新中国成立后，20世纪50年代至70年代新疆民族分裂势力都是以苏联为靠山。50年代中苏关系处在“蜜月”时期，民族分裂势力活动比较收敛；60年代以来中苏关系恶化，在苏联指挥下，民族分裂势力活动猖獗，中国政府进行了上面已经讲过的一系列斗争，给了以苏联为靠山的民族分裂势力以致命的打击。
20世纪90年代以来，为了维护新疆的稳定，中国政府加强了对中亚国家的外交关系。江泽民在《通报中央政治局常委“三讲”情况的讲话》中指出：“一九九六年，中央政治局常委会专门研究了维护新疆稳定的问题，明确提出影响新疆稳定的主要危险是民族分裂主义势力和利用宗教进行的非法活动。我们积极做中亚国家领导人的工作，与他们达成了共同反对宗教极端势力的共识，为维护新疆稳定提供了有利条件。”1997年4月，中国、俄罗斯、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦五国在莫斯科签署《关于在边境地区相互裁减军事力量的协定》；1998年7月，中、俄、哈、吉、塔五国元首在哈萨克斯坦会晤，五国发表了联合声明：坚持互相尊重主权和领土完整、平等互利、互不干涉内政等公认的国际关系准则，坚持通过友好协商解决国家间的分歧和争端，共同打击各种形式的民族分裂和宗教极端势力、恐怖活动、偷运武器和贩毒等本地区公害，进一步密切五国间的经济关系，与国际社会共同努力制止南亚核军备竞赛，维护国际核不扩散机制。2001年6月14-15日，“上海会议”五国元首在上海进行第六次会晤，乌兹别克斯坦以完全平等身份加入，六国元首签署了《上海合作组织成立宣言》，上海合作组织正式成立。此后，又进一步完善了合作机制，尤其是在“反恐”问题上加强了合作，成立了上海合作组织的地区反恐中心。2003年5月在莫斯科召开的上海合作组织峰会上，通过了在塔什干设立反恐总司令部的决议。目前已进行了7次反恐演习。
这些成果，为新疆的发展和稳定营造了良好条件，其效果是明显的，自1997年伊宁发生“2·5”打砸抢骚乱事件以来，至今，伊犁哈萨克自治州境内没有发生过大的暴力恐怖事件。现在的问题是新疆与阿富汗、巴基斯坦、印度接壤的南部边境，成为“东突”恐怖势力向新疆渗透的主要通道，“对南亚、西亚有关国家，也要相应做工作。关键是要努力促使这些国家不为新疆民族分裂主义势力提供搞分裂颠覆活动的基地。总之，压缩新疆民族分裂势力在这一地区的活动空间，可以为我们防范和打击这股势力、促进新疆稳定和发展创造一个良好外部环境。”
目前，“东突”分裂主义势力，妄图使新疆问题国际化，在这种情况下，做好外交工作更加重要。
4.在反分裂斗争中要特别注意宗教极端势力。
清代以来，新疆的分裂活动绝大多数都是伊斯兰宗教极端势力搞的，除1944-1970年期间，民族分裂势力是以苏联为靠山外，其他分裂活动均为伊斯兰宗教极端势力所为。
乾隆平定大小和卓叛乱、统一新疆后，乾隆朝对和卓后裔严密防范，保持了半个世纪新疆稳定和发展；嘉庆朝对和卓后裔政策的失误，导致了19世纪30年代至70年代的张格尔之乱、玉素普之乱、“七和卓”之乱、倭里罕之乱和阿古柏入侵。
1933年11月的“和阗伊斯兰王国”和喀什“东突厥斯坦伊斯兰共和国”，也是宗教极端势力所为，穆罕默德·伊敏是“伊斯兰艾米尔”，沙比提是“大毛拉”。
