针对“大跃进”造成国民经济比例严重失调，中共中央、国务院决定1961-1965年对国民经济进行调查，实行“调整、巩固、充实、提高”八字方针。新疆维吾尔自治区党委和政府，坚决贯彻执行了中共中央和国务院关于大幅度调整国民经济的一系列果断措施，主要有：一是加强农业，大力恢复农业生产。调整人民公社基本核算单位，实行三级所有队为基础，取消供给制，停办公共食堂；坚决纠正平调错误，彻底进行退赔；减少粮食征购，提高农副产品的收购价格；组织各行各业支援农业。二是大力精简职工和减少城镇人口。这是当时克服困难的一项根本措施，把城镇人口减少到同农村提供商品粮和副食品的可能性相适应的程度。从1961年到1963年，全区共减少城市人55.5万人，超额58.4%完成了国家给予新疆的压缩城市人口的任务；共减少职工30.7万人，超额25.8%完成了国家给予新疆精简职工的任务。经过这一时期精简，使自治区城市人口由183万下降到141万人，使城市人口占总人口的比例由26%下降到20%。三是大力压缩基本建设规模。1962年全区基本建设投资压缩为1.19亿元，这样小的基本建设规模，是1954年以后所没有过的。四是缩短重工业战线，实行必要的关、停、并、转。自治区58个钢铁企业只保留了5个。五是文教事业的调整和精简。
12所高校保留6所；83所中专学校，停办56所，保留27所。六是努力增加市场供应。
在自治区党委和政府领导下，新疆各族人民团结一致，艰苦奋斗，含辛茹苦，节衣缩食，终于渡过了难关，取得了国民经济调整的重大胜利。1965年，全区工农业总产值达到24.38亿元（按1957年不变价格计算，下同），比1957年增长132.5%，比1960年增长1.7%，比1962年增长50.8%。其中农业总产值12亿元，比1957年增长98%，比1960年增长51.6%，比1962年增长61.2%；工业总产值12.38亿元，虽然没有超过1960年，但比1957年和1962年增长179.8%和42%。1965年，粮食产量达到261.74万吨，比1960年增长32.2%，比1962年增长58.3%；棉花产量7.59万吨，相当于1962年棉花产量的3倍。牲畜年末存栏数达2697.5万头，比1962年增加568.5万头，增长26.7%。钢产量4.72万吨，分别比1957年和1962年增长2.2倍和1.6倍；原煤387万吨，分别比1957年和1962年增长2.5倍和26.6%。原油97万吨，分别比1957年和1962年增长9.2倍和10.9%。棉布1.4359亿米，分别比1957年和1962年增长3.75倍和1.99倍。人民生活有了改善，1965年城镇居民年末存款余额达到2.59亿元，比1957年增加1.61亿元，比1960年增加5309万元。
到1966年，全区工农业总产值在全国工农业总产值中的比重由1949年的0.09%上升到1.23%，各项经济指标都达到自治区的历史最高水平。这17年是自治区经济发展速度最快的时期之一，全区工农业总产值年均增长10.94%，其中农业总产值平均增长8.34%，工业总产值平均增长19%。
这时期还有两件事值得一书：一是60年代初期，由于国外断绝一些油品的供应，给国家工农业生产和科学、国防事业造成很大困难。新疆各族石油科技人员和炼油职工以“为国家争光，为民族争气”的大无畏精神，1962-1965年在石油工业部派遣专家的指导下，成立中型试验车间，在极其简陋的条件下，克服困难，反复试验，利用克拉玛依原油凝固点低的优势，先后试验成功和成批生产了几十种国家急需的短线产品，比较重要的有火车车轴油、航空和坦克冬用特种燃料、精密机床的各种主轴油、冷冻机油、-45℃压器油等。到1966年，累计生产油品达到61种，其中润滑油24种。据石油工业部专家鉴定，重要产品达到当时国际先进水平。为实现石油工业部提出的石油产品“三年过关，五年立足于国内”的目标作出了贡献。
二是可可托海矿务局，在1958-1960年期间，连续年创利润1000万元以上，成为当时自治区上缴利税大户。生产的产品，基本上是对苏联出口。
从1951-1962年，共向苏联出口有色及稀有金属精矿23.7万多吨，为国家偿还苏联债务作出了贡献。
三、“文化大革命”对新疆经济的严重破坏
（一）新疆经济面临崩溃的边缘
中共十一届六中全会通过的《关于建国以来党的若干历史问题的决议》指出：“一九六六年五月至一九七六年十月的‘文化大革命’，使党、国家和人民遭到建国以来最严重的挫折和损失。”“历史已经判明：‘文化大革命’是一场由领导者错误发动，被反革命集团利用，给党、国家和各族人民带来严重灾难的内乱。”
对“‘文化大革命’使国民经济面临崩溃的边缘”这一论断，有的学者提出质疑，应该说是有一定道理的，因为我国经济虽然遭到巨大损失，仍然取得进展，“三五”（1966-1970年）期间，全国工农业总产值年均增长9.95%，“四五”（1971-1975年）期间，全国工农业总产值年均增长7.76%，均高于“二五”时期的0.6%。这当然不是“文化大革命”的成果，但至少说明上述论断不完全符合实际。然而在新疆，“三五”时期，新疆生产总值年均增长只有0.3%；“四五”期间，新疆生产总值年均增长只有2.9%，是新疆历次五年计划中增速最低的。所以，“‘文化大革命’使新疆经济面临崩溃的边缘”这个论断，在新疆是符合实际的，大量的统计数据说明是正确的。
