发展综合农业实际上是在建立生态农村的大环境上。综合农业要求农业区域必须农林牧副渔多项发展，改变现在仍然留存的栽培景观单一、使用品种单纯、缺少天然植被、生物多样性低的状态，强调发挥本地资源优势，因地制宜地发展多种经营，大力营造多种多样的栽培景观，提高生物多样性的组成部分。这些措施不要因其小而忽略，如农田、林地、草场与庭院经济合理布局，土地合理轮作、间套作、种植绿肥，发展混交林等。注意品种的选择及其合理配置，改进其相互影响。
发展农林或农林牧或农林牧渔的复合经营，不仅可在产品上提供农业商品与用材，而且使本地的生物资源、土地资源、空间资源、水资源、气温资源等都得到更大限度的发挥。只要根据因地制宜的原则，运用生态学的原理来合理规划设计，就能取得经济与生态两方面的效益。
发展综合农业是建立生态农村的基础措施。此外，尽力植树造林则可能是农村生态化的关键。每个乡村都要尽量建立自己的“绿色银行”，这就是开展工程，建造农田防护林带。凡连片荒山都应统一规划，按照不同的土地条件，分别建立用柴林、经济林，划地建造薪炭林、水源林，以解燃眉之急。
而针对风沙、寒潮、水本建设不可缺少的一部分，也是当地重大的生态工程。
发展生态农业是建立生态农村的内涵。生态农业的一个表现形态是立体农业。立体农业是根据生态系统的立体分异特点，建立多层次、立体化的土地利用系统和相关技术，使农业生产内部存在的“竞争关系”变成“共存关系”，进而变为“互补关系”。促进这一演化的土地利用系统与相关系统和相关技术主要包括三个方面：（1）立体空间上土地资源有效利用。利用谷底低地、河川水面、平地、坡地、山的空间格局。（2）强化内部循环，安排总是好水生陆生、放养圈养、种植畜牧、木本草本、最终产品与中间产品（如饲料、绿肥）之间的关系，强化农业内部的特质能量循环，提高资源利用效率。（3）时间上短期、中期、长期计划的有机结合，做到长短兼顾，以短养长，循序渐进。
实行立体农业，有利于农业生产过程当中就解决燃料、饲料和肥料的“三料”问题。
生态农业的另一个表现形态是庭院经济。现在提倡发展的庭院经济，不是过去那种自给自足的小农经济，而是市场经济、商品经济的一种新模式，与一般农业商品生产相比，品种安排上的市场导向、生产效益上的市场竞争不变，但是土地利用的高度集约，空间安排上的立体构架，品种之间的生态关系，却是庭院经济所独特的。还有一种“四位一体”模式，即对沼气池、厕所、畜圈、作物大棚进行配套建设。在庭院中可以有多种经营，并跨农林牧副渔各业，其中可能有种特色产品为主流，各家各户的庭院经济可以成为专业村、专业乡的基层单位。
二、保护农村生态环境
维护农村生态环境、搞好农村生态建设，已经由长远经济效益逐渐向短期经济效益，即它的迫切性越来越强了。仅从短期效益看，工农业生产造成的环境污染正在严重破坏着农村当前的生产生活条件。工业“三废”的危害是很明显的，除了废气直接危害人、畜和植物（特别是经济林木），废水直接侵害农田与水源，废渣占用土地并生成废水之外，还造成上至大气层、下至土壤的立体污染。农业中的农药、化肥的过量使用同样使农田、水源以至大气都受到化学污染，生态失衡。害虫抗药性增强，农产品品质下降或有害。
解决这个问题的出路，就是要使工农业生产在技术模式，经营目标上都适应、服从环境保护的需要，而乡镇企业的污染问题可以说是首当其冲。
乡镇企业的发展增加了乡村与小镇的经济实力，但产生的负面影响不能低估，它破坏了大自然生态环境的平衡，首先就是水环境的污染。如在乡镇企业发达的苏南地区160个引用水源地中，已测出154种含毒有机污染物，几十种化合物超标。沪宁杭地区历史上乡间到处可见的“小桥、流水、人家”的景观已荡然无存。在大量乡村耸立的机器大生产工厂厂房后是变黑、发臭，没有任何生态环境意义而只有负作用的水体。
乡镇企业发展造成农村环境污染的原因有：
1.在总体上乡镇企业没有受到国家严厉的环保监管，乡镇环境受生产企业污染问题尚未得到像城市那样的高度重视，乡镇企业在内部能力低、外部压力小的情况下，也没有普遍建立限制污染排放的技术体系与管理体系。
2.城市环保工作加强后，一些污染严重的产业将转移到农村，而农村分布分散，不利于污染治理。多数行业将转移到农村，而农村在表面上环境容纳能力较大，忽视环保的倾向更严重。
3.乡镇企业分布分散，不利于污染治理。应当把多数行业的乡镇工业企业集中到小城镇或者形成小区，以便集中财力和技术力量来治理。
