“阿黎耶识”作为摄持和派生一切染法，即现实世界的本体，叫做“不觉”。“不觉”的定义“谓不如实知真如法义”，“不觉心起而有念”。“不如实知”的原因在于起“念”，起“念”是“不觉”的本质属性。“以不达一法界故，心不相应，忽而念起，名为无明”。“念”、“无明”与“不觉”是同等性概念，以“念”规定“不觉”和“无明”的内容，又以“心起”即“心动”说明“念”的含义，是《起信论》的又一哲学特点。
“不觉”有三种基本表现，第一是“心动”，心动“说名为业”。按佛教业力创世的传统说法，“心动”是造就世间一切的直接原因；“动则有苦”，也是众生受诸苦痛的主要根源。第二是“能见”，即认识能力，按佛教习惯说法，就是心攀缘（缘虑）境界（对象）的功能。第三，妄现“境界”，“境界”泛指一切对象，它们依“能见”而现，“能见”依“心动”而有。因此，“心动”是“一心”分化为主观和客观的基因；主观和客观的分化，又是世间一切物质现象和精神现象得以产生的基因。“不觉”的这三种表现被称为“三细”，属心念的精细部分，在此基础上又划分六种，具体陈述人生如何依赖诸种“境界”，心起分别，生其苦乐，执取追求，相继不断，以致造业受果，轮回不已，被称为“六粗”，是心念的粗卑可见部分。
“阿黎耶识”在摄持和派生净法，即表现心真如的功能方面，叫做“觉”。“所言觉义者，谓心体离念”。“离念”亦称“无念”，是“觉”的本质属性。由“离念”所显“心体”，即是“如来平等法身”，或称“本觉”。以“镜”为喻，它有四大特征，其中“如实空镜”，指其本质既无反映的对象，也无反映的功能。“因熏习镜”，谓世间境界常住一心，悉于中现，是世间之因；又处世不染，智体不动，是出世间之因。另有“法出离镜”、“缘熏习镜”，指依“本觉”而出离世间，并随众生的接受能力，示现相应的佛法等。事实上，这里的“四大”，也就是前述摩诃衍所有“三大”的具体化，而所谓“大乘”，即是“本觉”。
“众生心”由“本觉”而“不觉”，关键是“心动”。“心非动性”，为什么会“动”了起来？“因无明风动”。什么叫“无明风动”？曰“忽然念起”。“无明”或“念”，与心性不相分离，但决不属于清净心性，那么“风”自何来？“念”从何起？《起信论》没有回答，也无法回答，使之成为它的全部体系中最明显的破绽。但就这样，《起信论》过渡到论述作为世俗标志的动心方面。
动心属“有为法”，“有为法”具“生、住、异、灭”四相。根据对这“四相”的认识程度，决定离念的程度，按一定的次第，逐步向“本觉”回归。例如，凡人初信佛教，能止恶从善，说明已认识了恶心将灭，与“灭相”相应。这虽然也可叫做“觉”，但与《起信论》指谓的“觉”不是一回事，故仍名“不觉”。心的“异相”，指对事物有差别性的认识；有差别，即有是非、好恶、喜怒等观念，即有执著和追求，佛教视此为大敌。认识到事物的一切差别不过是“念”上的自我分别，因而加以克服，达到“无分别”的境地，是向“本觉”前进了一大步，叫做“相似觉”。所谓“住相”，指事物的自性或特性。承认事物各有特性，是产生分别心的前提。认识到事物的特性，不过是“念住”的表现，因而不留住于心，达到“无住”的境地，这就接近了“本觉”，名“随分觉”。最后，觉知一切现象都是由心而生，而心本来“无生”，连细微的动念都克服了，由是“得见心性”，即名“究竟觉”，也就是成佛了。“究竟觉”是契合“本觉”之觉，所以又名“始觉”。本觉、始觉、究竟觉，同是一觉，即心真如，或名心源、心性、佛性、如来藏、智慧、法身等。
《起信论》在说明本觉如何因无明风动而起生、住、异、灭四相时，包含佛教的宇宙发生论和人生起源论，一般叫做“染熏于净”，是世俗世界产生的原因。当说明如何依靠本觉、觉知灭、异、住、生四相本来离念时，包括了佛教的解脱论和出世说，一般叫做“净熏于染”，是达到彼岸世界的原因。它说：“真如净法，实无于染，但以无明而熏习故，则有染相；无明染法，实无净业，但以真如而熏习，则有净用”。这就是著名的“染净互熏”说。由于它涉及的是佛教最根本的教义，所以历来是佛教义学界议论《起信论》的焦点。
