“无上法王”一切众生悉有，所以众生本性是佛，但为什么众生毕竟是众生而不是佛，原因在于“无明”。“无明”是众生迷于“无上法王”，认识颠倒造成的，是一切世间生死得以发生的最初根源。按经文说：一切众生，从无始来种种颠倒，犹如迷人四方易处，妄认四大为自身相，六尘缘影为自心相。譬彼病目，见空中花及第二月……空实无花，病者妄执。由妄执故，非唯惑此虚空自性，亦复迷彼实花生处。由此妄有，轮转生死，故名无明。（卷一，下同）既然众生本有“无上法王”，自性“圆觉”，怎么“从无始来”就有“种种颠倒”？经文本身没有解释，其他类似的经论，如《楞伽经》、《起信论》等也都没有解释，因为无法解释，所以只好认作当然的前提，照直陈述下去。在本经中，无明颠倒的第一位结果，是“妄认四大为自身相，六尘缘影为自心相”，即“身”与“心”及“身”与“心”的分离。人身由四大及四大所造色构成，这是佛教的共识；把众生生活的周围环境称作“六尘缘影”，则是唯识经论的独家之说——所谓“色声香味触法”，其作为周边世界的构成元素，乃是唯识所现的影像，又是诸识所缘的对象，一般人即以识体具备这“能”、“所”两种功能，称作“自心相”。换言之，在说明世界众生生起的具体原因时，经文采用的是唯识家的理论，但略去了它的繁琐。这是《圆觉经》不同于其他类似经论的主要特点。
“身心”可以作“有情世间”的略称，“六尘”可以作为“器世间”的略称，所以一旦身心形成，亦即意味着全部世界万有的形成。经文接下来就断定无明及其所生这个世界的根本性质——“空”：此无明者，非实有体。如梦中人，梦时非无，及至于醒，了无所得。如众空花，灭于虚空，不可说言有定灭处，何以故？无生处故。一切众生，于无生中妄见生灭，是故说名轮转生死。用“梦”与“空花”譬喻世间人生的虚妄不实，是大乘诸经常用的论证方法：“无上法王”本质是无生无灭，由于无明而生身心世界，也因身心世界而有生死轮回，这样，“无明”即是“妄见”，所以说，“于无生（无上法王）中妄见生灭”。
按照这种世间缘起论，决定菩萨修行就是这个样子：如来因地修圆觉者，知是空花，即无轮转，亦无身心，受彼生死。非作故无，本性无故。彼知觉者，犹如虚空，知虚空者即空花相；亦不可说无知觉性。有无俱遣，是则名为净觉随顺。何以故？虚空性故，常不动故；如来藏中无起灭故，无知见故；如法界性，究竟圆满，遍十方故，是则名为因地法行。菩萨因此于大乘中发清净心，末世众生依此修行，不堕邪见。菩萨修行的中心任务，是修“圆觉”，即依圆觉，认识圆觉，按圆觉性能实践，于是觉知身心本无，不受生死轮回；同时知此觉者（我）虽空，觉性不空，这就是随顺“净觉”（超脱生死的圆觉）的行为了。为什么呢？因为“圆觉”虽然蕴含一切法，但其自身没有任何质的规定性，此即谓“虚空性”；圆觉亦即“如来藏”，虽具备一切如来佛法，但并无知见起灭；圆觉亦如“法界性”，虽无具体形象，但遍满十方一切法，是诸法本质——万事万物，悉是圆觉的体现，皆具圆觉性。在唯识法相家将“唯识性”作为一切现象之本质规定的地方，本经改作了“圆觉性”，差别就在这里。如果沿以上认识发心修习菩萨行，就是清净的、正确的。
由此看来，《圆觉经》的本体论、世界发生论及其解脱修行论，只是在《大乘起信论》基础上，对如来藏说、唯识论、华严论等的杂糅，实在说不上有什么创新。
二、 圆觉不动、无明缘起的“性起”论
依据众生皆有无上法王圆觉之说，理应“诸众生本来成佛，何故复有一切无明”？同样，无明为众生从“无始”即有，所谓“众生本有，何因缘故，如来复说本来成佛？十方异生本成佛道，后起无明，一切如来，何时复生一切烦恼？”
