在面上的问题初步解决以后，农村基层组织的差别越来越明显地表现出来，后进支部的问题日益突出。中共十三届三中全会和全国组织工作会议后，浙江省委加大了整顿农村后进党支部的力度。1989年5月9日至12日，省委召开全省整顿农村后进党支部，加强村级组织建设工作会议。会议要求在两年内对15%左右的处于后进状态的农村党支部进行整顿和转化，并提出了整顿和转化的6个主要标志。到1990年底，整顿后进党支部3120个，占全省农村后进党支部总数的83.65%。1991年，全省还从县、乡镇机关下派了7300多名干部到4000多个贫困村、后进村帮助工作或任职，有效地改变了贫困村和后进村的面貌。
1993年6月28日至29日，中共浙江省委召开全省基层党建工作会议，要求“继续抓紧抓好后进村支部特别是瘫痪半瘫痪支部的整顿转化工作”。随后，下发了《浙江省农村行政村党支部三年规划（1993-1995年）》，提出到“八五”期末，战斗力强的一类村党支部争取达到60%以上，三类村党支部下降到3%以下。其中一类村党支部的要求是：支部领导班子坚强，党员作用明显；带领群众改变村经济面貌显着，完成任务出色；领导精神文明建设有成效，社会风气良好。到1993年底，全省农村后进党支部从原有的4000多个减少到2238个，后进党支部的面从8%下降到5.2%，其中整顿转化瘫痪半瘫痪339个。1994年下半年，为贯彻全国农村基层组织建设工作会议和全国组织工作会议精神，浙江在各地通过逐个摸底排队的基础上，又确定3389个软瘫农村党支部列入整顿范围，占行政村党支部总数的7.8%。其中软弱涣散，形不成战斗力的有649个，占19.2%；领导能力弱，致富无方，村组经济薄弱的1850个，占54.36%；支部活动不经常，长期不发展党员，党组织缺乏生机和活力的763个，占22.5%；思想政治工作薄弱，村风不正，治安混乱的90个，占2.6%；领导权不在支部手里的37个，占1.1%。对上述党支部的整顿转化工作，中共浙江省委要求落实领导责任制和帮扶责任制，按照省委九届三次全会扩大会议提出的“同时起步，分阶段出成果”的要求，力争三年内逐个整顿完毕。
到1997年底，全省县级党政领导班子有80%的成员负责联系了909个软瘫支部的整顿工作，市、县机关有2000多个部门联系了1770个村。各地共派出了763个工作组帮助整顿，并从县、乡机关下派2552名干部到村任职，其中413人担任村党支部书记。整顿中，对2078名党支部书记作了调整，有89%的村清理了村级财务，97%的村建立了村务管理制度。经过检查验收，有3340个村整顿合格或基本合格，占整顿面的98.6%，其中有606个村达到省定小康村标准。1998年，为了将整顿后进支部的工作进一步推进完善，按照“巩固、提高”的要求，继续加强以党支部为核心的村级组织建设。全省重新排了2000多个后进村支部，进行重点帮扶。
1999年，按照省委部署，先乡镇、后村，扎扎实实地开展了农村基层组织教育整顿活动。在乡镇一级，主要是开展思想、作风、纪律整顿；在村一级，以加强党支部为核心的村级班子建设为重点，着重抓好村“两委会”换届、村干部培训、村务公开和后进村整顿四项工作。在教育整顿中，总结推广了嵊州市雅璜乡建立《民情日记》的经验。通过集中教育整顿，全省1815个乡镇普遍建立了《民情日记》、办公无休日和政务公开制度，99%的行政村建立了村务公开制度；乡镇干部为群众办实事15682件，解决群众反映突出的问题8079个；清退乡镇自聘干部7014人，分流乡镇干部5373人。结合教育整顿活动，顺利完成全省所有乡镇和3万多个行政村党支部、村委会的换届工作，乡、村两级领导班子的结构进一步改善，素质进一步提高。2000年以后，在一定范围内继续抓好农村基层组织教育整顿工作，并组织各地对教育整顿活动进行了“回头看”。对于农村基层党组织坚持不懈的整顿和提高，有效改变了农村基层组织建设的面貌。进入21世纪以后，由于形势任务的变化，对农村基层党组织的整顿提高不再在浙江省农村基层党建中占有重要位置。
