杰弗逊的论证可以分成几个方面，第一个是认为个人思考与信仰的权利是神圣的。杰弗逊在他的辩论笔记中写道：如果有不可剥夺的权利的话，那么这就是宗教的权利。在他看来，政府只能对人的外在行为拥有管理权；人的内在信念不会伤害到公共秩序，所以不在政府的管辖范围之中。他的名言是：“信仰的权利我们从来没有交出过，也不能交出。我们要为它对上帝负责。政府的正当权力只涉及那些损害别人的行为。但是我们邻居宣称有20个上帝，或者一个上帝也没有，对我却并没有损害。它既不偷走我的钱包，也不打断我的腿。如果说在法庭上的证言不可信，那就驳斥它，让他留下污名好了。强迫他陡然使他变得更坏，使他变成一个伪君子，却绝对不会使他变成一个更诚实的人。它只会使他顽固地犯错误，却不会纠正这些错误。理智和自由探讨是防止错误的唯一有效手段；如果让它们自由发挥，它们就会使每一种骗人的宗教经受它们的判断和考察，从而使真正的宗教获得支持。”而且，启蒙更加加强了个人思考自由的神圣性，杰弗逊富于激情地说道：
但愿它对全世界成为一个唤醒人们挣脱僧侣式的愚昧和迷信劝服他们套在自己身上的锁链，并接受自治的幸福和安全的信号（我相信它会成为这种信号，有些地方早些，有些地方晚些，但最后对所有地方都会成为这种信号）。我们用来替代的那种制度恢复了无限制地行使理智和言论自由的权利。所有的眼睛都在人的权利面前睁开了，或正在睁开。科学之光的普遍传播已向所有人揭示了一个明显的事实，即人类大众生下来背上并没有装着马鞍，也并没有少数承蒙天恩享有特权的人穿上马靴，装上靴刺，准备心安理得地骑在他们身上驰骋。这对于别人来说是希望之所在。对于我们自己来说，但愿这一年一度的欢庆永远使我们对这些权利的记忆变得新鲜，始终如一地献身于它们。
杰弗逊的第二个论证是：压制的效果适得其反。而自由探索才能真正达到追求真理的目的，杰弗逊赞同启蒙的——也是威廉姆斯的——观点：良心只能受到理性的指挥。对于杰弗逊，源自充分的自由的宗教多元主义是一件好事。杰弗逊雄辩地论证应当由真理、理性和公开的讨论来替代政府：
我们要想一想，这个世界上居住着10亿人。这10亿人信仰的宗教恐怕有1000种。我们的宗教只不过是1000种中的一种。如果1000种宗教中只有一种是正确的，而那一种便是我们的宗教，我们就愿意看到那999种迷途的宗教集合到真理的怀抱中来。但是这么多的宗教是不能靠暴力合并为一种的。理喻和劝告是唯一切实可行的办法。为了给理喻和劝告开路，必须放手让人们自由探索，如果我们自己不肯放手，又怎么能希望别人放手呢？
理性和实验自由一发挥，谬误望风而逃。只有谬误的东西才需要政府撑腰。真理自己能够站得住脚。谁是你的审判者呢？一些难免犯错误的人，这些人被坏的感情控制，既受公家动机支配，又受私人动机支配。为什么要让思想受高压统治呢？
为了造成统一局面。但是思想统一值得向往吗？实际上，不同的思想对宗教是有益的。几个不同的教派可以起互相监督的作用。思想能做到统一吗？自从基督教传入以来，已经有无数无辜的男人、女人和儿童被烧死、被毒刑拷打、被罚款、被监禁，但是我们并没有向思想统一迈进一步。高压的结果是什么？是使世上的一半人成为傻瓜，另一半人成为伪君子。是在全世界支持欺骗和谬误。……理喻和劝告是唯一切实可行的办法。为了给理喻和劝告开路，必须放手让人们自由探索。
可以看到，启蒙精神对于自由的强调与宗教改革领袖的信仰自由的思想有不少接近之处。路德在反对世俗权力侵犯神的国度的时候说：“有人对灵魂使用人所制定的法律，强迫别人相信他所要别人相信的，这当然没有神的话为根据。……如果神没有这样的命令，我们决不能自行设立，说这是讨神喜悦的。更确切地说，这是不讨神喜悦的，因为他让我们的信仰单单以他的圣言为根基。”“每个人在决定他要相信什么的时候，都得冒险，而且要仔细查验所信的是否合理。别人不能代表我下地狱或上天堂。……”
杰弗逊的第三个论证是：实行政教分离的地方兴旺发达，美国社会的早期发展事实本身就是最好的说明。他说：
