由于不同层级的地方政府面临的制度环境不同，因此，不同层级的地方政府其职能定位和角色仍然会表现出一定的差异性，特别在面对体制改革创新问题上，低层级的地方政府相对更为积极主动。作为有着自身特殊效用目标的理性的行为主体，地方政府的行为选择是在政治风险与地方利益之间的某种平衡中作出的。追求政绩最大化和地方利益最大化的政治企业家总是“力图把制度创新的空间推进到中央治国者授权或默许的极限值上”。政治风险与地方利益及政治企业家的政绩构成了制约地方政府行为逻辑的两个重要维度。不同层级政府的政治企业家面临的政治风险及其与地方利益关联度的差异，决定了他们在相近的制度环境下可能作出不同的行为选择，形成政府行为模式的层级间差异。
因此，笼统地说，政治企业家甚至地方政府的行为逻辑是“风险最小化”的，并不符合地方政府行为选择的实际。尽管各级地方政府及其政治企业家都必须面对政治风险问题，但政治风险对于不同层级的政府的制约作用存在着相当大的差异。一般来说，政府层级越高，政治企业家对政治风险的敏感度越强，其决策影响面和政治风险也越大。相反，政府层级越低，政治企业家与地方经济利益的关联度就越高，其个人效用目标与经济利益而不是政治晋升的关联度就越大。因此，相对于市县级政府特别是乡镇政府，省级政府的政治企业家的政治敏感度要高得多，因而更有可能在区域市场化的制度创新过程中采取“风险最小化”的策略。而县级以下政府的政治企业家同微观经济主体有着千丝万缕的利益关联，同时也对微观经济主体的利益诉求和制度创新愿望有着更为深切的了解，因而其行为选择的逻辑更有可能是“风险偏好型”的，地方利益会在更大程度上左右其行为选择。
不同层级的地方政府支持市场化改革所面临的政治风险，政治企业家基于个人效用目标对政治风险的敏感度的差异，以及政治企业家同微观经济主体利益关联度的差异，决定了地方政府对于民间市场化改革的创新实践的态度会呈现出梯度性差异。有学者根据2005年申报第三届“中国地方政府创新奖”的133个创新项目发现，政府创新的主体多为区县级和地市级政府，两级政府创新项目占总数的近八成（见表32）。通常县级政府会最早敏锐地意识到民营化、市场化改革，对于地方民众、政府自身乃至政治企业个人潜在的收益，其支持市场化改革的态度也最为明确，而省级政府及其政治企业家通常最为慎重或者说“保守”。这样，地方政府对于市场化改革的态度取舍，往往呈现出自下而上一级同化一级、一级说服一级的态势。
先是县级政府基于地方利益和自身利益，成为民间市场化改革创新试验最贴心的支持者和辩护者，以改革的绩效说服地市级政府，民营化、市场化是发展地方经济的必由之路；接着再由地市级政府向上传递民营化、市场化绩效的相关信息，为民营化、市场化进行功利性的政治辩护，争取省级政府采取默认、暗中支持的策略；继而以各种方式，让省级政府确信民营化、市场化对于发展地方经济的重要意义，打消省级领导对政治风险的顾虑，最大限度地争取省级政府不采取强制干预的行动，如此等等尽管这种同化、说服并不一定存在一个标准的程序，但自下而上的态势却存在着一定的逻辑必然性。当前，国内外学界解释中国地方政府角色和制度创新研究的各种理论范式，如“地方性国家法团主义”（local state corporatism）、“中间扩散型制度变迁方式”、“阶梯式的渐进制度变迁模型”、“压力型体制”、“谋利型政权经营者”等，也均是通过对省以下尤其是县级政府的实证研究得出的分析框架。
三、省、市、县政府的治理工具
