第二，某些侧重点有所转移。现取三段话试作比较：梁本唐本“是故修多罗说，若有众生能观无念者，则为向佛智故。”“是故经说，若有众生能观一切妄念无相，则为证得如来智慧。”“知初相者，即谓无念。是故一切众生不名为觉，从本已来念念相续，未曾离念，故说无始无明。”“言心初起者，但随俗说，求其初相终不可得。……是观一切众生不名为觉。以无始来恒有无明妄念相续，未曾离故。”“若得无念者，则知心相生、住、异、灭。以无念等故，而实无有始觉之异。以四相俱时而有，皆无自立，本来平等，同一觉故。”“若妄念息，即知心相生住异灭皆悉无相，以于一心前后同时皆不相应，无自性故，如是知已，则知始觉不可得，以不异本觉故。”在这里，梁本称“佛智”为“无念”，唐本改作“妄念无相”；梁本称“不觉”为“念念相续，未曾离念”，唐本改作“妄念相续，未曾离故”；梁本称“得无念”，唐本改作“妄念息”，“皆悉无相”。这种更改，直接涉及了义理上的变化。按梁本的解释，“念”就是心动，心动就是“无明”，“不觉”，这是人生流转世间的根本原因；真心的本性是“无念”，无念就是心静，心静就是“智慧”，“觉”，就是出离世间的根本原因。因此，它在实践上要求“离念”，回归原始的“心静”、“本觉”的状态。唐本不强调“无念”，也不一般地反对有“念”。因为念有正、妄之别，“正念”在佛教的认识修持和实践中具有决定性作用；“妄念”才是需要克服和息灭的主要对象。“妄念”的内在认识机制是有“分别”，其集中表现则是有“相”。“相”相对于“体”、“性”说，有现象、假象的意思，也泛指主观的表象、映象、语言、概念和客体的形状、相貌、特征、个性等，其实际所指，是那些能够引起是非、善恶、爱憎等思想感情欲望的一切差别性和特性。所以内息妄念，也就要求外止诸相，达到“无相”；而“妄念”的本质就是“无相”。
新本《起信论》这些思想上的细微变化，与当时的禅宗发展形势可能有极大关系。
禅宗自弘忍之后派别林立，至少有十个山头很有势力，在思想上大致可分二大体系，其一是以四卷《楞伽》为旗帜的禅师，而后发展成为法如、神秀、玄赜以致义福、净觉等所谓北宗体系；另一支用《金刚经》传法，形成为智诜、慧能以致神会、处寂等所谓南宗体系。这两大体系至少从弘忍开始都是以梁译《起信论》为真正的理论基础，至此而有了新的变化。
首先南宗推崇《金刚经》，而《金刚经》并没有“无念”这个概念。此经反复强调“不住”或“无住”，所谓“不应住色生心，不应住声、香、味、触、法生心，应无所住而生其心”。这种“不住”，即不住于“六境”，按“唯识无境”的说法，也就是“不住于相”，所以“离相”或“无相”就成了《金刚经》的核心思想，以至于说：“实相者，则是非相”，“离一切诸相，则名言佛。”以慧能名义流通的《坛经》中说：“我此法门从上已来，顿渐皆立无念为宗，无相为体，无住为本。”其中又以“无相”作为“戒体”，所以有“无相忏悔”、“无相三归依戒”、“无相灭罪颂”之说。出于智诜一系的《历代法宝记》引金和尚无相自言宗旨的话：“无忆、无念、无妄。无忆是戒，无念是定，无妄是慧。”“无忆”，即不忆前境，是“无相”的另一种表达。以“无忆”为戒，与《坛经》相同；“无念”则仅限于“定”；“无妄”，即是“息妄念”，这才是佛智。无相弟子无住，调和《起信论》的“无念”与《金刚经》的“无相”说：“无念即无相，有念即虚妄”，其所“无”之“念”，依然是妄念。以树立慧能为禅宗正统而著名的神会，对“无念”的解释更加特别：“无者无有二法，念者唯念真如……所言念者，是真如之用；真如者，即是念之体，以是义故，立无念之宗。”见《神会语录》。“无念”被解释成了“专念”，与梁本《起信》的“无念”成了全然不同的二回事。智诜一系也有将“无妄”改为“无忘”的，“无忘”，也就是“唯念真如”的意思。