为便利了解《起信论》的思想结构，略表如下：
从《起信论》这一体系中，还可以直接推演出几个极有特色的观点来：
第一，“色心不二”：《起信论》说：“三界虚伪，唯心所作”，它本是《华严经·十地品》的论断；又说：“离心则无六尘境界”，则是唯识学家公认的命题。这类有关的外来译典，虽主张“色”不离“心”，但两者各有自身的规定性，不容混同。《起信论》则有变化：“以一切色法本来是心，实无外色……唯一真心，无所不遍”。这“唯一真心”，亦名“法身”，所以又说：“即此法身是色体故，能现于色。所谓从本已来，色、心不二。以色性即智故，色体无形，说名智身；以智性即色故，说名法身，遍一切处。”“色”是“法身”的显现，“法身”亦名“智”，因而“色心不二”又成了：“色性即智”，“智性即色”。这一观点，诚然新颖。般若中观学派建立过“色即是空，空即是色”的命题，唯识瑜伽学派曾规定唯识真理为诸法的法性，都没有将色与心，特别是将色与智等同起来。它的发源可以上溯到地论师提出的“草本亦有佛性”说，隋吉藏曾介绍过这个观点，《起信论》将它形成系统理论，则是独创。此后，中唐湛然弘扬“无情有性”说，禅宗中流行的“青青翠竹总是法身，郁郁黄花无非般若”，大大增强了中国佛教中的唯灵论和泛神论倾向。
第二，“理智”合一：“一心”作为“真如”是“理”，此理以佛法为体，叫做“法身”；理是智慧的结晶叫做“觉”，觉即是智；理智处于无明所障的位次叫“如来藏”，离障所现就是“涅槃”。这样，理智一体，世俗因果和出世因果亦是一体，全依“一心”而有。这些说法，也曾受到法相宗的后学们的极度非难。早在地论师那里，就分佛性为二，所谓“理佛性”和“行佛性”；前者众生先天悉有，后者需后天修持始有。法相宗人继承这种说法，以为“理”即“唯识性”，不只存在于“有情”，也存在于“无情”；“行佛性”即是“智”，不仅无情无有，众生亦非皆有，所谓“一分无性”，就是一部分众生没有“智”意义上的佛性。修习成佛的过程，就是不断增添“智”的成分，最后达到与唯识真如的完全契合。因此，理与智是分离的，两者是客体（所）和主体（能）的关系。实际上，这也是印度佛教的正宗思想。例如般若中观学派以“诸法实相”为不依人的意志为转移的真理，而般若之智属认识范畴，最后以契合实相而得觉悟，成佛。那么，《起信论》将理与智，真如与觉悟统归一体，是来自哪里的观点？
首先令人想到的是《孟子》。中国佛教融会《孟子》的思想始于三国，着重于他的仁政说，而这里的重点则转向他的伦理哲学。所谓“仁义礼智皆根于心”，而非“外砾”；一般人是“舍其路而弗由，放其心而不知求”，圣人则“反求诸已”，“求其放心”。“仁义礼智”既是应该反求的“理”，也是能够启动反求的“智”，两者同存于人“心”中，这种“性善”说，与佛性论在内涵上虽有不同，但作为一种思想方法和思维模式，是完全相通的。孟子为了确保“存心”、“养性”这条内省路线的成立，还提出了“万物皆备于我”的著名命题，这同《起信论》以一心摄一切法的提法，也无本质区别。孟子极端夸张他的思路可能产生的效益，所谓“我善养吾浩然之气”，以致至大至刚，充塞于天地之间，与《起信论》想象的法身为“心色不二”，“遍一切处”，有大功能等，相当类似。此外，《起信论》特别用“觉”与“不觉”表达出世间与世间的差别，也令人注意。大乘所谓的“觉”，梵文为“阿耨多罗三藐三菩提”，或略为“菩提”，指的是唯佛才能具有的特种智慧，旧译为“道”，是受中国传统道家的影响；《起信论》直名为“觉”，与孟子关于“先知先觉”、“以斯道觉斯民”的说法沟通起来。尤其是以“不觉”代表“无明”，这在外来佛教中是没有的，当是脱胎于孟子关于“后知后觉”之说。当然，孟子提倡的主观能动性与《起信论》有原则的差别，我们也没有其他根据说《起信论》是直接采自《孟子》，但思维方法的一致性，是存在的。