换言之，世界有两个本源：一是圆觉，是成佛之因，亦可等同于佛；一是无明，是烦恼之因，即是“异生”（非佛教徒）。这两个本源，究竟以哪个为先？而无论以哪个为先，在逻辑上都难说得通。 于是佛解释道：一切世界，始终生灭、前后有无、聚散起止，念念相续，循环往复，种种取舍，皆是轮回。未出轮回而辨圆觉，彼圆觉性即同流转；若免轮回，无有是处。佛反对用前后生灭等含有差别相续一类动态词句表述“圆觉”与“无明”的关系，一旦使用这类词句，亦即意味着流转轮回。只要身心未出轮回流转，“圆觉性”即处于世间，同于世间。经论之谓：譬如动目，能搖湛水；又如定眼，犹回转火。云驶月运，舟行岸移，亦复如是……诸旋未息，彼物先住尚不可得，何况轮转？生死垢心曾未清净，观佛圆觉而不旋复？是故汝等便生三惑。譬如患瞖，妄见空花；患翳若除，不可说言此瞖已灭，何时更起一切诸翳。何以故？瞖花二法非相待故。亦如空花灭于空时，不可说言虚空何时更起空花。何以故？空本无花，非起灭故。生死涅槃，同于起灭，妙觉圆照，离于花瞖……当知虚空非是暂有，亦非暂无，况复如来圆觉随顺而为虚空平等本性。如销金矿，金非销有；既已成金，不重为矿。经无穷时金性不坏，不应说言，本非成就。如来圆觉，亦复如是。以上三喻，都不新鲜，前二喻《楞严经》就有，后一喻华严学家常用。这里都是用来说明下列道理的：
（1） “一切如来妙圆觉心，本无菩提及与涅槃，亦无成佛及不成佛，无妄轮回及非轮回。”“妙圆觉心”即“圆觉”的本质，就是无差别、无生灭，永恒不变的“寂灭性”。
（2） “但诸声闻所圆境界，身心语言皆悉断灭，终不能至彼之亲证所现涅槃，何况能以有思唯心测度如来圆觉境界？如取萤火烧须弥山，终不能著。以轮回心，生轮回见，入于如来大寂灭海，终不能至。是故我说，一切菩萨及末世众生先断无始轮回根本。”——声闻人以“身心断灭”为修习终点，不可能达到他们向往的涅槃境界；凡俗以“有思唯心”测度圆觉境界，也不能入于大涅槃。为了克服凡俗声闻的这些缺陷，首先需要断除“无始轮回根本”。
（3） “有作思唯，从有心起，皆是六尘妄想缘气，非实心体，亦如空花。用此思唯辨于佛境，犹如空花复结空果，展转妄想，无有是处……虚妄浮心，多诸巧见，不能成就圆觉方便。”——凡俗的通病是“有思唯心”或“有作思唯”。此“思唯”指凭借语言的逻辑思维，佛籍一般译作“觉观”或“寻伺”。它的主要特点是妄想为“有”，并加以“分别”，诸如区分“生死与涅槃，凡夫及诸佛”等，即是“思唯”的产物。本经将这一思维方式定为“心”之“六尘妄想缘气”，即以内心妄想“六尘”为缘的习惯势力。
上述思想其实很简单：圆觉性寂灭而永恒，不因生死轮回而消失，时时处处存在于现实世界之中；一切生灭本质是空，存于其中的圆觉本体不空。凡俗声闻之所以不能证得自己本有的圆觉，一个是因为在证得之前身心已经断灭了，一个是思唯方式障碍了亲证圆觉的可能。
妨碍证得圆觉的原因，也是世界形成的原因，即是上述“无始轮回根本”。这一“根本”，抽象讲都可以归咎于无明，具体可分有两层：一是贪欲，尤其是淫欲；二是思唯，尤其是分别世间与出世间的思唯。先看爱欲：一切众生从无始际由有种种恩爱贪欲，故有轮回。若诸世界一切种性，卵生、胎生、湿生、化生，皆因淫欲而正性命，当知轮回爱为根本。由有诸欲，助发爱性，是故能令生死相续。欲因爱生，命因欲有，众生爱命，还依欲本。爱欲为因，爱命为果。由于欲境起诸违顺，境背爱心而生憎嫉，造种种业，是故复生地狱、饿鬼；知欲可厌，爱厌业道，舍恶乐善，复现天人。又知诸爱可厌恶故，弃爱乐舍，还滋爱本，便现有为增上善果，皆轮回故不成圣道。是故众生欲脱生死，免诸轮回，先断贪欲及除爱渴。“爱欲”是生死轮回的直接原因：“人趣”以下，由“淫欲”而延续性命；诸“天”实现“禁欲”，但助长了对“天”果的“爱”，因而都不能超越轮回。众生想解脱生死流转，必须首先断除贪爱。这类思想，只是佛教原始教义的重复。但这有例外：菩萨变化示现世间，非爱为本，但以慈悲令彼舍爱，假诸贪欲，而入生死。若诸末世一切众生能舍诸欲及除憎爱，永断轮回，勤求如来圆觉境界，于清净心便得开悟。例外的是菩萨。菩萨生活于世间，生死爱欲齐全，但这只是假象，本意是慈悲，令诸众生舍离爱欲，永断轮回。这例外也有出处，原始版本就是《维摩经》。稍有新意的是下列说法：一切众生由本贪欲，发挥无明，显出五性，差别不等。依二种障，而现深浅。云何二障？一者理障，碍正知见；二者事障，续诸生死。按大乘佛教通说，所谓二障指“烦恼障”与“所知障”；此处之“理障”即是“所知障”，“事障”相当“烦恼障”。经文的特殊点，在于指明“二障”皆本于“贪欲”；无始即有的“无明”，因“贪欲”才得以发挥作用。大乘通说，是将贪欲仅仅归结为“烦恼障”的规定，“所知障”则全属认识论问题，与贪欲没有干系。换言之，《圆觉经》把“贪欲”作为启动先天“无明”的动因，其作用是统帅所知、烦恼二障的。
