复合增值税税率下，凭购进发票注明税额抵税的征管模式在避免重复征税、减少经济效率损失上最有效。但由于发票能抵扣税的特殊功能，使其在印制、运输、仓储、监管和司法监督上需要花费大量人力物力和财力，选择发票抵免税款的计税方式，增值税管理成本会很高。反映在征税成本上，由于增值税发票是抵扣税款的唯一依据（即使后来扩大到可予抵扣的农产品、废旧收购发票、海关税票、运输发票，也只是增值税发票功能的延伸），对纳税人而言，不取得增值税发票，即使购进原材料也不能抵扣；取得增值税发票，即使未购入或少购入，只要未被发现仍可以抵扣税款。凭票抵税、以票管税的计税模式逐渐在纳税人中形成了一种发票崇拜，以至于税务机关对发票的印制和防伪要求也越来越高，增值税专用发票一开始就只能在造币厂用特种纸张印制，但很快就被仿制，以后的几年一直在“道高一尺”和“魔高一丈”之间较量，似乎发票管理成了增值税管理的全部。
税务机关为了防止假票，又在金税工程、防伪税控系统等信息化建设上投入大额资金，仅2000年国税系统主要用于增值税征管的电子信息工程投资额即达到11.6亿元，年运行费用亦在10亿元以上，相当于当年国内增值税收入的0.5%。希望能找到虚开发票的杀手锏。但仍未能有效遏制真票虚开问题，设备和技术投入增加，征税人员又未到新老更替的年龄，为了适应信息化建设的需要，又在干部继续教育上增加大量投入，加上软件开发的频繁升级，税收征收成本自然要高于扣减法计税方法。从奉行成本上看也是如此，由于增值税专用发票工本费、防伪税控设备、金税IC卡、读卡器、税控加油机、税控收款机等因为发票管理的需要而存在的购置和运行费用均由企业承担，纳税人销售货物要先向税务机关抄报税，申请抵扣的增值税发票需要传输到税务机关进行比对认证、超过认证期限即不予抵扣，发票丢失或开错需要登报申明作废重新索取或重开。纳税人如发生销售与开票时间、采购和取票时间存在差异的问题时，会计处理和税收处理矛盾时都蕴涵着一种潜在风险或心理压力，这些费用都是采用扣减法计税的增值税所没有的。因此，就运行成本而言，凭发票抵扣税款的增值税计税模式比扣减法或实耗法计税模式更不具效率。
（2）起征点和一般纳税人标准的设定。增值税征税范围可以包揽从事商品生产经营和批发零售的所有活动，也可以包括无形贸易、承接货物加工、修理修配、交通运输、仓储物流、建筑安装等商业劳务，还可以包括邮电通信、金融保险、文化娱乐、酒店、饮食、旅游和社团服务、住宅及物业管理等服务性贸易，征税范围广，纳税人众多。实行全员申报纳税，不公平也不现实。因此，无论从公平还是从效率原则出发，都需要对从事增值税应税行为的纳税人设定一个起征点，对应税业务收入低于起征点的纳税人，免征增值税也无需办理纳税申报，对应税业务收入高于起征点的纳税人，按规定全额计征增值税；因此，起征点设定标准的高低，直接关系到增值税纳税人的数量和增值税的收入，从而也直接关系到增值税的管理效率，起征点定的高，管理成本降低，但增值税收入减少；反之，增值税收入增加了，许多无力交税也无力准确核算应纳增值税的个体经营者成了纳税人，征收和奉行成本将明显提高，也会引起管理效率损失。C.T.Standford等发现，由于纳税奉行成本中，独立于增值税的固定成本比重大，年销售额在6万欧元以下的小规模纳税人的奉行成本要占销售额的2%，而年销售额在100万欧元以上的大公司奉行成本只占销售额的0.3%。因此，提高起征点，简化小规模纳税人增值税征管办法，也是降低增值税运行成本的需要。2003年底，我国的增值税起征点由原来的月销售收入2000元或劳务收入800元，提高到月销售收入5000元或劳务收入3000元后，2004年全国增值税个体经济、小规模纳税人减少了63.1万户、下降8.4%，而小规模和个体增值税收入却增加了26亿元，增长8.4%。可见，起征点设定的高低，直接影响增值税的运行效率。
