卷一提出，一切众生悉有“两种根本”：一者无始生死根本，则汝今者与诸众生用攀缘心为自性者；二者无始菩提涅槃、元清净体，则汝今者识精元明，能生诸缘、缘所遗者。确立这两种根本，论述两者的关系和如何正确对待，是贯穿全经的一条理论线索。这两种根本，是同一个心本体的两重性能，大体相当于《大乘起信论》的“一心二门”。所谓“元清净体”，即“真常心”，是不生不灭、无条件的永恒存在；那个“生死根本”，即“攀缘心”，是真常心之处于被生灭扰动的状态，亦即有了主体和对象区分，从而有了“识”的存在。佛教的全部修习，即在去除攀缘生灭之心，回归不生不灭的菩提涅槃本心。
现在先看“真常心”及其存在的证明。
“真常之心”的第一个特征是“明”，“明”即是“毗卢遮那”的意译“光明”的略称；与之紧密相关的第二个特征是“常”，即超越生灭变化，永恒存在。这样的“心”普遍存在于一切众生中，是构造世间和出世间的本体，故名为“元”，即元初、原始之义。众生依据此心而流转生死，也依据此心而觉悟成佛，故称为“依”。就其作为成佛的内在根据言，名之为“觉”，是天赋的“菩提涅槃”；同时它又是佛之法性的体现，所以名为“真如”或“真如性”；它含藏着一切佛法，故名“如来藏”；它是自我满足的，并周遍于一切事物，故称为“圆”；它的作用是神妙的，本体是精细的，因而还有“精”、“妙”等称呼。
按照常识，人们的认识和情感，都是由“目”和“心”完成的：“目”观对象，“心”生爱恶；“真常心”就是要从这种世俗性认识中发明出来。自唐五代以后，“心目”或“眼目”成了佛教极重要的范畴，其开端也与本经在这里的讨论有关。卷一，佛问阿难：如汝所说，真所爱乐，因于心目。若不识心目所在，则不能降伏尘劳。譬如国王为贼所侵，发兵讨除，士兵要当知贼所在。使汝流转，心目为咎。吾今问汝：唯心与目今何所在？这一问确实令人发蒙，似乎不是问题的，一下变成了问题：人的“心目”究竟在哪里？
根据当时人们对这个问题可能的解释，阿难做了如下回答：第一，“识心居在身内”，而“眼”在人的脸“面”。第二，不在身内，“心实居身外”。第三，在身内身外俱非，乃身心“在一处”——“潜伏根里”，即潜伏在人身的生理器官中。第四，心潜伏在根内亦非，则“开眼见明，名为见外，闭眼见暗（指人体内脏），名为见内”。上述四种解释，佛一一驳难，以为“无有是处”。于是第五，“即思唯体，实我心性，随所合处，心则随有”。第六，心既在内不成，在外非义，“当在中间”——即“眼、色为缘，生于眼识；眼有分别，色尘无知，识生其中，则为心在”，也就是说，心“在根、尘之中”。对这些说法，佛依旧斥之为“无有是处”。
关于这些详细的问难，这里不一一介绍。还有一个，则需要作点分析。阿难问：“觉知分别心性，既不在内，亦不在外，不在中间，俱无所在。”这是否可以说“一切无著，名之为心”？于是佛首先对这“一切”作了界定：“世间虚空、水陆飞行诸所物象，名为一切。”接之质问：汝不著者，为在为无？无则同于龟毛兔角，云何不著？有不著者，不可名无。无相则无，非无则相；相有则在，云何无著？是故应知，一切无著名觉知心，无有是处。此处所以特别要分析这一问难，第一，是它对某些大乘经论动辄以“无著”或“无所住”作为般若（觉知心）的运用，提出了温和的批评，纠正那种把“不著”视为最高的认识准则的偏颇；第二，从其所持的反对理由中，可见全经的一般方法论：揭示立论者的自我矛盾。把这段话译成白话文可以看得更清楚些：
既然你把“不著”当成“觉知心”，那么，所谓“不著”的对象是存在还是不存在？假若不存在，你不著什么？假若存在，你的不著并不能意味着它不存在。因为只有“相”不复存在时，才能说不存在；不能说不存在也是“相”。只要“相”有，即是存在。换言之，“不著”只是自以为无，并未否定“相”的存在——《楞严经》所谓的“相”，既指表象，也指概念，相当于说一切有部和瑜伽行派指谓的“法相”。这两个派别，都承认法相是“有”，而非全无。