所谓政府治理工具（governing instruments），根据欧文·E．休斯（O·E·Hugher）的概括，就是指“政府的行为以及通过某种途径用以调节政府行为的机制”。国内学者张成福提出了类似的定义：“把政府实质性的治理目标或政策目标转化为具体的行动，以改变政策目标群体的行为，从而最终实现政策目标的手段和机制。政府作为公共权力的实施载体，对社会的公共事务进行管理，其目的在于有效地解决公共问题，维护和促进公共利益，实现公共目的。而为了达成这一目的，政府必须通过具体的方式、方法和机制。”简单地说，地方政府的治理工具是使地方政府职能付诸实施的方式、手段和资源的总和。在地方政府的治理过程中，存在着多元化的治理工具。根据政府职能定位、治理目标设计和选择治理工具是一种有目的的思考过程。许多学者从不同角度对政府治理工具作了分类，但总的来说，地方政府的治理工具主要体现为立法和政策制定两大方面。而且由于不同层级地方政府权限和职能定位的不同，省、市、县地方政府在治理工具上也体现出自身的差异性。
从中国地方政府体制来看，立法和政策制定这两种治理工具密切相关，地方立法权的获得和发展有利于地方公共政策能力的增强。具体体现在：其一，地方拥有一定的自主立法权是地方形成自主制定公共政策能力的基础。在地方没有自主立法权的领域，地方公共政策主要是执行性和补充性的，自主性政策缺乏法律依据，容易受到合法性的考问。其二，地方制定的法规、条例和规章也需要公共政策去落实和具体化，依据有地方特色的法规、规章制定的地方公共政策往往具有更好的针对性、适应性和更强的执行力。其三，地方拥有立法权有利于发挥地方公共政策的探索功能，地方立法对处于摸索中、试验中的地方公共政策无疑是一层防护网，没有地方立法，地方进行政策试验容易暴露在上位政策或法律的眼皮底下，一有踩线，就会被叫停。地方立法为地方公共政策能力发展所提供的空间是政策权限、范围、内容和程序的统一。因此，是否拥有立法权，对地方政府的治理工具选择和治理能力起着十分重要的作用。
在中国地方立法授权主体上，特别行政区立法会；民族自治地方，包括自治区、自治州、自治县；一般地方，包括省、直辖市、国务院批准的较大市、经济特区、省会市，具有地方立法权。省、自治区、直辖市人大及其常委会在不同宪法、法律、行政法规相抵触的前提下，可以制定地方性法规，报全国人大常委会备案。
省、自治区人民政府所在地的市和经国务院批准的较大市的人大及其常委会，根据本市的具体情况和实际需要，在不同宪法、法律、行政法规和本省、自治区的地方性法规相抵触的前提下，可以制定地方性法规，报省、自治区人大常委会批准后施行，并由省、自治区人大常委会报全国人大常委会和国务院备案。省、自治区、直辖市人民政府以及省、自治区人民政府所在地的市和经国务院批准的较大市的人民政府，可以根据宪法、法律、行政法规和本省、自治区的地方性法规，制定规章，报国务院和本级人大常委会备案。可见，由于省、国务院批准的较大市和省会城市具有地方立法权，使得该层级的地方政府的治理手段相对于一般的地级市和县级政府的治理手段更多、治理能力更强。
公共政策是地方政府实现职能履行的最主要治理手段，但省、市、县不同层级地方政府的公共政策类型是有差异的。按照政策功能，可将公共政策分为分配性政策、管制性（或抑制性）政策、调整性（或调停性）政策、促进性（或辅助性）政策。分配性政策一般是根据一定的规则将机会、福利和服务等有益性资源配置给额定群体的制度规范。管制性政策是指对于妨害公共秩序或公益的行为加以预防或抑制的制度安排。调整性政策是指政府针对管理相对方（包括下级政府或部门）相互之间发生争执，自行协商不成，而制定的调整性决定，该政策通常涉及谁的利益将得到满足，谁的利益将被剥夺，是一种利益平衡的政策。