由于对下层税收征管效率的不可测度，往往使激励计划难以准确实施；过于严厉的监督和责任追究又容易抹杀一线征管人员的主动性和创新精神，于是，一线征管人员的主要工作动机似乎都是为了避免“错误”，在试图避免明显错误的同时，他们也忽略了要由纳税人承担的各类奉行成本，往往在工作中制订出一系列严密而复杂的程序，对不能确定的事，不是去对照税法精神解释处理，而是层层报批，等待上级的书面批复，这本非基层一线征管人员的初衷，但却是他们的最佳选择。因为这样做政策执行的成本由纳税人而非由他们承担，政策执行的风险和责任也不是由任何特定的个人而是由体制来承担。对基层而言，政策没有“好”“坏”之分，也不允许考虑政策执行的成功与失败，对决策的执行过程效率是高的，但对决策的矫正和完善过程效率又是低的，但是如果赋予基层一线政策范围内处理问题的选择权或自由截量的权力，又怕引发贪赃枉法的机会，于是垂直管理机构将更借助于计算机的管理来监督制约，热衷于用电脑制约甚至取代人脑，只要计算机说不行就不行，包括增值税发票误期抵扣。税务机关数据处理水平和监管能力有了很大提高，但也形成了大量的投入和运行费用，纳税人的适应和奉行成本上升，纳税人符合税法却被计算机否认而造成的损失也不小。
（4）管理层的目标设定和考核机制。实行垂直或属地管理的税收管辖体制，税务上级主管部门和地方政府对其所管辖的税收征收机构的管理目标设定是不尽相同的。
税务上级主管部门更强调税收利益和政策的统一，即使有所倾斜，权力也不会授给基层征收机构，地方政府则更强调企业利益和地方的特殊性，两者管理目标设定的不同，反映在了对所辖的税收征收机构的考核机制上，从而也反映在了税收的管理效率上。
如为了防止欠税，2001年颁布的税收征管理法规定将批准税收缓征的权力上收到省级税务局；就税收运行效率而言，显然是不合适的，而且，多数省级税务机关不会批准税款特别是增值税的缓征，又通过考核机制杜绝产生欠税，这对面对众多的纳税人特别是中小纳税人的基层税务机关来说，清欠的管理成本有时经常会超过税收本身，征收人员为不产生欠税，自己为个体工商户垫付增值税的事例也不鲜见，特别是对走逃户和破产户的增值税稽查，管理成本更高。同样，对增值税收入任务、一般纳税人认定率、零负申报率、防伪税控发票的红字发票、废票比率以及个体税收登记率、入库率、申报率等系列指标的考核，都可能使基层机关在增值税日常管理上舍本求末，不惜代价追求考核目标。因此，对增值税管理效果不切实际的目标设定和层层加压，其结果可能会走向反面，不是提高反而是降低税制运行效率。正如亚当·斯密所见，不恰当的、过于严格的税法，也是造成资源损失的一大原因。
二、降低增值税运行成本的可行措施及其经济分析
增值税是目前我国最有条件扩大征收范围的税种，目前条件下要退出以票控税的征管模式也不可能，扩围有利于提高增值税的政策效率，但以票控税征管模式的增值税运行成本和管理效率损失会更大。本文以为，择而善之，要降低现行增值税运行成本，只有充分运用现代信息技术、减少增值税的征管层次、实现人均征税最大化。
（一）借助信息技术提高税收征管的有机构成
无论是直接征管成本还是奉行成本，目前我国税收运行成本的最主要部分仍为人力成本。以票管税的增值税征管模式在增加纳税人发票成本的同时，更主要的也还是发票运行过程中管理、维护、奉行、司法打击所需要的人力成本。但目前在我国公务员管理体制出路不.的情况下，借助现代信息技术提高人均征税额、相对减少人员成本是最佳出路。
（1）征管技术信息化可以降低增值税管理成本。传统的管理理念总是将管理一方对被管理一方的控制关系绝对化，其实，绝对的控制关系是建立在信息不对称基础上，如果信息是透明的，管理控制也就成了相对的，信息化建设实现了税收征管信息集中共享，使得税务机关与纳税人、上下级税务机关之间的管理制约关系双向化。纳税人既有税收政策的知情权，也有如实申报纳税的义务，税务机关既有依法征税的权力，也有完整准确地宣传税收政策的义务，税务机关和纳税人之间、管理与被管理关系是相互制约的。同样，上级税务机关在对整个税收征管全程监控、全面掌握的同时，其管理决策过程也不再是一个“黑匣子”，信息化使管理者的决策受到被管理者的监督制约成为可能。