最后，佛举臂屈指问阿难：见这一形象不？阿难回答见。佛又问，你是“以何为心”去见的？阿难答：“如来现今征心所在，而我以心推穷寻逐，即能推者，我将为心。”此“能推者”，指能够进行推理判断者，即上述之“思唯体，实我心性”。阿难就把根据“眼见”而“能推”的思维方式界定为“心”。佛对这一界说表示了总结性的不满：咄！阿难，此非汝心……此是前尘虚妄相想，惑汝真性。由汝无始至于今生，认贼为子，失汝元常，故受轮转。所谓“前尘虚妄相想”，意谓由呈现于面前的“相”而产生的“妄想”。“相”是“识”的显现，将其作为认识对象，就引生出虚妄的“想”来。因此，以判断推理为特征的思维活动，是在这“相”、“想”之间实现的，均属虚妄，而非众生本有的“真心”。这样，话题又回到了本经要确定的核心观念“真常之心”上：什么是“真心”？佛说：“若离前尘，有分别性，即真汝心。”意谓不受客观对象（前尘）的制约，或者说，在客观对象并没有呈现在你的面前时，你依然具有主观“分别”的性能，那才是真正属于你的“心”。佛举了好些事例，譬如：佛示以拳，如果没有佛之手和阿难之眼，即不成眼见。此中佛手是“色境”，阿难之眼是“眼根”，由之产生的佛手是“眼识”，即上述所谓“眼、色为缘，生于眼识”，这是常识，也是佛家“十八界”的传统说法。但佛批评了这种认识。佛说，盲者无眼，其所见唯是黑暗，但不等于他们没有“见性”；因为一旦眼病治好，仍然能见前尘种种色境。有眼者在全无灯光的暗屋中所见，与盲者没有区别，但灯光照来，所有物体全能现见，我们不能说是灯见而不是眼见。这个譬喻说明，真正能见的不是眼；眼与灯一样，没有“显色”的作用，只有产生“见”的功能。决定能见的是“心”，此“心”在产生眼见作用时即名“见性”：“如是见性，是心非眼”。
在《楞严经》中，“见性”是个重要概念。为了确立这个概念，经文用了不少篇幅论述。卷一之末记有这样一段情节，可以作为代表：即时，如来于大众中屈五轮指，屈已复开，开已又屈。谓阿难曰：“汝今何见？”阿难言：“我见如来百宝轮掌，众中开合。”佛告阿难：“汝见我手，众中开合——为是我手有开有合，为复汝见有开有合？”阿难言：“世尊宝手，众中开合；我见如来手自开合，非我见性有开有合。”佛言：“谁动谁静？”阿难言：“佛手不住，而我见性尚无有静，谁为无住？”佛言：“如是。”这一情节提出的问题是，阿难目见如来手指屈伸、手掌开合，这屈伸开合是由阿难之见决定的，还是由如来之手决定的？阿难肯定双方的原因都有，但见动是源自“佛手不住”，即攀缘了佛手的结果，与“见性”无关——“见性”自身是永恒的，所以无所谓动与静，当然也不会决定佛手之“无住”（动）。
接着记了一段类似的情节：如来于是从轮掌中飞一宝光在阿难右，即时阿难回首右顾；又放一光在阿难左，阿难又则回首左顾。佛告阿难：“汝头今日何因摇动？”阿难言：“我见如来出妙宝光来我左右，故左右观头自摇动。”“阿难，汝盼佛光，左右动头——为汝头动，为复见动？”“世尊，我头自动。而我见性尚无有止，谁为摇动。”佛言：“如是。”道理与上大同。唯一的不同是上一个“动”，是源自阿难攀缘的“境”（佛手）；今此动的是出乎阿难之“身”（头）。不论是境是身，都属于“见”的活动，而其作为“见”的“见性”，则不动不止，是永在的。
