三是层级政府间“职责同构”向自主设置转变。从政府职责与政府层级结构、政府机构相结合的角度来分析，中国政府职能在纵向配置上的总体特点可以概括为“职责同构”。在当代中国政治话语中，“职责同构”指在政府间纵向关系中，不同层级政府在职能、责任和机构设置上的高度统一及雷同。即每一级政府都管理几乎相同的事情，相应地在政府机构设置上表现出“上下对口”的特点。
在市场经济快速发展和社会分工日益细化的今天，作为计划经济体制下“条块分割”的产物，政府间纵向关系的“职责同构”，将导致行政效率的低下，行政成本的提高，地方政府职能履行不到位，无法按照区域经济社会发展的特点，提供有针对性的公共服务，在相当程度上压缩了地方政府自主创新的空间，地方政府的自主创新往往遭遇重重阻力而最终归于失败。
地区间差异明显是中国的国情，改革开放以来社会经济文化的多元化发展更加剧了这一差异。因此，各地方政府在面临着满足人民日益增长的物质文化生活的需要这一共同压力的同时，也面临着各自不同的发展态势。如东南沿海地区的地方政府面临的是如何加速实现现代化和推进全面小康社会建设的问题，一些中西部地区的地方政府则面临着从温饱向小康过渡的问题。各地区市场化程度、人口流动性、交通通讯的便利程度、人力资源的素质、公民与政府的互动等诸多方面，都存在着明显的差异，而且这些差异还将随着市场化进程的推进而逐步扩大。一言以蔽之，各地方政府面临着各自不同的发展和管理实践，迫切需要寻求不同的职能配置和机构设置。但是，正如有学者分析指出的那样，“中国的地方化过程是有限的，中国的公共事务依然是围绕中央政府或者说围绕一个中心单面的进行，而不是多元化的分担和共同参与过程”。
因此，必须重构政府间职能-结构-机构的关系，改变原先依据行政级别配置职能、设置机构和确定编制的方式，根据经济发展水平、人口规模和社会发展阶段等区域特点和发展，在政府职能的配置上赋予更大的自主权，科学设置机构和确定编制总数，并在核定的机构编制总数内由各级政府自行设置机构和分配编制。积极调整相关部门的人员力量配置，腾出人员编制，充实加强市场监管、社会管理和公共服务部门力量。允许各级县（市）政府根据经济社会发展的需要，设立海关、出入境检验检疫、外汇管理、股份制商业银行等相关分支机构，并赋予这些分支机构应有的管理职能。积极推行“大部制”，对现有部门中职能交叉、业务相近的机构及其职能进行整合，理顺和规范部门间的职责分工，推行政府事务综合管理，例如大交通、大文化、大农业、大环保等，逐步向“宽职能、少机构”的方向发展，保证政府运行的规范和高效，降低政府运行成本。同时，明确界定各部门的职责分工，确需共同办理的事项明确主协办关系，避免职能交叉、多头管理和相互扯皮。建立各种形式的联席会制度，通过制度化的协商机制保障政府运转协调。上级政府部门不得以任何理由进行干预，更不能以安排资金、项目、评先评优等办法和手段，要求各级政府“对口”设置机构。
第二节 域外经验：美国大都市区政府间关系的变革趋势
20世纪初期以来，美国等发达国家城市化发展进入了一个大都市化阶段，在空间上表现为一个由中心城市以及与该中心城市有着较高的社会经济整合程度的邻近郊区组成的巨大区域——大都市区。这种大都市区一般都超出了地方政府甚至区域政府管理和服务的范围，其内部复杂的政治和经济结构对经济发展、社会状态以及人们的生活方式都有着深远影响。此种情形迫使各国政府开始认真思考：应当如何构建大都市区内的政府间关系，如何通过行政、经济等手段调整大都市区各利益群体的矛盾冲突，以促进经济的稳定发展，从而为城市和国家综合竞争力的提升创造良好的条件？
