（一）启动水权管理
水权问题是关于水资源产权制度安排及其实现的问题。当今世界各国的水法普遍规定水资源归国家所有，但在所有权的实现途径上，国家在进行必要的监督和调节下，可以将水资源使用权转移给私人部门，在国家获取经济利益、保证水资源资产保值增值的同时，鼓励非所有人享有水资源产权各项权能所带来的收益，使水资源得到有效配置和合理保护。在中国启动水权管理，现阶段的主要工作是明晰流域水资源产权，包括河流、湖泊及水利工程的产权界定，为下一阶段的水权交易奠定基础，目标是使市场在国家宏观调控之下对水资源配置发挥主要的调节作用。我们可以借鉴农地制度改革的成功经验，实行水资源所有权和使用权的分离，把资源交给市场化的主体去经营，这个问题的实质是为水资源的使用权确定适宜的市场化主体。
自然资源所有权与使用权通过不同组合形成特定的契约状态，利益主体在权利边界明晰、权利可自由转让的情况下，能减少资源使用过程中的外部性问题，克服“搭便车”行为和机会主义，降低交易成本，实现资源的有效配置。比如，我们可以设想将太湖环境资源的使用权明确划定给某一个公司，使用权的期限要足够长，以期形成经营上的激励。这一公司的业务就是运营太湖环境资本，包括其自身经营和对水体及附近陆地使用权的出租、拍卖等。这个公司应该是一个上市公司，以便受到公众和传媒的关注。最初，该公司可由政府牵头出资参股，以后可通过股权转让，逐步改变资本结构。公司的最大利益是太湖的生态平衡和环境优美，因为这样可以使公司资本的商业价值最大化。作为太湖环境资源的市场代理人，为了保证自己的利益，公司就会时刻注意并主动与排污企业交涉，必要时也会借助政府和传媒的力量。因此，通过各利益主体的逐利动机，形成一种相互制约的机制，以保证在经济发展的同时，取得较高的环境绩效，同时可以简化政府管制，降低政府环境政策的执行成本。建议目前应率先在太湖流域选择局部小环境作为水权管理的试点，不断总结经验后，逐步向全流域推开。
（二）完善排污收费制度
对比世界各国采用的水污染防治策略，排污收费所取得的成效比较市场化进程中农村经济与生态环境的互动机理及对策研究明显，目前欧洲各国均采取这一措施，尽管征收排污费的标准和具体办法存在差异。根据“污染者付费”的原则，我国也较早采取了污水排放收费制度，但存在收费过低和征收面狭窄等问题，而且只对超标排放进行收费，没有取得预期的政策效果。当前应当贯彻只要排污就必须收费的原则，从收费的标准和方法以及排污费使用管理方面着手改革，进一步完善向水体排污进行收费这一制度。此外，也应当积极探索排污权交易和环境资源征税等手段在流域水环境管理中的应用。
（三）推进环保设施企业化运作
目前太湖治理的一个较大困难是污水处理设施不足，建设的资金缺口很大，同时，一些已建成的污水处理设施的运行和维护也遇到了困难。
从排入太湖的生活污水总量看，目前得到处理的还不到三分之一。过去人们通常认为环境基础设施是公益性事业，其建设投资和运行管理都应由政府包揽。正是这一错误观念，使环境基础设施建设及管理始终跳不出计划经济的圈子。事实上，我们完全可以转变观念，把环境整治和资源保护作为一个新的经济增长点，加以扶持和培育，贯彻“治理者得利”和“使用者付费”的原则，鼓励公共产品以多种形式提供。政府可以通过预算安排或政策安排等方式将公共物品委托给私人企业经营，用法律手段规范、促进并保护私人进入公共物品的生产经营领域，这种做法不但减轻了国家的财政负担，而且还能提高服务水平和消费效率。在太湖污染治理中，应大力推进环保设施运营的市场化，应加强环境问题的国际合作，探索各种有效的投资方式（如国际通行的BOT项目投资方式）和运营模式（如公私合营），积极鼓励建立股份制的污水处理企业。建立“国家投资、地方自筹、社会参与、利用外资”的多渠道并存的投融资机制，实现环境基础设施投入多元化。政府应为污水治理企业创造良好的经营环境，使治污企业有利可图。政府应在工程建设、市场运营各个环节制定一系列优惠政策措施，积极培育市场，鼓励私人部门参与污水处理设施的建设与运营，推动污水治理企业的发展。
（四）适度提高水资源价格
考虑到水的使用特性，目前还不能完全按照边际成本来定价。但在经济发展水平较高的太湖流域，目前应适度提高农业灌溉用水价格、工业用水价格和城镇居民生活用水价格，通过提高水价促进水资源在各种竞争性用途中的合理配置和实现水环境的有效保护。农业是用水大户，消耗了70%以上的总用水量。大水漫灌的农业灌溉方式在农村还普遍存在，这不仅造成水资源的浪费，还加重了农业面源污染。提高农业用水价格，可促进节水型农业的发展，同时还会减少地表径流和渗滤性农业面源污染的程度。提高工业用水价格，可以实现工业的以水定产和污水回收利用，减少污水排放量，从而促进清洁生产的实施。而提高城镇居民生活用水价格也同样存在两方面的好处：一方面提醒人们节约用水；另一方面又解决了污水排放的收费问题。生活污水是由下水道汇集后排出的，很难分辨每户居民的污水排放量，并且由于污水被视为消费过的物品，人们不会购买经过净化后的污水，所以对处理生活污水收费似乎不可行。