南宗之所以作这些变动，除了要与《金刚经》协调以外，根本原因是梁译《起信论》的“无念”之说，不利于宗教的社会实践。《坛经》说，“无念”很容易被误解成“百物不思”。“百物不思，即令念绝”，达到这种程度，等于停止了一切活动，与标傍的大乘教旨无法相容，所以《坛经》斥之为另一类的“法缚”。《坛经》的解释是：“无念法者，见一切法，不著一切法。”因而不是不思不念，只是不执著而已，所谓“不住”。
此外，在楞伽禅师方面也有一些变化，玄赜的弟子净觉编述《楞伽师资记》，记道信言：“无所念者，是名念佛。何等名无所念？即念佛心名无所念……常忆念佛，攀缘不起，则泯然无相，平等不二。”意思是说，“无念”虽是理想境界，但要以念佛（亦即念心）为抑制其他杂念的手段；而无念的最后表现则是泯然“无相”。所以净觉也把“无相”看得很重要。他说：“诸相无相，由心作相”，“体空无相，不可为有，用之不废，不可为无”。不论在哲理上还是践行上，无念都需要“无相”的补充。
上述文献，大都出现在唐开元年以后，但作为禅思潮的新变化，至少在武后时代即已萌发。新译《起信论》的创制，无疑反映了这种形势。吕澂先生据此在《起信与禅》一文中认为，新本即是出于智诜一系对梁译的改订。当然，这不是定论。比较新本序文和净觉的《楞伽师资记序》，也有一些雷同的提法。新本序文说：“演恒沙法门，唯有方寸，开诸佛之秘藏，本自一心”；《师资记序》说，自听其师开示后，“始知方寸之内，具足真如”。净觉在唐代的社会地位和义学素养，与昙延之在隋代的地位，相当接近。当然，这更不是定论，但有助于历史考察。
四、 《大乘起信论》的哲学体系和佛理的本土化
《起信论》的两个本子，究竟出于谁人之手，尽管一时很难弄得具体清楚，但说它们是中国人的撰述，当不再成为问题。除了前述理由以外，还因为它所表达的思想内容具有明显的中国特色，是中国佛教思潮发展到一定时期带有必然性的产物。
中国佛教来源于印度佛教，两者当然有一致性，但社会历史条件和民族文化背景不同，必然有很大差别，特别是演化到大乘阶段。
印度大乘佛教从基础理论上划分，大体可以概括为两个体系，其一是以《般若》经类为依据，由龙树、提婆创始的中观学派；另一个派别依《解深密》等经，由无着、世亲发展起来的瑜伽行派。这两个体系在中国都有传播，前者自汉魏的般若学，至姚秦鸠摩罗什达到顶端，而后转成三论学，主要流行在南朝，到隋唐吉藏的三论宗而衰落。后者发端于北魏菩提流支等译经集团，由此形成地论学，成为北朝历代佛教中的显学；稍后还有梁陈之际在广州的真谛，以弘扬《摄大乘论》为中心，逐步向长江流域及其以北推进，直到玄奘留学归国，把瑜伽行派体系的传播再次推向高潮。它们都以“唯识无境”为基本命题，所以通称为“唯识学”；它们也都以“三自性”解释一切现象，故亦称“法相学”。
但是，在这两大体系之外，还有一些经论，对印度佛教的发展，几乎没有发生什么影响，而在中国却引起巨大的反响。这首先是《涅槃经》。僧叡在读到法显于417年所译《大般泥洹经》（即《涅槃经》前分）时兴奋地说：“此经云：泥洹不灭，佛有真我，一切众生，皆有佛性。”如果鸠摩罗什在世，听到此言，“亦当如白日朗其胸衿，甘露润其四体。”《喻疑》，见《出三藏记集》卷五。由此开辟佛性论一途，立即风靡全国。继之《胜鬘经》译出（436年），认为人人具有“自性清净心”，此心含藏如来一切功德，亦名“如来藏”，由是促使佛性论进一步向心性论发展。此后的佛教学派和学者，几乎没有哪个不参与探讨佛性问题的，以致成为中国佛教中最具特色的部分。