（二）尊重党员主体能动性，推动农村经济发展
浙江农村基层党组织在促进浙江经济发展中的作用，大致可分两个方面：一方面是对农民的致富愿望和积极性大力保护，鼓励、推动农民广泛地参与到市场经济当中来。另一方面是通过党的组织系统的作用，培养致富人才、提高致富本领，带领农民致富。
改革由农村起步，发展商品经济农民是先锋，这是中国改革开放的特色之一。这一点在浙江表现特别明显，带来的问题是，对于农民的很多尝试发展商品经济的做法都是我们在计划经济时代习惯于划到需要去取缔、打击，带有资本主义身份标签，至少也是个资本主义尾巴的东西。浙江各级党组织，特别是农村基层党组织，因为生活在农民中间，了解和理解农民的需求。
所以在20世纪80年代初，中央关于农村的几个一号文件出台以后，浙江大量的农村基层党组织率先换脑筋，解放思想。比如慈溪的西华头村，历来有一批从事手工业，比较有经济头脑的能人。在计划经济时代他们是各种运动中的典型，被反复折腾。当时有6位党员曾因搞所谓“资本主义”挨过整，党支部都为他们恢复名誉，肯定发展商品经济是对的，鼓励他们放下包袱，继续为发展商品经济作贡献。村党支部还主动找市场，1983年时，村里就悄悄与余姚蔬菜公司订立了100亩5.5万公斤毛豆的产销合同，结果被上级领导知道，当成是“抓钱丢纲”，支部被迫作检讨。又比如，改革开放之初，东阳全县党员有超过十分之一的离土离乡，从事商品生产活动。当时有不少人的观点，认可离土，但反对离乡，认为农民流动会带来不稳定。面对这样的情况，东阳的党组织并没有把精力放在限制农村党员的商品生产活动上，而是将教育的起点放在鼓励开拓精神上。教育广大党员群众不再把商品生产和流通看成是“不三不四的人干不清不白的事”，鼓励“上天入地，走南闯北”。于是，一大批跑运输、跑供销、办企业的党员能人应运而生。有组织商品生产能力的党员在农民中的凝聚力增强，带动了更多的农民走出田间，为东阳经济的崛起打下了基础。
随着改革的深入，依靠农村党员及农民自发地发展经济的效果不断递减，这就从客观上要求党组织在推动农村经济发展上发挥更大的作用。这方面浙江的做法是：
一是选好能带领农民致富的党员作领头人。20世纪80年代，浙江省委组织部在总结经验的基础上，提出了农村党支部书记应具备三个条件，即有理想，政治上强，执行党的路线和方针坚决、认真；廉洁公正，不谋私利，不怕吃亏，有献身精神；能带领群众勤劳致富、共同致富，有干劲和真本事。把能带头致富当作选农村干部的标准，这在当时是很有探索性的。这三条在1990年召开的全国村级组织建设工作座谈会上，得到充分认可，被写入《全国村级组织建设工作座谈会纪要》。
二是对党员干部进行教育培训。1993年，省委组织部和省科协印发了《关于对农村基层干部和党员进行实用技术和市场经济知识培训的通知》，决定用3～5年时间，把村干部和50岁以下的党员普遍轮训一遍。90年代形成出台的一系列文件，如《关于在农村基层干部中举办乡村经济管理专业成人中专班的意见》、《关于实施跨世纪的农村基层领导干部岗位培训工程的通知》等等，基本形成了对农村党员干部的政治理论学习、实用技术培训、岗位职务培训和学历教育相结合的教育培训体系。比如，仅1994年全省就组织农村党员和农村基层干部学基本理论106.7万人次，学实用技术171万人次。杭州、台州、金华、宁波、温州等地有13个县（市、区）与大中专院校挂钩，开办了11个农村经济管理大专班和31个中专班，共有2128名农村党支部书记和村级后备干部在大中专院校参加培训。
三是充分发挥党员的先锋模范作用。浙江在全国较早地推行了“双带工程”（带头致富、带领致富）。比如义乌的“市场带百村工程”为党员的带头、带领作用提供了一个有效的平台，党员队伍中涌现了一批“双带双富”的典型，增加了农民收入，带动了落后地区的发展，赢得了群众拥护，树立了党员形象，增强了党组织的凝聚力。为了保证当选的村两委充分发挥带头作用，金华市从2002年起开始推行村两委班子和村干部创业承诺制。用制度规范和约束干部承诺后的行为，形成“干部承诺办实事，群众监督得实惠”的工作机制，使农村出现干部争办实事，争先创业的新气象。