所谓“五种性”说，盛唱于瑜伽唯识家，《圆觉经》显然沿袭此说，但在具体解释时，又增添了一些特殊点：若此二障未得断灭，名未成佛。若诸众生永舍贪欲，先除事障，未断理障，但能悟入声闻缘觉……若诸末世一切众生欲泛如来大圆觉海，先当发愿，勤断二障；二障已伏，即能悟入菩萨境界。若事理障已永断灭，即入如来微妙圆觉，满足菩提及大涅槃……一切众生皆证圆觉，逢善知识，依彼所作因地法行，尔时修习便有顿渐，若遇如来无上菩提正修行路，根无大小，皆成佛果。若诸众生虽求善友遇邪见者未得正悟，是则名为外道种性，邪师过谬，非众生咎。是名众生五性差别。这样，五种性就变成这个样子：（1） 二障未断，名“未成佛众生”；（2） 已断事障未断理障，名“声闻缘觉”；（3） 二障已伏，即是“菩萨”；（4） 二障永灭，则成“佛果”；（5） 未得正悟，是谓“外道”。此说与瑜伽唯识相比，则（1）相当于“不定种姓”；（2）、（3）、（4），即声闻、菩萨、佛，相当于“定性种姓”，而（5）当是“无性种姓”——恰恰在此处，经文没有下这个结论，而是把“未得正悟”的责任推给了他的师长。也就是说，《圆觉经》接受了五种性说，但不承认有无佛种的人，其用“未得正悟”替代“一阐提”，显然是华严学家的思想。
然而，既然“法王圆满觉性”一切众生皆有，为什么依同一圆觉证得的众生会有三乘五种性等差别？经载，尔时世尊言：圆觉自性，非性性有。循诸性起，无取无证，于实相中实，无菩萨及诸众生。何以故？菩萨众生皆是幻化，幻化灭故，无取证者。譬如眼根不自见眼，性自平等，无平等者。众生迷倒，未能除灭一切幻化。于灭未灭，妄功用中便显差别。若得如来寂灭随顺，实无寂灭及寂灭者。意思是说，法王圆觉的自性，不是圆觉自身规定的，它自身也无所谓自性，也没有众生所谓的自性之有。众生但可“循诸性起”，而其性自身，“无取无证”，当然也没有“菩萨及诸众生”等差别。原因何在？答案又回到前述之世界本原上：无明贪欲导致众生于圆觉迷倒，造成幻化。譬如眼能见诸万物，但不能见眼自身，人们能依圆觉了知万有，但却不能认识圆觉自身。这段话的要义，是“循诸性起”：众生无不依靠“圆觉”兴起，由无明贪爱等程度的不同，形成世间种种差别。以下经文就是具体解释这个道理的：一切众生从无始来由妄想我及爱我者，曾不自知念念生灭，故起憎爱，耽着五欲。若遇善友教令开悟净圆觉性，发明起灭，即知此生，性自劳虑。若复有人劳虑永断，得法界净，即彼净解为自障碍，故于圆觉而不自在，此名凡夫随顺觉性……一切菩萨见解为碍，虽断解碍，犹住见觉，觉碍为碍而不自在，此名菩萨未入地者随顺觉性……有照有觉，俱名障碍，是故菩萨常觉不住，照与照者同时寂灭。譬如有人自断其首，首已断故无能断者，则以碍心自灭诸碍，碍已断灭，无灭碍者。修多罗教如标月指，若复见月，了知所标毕竟非月，一切如来种种言说开示菩萨亦复如是，此名菩萨已入地者随顺觉性。未曾开悟圆觉，而耽着五欲者，相当于凡夫；开悟圆觉，已了知无常而劳虑永断，虽然“随顺觉性”，而于圆觉不得自在，这是诸天和二乘人，性质依然属于凡夫；至于菩萨，在圆觉的理解上已无障碍（“解碍”亦即“理碍”），但仍有解碍或理碍的主体意识，所谓“见觉”，这是未入菩萨地者的“随顺觉性”。及至灭除诸碍的自我意识也灭除了，直达净圆觉性，连作为开悟圆觉的语言文字都不需要了，此名地上菩萨“随顺觉性”。据此，众生差别，全在于是否能够制服自身的无明、贪欲和诸碍，悟解本有的圆觉以及悟解的程度。