一阐提能否成佛，似乎也是一个神学问题。但是它的论辩背后隐藏的问题，却很有价值。譬如，物种或人性是永恒的，还是变化的？物种之间能否互相转化？种姓制度、等级现象是永恒的，还是变化的？种姓或等级之间是否可以互相转化？由此涉及，事物是由先天决定的，还是后天决定的？是内因起决定作用，还是外因起决定作用？如此种种，《佛性论》虽然没有展开讨论，但在逻辑上取肯定态度，说明其在思维深度上已有明显突破。
（2） 破“外道执”。此处的“外道”，指“胜论师”和“数论师”。在印度，此两者是批判佛教的主要“外道”，也是大乘论师们的主要论敌。其实，“外道”是不讲佛性的，但他们的主张不利于佛性论的确立，所以《佛性论》要单列一项，让他们认识佛性；而在清理外道的主张中，也巩固了佛性论的地位。所以说，“为外道不识佛性故，彼立义应知”。
首先，该论谓：有外道说，一切诸法，皆有自性，等有不空，性各异故。若诸法悉空，无自性者，则水火、色心，生死、涅槃，并无自性。自性既无，应可转火为水，转于涅槃更作生死。何以故？等无自性故。现见火性定热，不可为水；水性定湿，不可为火；涅槃生死，亦复如是，不可互相转作。如此二法，并有自性故；若互可转，则修道无用。故知诸法各有自性，是故不空。论中所指持此说的“外道”是胜论师，本论作“鞞世师”。此师先以“六句义”概括他们的学说，将“实、德、业、同、异、和合”作为决定一切法之实体、性质和变化的元素；其后，此派又在六句义基础上增加“有能、无能、俱分、无说”四句，成“十句义”，以解释世界现象和说明解脱之道。总括这些说法，核心是主张“自性”实有的。《佛性论》即抓住这一核心，将他们的思想体系如上地介绍出来，以便破除。具体论辩颇繁，简单讲来就是一句话：汝说诸法各有自性不空、性定异者，是义不然。何以故？自性决定不可得故。大乘讲“诸法性空”，主要理由是“法无自性”；“无自性”的主要理由是“性不决定”。“性不决定”是中观学派“诸法性空”的主要证明。论辩的最后，引《中论》中偈言：一切处诸法，从自不得生，从他二亦尔，从无因亦然。这个译文不如鸠摩罗什所译《中论》的文字流畅。意思是说：任何事物都不是由“自性”产生，也不是“他性”所生，更不是“自他二性”共生，但也不是“无因生”。此四句偈很有名，由此说明般若的缘起“无生义”，被佛教各派广泛采用。据此，论文批驳了胜论师有关“自性”论的众多观点，在此处就是用于维护“如来藏”的“人法二空”一面。
胜论师的著作有汉译介绍，即唐玄奘翻译的慧月造《胜宗十句义论》一卷，为历代《大藏经》所收；关于此派的思想，在《佛性论》的批判中也保存不少。
论文接着考察数论师。此师亦作“僧佉”，真谛所译的《金七十论》二卷，是其代表作之一，此论亦作《僧佉论》，是大藏经收入的两种“外论”之一。而《佛性论》对此派的批判尤其细微，也是研究它的重要资料。
按佛教观点，此师属于“因中有果”论者，认为一切世界事物都隐含在最初因中，是最初因自我开展转变的结果，此因即是“自性”。“自性”是一种未显现的隐在物质，它与它的转变物由“三德”构成，所谓“萨捶”（喜与照明）、“罗伽”（忧与冲动）、“多磨”（迷暗与抑制）；“自性”首先转变为“觉”，继之而成“我慢”，开展为“十一根”（眼耳手足心等器官）和“五唯”（色香味等五境）、“五大”（地水等四大与空），总称“二十五谛”，由之形成差别万千的世界。此外，还另有一个独自存在的“神我”（无上我），是“神我”与“自性”结合引起“自性”的变化；在与“自性”物质结合中的“神我”是不自由的，只要“神我”摆脱了自性物质，那就是解脱。因此，数论师就成了“自性论”者的另一种典型。