四是充分发挥党组织的作用，致富奔小康。从80年代开始的后进支部整顿，到“双争”（争创先进党支部、争当优秀共产党员），再到支部达标活动，奔“小康村”活动等都是为了提高基层党组织带领致富的能力。1993年，各地普遍制订了农村党的工作三年规划（1993-1995年），农村党组织普遍开展了带领农民奔小康活动。一年之后，全省就涌现988个奔小康示范村，其中省级示范村20个，市地级163个，县级825个。到1994年底，年工农业总产值超亿元的行政村，已从1992年底的29个增加到322个。至1995年，通过树典型、赶先进，各地小康村数量明显增加，其中亿元村已发展到622个，比1994年多出65个。达到省定小康标准（部分经济指标高于全国标准）的村已有11700多个，其中1536个被省、市、县树为小康示范村。
（三）实施“先锋工程”，建设社会主义新农村
党的十六大以来，围绕社会主义新农村建设这一主题，浙江省根据中央的相关精神，将实施“先锋工程”为主要抓手，深入推进“三级联创”，不断加强改进农村基层党的组织建设，为构建社会主义和谐社会、建设社会主义新农村提供了坚强的组织保证。
浙江早在十四届四中全会以后就开始创建“五好”党支部、“六好”乡镇党委和农村基层组织建设先进县（市）。1998年浙江省委在《关于认真贯彻党的十五届三中全会精神，开展农村基层组织教育整顿的意见》中，决定开展创建基层组织建设先进县，“六好”乡镇党委，“五好”村党支部活动（即“三创”活动）。在开展“三级联创”方面走在全国前列。5年以后，2003年中共中央办公厅《关于深入开展农村党的建设“三级联创”活动的意见》印发，要求以“领导班子好、党员干部队伍好、工作机制好、小康建设业绩好、农民群众反映好”为目标，开展“五个好”村党组织、乡镇党委和农村基层组织建设先进县（市）“三级联创”活动。紧密结合浙江实际来落实中央的相关部署，以实施“先锋工程”作为抓好“三级联创”的主要载体。在这一年召开的全省农村基层组织“先锋工程”建设工作座谈会上，制定了《关于全面开展农村基层组织“先锋工程”建设的意见》。对“五个强”（即强核心、强素质、强管理、强服务、强实力）目标进行了细化，全省排出2000个村和100个乡镇的创建名单，落实了创建措施，开始在全省实施“先锋工程”。力争通过5年努力，把1万个行政村党组织、500个乡镇党委建设成全面发展的“五好”示范党组织。这些示范党组织应是，经济发展健康快速、“五好”成效明显、村镇管理科学规范、精神文明协调共进、农民群众拥护满意的基层党组织，以此带动示范，全面推进基层组织建设上新水平。浙江省以突出“抓五强、创五好”为主线，推进“先锋工程”建设，构建了充满活力的“三级联创”工作机制。主要做法如下：围绕中心。围绕党在农村的中心任务，紧扣建设社会主义新农村主题。
通过“先锋工程”，带动和促进社会主义新农村建设，逐步实现“生产发展，生活富裕，村容整洁，乡风文明，管理民主”的目标。
明确责任。浙江省委专门成立省农村基层组织建设联席会议办公室，落实专门的编制和人员，与省委组织部组织处合署办公。明确抓好农村基层组织建设关键在县委，县委书记是第一责任人，乡镇党委书记是直接责任人，村支部书记为具体责任人，从而一级抓一级，一级带一级，一级促一级，基本形成省、市、县、乡、村五级联动的格局。
制定目标。乡镇党委和村党组织建设要实现“五强五好”的目标要求：一是强核心，领导班子好。乡镇党委书记应具有较高的政策水平和较强的组织协调能力；村党支部书记应具有带头致富和带领农民群众共同致富的能力。
二是强素质，党员干部队伍好。共产党员能够发挥先锋模范作用，基层干部能够发挥骨干带头作用。三是强管理，工作机制好。乡镇党政领导班子，村党组织和村委会关系协调，服务优质高效。四是强实力，小康建设业绩好。