在南北朝关于佛性论的讨论中，有许多与外来经籍不同的主张，可以说是《起信论》思想形成的另一种背景。现存梁沈约撰的《佛知不异众生知义》，谓“佛者觉也，觉者知也”。凡夫与佛在善的得失上有所不同，而“知不异也”。他赞同“众生”即是“佛性”，原因就在于众生的“知性常传”。这种观点经《起信论》本体化，而后又为禅宗所接受。唐宗密认为禅宗提倡的“以心传心”的“心”，就是众生皆有的“知性”，所谓“知之一字，众妙之门”。又，梁武帝撰《神明成佛义记》，沈绩制序注，即以“体（本）、用”范畴说明“心识性一”而“随缘”有异的道理，所谓“无明即是神明，性不迁也”，“而无明体上有生有灭，是其异用”。在大的理论框架上，与《起信论》仿佛，都是把“心”作为世间和出世间赖以存在的根本原因。“以其用、本不断，故成佛之理皎然”。
理、智不二，最后归为众生一心，等于将全部佛教纳入了“心学”的范围。这不只影响了禅宗思想的形成，也影响了天台宗和华严宗的教义，成为中国佛教诸宗独具的理论系统。
第三，“静”即是“净”。佛教上座部体系曾提出“心性本净，客尘所染”的重要命题，大乘的“如来藏”说和佛性说也属于这种框架，都以“净”规定人的心性。所谓“净”，指离诸烦恼，“染”，指贪瞋痴等烦恼。“涅槃”虽有“寂静”之义，但也是从灭惑着眼，因此，“心净”就是摆脱世间欲望情感和思想认识等支配的意思，着重从否定“染”的意义上立论，往往用“空”来表示。《起信论》有所不同，它以“无念”为最高境界，规定“心性无动”。“无动”指的是内不起心，外不取境，主、客观没有分化，所谓“不生不灭”，精神处于绝对静止的状态。因此，心静成了心净的原因；而“有生灭”即“心动”，就成了“染心”的根源。动心虽“空”，静心则是永恒的“有”。
由重点对治烦恼污染为清净的外来佛教，转到《起信论》以静心息念为清净，与中国的禅思想发展很有关系。三国吴的康僧会是禅数学大家，他就从“心之溢荡”说明众生漂流生死之因，而以“行寂”、“寂无他念”、“心思寂寞”为解脱之道。
姚秦时鸠摩罗什重译《维摩诘所说经》，其卷五“无住为本”下，僧肇有注谓：“心犹水也，静则有照，动则无鉴。痴爱所浊，邪风所扇，涌溢波荡，未始暂住，以此观法，何往不倒？”又说：“无住故想倒，想倒故分别，分别故贪欲，贪欲故有身。既有身也，则善恶并陈；善恶既陈，则万法斯起，自兹以往，言数不能尽也。”此中的“无住”，僧肇即解之为“心动”，“心动”为世间之本，其派生世俗世界的过程，与《起信论》所述大同；心静则“有照”，“照”即是佛智。所以僧肇也是提倡静心的。不过这种思想完全明晰起来是在南北朝。
梁武帝在《净业赋》中说：“《礼》云：人生而静，天之性也；感物而动，性之欲也。有动则心垢，有静则心净。外动既止，内心亦明。始自觉悟，患累无所由生也”。这短短的几句话，恍若是《起信论》体系的一个纲要。而它的真正思想来源，即借以明晰起来的历史根源，却是儒家经典。像《周易》也有类似思想，所谓“寂然不动，感而遂通”，与《起信论》构画“离念”所得的“佛身”，同样神秘。《荀子》讲“治心之道”在于“虚壹而静”；将“虚壹而静”当做是“知道”的前提，故谓之“大清明”。其实，道家也是主静的，《高僧传·禅论》说：“老子云，‘重为轻根，静为躁君’，故轻必以重为本，躁必以静为基”。慧皎将道家的这一思想，当做中国佛教禅学得以成立的重要根据。
从这个意义上说，《起信论》是把儒、道的这类思想在佛教的旗号下集中概括了起来，不但成为此后佛教义理发展的重要方向，而且也将“主静”的传统巩固下来，变成了一股相当稳定的历史长风，影响到思想、文化的各个方面。在研究我国国民性格史中，是很值得注意的一环。有人称中国的文明为“静态的文明”，《起信论》就是一部有代表性的著作。