对起征点以上的纳税人，也并非都能按税法的要求正确计算应纳增值税。对规模较小的纳税人，要其计算应纳税额的成本太高，也无力承担增值税发票的责任和风险，如果强制要求建账建证并赋予增值税专用发票的开票和抵扣权利，则征收成本、奉行成本和法律监督成本都会很高而得不偿失。因此，对一些起征点以上，但又不能准确核算增值税的纳税人，根据其经营规模和财务核算能力还需设定一道门槛，分别认定为一般纳税人和小规模纳税人或登记纳税人和非登记纳税人。我国1994年增值税改革设定的增值税一般纳税人规模标准是工业年销售额100万元，商业180万元，一般纳税人按增值税的标准计税方式即销项税金减进项税金计算应纳税额，允许使用增值税发票并申报抵扣进项税金，而达不到经营规模标准或不能正确核算应交增值税金的列为小规模纳税人，按简易办法即按销售或劳务收入比例征税，不能开具增值税发票，也不能抵扣进项税额。一般纳税人门槛的设定，同样是增值税管理效率的需要，为了鼓励纳税人建账建证、申报纳税并争取成为一般纳税人；增值税设计中，对一般纳税人的经营规模标准不能定得太高，而按简易办法征税的小规模纳税人的征收率也应略高于同行业一般纳税人的税负水平。一般纳税人规模标准的高低，既关系到管理成本和税收收入，也关系到纳税人的奉行成本和心理负担，因为相同增值税收入条件下，小规模纳税人整个运行成本要低于一般纳税人，但一般纳税人更能如实反映应纳税款的实际情况，降低规模标准理论上可以在牺牲运行效率的条件下提高增值税政策效率，但实际效果仍然是征纳双方博弈的结果。2009年我国增值税一般纳税人规模标准大幅下调到工业50万元/年、商业80万元/年，并同时将小规模纳税人征收率从6%下调到3%，下调幅度不可谓不大，但增值税一般纳税人户数并没有大幅增长。
据S省统计，2008年末全省增值税一般纳税人22.1万户，同比增长5.76%，一般纳税人占全部增值税纳税人的18.52%，标准调整后到2009年6月末，全省一般纳税人23.3万户，仅增长4.79%，一般纳税人占全部增值税纳税人户数比18.76%，只是略有提高，81.24%的增值税纳税人仍然和增值课税的税制原则毫不相干。主要因素是大多数处于临界状态的小规模纳税人认为，以票扣税征管模式下，增值税发票奉行成本高且心理负担重，所以宁可放弃抵扣权而接受按率计征的简易征收办法，按加工业和批发零售业增值税一般纳税人平均税负看，3%的征收率已不算低，按照我国目前的工业50万元/年、商业80万元/年一般纳税人规模新标准，全国一般纳税人仍只占全部增值税纳税人的15%左右，各省市因经济结构和企业规模不同比例有所差异。
但是，一般纳税人标准的设定，使得80%以上按征收率征税的小规模纳税人实际上征收的是一般销售税，重复征税仍然存在，小规模纳税人和一般纳税人之间的贸易往来也将使增值税的抵扣链条中断。因此，要兼顾政策效率和运行效率，只有在税制设计或征管方式选择上择一让步和取舍。
（四）税务机构设置和管理体制
税务机构的设置是保证税收征管工作正常运转的基础，也直接影响着税制运行效率和税收征管成本。作为国税机关征收的主体税种，增值税的运行效率在很大程度上也受制于税务机构的设置。
（1）税务机构的分设。从管理学角度看，机构的专业化可能有助于提高管理水平和运行效率。历史上，许多国家也经常将直接税和间接税的管理机构分设而分管。在我国，国地税机构的分设似乎更是为增值税的推行而准备的，国税机关主要承担作为共享税收收入的增值税的征收，增值税收入约占国税机关组织收入的85%左右。然而，机构一旦分设运行成本肯定增加，国地税部门作为独立运行的全职能机构，许多只能加强不能削弱的综合工作运作成本就会比统一运行时增加，如思想政治工作、纪检监察、人事教育、文秘综合以及后勤保障机构均一分为二，即使是业务机构如征收管理、涉外税收、纳税评估、税务稽查等机构也是如此。