1944年的“东突厥斯坦共和国”是苏联策动的，但把群众煽动起来还是靠艾力罕·吐烈大阿訇，利用伊斯兰教“圣战”思想，口号是“活着当英雄，死了当喀孜”（“死了升天堂，活着享荣光”）。
1954年到1956年和田地区、英吉沙、巴楚等地的反革命暴乱，是莎车荒地讲经堂阿尤甫哈日等根据伊敏逃离新疆时的指令发动的。就是这个阿尤甫哈日在1937年盛世才清除宗教保守势力时，自知在劫难逃，假装他已死亡，蒙混过关，躲藏了起来，盛世才离疆后才岀来。1958年新疆宗教界整风会议，揭发了阿尤甫哈日（1957年去世）一伙的罪行，将这伙宗教极端势力一网打尽。此后20年间没有发生过宗教极端势力的暴乱活动。
1981年，宗教极端势力的暴乱活动死灰复燃。叶城县哈提甫阿不都克里木·买合苏木的放虎归山，起了很坏的作用，他一个人就培养了800多个塔里甫，以后新疆的各种分裂活动都是他的弟子所为。教训深刻啊！放松了宗教管理，你要把它再从严管起来，难度很大。
王乐泉主政新疆时，总结了“‘三股势力’的基本手段就是靠非法讲经拉拢人员，以宗教极端思想为基础，以暴力恐怖为手段，以民族分裂为目的。”
因此，采取了规范讲经、培训阿訇、把宗教教职人员列为非党干部、少数民族领导干部联系清真寺等措施。这些措施应当继续执行，并要做得更好。
原以为只要规范讲经、培训阿訇，不提“圣战”思想，穆斯林青年就可不受“圣战”思想的影响。但实践证明伊斯兰教“圣战”思想的传布，并非通过清真寺讲经一条渠道。现在是网络时代，与以往不同了，网络、光盘都可传布。而且伊斯兰教本身就有这方面的内容，马克思曾经说过：“伊斯兰教宣布异教徒是不受法律保护的，并在穆斯林和异教徒之间造成一种经常互相敌视的状态。”伊斯兰文化是维吾尔族传统文化的主体，维吾尔传统文化中也有这方面的内容。现在，“三股势力”就是利用伊斯兰教“圣战”思想来毒害、拉拢80后、90后这些在非法宗教活动泛滥年代成长的青年，还是那个口号：
“活着当英雄，死了当喀孜”（有关着作还有“左手执经，右手执剑”“战死是为宗教战死，活着则在宗教面前做一个光荣战士”的说法），天堂有美女、美酒、鲜花等着你。我们必须充分揭露“圣战”思想的虚伪性和反人类的实质。
四、必须明确存在民族和宗教问题是新疆最大的特点
（一）长期存在民族问题和宗教问题是新疆最大的特点
新疆是多民族聚居地区，解放初期新疆有13个世居民族，少数民族人口占新疆总人口的93%以上。
新疆解放初期，维吾尔族等7个民族几乎全民信仰伊斯兰教，蒙古族信奉喇嘛教，锡伯、达斡尔、满等民族信奉佛教和萨满教，俄罗斯族信奉东正教，汉族中有一部分人信奉佛教、基督教、天主教和道教，全疆信教人口占总人口的93%以上。
这是新疆不同于内地汉族地区的最大特点，因此，新疆一切工作必须照顾民族、宗教特点，这是新疆工作成败的关键。新疆的少数民族有从事农耕的，有从事放牧的，解放初期，中共中央新疆分局严格按照中央“慎重稳进”的方针，在农业区推进民主改革，取得重大成效。王震想在农业区改革的同时，在牧区也推行改革，发生失误，几个月就被纠正。吃一堑，长一智。这件事使新疆广大干部认识到，“我们进行工作，一定要区别汉族地区与少数民族地区的不同；区别维吾尔族与哈萨克族等其他少数民族的不同；区别农业区与畜牧区、半农半牧区、城郊区的不同；区别工作基础和干部力量强弱不同。不区别这些不同，来进行工作就会发生错误。”由于新疆分局能区别这些不同，并在区别的基础上制定具体的方针、政策和办法，从而保证了新疆农业区土地改革和社会主义改造的顺利完成，以及牧区的稳定。
