1949年11月27日，西北军政委员会主席彭德怀、副主席张治中抵达迪化，研究和解决新疆和平解放以后面临的重大任务，协助中共中央新疆分局改组新疆省政府、成立军区和解决新疆财政经济困难三个问题。彭德怀在迪化亲自主持召开各届协商会议，应邀参加的有各民族、各阶层、各驻军的代表和迪化民主人士共30多人。彭德怀在会上说：“新疆已和平解放，还必须从政治上、军事上、经济上进行必要的改革，以巩固和平与团结，使各族人民获得彻底解放。一切问题的合理解决，都必须在民族平等和民主的原则下，从长远的全面的利益出发。”会议开了11天，经过充分协商，一致通过了改组新疆省政府、整编军队、解决财政经济困难等三个问题的具体方案，报请中央人民政府批准。
经中央人民政府批准，新疆省人民政府于1949年12月17日正式成立。
包尔汉·沙赫德拉为省人民政府主席，高锦纯、赛福鼎·艾则孜为省人民政府副主席。另有省人民政府委员30人（其中和田、莎车各1人未定），其中三区革命方面的人员有：克尤木伯克·霍加、列斯肯、艾尼巴图尔、安尼瓦尔·贾库林、安尼瓦尔·汉巴巴、艾斯海提·依斯哈科夫、伊不拉音·吐尔地、帕提汗·木义提、舒慕同、达夏甫、阿不都哈益尔吐烈；迪化进步人士有禹占林、涂治；原国民党统治的七区民族和宗教进步人士有：阿不列孜、买合苏提阿洪、买买提艾沙、阿不都克力木汉买合苏木；国民党起义人员有：陶峙岳、屈武、刘孟纯、韩有文；中国共产党和人民解放军进疆人员有：王震、王恩茂、辛兰亭、徐立清、邓力群、饶正锡。在省人民政府主席、副主席、委员33人中，汉族只有11人，少数民族占66.66%。
政府工作部门设秘书处、民政厅、财政厅、工矿厅、商业厅、交通厅、公安厅、水利厅、卫生处、教育厅、畜牧厅、农林厅、新疆省银行迪化总行、新疆省贸易公司、财政经济委员会、民族事务委员会、文化教育委员会、省在新疆省人民政府委员会第一次会议上，通过了《新疆省人民政府委员会目前施政方针》。《施政方针》后经中央人民政府政务院批准公布，成为新疆各族人民的行动纲领。《施政方针》规定，解放后新疆各族人民的任务，是在新的民族民主联合政府的领导下，坚决实行全国政协共同纲领和中央人民政府的一切政策、法令，实行工人阶级领导的、以工农联盟为基础的、团结各民主阶级和各民族的人民民主专政，反对帝国主义、封建主义和官僚资本主义，为建设民主、自由、团结、繁荣和幸福的新新疆而奋斗。《施政方针》共10条：
（1）领导所辖各级政府和人民，爱护自己的军队，宣扬人民解放军的优良传统作风，达到军政团结、军民团结。
（2）确保本省和平，巩固社会治安，解散一切特务机关与反动组织，肃清特务、土匪及美英帝国主义暗藏的破坏分子，严防并镇压反动分子的阴谋和破坏活动。
（3）坚决执行政协共同纲领规定的民族政策，新疆境内各民族一律平等，实行团结互助，反对各民族内部的人民公敌，反对大民族主义和狭隘民族主义，反对英美帝国主义及其走狗所倡导的大土耳其主义。各民族均有发展其语言文字、保持并改革其风俗习惯及宗教信仰的自由。
禁止一切民族间的歧视、压迫、报复、仇杀和分裂各民族团结的行为。
培养和提拔各民族中的干部，组织和教育各民族的人民。
（4）建立和加强各族人民民主统一战线，依照民主原则，改造各级政权，废除保甲制度，清除反动分子，教育和改造旧公务人员，吸收各民族中先进分子参加政府工作。有计划地有步骤地召集省、县、市的各族各界的人民代表会议。在土地改革一经实现、各界人民已有相当普遍组织时，即在省、县、市实行普选，召开省、县、市的人民代表大会。
政府保证各族人民思想、言论、出版、集会、结社等自由。妇女与男子享有平等的权利，实行婚姻自由。任何政府机关、宗教团体，均不得侵犯上项权利。宗教不得干涉司法行政。
（5）新疆经济建设必须遵循共同纲领中经济政策的根本方针，即公私兼顾、劳资两利、城乡互助、内外交流的政策，达到发展生产繁荣经济之目的。目前具体方针：首先恢复和发展农业、畜牧业、手工业，逐步发展工矿业及合作社，以推进新疆社会经济的发展。