一是信息的标准化带动了增值税征管业务流程的规范化。要体现国家税收政策的统一意志，发挥税务系统的整体效能，税收征管业务流程的规范化和标准化是信息化建设的运行基础。2000年，国家税务总局以《税收征管业务规程》为蓝本，运用现代信息技术对原有增值税征收管理运行机制进行根本改造，开发运行了CTAIS系统（即中国税收征管信息系统），该系统将原来各自为政的征管查系列整合在一起，运用现代信息技术对原有业务流程进行了优化设计，实现全国增值税征管信息共享和监控。信息的标准化也重组了岗责体系，规范了业务流程，使税务干部从原来的习惯性动作转变为规范性动作，实现了人与机器、管理和技术的良性互动，提高了征管效率。2003年，我国对所有增值税一般纳税人都纳入了防伪税控管理系统，税源监控能力有了明显提高，税银库一体化的运行也大大压缩了税款在途时间。信息化建设一方面使主管税务机关及时掌握了纳税人纳税申报、进销项发票使用情况等动态信息，另一方面也使上级税务机关及时了解所辖区域税收征收状况，并对下级机关的税收管理行为进行全面监控。
二是信息化催生了分工与合作、协同与制约相结合的征管运行机制。由于税收征管信息系统设定的岗责体系是按照税收征管业务流程确定的工作量来分工的，打破了原来的按区域、按纳税人经济性质分工的格局，每一个岗位所完成的工作只是整个税收征收管理中的一个环节，没有人能够包揽，更不可能各税通管。即使是出售发票和开票征收这样比较单一的工作，也是按设定权限运行的，如果有企业未经增值税一般纳税人认定和发票使用权限设定审批，而想通过熟人或关系取得增值税发票是不可能的，同样，已经申报抵扣的增值税发票，如果重复申报抵扣，发票稽核系统就能很快鉴别发现。不仅如此，由于内部信息共享和外部信息导入功能，使得税务机关内部征收、管理和稽查之间以及税务机关与其他部门的协同合作更为紧密。
三是网络技术提高了税源监控能力。增值税管理能够横向到边、纵向到底是实现税制经济效率意义的理论目标，但面对庞大的纳税人群体和天文数字的涉税信息，即使不惜管理成本，离开计算机也是不可能实现的。
我国有1400多万户增值税纳税人，其中211万户一般纳税人，如果还是以前的人工或单机监控，仅仅统计出这些纳税人是否按时申报纳税，按时缴销增值税发票，都是事后个把月才出来，根本谈不上监控，历史上也曾发生过不法分子领了发票虚开后逃之夭夭未及时发现的情况。上级税务机关对下级的监控也主要依靠报表、调研和群众举报，掌握税收征管真实信息很困难，税收征管信息系统的建立，税务机关可以实时掌握纳税人的纳税申报、税款入库发票使用情况，并进行分析比对监控，可以随时导入外部信息系统掌握新办理工商登记的企业信息。上级税务机关也可以从系统中随时调阅所需要的征管信息，监控税收征管全过程。从2005年到2008年，S省增值税纳税人从87万户增加到120万户，年均增长11.5%，增值税收入从784.8亿元增加到1100亿元，年均增长12.6%，而税务管理人员只从1.52万人增加到1.78万人，年均增长5.5%，人均征收增值税则从516.3万元提高到618.0万元，信息化技术使税收相对成本大幅降低。
（2）信息化可以降低增值税征收成本。从算盘到计算器，从单机开票到网络化集中征收，科技进步都是税收征管手段创新的原动力，而税收征管手段的每一次创新都给税务机关的税收征管能力带来了质的飞跃，增值税征管的信息化建设更显如此。
一是信息传递技术使纳税申报手段实现升级。传统的上门申报费时费力，纳税成本也高，如用网络申报替代上门申报，由于网络信息传输几乎以光速运行，税企业间的时空差距顿时消失，而且企业端可以充分发挥计算机信息处理优势，直接从企业经营管理信息中自动生成纳税申报信息，信息一体化又可得到外延扩张，办税效率也大大提高。