2007年底，全国的国地税机构数量达到95482个，其中多为重叠设置的税务分局、税务所、稽查局及信息中心、服务中心、科研所、杂志社等下属事业单位42845个，46068个内设机构至少40%是重叠设置的，6569个全职能局一半是重叠的。机构分设的结果是征管成本的增加，一是税务人员的增加而导致直接费用增加，如我国1993年未机构分设前税务人员总数不到60万，分设后到2000年即达到97.3万人，2007年经精简后仍有75万人，国地税人员比例约52：48。二是基础设备和公务成本的增加，机构分设后国地税各自建立了自己的办公楼和税收征管体系，同一个区域有两套税务机构、两个办税服务厅、两个计算机征管系统和两套纳税人基础信息资料。即是增值税。消费税等主体税种与其附加税如城建税、教育费等税种之间，也是分别申报各自征收。三是国地税的征税对象、征税范围存在大量交叉，几乎所有增值税纳税人也都是地方税的纳税人，纳税人奉行成本增加，国地税之间协调成本也增加。
（2）内部机构的设置和人员配置。以征收增值税为主业的国税局而言，内部机构和人员如何配置也直接影响着增值税的运行效率，按照国税机关征收、管理、稽查相分离的征管格局，人员配置、工作重点放在管理还是稽查，征税成本和奉行成本都是不一样的。一般而言，组织相同的收入，稽查成本要高于管理，对经济运行产生的影响也较大，但没有稽查的威慑力量，偷漏税得不到及时查处而蔓延，则管理成本会很高。同样，疏于管理而强化稽查，偷漏税的查处成本同样也会很高，我国1995年增值税改革初期的以纳税申报为基础，以计算机网络为依托，集中征收、重点稽查征管模式的实施，曾要求稽查人员的配备要占全部干部的30%以上，结果是稽查人员越多，偷漏税越是打击不过来，许多因为税务机关疏于管理造成的纳税人非恶意偷漏税问题，稽查处理起来很棘手。后来，为解决增值税征管中的疏于管理、淡化责任问题，又重新配置干部力量强化管理，并在征管模式中增加了强化管理一条。此外，机构设置的集中或分散，征管查体系于一体或相互分离，上门申报或网络电子方式申报都直接影响着增值税的运行成本和效率。也影响纳税人申报纳税的成本。
（3）增值税收入归属和征收管理体制。税收收入的归属和税种管辖权仍然关系到税收运行成本和效率，也就是说同一种税，中央地方分成比例如何、征管归国税还是归地税，运行成本都是不一样的。由于收入的划分不仅关系到各级政府的财政收支对该税种的依存度，也关系到各级政府对该税种征管的关心支持程度，是影响税收运行成本的重要因素。我国增值税作为共享税，虽然地方政府直接分享的比例各地都是25%，但考虑财政对增值税增收部分的转移支付后地方政府分享比例平均可达48%，发达省市分享比例低，欠发达省市分享比列高。加上增值税本身与经济发展的密切关系，大多数地方政府对增值税征收还是很在乎的，欠发达地区甚至将增值税的分享比例作为省市间经济竞争的筹码，许诺补助国税机关业务经费，许诺企业上交增值税后的高额财政返还，直接间接都影响着增值税的运行成本。
同样，对增值税主管征收机关实行地方政府属地管理还是中央政府垂直管理体制，也影响着增值税的运行效率。行政隶属于地方政府、业务上归条条管理的税务机关，执法刚性要相对弱于直接垂直管理的税务机关，但在执行柔性政策上以及与经济发展的适应性方面，前者要强于后者。就增值税而言，统一税政有利于增值税经济效率的发挥，垂直管理的体制也有利于政策执行的统一和令行禁止，政策一旦确定，执行效率也高；但是科层结构的垂直管理体制往往会将政策的执行统一到另外一个极端，下情上达的效率很低，即使对不同的主体和有差异的事例，其追求的效果也是千篇一律，其结果往往是机构层次少，则鞭长莫及管理不到位，偷税漏税多；机构层次多，则层层加码、左比右好，管理成本高且监督越位、管理效率低，表面上政策效果的高度统一，实际上是削足适履，有损于经济运行机制，是以牺牲经济效率和管理效率为双重代价的。基层的征管效率是上层对其监督和激励程度的函数。