处理和解决民族问题，要避免两种倾向：一种是忽视民族特点和民族差异，企图超越历史发展阶段，人为地简化和缩短民族发展过程，消灭民族特点和民族差异，淡化民族问题，这是违背民族发展规律的错误倾向；另一种倾向是片面地强调民族特点和民族利益，人为地扩大民族差别，阻碍民族之间交流和借鉴、团结与合作，这同样不利于各民族的发展进步，也是违背民族发展客观规律的。1958年刮起的民族融合风和“文化大革命”时期在民族问题上的错误，是第一种错误倾向。因此，中共十一届三中全会后，落实党的民族政策是完全必要的、正确的。但当时对一些问题界限不清，当时只是明确必须坚持马列主义、社会主义道路、人民民主专政、党的领导四项基本原则，至于民族、宗教问题上，哪些应该坚持？哪些应该纠正？没有明确的界定，一时也无法界定清楚。当时有些要求和做法忽视了民族间的共同因素在不断增长，片面强调民族化，人为地扩大民族差别，做得过头了、过分了。
胡锦涛指出：“要贯彻好党的民族政策，首先就要对它有一个全面准确的理解和把握。比如，在对待民族差别上，既要正视民族差别和民族特点的存在，尊重各民族的风俗习惯，又要欢迎和提倡民族相互亲近，相互学习，相互融合，不断增进兄弟情谊。又比如，在对待民族文化上，既要科学继承和发扬本民族的优秀文化传统，又要大胆抛弃那些不利于本民族发展进步的陈规陋习，积极吸收和借鉴其他民族的优秀文化成果，努力学习现代文明：既要尊重各民族使用自己语言文字的权利，又要提倡相互学习对方的语言文字，大力推广、普及汉语和普通话，消除民族交流和交往的语言障碍。”
目前，新疆有55个民族，少数民族人口占新疆总人口的60%以上。新疆有10个少数民族，大都信仰伊斯兰教，信仰伊斯兰教的人有1130多万人，这些年基督教、天主教在新疆有较大的发展，再加上信东正教、佛教、萨满教的，信教群众大约占到新疆总人口的60%。实际上，新疆信教群众的比例，很可能要高于这个比例。存在民族问题和宗教问题，仍然是新疆的最大的特点。新疆构建和谐社会，也必须从自己的特点出发，做好民族工作和宗教工作。同时还必须认识到民族、宗教问题将长期存在，旧的问题解决了，又会产生新的问题，而且具有复杂性，决然没有一劳永逸的事。
2001年2月14日，李瑞环在中央工作会议上的讲话中指出：“民族、宗教无小事，不能掉以轻心、麻痹大意；民族、宗教问题很复杂，不能用简单化的方法对待、处理；民族、宗教工作涉及方方面面，各有关部门都要重视、都要去做；民族、宗教领域的新情况、新问题较多，要及时研究，不断总结，作出新的概括，但一定要瞻前顾后、慎之又慎。”这是对中国共产党处理和解决民族、宗教问题经验的科学总结。
60多年来的历史经验告诉我们，当我们慎重、稳妥地处理和解决新疆民族问题时，我们就成功、就正确，民族关系就好；当我们忽视民族问题的长期性、复杂性，主观急躁地处理和解决民族问题时，我们就会犯错误，民族关系就紧张。
（二）站在新的起点上审视新疆民族问题
新中国成立60多年来，新疆的民族关系总体来说是好的。在新疆工作和生活时间比较长的人，都会公认1949年10月-1965年“这段时期，是新疆历史上民族关系最好的一个时期，至今，各族人民记忆犹新，时刻怀念。”