在印、中佛教史上也有一个历史悬案，那就是瑜伽行派所说的心本体究竟是什么性质。在菩提流支译经集团形成的地论师中，分为南北二道，分歧在于“阿赖耶识”是清净的还是杂染的；真谛旧译与玄奘新译的主要区别，则在于杂染“阿赖耶”之上，有没有一个清净的第九识。同样是无着、世亲的论著，为什么会有理解以致译文上的这种差别？有学者认为，这是因为无着、世亲自身的思想有变化，所依原本有差别引起的。但也有可能，是瑜伽行学派在传播过程中发生的变化。在中国佛教中，以众生悉有佛性、佛性即是清净心性之说，到南北朝时已形成主流。刘宋期间译出的《楞伽经》四卷本，也属于唯识学范围，中国禅概括为“以语心为宗”；《法华经》译介较早，以秦译本影响最大，其中有“诸佛世尊欲令众生开佛知见”一语，也成了众生本有“佛之知见”的证明。《华严经》早就译介进来（418—421），但直到唐代以《起信论》的本体论对“心”的性质作出解释，才形成华严这样一个宗派。大体可以说，自南北朝起，一切外来经论，都是经过中国佛性论的筛选才能得到广泛流通。《起信论》在这样的氛围中产生，特别集中地反映了这一特点。
近代中国的佛教学者判教，自欧阳渐开始，在全部佛教中，定《起信论》为“真如缘起之说”，谓“真如缘起之说出于《起信论》”。太虚分大乘为三宗，所谓法相唯识宗、法性空慧宗、法界圆觉宗；印顺称之为虚妄唯识论、性空唯名论、真常唯心论。前二宗论相当于印度的瑜伽行和中观二派，为国际佛教界和藏传佛教史所共同承认，与印度的大乘佛教史可以衔接起来；第三种宗论，即“真如缘起之说”，虽有某些译籍为依据，但得不到公认，在中国汉传系统却占据绝对的优势地位，《起信论》则是它的概括和发展。
《起信论》共分五部分：第一部分说明造论的目的，第五部分劝告众生修持；基本理论的阐述在第二、三部分，第四部分侧重于宗教践行。总的看，层次清楚，结构比较严密，不像译经那样松散烦琐；直陈命题多，逻辑论证少，与印度作论的体例也不甚相同。它的中心任务在指示信徒开发自身固有的摩诃衍信仰，由此通向成佛之路。
“摩诃衍”意译大乘，本是大乘佛教自诩优胜的一个普通概念，《起信论》则给它一个相当特殊的定义，即所谓“众生心”。“众生心”指一切众生皆有的心性，亦称“一心”。意思是说，众生只有依靠本有的心性，求得解脱，因而能够成为由此岸渡往彼岸的“大乘”；“是心摄一切世间法、出世间法”，所以又是世界的最高本体。这样，“众生心”就具有双重职能：世界得以建立的根本原因，众生得以解脱的根本保障。
佛教发展到大乘阶段，同时兴起三大崇拜，即所谓佛、法、僧三宝，解脱之道至少包括布施、持戒等六度。与此相应，建塔、筑寺、造像，写经、诵经、念佛、礼拜、供养，如此等等企图借助“外力”求取福报或解脱的法门十分普及，于是在中国大地上涌现了规模宏大的石窟群，豪华壮丽的诸多寺院，民众中念佛、拜佛更是成风。对于这一切，《起信论》在理论上予以贬低，统称“外缘”；认为成佛的内在根据在于“自心”，所以突出“自信己性”。《起信论》所要开发、要启发的“信”，指的就是对“己性”的这种“自信”。
关于“众生心”的性质，《起信论》作了多方面的规定，最有代表性的说法叫做“三大”：“一者体大，谓一切法真如平等，不增减故”，明确“心”是一种实体，就是佛教当做绝对真理的真如，它平等地遍在于一切现象之中，不因表现不同而有差别。“两者相大，谓如来藏具足无量性功德故”。指众生心即是“如来藏”，说明它的本性就是具足佛如来的一切功能品德。“三者用大，能生一切世间、出世间善因果故。”就是说，一切从善的行为都由此“心”决定，从而成为本有佛性得以实现，达到成佛目的保证。这“三大”的规定，实际上已经包含了《起信论》将要推演的全部理论和实践。
“一心”又用“二门”阐释：“一者心真如门，两者心生灭门。是二种门皆各总摄一切法”，且“不相离”。“心真如”，就是心本体自身，相当于“体大”的含义，开此法门，为的是说明心的最本质特性：无生灭变化，无差别相状，离名字言说，恒常不坏。它的所谓“总摄一切法”，一指具足“净法”，一为“心生灭”作依持，所以也称它为“如来藏”。所谓“心生灭”，“依如来藏故有”，其特性是“不生不灭，与生灭和合，非一非异，名为阿黎耶识”。“阿黎耶识”也“总摄一切法”，不只涵盖“相大”和“用大”中的一切“净法”，而且还包括一切“染法”；不仅“能摄一切法”，而且“能生一切法”。因此，“阿黎耶”成了“心”的第二重本体：现实世界的直接派生者，回归涅槃的真正实现者。