但这一问题实际上可以通过提高水价来解决，具体做法是将处理污水的费用加到自来水的收费中。因为一个家庭用了多少自来水，就必定制造多少污水，并且由于人们总是要使用自来水，所以他们不可能回避缴纳费用。这个推理同样适用于农业用水和工业用水的情形。总之，把供水成本和污水处理及其设施运行费用按一定比例纳入水价格中，并根据水资源的不同用途确定一个合理的价格体系，将对水资源的合理配置和有效保护产生积极的作用。
（五）流域水资源与环境一体化管理
历史事实表明，令出多门、各自为政、无序发展的行为，在追求局部利益和短期利益的驱使下，所带来的只能是环境系统的破坏和社会发展的不可持续。因此，从管理体制上看，首先必须设立一个统一的、有权威性的环境管理机构。这一机构有权协调、检查、监督可能影响整个流域环境系统品质、功能的各利益主体的活动，且在财权和事权方面独立于地方行政机构，以确保其监督的有效性。其次，必须进行全流域环境与资源的综合规划。环境功能区的划分、环境质量标准、排污总量的分配、水资源使用量的分配等都必须兼顾各行政单元和各利益主体的合理需要，同时考虑全流域社会经济总体实力提高的需要。此外，在流域规划中必须统一资金政策、技术政策和经济政策，并制定确保规划得以有效实施的政策和法律框架。太湖流域的治理应借鉴发达国家水务管理的先进经验，实现流域水环境一体化管理，对流域内的给排水、航运、污染控制、水产养殖等进行合理规划，调整各涉水部门的职能权限，彻底改变“多龙治水”的现状，建立起与市场经济相适应，能对水资源进行有效配置和合理保护的新型水务管理体制。流域水资源与环境的一体化管理，是太湖水污染治理的客观要求。这项工作涉及多个部门利益格局的重新调整，应采取循序渐进的方式逐步推行，现阶段要协调好流域管理与区域行政管理之间的关系。
太湖流域水污染的防治工作是一项涉及三省市和多个部门的系统工程，在计划制定、资金投入、政策安排等方面须统筹考虑，共同协作，大量的协调工作需要强有力的领导，目前由环保总局牵头的领导小组难以适应这样的工作要求。按照目前的地区和部门分工，各地区和部门之间职责和工作重点不同，意见和看法有别，步伐难以一致。而环保部门作为监督机构，行政上与其他部门平行，经济上没有调动资金的能力，政策上只能提出建议，协调能力较弱。因此，在尚未建立起独立于地方政府的全流域水资源与环境综合管理机构之前，建议组成由国务院牵头，有关省市、部委参加的领导小组，统一指挥和协调太湖污染防治工作。合作与谈判是解决流域环境冲突的有效方式，识别介入的各方和确定其利益的权重是非常重要的，中央政府牵头的工作组充当“调解人”的角色，组织各方进行制度化的讨论，定期会谈，以利于各方观点和需求上的差异得到逐步的调和。各方谈判的领域可以涉及环境技术、环境经济、环境法律，甚至可以上升到政治层面。这方面的工作实质上是通过谈判手段，根据权利与义务对等的原则，引导流域内各相关利益主体实现环境问题上的合作博弈，达成的结果能使各方的利益都得到改善，进而实现环境与经济的协调发展。
（六）鼓励公众参与
环境问题的解决需要建立起一个全面而有效的社会制衡机制，形成公众（社区）、企业和政府间的相互制约，实现环境与经济的综合决策制度。环境问题上的公众参与是普通公民通过各种合法途径影响企业经营决策乃至政府公共管理决策的行动，有效的公众参与将迫使企业在其经营决策过程中必须考虑来自公众的压力，同时也使政府在制定项目决策和有关环境政策方面，征得最广泛的意见，兼顾到各个方面的利益。正如过度的政府管理和市场本身的不完备性会导致低效率一样，公众参与也必须有一个均衡点，否则企业将面临一个过于严格的经营环境，进而导致投资效率低下，从而制约经济社会的发展。提倡公众参与的意图在于形成一个政府、企业和公众之间的有效的社会制衡机制。目前我国公众的环境意识还不高，所以应加强这方面的工作，为此，要提高公众环境意识，加强舆论引导，完善公众参与机制。在太湖治理过程中，要让公众享有充分的知情权、索赔权和参与权，推行有奖举报制度。在这方面，一个重要的行动是扩大信息的公开化，包括政府公开有关的环境信息和政策信息，企业公开有关的排放污染物的信息，同时使公众意识到他们所享有的环境权益，为公众参与提供最基本的条件，从而对有污染的企业构成强大的市场压力，为政府环境政策的执行创造良好的条件。为了让公众能通过一定的组织载体真正参与到环境管理中来，政府应支持环保行业协会和民间环保团体的发展，积极探索民间环保组织的运作方式。