促进性政策是指政府为使它所希望的社会行为发生而制定的鼓励性政策。在这四种政策类型中，高层地方政府如省级政府较为重视促进性政策和管制性政策，因为这两类政策多涉及对经济社会发展方向的驾驭，宏观调控功能较强，高层地方政府也有这种权威和资源去推行这样的政策。相比而言，市级政府较重视分配性政策。因为对利益和资源的配置是介乎调控性和具体性之间的事务，完全由省一级政府作出统一安排，不一定符合各地、市的实际情况，而由县乡基层政府作出安排，又怕政策水平不高导致涉及利益分配问题而引发矛盾。而调停性政策更多地体现在县级政府，由于县级政府直接面对基层群众，是各种社会矛盾的最主要的调节者和处置者，因此其出台的许多政策是对各种利益矛盾的调处。
值得指出的是，随着新公共管理运动和治理在全球地方政府改革中的兴起，如今地方政府越来越多地借助市场、社会组织等民间力量来提供公共物品，使得政府的职能边界趋于模糊，治理工具日益多元化。美国学者萨瓦斯（E·S·Savas，2002）概括了当前政府的十种治理工具，即政府服务、政府出售、政府间协议、合同承包、经营特许、政府补助、凭单制、自由市场、志愿服务和自我服务，其中只有政府服务、政府出售、政府间协议这三种是以政府为供给主体的，其余七种均以民间力量为生产主体。在中国，民营经济发达地区的地方政府尤其是市、县政府也越来越多地将市场力量和社会力量纳入到公共事务的治理之中，公共物品和服务的政府-市场-社会共同供给的格局逐步显现。浙江温州是我国市场发育最早、民营经济最发达的地区之一。
20世纪90年代以来，一大批民间商会和行业协会的兴起，逐步促使温州经济和社会领域从单一权力中心的政府治理向多中心治理方式转变。由民营企业家自发自愿组建起来的商会组织，通过民主选举的方式产生商会的领导人；依靠会员企业的会费、理事单位的自愿捐助和章程规定的服务性收费等方式成为商会运作的资金来源，不花国家的一分钱；为了保证组织决策的民主性、代表性，不断完善和健全商会的组织结构和治理机制；并且在长期的市场活动中发展出了一套基于群体自愿遵守的制度规范和纠纷化解机制，使之成为行业规范和纠纷化解的重要一极。同时，组团参加国内外博览会，宣传和提高温州产品的知名度，开拓国内外市场；协调和沟通企业与政府、企业与企业、企业与社会之间的关系，发挥了积极和重要的作用。
近年来，温州烟具协会、眼镜商会以行业代言人的身份走出国门，在欧盟、土耳其等地，主动应对国际贸易竞争，更受到国人的尊重和世人的瞩目。更加引人注意的是，最近十多年来，温州商人把他们在本地组建民间商会的成功经验推向全国，在全国各大中城市组建了上百家温州异地商会。异地商会的兴起，是对现行社团管理体制和行业管理体制的一大突破，并对中国大范围的市场格局和多中心治理的形成，起到了积极的推动作用。温州商会的大量涌现及其在社会经济领域的作用日益突显，大大增强了社会的自组织化程度，并且以其独特的组织优势公开地介入社会公共事物的治理之中，成为不同于政府力量的一种自下而上的组织力量，对社会的运作甚至政府的决策和目标都产生了重要的影响，丰富了地方政府治理工具的选择，有效地促进了地方治理的转型。
科层结构是指现代官僚制下，整个政府系统中各个层级之间的关系。中国是单一制国家，按照中央政府统一领导、地方政府分级管理的原则，形成了由上而下的“金字塔式”的地方政府科层结构。中国的省、市、县政府的科层结构集中体现在政府间财政体制、干部管理体制、绩效考核与监督机制、信息沟通与决策机制上，同时政府间制度化治理机制的不足也导致了公共资源配置的非正式化现象。