我们从来就批判的西方发达国家工业化那条“先污染、后治理”的道路，现在倒是应该认真地仿效了，因为我们面临的不是什么“后治理”的问题，而是“先污染，后不治理”的问题。当前需要的是“停止继续污染，逐步开展治理”。所谓“停止继续污染”就是要现有的或新建的乡镇企业停止在生产过程中继续向周围环境排放污水，通过安装治污设施设备，提高生产水平与工艺的先进程度，减少耗水量与原材料耗用量，最好是把污水消除在生产过程中。所谓“逐步开展治理”就是对已经受到破坏的环境，特别是水体，用科学方法尽力将它恢复到破坏之前的状态，这个治理工程需要有财力与技术力量的高投入。破坏得越厉害的地方，治理就越费劲。对于已有的污水流，用“污水资源化”的方式对付它。如自然生物净化技术，是利用自然界存在的各种微生物，将废水中有机物分解和向无机物转化，达到废水净化目的。
三、农业资源的深度开发
整个地区都需要农业资源度开发，主要放在提高单位土地面积的农产品产量方面。据调研分析，其增产潜力有：（1）改造中低产田每公顷可增产粮食，改造坡耕地、风沙地、过粘过沙耕层浅的薄地750~15000kg；改造渍涝、盐碱地1500~2250kg；改造干旱缺水田（地）1500kg。（2）改造低产林地，就是要提高每公顷的林木蓄积量，单位面积生长量。对于经济，将提高单位面积的油茶、油桐、核桃、板栗、枣等商品产量。经济收益能提高，涵养水源、保持水土地的生态功能会更好。（3）改造低产园园地，提高果园、茶园、胶园的产品产量，或者不从产量着眼，而是通过提高产品品质来提高单位面积的商品价值量。（4）改造低产水面，提高池塘、水库的养殖生产能力，增加单位水面的产品产量。用这种开发来替代平面垦殖，无论在经济技术意义还是生态环境意义上都是十分重大的。
促进劳动者走向农业资源深度开发，是在农业土地资源日趋减少，而农产品需求有所扩大的背景下，农区经济得以进一步发展的正确方向。它需要社会的价格机制支持，需要农业能顺利地向技术密集型产业发展，农民能成为更有知识、技术、技能的劳动者。要是这一跨越实现不了，在农区土地资源缺少的条件下，从土地生产上转移不出去的、又缺少农业技术的农民，就只能更多地闲在家中受穷。这对可持续发展是贻害无穷的。
四、发展畜牧业，建立适应可持续发展的生产模式
农区的主业是利用耕地资源进行作物种植，为了使这个主业有一个良好的自然生态环境，注重利用林地资源与草地资源发展林业、畜牧业是很有必要的。一个以农业为主的地区，如果能形成农、林、畜牧业的三足鼎立状态，对维护和改进那里的生态环境是十分理想的。
利用草地资源发展牛、羊、兔等草食动物生产，不仅是自然资源的利用，也是时间、资金等经济资源的统筹使用。这是将固定太阳能的绿色植物与种植业需要之外的劳动力转化为社会所需的动物蛋白，以这一商品的输出来换取货币的输入，为农村的发展提供资金，而饲养业在村内可发展成为分工行业，培育专门技能。农区畜牧业产品增长之后，不仅商品率提高，农村居民自己的食物结构也会改变，人们身体健康的营养基础就会改进。特别在石山地区发展山羊、兔、黄牛，更是适应这类地区的自然条件，为当地群众开辟脱贫的路子。南方丘陵地带大都有各类草地，可利用的草资源很多，加上人工植草、改良草场，利用农作物副产品作季节性补充，发展规模性的畜牧生产是可行的。
这项生产发展起来之后，必须从传统生产方式进入适应可持续发展的生产方式，其要点有：
1.改良牲畜品种，生产优质产品。这一措施的落实，要借助社会化服务体系。在专业化的、拥有较多技术存量的服务机构的供给下，让千百家农户获得良种牲畜。
2.改良草场，建立高产畜牧业的基础设施。这是一项新的生产建设，群众接受要有一个过程。广西黔江示范牧场在新西兰专家的协助下，取得了小面积的成功，但在广大农村，仍处于试点推广阶段。
3.采取科学的放牧方式，农区草食动物的饲养一般采取家圈养与草场放养相结合的办法。圈养是各家各户的事，而放养如各家随意自行其事，容易矛盾百出。此外，在农民单家独户经营的情况下，出于劳力有限的原因，牛羊放牧多半在村屯附近的山坡草地，而不选深山和远野草地。草地利用近处过牧，远地空载现象要扭转，只要牲畜数量一增大，近处牧草就供不应求。在畜牧业比重较大的农区，最理想的社会化放养方式是：畜牧户组织起来，合作开辟牧场，共同受益；在不改变牧畜所有权的情况下，以自然村为单位，协商使用牧场，实行群牧，集体轮牧。这样来抵抗各种天敌，高效利用草资源，防止近亲交配、品种退化；建立牧场档案，有节制地放牧；由近而远地将牧场的建设和维护承包给养殖专业户，搞草场开发专草料和加工青饲料，秋季储存，冬季使用。以上措施都是为了将草资源的持续利用与畜牧业的高效发展有机结合。