美国是世界上大都市化水平较高的国家，早在1940年，美国半数以上的人口就居住在大都市区中，目前美国人口分布的分类标准主要是大都市区和非大都市区的区别，而非城乡之间的区别。到2000年，大都市区人口已占美国总人口的3／4，其余1／4人口的绝大多数也是居住在大都市区25英里范围之内，大都市区已成为美国城市发展的主导模式。大都市区的形成，客观上要求大都市地区的各个地方自治政府在交通运输、基础设施建设、社会治安、环境保护等方面相互合作。然而美国的现行地方政府格局是在19世纪形成的，地方政府数量庞大和组织形式复杂多样，有所谓“百衲被”（crazy‐quilt）之称。根据美国人口统计署2003年的数据，美国现有地方政府87849个，其中县（郡）政府是16506个，市政府是13522个，乡镇政府是3034个，学区政府是19431个，特别区政府是35356个；除了一般目的和特别目的政府这些正式的地方政府建制之外，美国还存在着大量的准政府组织，它们也承担着类似政府的公共服务功能。如此数量众多、形式多样、范围狭小的地方政府治理体系带来了政府间协调和区域性公共事务治理的诸多困境。例如，纽约大都市区内的政治小单位达1400多个，这么多独立而平等的政治小单位使得合作变得非常困难，这种情况被称为大都市区治理的“巴尔干化”。为了克服大都市区政治分散化所带来的种种弊病，自20世纪初以来，美国大都市区一直在进行不断探索，从中心城市兼并、市县合并、联邦式大都市政府构建等传统的结构性改革到建立特区、促进政府间合作、加强城市县和建立区域性协调组织，从“统治”走向“治理”。尽管不同阶段、不同地区的指导理论、改革模式各不相同，但一个基本的趋势是政府间关系的合作化导向和纵向权力关系上的分权导向，从而最大限度地实现地方治理。
美国的大都市区政府间关系调整是在具有较为充分的理论准备的情况下进行的。长期以来，大都市区治理理论研究者，大致上主张三种不同的概念途径，即传统改革主义者（traditional reformist）、公共选择理论（public choice）以及新发展起来的用来调和前述两种理论的新区域主义理论（the new regionalism）。
一、传统改革主义者与改革实践
传统改革主义者主张从结构途径研究区域政府，它涉及整个都市区域的政府变革，企图合并都会区里大部分的小政府，并以单一、全功能、有力的、普及整个都会区的政府取而代之。此种观点又被称之为合并主义者（consolidator）或大型都会区政府，它认为管辖区域的合并能有助于政府规模的合理化，促使资源不足的地方获得发展，有利于公民充分参与公共事务，同时更能够有效地促进经济发展、均衡地方财政及提供跨区域服务等。传统改革主义观点具体呈现三种结构性的政府改革：市县合并、兼并、联盟制。
传统改革主义者认为，大都市区隐含着两个条件：一是人口大量聚集，二是形成了一个具有共同利益的单一社区，只有单一的政府才能整合这些利益，即“一个大都市区，一个政府”。但是，大都市区却往往被人为划分为许多小政府，使得公民尤其是弱势群体难以获得公共服务，而且数目众多的政府集体行动无法满足社区的公共利益需求，甚至会导致混乱和崩溃。因此，大都市区福利只有通过一体化的政府结构才能实现，地方政府碎片化阻碍了大都市区自我实现的能力。1966年，着名的经济发展委员会（CED）在一份报告中提出，“小型、碎片化、复制、重叠的地方政府的大量存在，令人感到困惑，它们无力应对管理现代城市事务时所面临的障碍和困难。假如地方政府要想在大都市地区发挥效能，它们必须有足够的规模和权限，去进行规划、管理，并为区域问题的解决提供重要的财政支持。”在美国政府干预社会、经济事务的鼎盛时期，这种主张无疑再次阐明了大都市区政府实践的必要性与合理性。这种必要性与合理性，在20世纪30年代及其之前就被广泛论及。当时的许多学者都认为，大都市地区的基本问题，是地方政府结构的分裂。例如切斯特·马克赛（Chester Maxey）认为，由于大都市地区的政治发展滞后于经济和社会的发展，地方政府权力的分割状态，损害了经济和社会发展所取得的成就。