《佛性论》对数论师的破解，是从一个具体事例开始的——一切事物都有自性，这是个全称判断；论文举出，“声”也是一类事物，是否也有“自性”？于是“内学”（佛学）者问：汝义云“声有自性，与自性不异故”者，是义不然。何以故？若声有自性，则声应为耳本故；若说声是耳、耳即是声，可说自性即声、声即自性，若不许耳即是声者，亦不许汝声即自性。若汝说声是所闻，耳不尔者，是义不然。何以故？汝声与耳为一为异？若汝说声是所闻与耳异者，已所闻故，与自性亦异；若说声与耳不异者，何故不说声能闻耳！若汝说德如耳者，是亦不然。何以故？若声灭时，耳应俱灭，声耳是一故。如耳声一物不成例，余成不成亦尔。故知诸法决无自性，悉皆是空。就“声”之“无自性”一例，足以破你一切诸法皆有自性的全称判断。但是，这一破法如能成立，应该有个前提，那就是只从“声”与能闻的“耳”之关系上，限定在声与耳的关系范围对声进行考察：没有耳，即听不到声，所以声即以耳为“本”，此“本”即是“自性”，于是声的自性即是耳，结论当然是荒唐的。这一结论的得出，不在于推理本身，而在于那个没有说出来的前提——可这个前提，即眼耳等与色声等是对应的概念，“能”识与“所”识不可相离，这是佛教也是古印度哲学普遍承认的一种思想，因此“内学”者可以这样驳难数论师，而没有对“声”本身的物理性质作探讨。
然而，即使如此也不能反证“法无自性，悉皆是空”是正确的。在这里，需要逻辑。数论师是古印度哲学中很重视逻辑的学派，他们在立“自性”有时，就运用了逻辑，名之为“量”。由于他们的逻辑与认识论紧密关连，所以“量”分三类，即“证量”（现量）、“比量”和“圣教量”。《佛性论》也因此采取了“量”的论辩方式，我们只看它所作的“证量”：今我立证量，显了二空：诸法空故，自性不可得，如见幻事。幻物者，证量所见，不如实有。诸法亦尔，不如所见而有所见。由体不实故不有，由证量故不无。由体无故，空义得成，以证量故，假有不失。所谓“证量”，指的是感官直觉到的认识，是绝对不经理性思维而对对象的直接感受。例如眼见色，如果中间不经思维分别，唯有眼根与色相的直接相触，由此得出的眼识就是证量所得。《佛性论》开出的证量，是“幻事”，幻觉中感知的事物，例如快速转动手中火炬能够见到一个火圈，夏日可以于田间见到的“野马”之类。这火圈和野马都是“幻化物”，它们是“不如所见而有所见”的现象——就其为证量直观所见而言“不无”，以区别于兔角、石女儿等之纯无；就其“体不实”而言“不有”。据此证明了“性空假有”般若空观的基本论点，驳斥了数论师的“自性”说。
继之，论辩进一步涉及了“量”自身的性质问题。数论师认为，由于“量”由“能量、所量二法成就，所以诸法各有自性故不空”。论文驳道：是义不然。何以故？量从自生故不缘所量境而能量智自成者，无有是处。既无所量，能量之名，对何而立，则量何所量耶？若汝说由观所量故得成能量者，是义不然。何以故？若前境未有即量何所缘？所量者是所缘境，能量者是能缘智。若所量已成，能量何用？“所”本由“能”故得“所”名，若能量未有，已成所量，则能量无用；若所量不关能量自得成者，有何能所？此处关系一个重大的哲学问题，所谓思维对存在的统一性问题：能量与所量，能知与所知，略称“能”、“所”，他们之间是相互联系不可分离的，还是互相分离，而联系只是有条件的？这对整个唯识家来说都是个要害问题。《佛性论》主张，“能”、“所”是相互依存的，因为它这里讲的是认识论范围内的主客关系，离开任何一方，认识活动都不可能正常进行。因此，数论师说“量从自（性）生”，等于说认识从认识的自性生，是荒谬的；说“不缘所量境而能量智自成”，等于说无需客观对象就会产生关于这一对象的认识，同样是荒谬的。但是，如果超出认识论范围，讨论认识是从哪里来的，即思维对存在谁是第一性的问题时，性质就变了：认为“‘所’由‘能’得名”，就不是正确的；所谓“所量已成，能量何用”的提问也就没有意义。唯识家的错误不在于承认认识论范围内“能”、“所”的不可分离性，即思维对存在的统一性，而是超出了这个范围，把这一原理运用到解答思维与存在孰是第一性的问题上，这成了他们形成唯识世界观的一个重要原因。