但是，一个调查者说，每个州都已建立了某种宗教。我回答说，没有两个州建立了同样的宗教。这是官方宗教绝对不会犯错误的证据吗？但是，我们的姐妹州宾夕法尼亚和纽约没有任何官方宗教照样存在下去。他们进行的实验是新的和难以预测的。它意想不到地成功了。这两个州欣欣向荣。宗教受到了有力的支持；宗教的确是五花八门的，但是都很好，都能维护和平与秩序；或者，如果一个教派兴起，其教义会败坏道德，那么，明智之士就会公正地予以处理，并且通过讲理，一笑把它逐出门外，不让自己受到麻烦。他们绞死的坏分子不比我们多，宗教上的不同意见也并不使他们比我们更苦恼。相反，他们是无比融洽，这只能归因于他们极其宽容，因为他们的处境没有一点与其他国家不同。
3．反对天主教的“本土人政治”
我们前面提到的“政教分离”的理由多少还是“道德的”。但是，在“政教分离”的背后，还有不那么道德的、十分现实的缘由。政教分离之所以在19世纪被主流社会正式接受，当时新教“美国主义”倡导的反对天主教运动起了很大的作用。这一运动一直延续到20世纪。
赫姆伯格（Hamburger）用翔实的材料进行了论证：最先提出对于宪法第一修正案的严格的“政教分离”解释的最高法院大法官布莱克就是一位与三K党关系紧密的反天主教人物。19世纪的大部分时间里，“泛新教”是美国文化中的霸权。但是，1830年之后，天主教与犹太移民大量涌入，以自己的国家传统与文化为荣，并不融入当地的人群，引起了新教的“美国本地人”的强烈反弹。而当时的教皇又明确主张政教合一和反对信仰自由的。结果，对“外国天主教阴谋消灭我国自由共和体制”的恐惧使得美国新教大众最终在19世纪后期相信了“美国的真正传统”和宪法第一修正案的本意就是严格的“政教分离”。
不少自由主义政治哲学家如罗尔斯和史克拉（Shklar）认为，政教分离和信仰自由是自由主义的，从而成为美国政治的最重要的信条。宗教战争的残酷使人警醒，以保护人的“自由”为首要使命的“自由主义”才得以在近代历史诞生。随着时代发展到了20世纪，宗教真正可能成为政治中的主题。其中原因是中央集权化的政权越来越不能从“君权神授”中自然地获得合法性，于是日益有意识地转向意识形态。世俗化的政治神学如1800年后法国大革命乌托邦试验和20世纪意识形态大规模实践带来的问题引人注目，令人不得不注意价值与权力结合后所发生的特定危险，政教分离成为自由主义的真正关切问题。所以，如果说政教分离在殖民地和革命、立宪时代是为了保护信仰自由免受政治权力的侵犯，那么在20世纪，政教分离就主要是为了提防宗教——或一切高价值体系——对于政治的干预。
在早期革命和立宪确定了人的基本权利之后，人们也越来越不满意仅仅一个“基本型”的政治。各种高调的理想主义（包括基督教的和非基督教的）在寻找重新进入政治的方式。现实中，“新政”等措施也恰好呼应。自由主义的主要任务是警惕这一复辟倾向（波普尔和哈耶克等人的事业）。自由主义的提防不仅是对着宗教来的，也是对着所有“高调价值学说”来的。各种价值学说都对自由主义的过分排斥感到不满。宗教由于首当其冲，反应也就更为激烈。
第三，更重要的问题是：“政教分离”之所以值得政治哲学家的关注，并非仅仅因为表面上人们所争论的那些细节问题，而是因为它代表着当代政治伦理学中的事实与价值的分离的信念和实践，它涉及谁应当承担现代社会的合法性基础。泰勒说：美国是一个建立在理念上的国家。所以，关于宗教礼仪、形式等等的争论其实无关宏旨。
重要的是这里牵涉到宗教理念在公共领域中能否有一定地位的问题。社会的共同的公共权力和基本制度的伦理合法性的基础能否确立、如何确立，是现代公共伦理的中心问题。“政教分离”在今天往往意味着“自由意志”的选择是一切价值的基础。
20世纪的新动向是文化多元主义。它也可以支持“政教分离”。
这种支持是世俗性的还是宗教性的？问题更加复杂了。文化多元主义是启蒙的“个体自主”（autonomy）的进一步发展的自然结果。在尊重“自由选择”的自由主义原则之下，自然而然地会导向两个结果：
一个是多元论，一个是世俗论。多元论也可称为“多神论”，它肯定不同的种族及其文化－宗教都具有同等价值。这意味着更强的宽容：
不仅是基督教内部相互宽容，而且对各种非主流宗教也宽容。这当然与启蒙反差很大。启蒙的另一个结果是世俗论，反对一切宗教。
这一倾向更加延续了启蒙的本意。