1976年与1966年相比，新疆工农业总产值由1966年的420417万元（按1980年可比价格计算，下同），增长到1976年的490849万元，10年中工农业总产值只增长16.75%，年均增长1.6%。其中农业总产值1966年为245270万元，1976年达到239392万元，10年下降2.45%，年均增长-0.2%；工业总产值1966年为175147万元，1976年增长到251457万元，增长43.56%，年均增长3.7%。
这期间，新疆总人口由1966年837.99万人，1976年增长到1208.97万人，10年间增长44.27%，年均增长3.5%。而粮食总产量由1966年的332.34万吨，1976年只达到339.66万吨，10年只增加7.32万吨，几乎没有多少增长。人均占有粮食由1966年的408.5公斤，下降为1976年的290.3公斤，人均占有粮食下降28.9%。新疆由全国的余粮区变成了缺粮区，在挖空库存之后，伸手向国家要粮，到1978年吃国家调进粮19.68亿斤。
10年间，人口增长速度是工农业生产增长速度的2.64倍，可见连简单的再生产都难以为继。
（二）新疆经济处在低速低效的困境
“文化大革命”时期，新疆经济效益下降是十分突出而明显的。“三五”和“四五”时期的10年，每百元积累所增加的国民收入为4.13元，比“一五”时期的40.17元，下降89.72%；比恢复时期的32.07元，下降87.12%。在工业上，1976年每百元资金实现利润、税金14.92元，比1959年的34.67元，下降56.97%；比1965年的18.69元，下降20.17%。在农业上，1976年每百元各项费用实现总收入为296.32元，比1956年的509.36元，下降41.83%；比1965年的351.22元，下降15.63%。交通运输方面，就公路运输而言，1966年全疆公路运输企业利润为3929万元，由于“文化大革命”武斗不止，派仗不停，以及“不为错误路线生产”，交通运输往往陷于瘫痪，1968年开始发生亏损，1968-1975年共亏损7187万元（扣除1970年曾有盈利349万元），新疆公路运输由年年上缴利润比较多的行业，变为亏损行业。商业方面，1967年到1976年平均利润率为4.45%，比“文化大革命”前降低了3.35%。在基本建设方面，“三五”和“四五”期间固定资产交付使用率只有60.77%，比“一五”时期的82.67%，下降26.49%。财政方面，大批企业亏损，“四五”期间企业净亏3.18亿元，财政收入大幅度下降，1966年财政收入5.2亿元，1975年财政收入只有1.01亿元，而当年财政支出8.84亿元，收支差额7.83亿元，财政自给率只有11.5%，成为新中国成立以来历史的最低点。
（三）人民生活非常困难
1966年新疆国民收入生产额为240954万元，1976年267258万元，10年增加26304万元，增长10.9%，年均增长不到1%。而同期人口却增长44.27%，因此人均国民收入不仅没有增加，反而降低了，1966年为292元，这10年年人均国民收入只有209.4元。这10年积累率为27.43%，国民收入分配中，用于消费的人均国民收入只有152元，这个消费包括社会消费，摊到个人身上已经不多了。所以“三五”时期居民消费是负增长（-0.38%），“四五”时期居民消费接近零增长（0.1%）。可以说人民生活没有什么改善，由于物资匮乏，实际生活水平降低了。1976年人均占有粮食233.5公斤，相当于1950年的水平。1966年人均占有棉花9.75公斤，油料10.6公斤，水果28公斤，牛羊猪肉11.8公斤；1976年人均占有棉花4.35公斤，油料7.65公斤，水果12公斤，牛羊猪肉7.85公斤。除去社会消费的，个人定量供应更是少之又少，人民生活相当困难。一些贫困地区，人民生活更是非常困难。
1976年春天，自治区革委会副主任铁木尔·达瓦买提用了2个月时间到南疆农村调查，他到了3个地区8个县走访了500多户农家，发现南疆农村十分贫苦。农民缺衣少粮，不少人吃不饱肚子，有的县几万人得了营养缺乏病。由于缺少运输工具，妇女们用口袋背土，劳动强度很大，得妇女病的很多据1977年统计，全疆人民公社社员中超支（劳动收入不够家庭分口粮）户累计达到76.2万户，占总农户的40%。按此计算，当时农村总农户应为190.5万户，1977年全区农业人口886.84万人，平均每户4.65人，76.2万户超支户，应有354.33万人。据此估算，当时新疆农村的绝对贫困人口应在532万人，占农村总的58.36%。
四、改革开放加速新疆现代化进程
（一）历史的伟大转折
1978年召开的中共十一届三中全会，是党和国家历史上一个具有深远意义的伟大转折，是一个新的历史发展阶段的开端，开启了我国改革开放历史新时期。全会坚决批判了“两个凡是”的错误方针，高度评价了关于真理标准问题的讨论，重新确立了解放思想、实事求是的思想路线；全会果断地停止使用“以阶级斗争为纲”这个不适用于社会主义社会的错误方针，作出了把工作重点转移到社会主义现代化建设上来的战略决策，提出了一系列新的方针政策；全会审查和解决了党的历史上一批重大冤假错案和一些重要领导人的功过是非问题，纠正过去在组织工作方面的错误，形成了以邓小平为核心的第二代中央领导集体。这些在领导工作中具有重大意义的转变，标志着党重新确立了马克思主义的思想路线、政治路线、组织路线。
中共十一届三中全会以来，中国发生了三大历史性转变：一是从以阶级斗争为纲，转变到以经济建设为中心。聚精会神搞建设，一心一意谋发展。