关于“量”以及“能量”和“所量”是否具有“自性”的问题，《佛性论》记载的论辩还有很多，此处不拟细谈。针对数论师运用“比量”对“自性有”的证明，《佛性论》也作了具体驳难，由于牵涉数论师自身的观点很多，也不适宜于此处详说。总而言之两句话：由证量故有比量……证既不成，比譬、圣言等量皆失。故知一切法如实无自性，唯真实空是其自性。（3） “破大乘见”。这里的“大乘”，明显是指大乘的中观学派；其所谓“见”，是指此派“学有所执”部分，即“二谛”说。论文首先以答问方式陈述论敌一方的基本观点：若汝说一切有，皆由俗谛；一切无，皆由真谛。应作此问：善友，何者是真实？何者是俗谛？答曰：一切诸法无有自性，是为真实；于无自性法中说有自性，是名俗谛，以于无中假说有故。关于“二谛”的这一解说，可参见鸠摩罗什译的《中论》中的“三是偈”。问难由此开始：问曰：是执无有自性，为当依世俗言故有，为当唯是语言（故有）？若依世俗言有此执者，此执则不可说。何以故？执是无故——若此执唯是语言则无所诠，世俗语言不成就故；若不成就是世俗者，是义不然。又，若汝谓于无自性中执有自性，是名为俗——若执有者，云何是无？答曰：为颠倒品类故，故无中说有，乃至于无常乐我等诸法，说言皆有；常等诸德，其体实无，但假说有。如此执者，为四倒摄，是故虽执是有，而得是无。《佛性论》认为，说“一切诸法无有自性”，并非真实，而是一种偏执；“于无自性中说有自性”，则不能成立。因为所谓世俗有，指的是什么？按《中论》的解说，即是“假名有”。那么此“有”是指某物依赖语言而有，还是语言自身即是有呢？若是前者，则某物无自性亦即是无，因而是不可说，何来世俗有？若是后者，语言没有了诠释的对象，那就什么用处都没有；没有用处就成不得世俗。
这些论辩太嫌抽象，一旦用以解释“常乐我净”涅槃四德，就变得非常具体——依中观派说：“常等诸德，其体实无，但假说有”；认为它们实有，即是“颠倒”，“虽执是有而得是无”。《佛性论》由此总结说：若无性中执有自性为俗谛者，是义不然。何以故？二谛不可说有，不可说无，非有非无故。真谛不可说有不可说无者，无人法故不可说有；显二空故，不可说无。俗谛亦尔：分别性故不可说有，依他性故不可说无。这里提出的见解，是标准的瑜伽行派的“三自性”说。它用“三自性”批判“二谛”说，重新解释“二谛”说，反映了此派与中观派的主要分歧之一：依“二谛”论“无”说“有”，自身就是一个错误。因为不论真谛或俗谛，都不可以用“有”或“无”来界定，两者的本质都是“非有非无”，亦可说既“有”既“无”。瑜伽行派称“真实”为“圆成实”，它的含义是“无人法”——对人我、法我二执的否定，故“不可说有”，亦即是“无”；它的另一个含义是“二空”，乃“无我”所显，“不可说无”，亦即是“有”。“俗谛”也包含这两层含义：“分别”世俗现象执以为实，属“遍计所执”，其性本无，故“不可说有”，但其所执之现象，由因缘所生，属“依他起”，故“不可说无”，亦即“假有”。
《佛性论》诠释瑜伽行派的“三自性”学说比较简洁明确，不是这里考察的范围，只是说明，其在“破大乘见”中，是从“三自性”出发反对中观派的“无自性”，从而捍卫“有自性”，尤其是“大般涅槃常乐我净”这一重要理念的。
以上三破，破有破无，核心是在确立“一切众生皆有佛性”，不存在无佛性的“一阐提”这种例外。这样一来，它也为“如来藏”的“清净”内涵增加了更丰富的规定。
二、 “如来藏”：“智与境”的统一
何谓“如来藏”？论文指出三义：“一所摄藏，二隐覆藏，三能摄藏。”以下分述之。
（1） “所摄藏”，意即“所摄名藏”。论云：佛说约住自性如如，一切众生是“如来”藏。