（6）整理财政，建立预算、决算制度，整理税收，实行合理负担，增加政府收入，减轻贫苦劳动人民的负担。
（7）实行土地改革，使各族广大农民真正获得解放，使落后的农牧业的新疆，有条件变为工业的先进的新疆。
（8）发动和组织工人、农民、青年、妇女等人民团体，使之成为政府建设的有力支柱。
（9）实行新民主主义的科学文化教育，提倡各民族的文化和艺术形式，普及国民教育、改进社会教育，发展医药卫生保健工作，根绝麻烟、鸦片和赌博等社会恶习。提倡爱祖国、爱人民、爱劳动、爱科学、爱护公共财物的国民公德。
（10）巩固、发展中苏永久的友好关系，取得苏联对新疆各项建设事业的帮助。
《施政方针》中的一些内容，在《共同纲领》规定的原则下，结合新疆的情况更具体化了，比如民族政策方面，增加了“反对英美帝国主义及其走狗所倡导的大土耳其主义（今译为泛突厥主义）”的内容；在保障人民权利，实行男女平等，婚姻自由方面，明确规定“任何政府机关、宗教团体，均不得侵犯上项权利。宗教不得干涉司法行政”；在经济政策方面，突出了首先恢复和发展农业、畜牧业、手工业；在整顿税收方面，明确写上“减轻贫苦劳动人民的负担”；在文化政策方面，增加了“根绝麻烟、鸦片和赌博等社会恶习”；在对外政策方面，增加了“巩固、发展中苏永久的友好关系，取得苏联对新疆各项建设事业的帮助”的内容。由此可见，《施政方针》是一个符合新疆实际的行动纲领，对新疆各方面的工作起了重要的指导和推动作用。
2.有步骤地建立专署、县级人民政权。根据《施政方针》第四条确定的原则，有步骤地建立专署以下的各级人民政权。对国民党统治时的七区（迪化、哈密、焉耆、喀什、阿克苏、莎车、和田）采用改造的办法，在摧毁反动政权的基础上，建立起为各族人民服务的新政权。为了完成这个任务，中共中央新疆分局从二、六军及五军中陆续抽调了8400多名干部战士（其中排以上干部4400余人），组成各级工作团队，从上而下地对县以上政权进行了改造，先后在7个专区、54个县（市）建立了行政专员公署、县（市）人民政府。对旧机构中的职员，除清除其中的反革命分子外，对一般人员采取包下来的政策，有的继续留用，有的送行政人员训练班学习，有的遣送安置。
在伊犁、塔城、阿山三区采用调整、充实的办法，将三区的专、县级政权逐步转变为人民民主政权。截至1952年底，全省10个专区、1个市、79个县（市）的人民政权都组建起来。同时建立了1个市人民法院，9个专区人民法院和79个县人民法院。
新疆人民政权的最大特点是少数民族占主要成分，据统计，全疆正、副专员、县长156人，其中维吾尔族57人，哈萨克族35人，柯尔克孜族5人，回族4人，蒙古族3人，塔塔尔族2人，俄罗斯族1人，少数民族占68.59%。不仅少数民族的上层人物政治上得到安排，更重要的是世世代代受压迫受奴役的各民族劳动人民，在政治上翻身得解放，被培养提拔为干部，走上各级领导岗位。
3.建立和改造农村、牧区基层政权。按照先农村后牧区的原则，从1950年3月开始，在全疆农业区开展了废除保甲制度的工作，建立起人民的农村基层政权。国民党统治时期的农村基层政权，完全掌握在地主、富农手中，所以必须推翻保甲制度，重新建立基层政权。过去的乡改设区，为一级行政机关。委派区长1人；文书1人；助理员若干人，有的区有助理员5人，分掌民政、财政、文教、治安、建设等工作；还有一个通讯员。这是最健全的区机关，一般区机关人员要少些。过去的保改设乡，经过乡群众大会（乡群众大会有户来1人，也有几户来1人的不等）选举正副乡长各1人（有的没有副乡长），文书1人由上面干部训练班派来或由乡长提名经上级批准。乡有农民协会，在减租反霸以前是采取个别吸收会员的方式秘密进行的。入会条件是中农以下的劳动农民、小商贩及工人，不要劳动不好的二流子。甲改设村，推翻旧甲长，由群众选举村长。以村为单位组织治安组，设小组长1人，受乡治安主任领导。治安组员的条件，一般都是年龄在18-45岁的农民协会中比较积极的会员，也有不是会员的，但很少。治安组的职责是夜间巡更，捉坏人，考察闲人，防止小偷等。治安组对安定农村秩序、保护人民财物起了重要作用。