于是如来向大众总结说：若复众生以摇动者名之为尘，以不住者名之为客——汝观阿难，头自动摇，见无所动；又汝观我，手自开合，见无舒卷。云何汝今以动为身，以动为境？从始洎终，念念生灭，遗失真性，颠倒行事；性心失真，认物为己，轮回是中，自取流转。佛教有个古老命题，所谓“心性本净，客尘所染”。所谓客尘，是泛指烦恼言，本经则作“不住、摇动”，即生灭变化解。世俗日常所见，如“以动为身，以动为境”之类，本属“客尘”，可误以为这就是自己的本来面目，而能够令头动手合等活动的深层根源，而那不动不止的“见性”，却被遗失了。所以说是“性心失真，认物为己”。
这一思想其实并不复杂：人们日常之所见所知所感，有两个特点：第一，是有条件的，如眼根、色境和内识的和合等；第二，是变化的，所谓“念念生灭”和时过境迁之类。但概括这一切条件和变化，人们会发现贯穿于一切条件和变化之中，存在一个无条件而且不变化的东西，那就是“知、见”自身——所有“知、见”的总合和抽象：一切个别的认识（见）及其认识的对象（前尘），所谓“缘尘分别影事”，都是有条件的存在，处在运动变化中，是虚假不实的；但那认识及其派生对象的能力，则是真实的，是心的真性，永恒的。
这样，在哲学上《楞严经》所犯的错误，依旧是分裂个别（见）与一般（见性），让一般脱离个别并把一般定为永恒不变的真理——但它走得更远，把抽象了的见性或知性，当成了永恒不灭的精神主体，而将色身及其变化着的精神世界，只认作流转生死最终可遗弃的外壳。全经就是把世俗见闻觉知，定为生灭无常、虚假不实，由之推论出有一个支撑着这世俗认识的世界，其本身则无生无灭，属“真常之心”的本体。
三、 论“身中有不灭性”：“见精”
人死如灯灭，这也是常识。但人们不甘心，所以总是哀叹人生苦短，希冀长命不死，万寿无疆。中国的秦皇汉武唐太宗，他们的英明伟业名垂青史，令人敬仰，但也都在这个问题上摔了跟头，追求长生，成为千古笑柄。佛教以有生必有死，无生才无灭的教义进入中国，而中国佛教始终不满足于这个结论，从译经一开始，“性空”之身即与“识神”常在之说并行，至东晋慧远公开提出“形灭神不灭”论，并作了系统的论证，遂成了中国佛教的主流观念。尽管反对意见并未完全停止，不时还会触发争论，如鸠摩罗什之对旧译的批评，禅宗内南阳慧忠对南宗神会及《坛经》的批评等。《楞严经》从建立“真常之心”，重新审视这一论题，为“身灭神不灭”作出新的论证。
卷二的开始，波斯匿王发出了“此身死后断灭”、“此身终从变灭”的感叹：“我此无常变坏之身，虽未曾灭，我观现前，念念迁谢，新新不住，如火成灰，渐渐销殒，殒亡不息。决知此身，当从灭尽。”于是佛为之指出了一条足以令他振奋的道路：“汝见变化，迁改不停，悟知汝灭亦于灭时。汝知身中有不灭耶？”王称不知。佛言：“我今示汝不生灭性。”佛问王曰：你在多大年纪时见过恒河水？王答三岁时。佛又问：你十三岁见此河时，其水云何？王言：“如三岁时，宛然无异。乃至于今年六十二，亦无有异。”佛乃接着言：“汝今自伤，发白面皱，其面必定皱于童年。则如今时观此恒河，与昔童时观河之见，有童耄不？”王言：“不也，世尊。”据此佛作结论说：“大王，汝面虽皱，而此见精，性未曾皱。皱者为变，不皱非变。变者受灭；彼不变者元无生灭，云何于中受汝生死，而犹引彼末伽黎六师等，都言此身死后全灭？”王闻是言，“信知身后舍生趣生，与诸大众踊跃欢喜，得未曾有。”
这一段记载，可作为本经最为明晰的观点。人身有老死变化，可人具备能见恒河长流之水，能知面之童耄的“知见”，所谓“见精”、“见性”，却是始终不变的，因而也是不生不灭的永恒。由此推论，“此身”之“舍生”，意味着“彼身”的“再生”，而不是生命的断灭。因此，众生只有生生之不息——所谓“舍生趣生”，没有生命的中断：生的形态有变化，生本身无有变化。支持这生的精神主体，并证明这一主体真实存在的，就是“见精”或“见性”，亦即抽象的“知性”不灭，它被视为人的“真性”——灵魂的特殊规定性。全经之所以着力确定人人具有这样的“真常之心”，最现实的目的是满足人们希冀永生不死的心理需要。