对于一个大都市地区而言，要取得更大的发展，成为工商业和社会事务的中心，就必须克服整个地区在政治上不统一的痼疾，建立权力更为集中的政府。在政治统一的大都市地区，社会状况会得到明显的改善，会有通畅的大道、更多更好的公共设施、更全面的城市规划、更充分的教育和救助体系，以及更好的政府服务。纳斯克（Rusk）对全美320个都市地区和其中522个主要城市1950-1990年的发展情况进行了数字统计，结果发现，“都市地区分散治理（即超级地方主义）程度越高，其种族和经济隔离的程度越高。要想消除严重的种族和经济隔离，必须做的第一步是扭转城市地区的分散治理。”
正是这种思想推动着大都市区的治理改革。因为大都市区包含了多样化的政府结构，而这恰恰被认为是导致治理缺陷和制度失败（如无计划的发展、不充足的资源基础、缺乏管理能力和专业技能、在共同问题上缺乏一致行动、责任混乱、种族与社会隔离、财政不均、财政剥削等）的原因，所以解决的办法就是建立一个适当的统一结构，即在每个大都市区尽可能只有一个政府。有学者形象地将这一运动称之为“巨人政府”。具体而言，其改革措施包括：（1）市县合并。
市县合并是指大都市地区的中心城市政府同其所在县域的县政府进行合并，县政府的传统功能被整合到新的统一政府当中，或是保持其独立功能，而由新的政府向县域范围内没有成立政府的地区提供服务。该地区的郊区城镇可以继续保留其特殊的自治地位，同时作为交换，“市县合并取得了关键的创设目标：统一的税基、集中的规划与分区（zoning）权”，这些目标对于整个大都市地区经济社会的统一与协调发展至为重要。为数不多但影响很大的县市合并案例虽然都发生在战后，但这些成功案例的实现，得益于20世纪上半叶各地区不断的努力。尤其在20世纪20年代，宾夕法尼亚州匹兹堡市与阿勒格尼（Allegheny）县的合并计划，是大都市区政府的早期蓝本之一。
1945-1976年共有14起市县合并，1976-1990年有6起市县合并，1996年、1997年分别有3起和4起成功的市县合并，最近的案例是堪萨斯市与万多特县的合并。（2）建立大都市区政府。当改革者意识到没有理由放弃独立和不愿意进行市县合并时，他们开始倡导建立复合的大都市区政府作为市县合并的替代。兼并是中心城市在大都市地区保持主导地位的最有力方式，是大都市区政府的早期形式，它通过两种途径进行。一是中心城市将根据州的法律，将其周围尚未组成自治政府的城市化地区并入城市地域，从而扩大城市疆界；二是中心城市通过与其邻近的市、县相融合而扩大。美国主要的大城市，绝大多数都是在1930年之前通过这种方式而扩展的，最着名的当属纽约市。纽约市通过1898年的兼并与融合，其面积由1890年的44平方英里，急速扩大至299平方英里。
在大城市占据主导地位的时期，这样的扩张印证了企业管理和市政改革中最主要的一个观念，即“大型组织比小型组织更有效率，经济将从城市政府的合并中收益，自然增长”。兼并作为源于城市化快速进展时期大都市区政府的主要结构形式，仍见于战后头20年的许多大都市地区，而且是一些新兴的中小城市迅速壮大的主要途径。至于大都市区政府的功能则主要集中于那些跨地区的事务，如空气和水污染控制、垃圾处理、区域性土地利用规划；而地方性事务，如街道照明、地方公园和运动场、垃圾收集等应该被低层次的政府保留。英国城市学家夏普（L．J．Sharpe）还提出了五项关于大都市区不同层次政府间分工原则，即外部性或财政等量原则、规模经济原则、再分配原则、中心商业区或服务供给原则。
传统改革主义者认为，改革有利于经济发展。因为：（1）减少了城市政府间围绕经济发展的竞争，从而减少了资源浪费和增加了税收收入；（2）有利于大都市区的和谐发展；（3）为商业提供单一规则的地区将对经济发展更具吸引力；（4）大规模的经济发展机构比小型社区有更多的专门技能和资源，开发和销售主要的商业和工业用地；（5）团队精神重建将灌输更多的团队自豪感和形成对吸引商业发展更有利的印象。