许多调查材料表明，在起初选出的乡、村干部中，表现好的约占30%，一般的占40%，不起作用和表现不好的占30%。后来通过减租反霸、土地改革，吐故纳新，例如南疆农村减租反霸运动中，清洗了2296名干部，提拔了5056名干部，使农村基层政权不断地得到巩固和发展。
应当指出，这些乡、村干部绝大多数是劳动人民，据迪化市等7个县1011个区乡、村干部成分统计，劳动人民占92.19%，其中工人占4.65%，雇农占7.5%，贫农占52.43%，中农占26.51%，牧民占1.8%，富农商人占7.8%。这在新疆历史上是破天荒的第一次。
在牧区通过民主协商方式，也逐步完成了对旧的基层政权的改造工作，废除了千百户长制度，建立了区、乡（游牧区只设区，不设乡）人民政府。
1950年春，曾在迪化、哈密、和靖部分牧区试点，委派区长，民选乡长，个别乡还组织牧民协会，但效果不佳。例如，迪化县南山区（游牧区）就是试点单位之一，直至1951年1月尚未成立区公所，因没有委派区长，民选的乡长们反映：“我们不会工作，也没有人经常指导。”1950年3月、10月两次选举参加县各族各界人民代表会议代表，第一次宣传“只要穷人”，因此选的代表均为贫户；第二次因为要纠正“只选穷人”的偏向，故被选代表多为富户和中户，说明政策执行不够好。1951年新疆省政府规定，在牧区民主建政工作中，部落头目、原千户长、百户长，只要接受人民政府领导，牧区群众不反对的，可选任为区长或副区长。不要过早地提出组织牧民协会。到1952年冬，全省393个区、2200个乡的人民政权全部组建完成。实事求是地说，广大牧区只是搭起个架子，千户长变成了区长、副区长。建立“着重吸收牧工、牧民中的积极分子，并吸收一定比例的比较开明的牧主、部落头目、宗教首领以及革命知识分子、手工业者参加”的牧区人民政权，这个工作花费的时间较长。
二、各族人民翻身得解放
新疆和平解放时人口总数为433.34万人，农业人口为368.32万人，占新疆人口总数的85%，新疆各族人民的翻身得解放，主要是广大农牧民的翻身得解放。1950年春的民主建政，一些贫雇农被选为乡长、村长，政治上开始翻身。往日把持着乡村政权的地主阶级被一脚踢开了，他们对此很不服气。
有的在背地说：“开会时你们当主席，回家后我们吃抓肉抓饭，你们去吃你们的包谷馕吧！”“管你们乡长不乡长，村长不村长，种我的地，到时候就得给我缴租。”还有的说：“现在的时代闹反了，他们那些人（指乡村干部）是顶在头上的靴子，总归算不了帽子。”这说明，那时候地主阶级在经济上的优势仍然存在，在政治上的威风也还没有完全被打垮。
新疆分局和省人民政府，领导各族农民用了三年多时间，有计划有步骤地打垮地主阶级在政治上的威风和经济上的优势，使广大农民真正翻身得解放。主要做了以下工作：
（一）1950年的三项工作
一是公平合理分配灌溉用水。新疆是灌溉农业，水利是发展农业的命脉。然而，在新疆解放前地主不仅占有土地，而且霸占水利，以此向贫苦农民敲诈勒索，水的分配极不公平合理。1950年春，在建立乡村政权的同时，为了公平合理分配灌溉用水，各乡经乡群众大会选举了1-2名水利委员，有的村还选有村水利。水利委员和村水利的责任是调解水利纠纷，公平合理分配灌溉用水。这一措施发挥了良好作用。例如，迪化县附城区四十户村当年粮食增产就得益于水利管理的改革，农民反映说：“你不知道四十户这地方，水浇得好，打粮食就多，水少就旱死了！要说今年春上水就好，把以往分给水利、乡长的水取消了，水利上胡里麻搭偷水搞鬼的事儿没有了，把他们占的浇水时间剩下来，大家浇水时间就多了一两轮，往年半个月才浇一轮水，今年10-11天就浇一轮。”水利委员如果不称职，第二年农民可以把他改选掉。