就是青年军人联合会与孙文主义学会的冲突。对于这件事处理，廖仲恺认为必须有一位得力的政治部主任常住军校，于是，他电告蒋介石，要周恩来返回黄埔。但是，蒋介石以前方工作需要，周恩来不能回校为由回绝了廖仲恺的请求。廖仲恺只好请中共广东区委另外派人来军校，广东区委派遣包惠僧接任政治部主任一职。
尽管周恩来未能及时返回学校，但他对军校发生的这件事并没有置之不理。他意识到这是革命与反革命两种势力的争斗，它体现在学校内部，不同于战场上的你死我活的斗争，需要用不同的方法对待。当时，周恩来驻在汕头东征军总指挥部，孙文主义学会分子就在王柏龄的怂恿下，乘机在潮州、梅县捣乱。贺衷寒亲自出马，故意制造事端。在梅县的一次集会上，他还对青年军人联合会负责人之一的李之龙动起武来，李之龙生性倔犟，当然不肯让步，结果，两人打了起来，一直闹到蒋介石那里。蒋介石不问青红皂白，就把把李之龙调回黄埔军校。
此时，周恩来已经看出了蒋介石的险恶用心，决定支持青年军人联合会对孙文主义学会的进攻进行反击。他指示蒋先云，要集中力量打断蒋介石的“第一只手”。青年军人联合会根据周恩来的指示，广泛发动军校革命师生，公开揭露王柏龄及其同伙打击共产党人，破坏国共合作，背叛孙中山三大政策的行为，使王柏龄威风扫地。蒋介石也颇为尴尬，气得脸色发青，但又无可奈何，只得唉声叹气：“打击了王柏龄，等于打断了我的一只臂膀。”