第三层次就是经营制度。欠发达地区经济发展最大的瓶颈在于农村经济经营主体的缺失，也就是农业产业化经济的组织发展滞后，农业产业链形成受阻，农产品产销对接困难，从而制约了符合地区特色的农业产业的发展。据农业局农经处调研，全市在运作的农民专业合作社有740家，入社农民38180人，合股资金11226.35万元，带动农户222756户；合作社注册商标101个；获无公害农产品认证60个。以合作社为核心的农业经营组织制度创新，尤其是以合作社衍生出来的多种服务，使农民进一步享有农产品产、加、储、销多环节的利润。然而欠发达地区合作组织规模偏小，流于形式服务能力偏弱，发展后劲不足。就拿全市合作社而言，合作社社均注册资金才0.29万元，大多数合作社存在经营周转资金困难，公积金积累不多，发展能力不足。基于合作社等农民联合组织制度缺失，基于本地区的资源禀赋就难以发挥优势，也难以实现地区特色农业的发展，也就难以实现“一镇一业，一村一品”的区域经济格局。而在专业合作社还不够成熟情况下，流通、营销组织更是难有作为。据统计，全市农产品从生产到销售，生产增值部分只占整个价值链的不到1/3。
5.4.2基于制度条件的要素困境分析
1.要素贫困论简单阐述
著名的经济学家吴敬琏在谈到中国三农问题为什么这么难解决。他认为人口众多，人均土地较少，而土地是报酬递减趋势十分明显，生产率提高缓慢而生产成本日趋上升态势不变，从而导致农民增收缓慢甚至实际收入水平下降。
国内学者从财政转移支付、金融支持、技术扶持、农民培训等多角度分析农民增收的途径，其实都是改变欠发达农村现有资本、技术、劳动力质量等的要素禀赋。正所谓“巧妇难为无米之炊”，改善要素条件，就是要改变农村经济发展的要素禀赋条件，实现落后地区的人为的跨越式发展。
1.结合欠发达地区经济发展的要素贫困分析
欠发达地区并不是如我们想象的那样缺乏优势。地处偏远地区的原生态的自然环境、优美的风景、朴素的乡村生活方式本来就是独一无二的旅游资源，就要发展乡村旅游和特色农业的资源优势；但是发展这些产业，缺资金、技术、人才，要实现要素的组合才能发展农村经济。另一方面，据调查，在低收入村，大部分年轻体壮的中青年人都已经外出谋出路了，空心村所占比例较高，留守人员要么老弱，要么病残。这些人劳动力的边际成本是“零”，也就是在欠发达地区农村发展产业，人工成本较低，还是具有劳动力成本优势。当纯的按照市场经济运行规律扶贫开发，做一些来料加工、承接发达地区劳动密集型的产业是合适的。
无论发展特色产业和乡村旅游业，还是承接劳动密集型加工业，都得改善投资环境，提供公共产品，提高公共服务水平。要致富，先修路，足以说明现在欠发达地区经济发展的现状。
欠发达地区公共基础设施和公共服务提供相对不足，很大程度上是由于这些地区地处偏远山区，交通不便，环境恶劣。截至2007年底，温州市139个欠发达乡镇中有123个乡镇地处山区，占总数的89.2％；有89个乡镇与最近县城的通车距离大于30千米，其中与最近县城的通车距离大于50千米的乡镇个数为50个，只有10个乡镇处于与县城通车距离10千米以内。去年，全市139个欠发达乡镇中的村，通公交村占27.8％，村内道路硬化率44.2％，农户自来水普及率40.8％，有线电视可通户率69.6％，垃圾集中处理自然村占9.8％，生活污水集中处理自然村占4.9％，农民房内有卫生间农户占26.7％，采用传统粪坑农户占45.4％，建有公厕的自然村占8.8％。欠发达地区群众对能喝上卫生自来水、村内道路硬化、卫生厕所改造要求最为强烈。由于基础设施落后，企业家到欠发达地区投资的积极性不高，进而严重制约人才和先进技术的流入。
5.4.3基于要素禀赋的分工困境分析
1.分工的相关理论分析
按照人本理论模型，分工是农民实现就业的手段，是农民主体地位的体现，也是农民增收的关键环节。从要素禀赋优势和按照区域经济发展的格局出发，通过分工融入到城乡经济一体化进程中，因此，高效率的分工就是充分就业，也就解决了农民增收问题和农民可获得性能力贫困问题。经济学古典理论传统就强大分工的作用，亚当·斯密、李嘉图提倡分工和交换，实现经济效率的提高；现代贫困经济学研究先锋阿·马蒂亚森提出可获得性能力贫困，强调单纯的救济并不是摆脱贫困的有效手段，提高农民获得民主自由、获得健康、获得教育和获得就业能力才是根本；他认为经济收入贫困只不过是局部的贫困，不平等、不公正、不民主才是贫困的根源，就业机会的缺失才是贫困的最直接表现。
国外还有许多学者从人力资本贫困角度分析欠发达地区农民增收缓慢的原因，并指出人力资本积累，提升农民就业能力才是扶贫的关键。国内学者基于分工理论，提出了许多内生扶贫开发的模式，如来料加工、产业承接、产业开发等，近期温州市提出来的基于项目开发的整村推进，都是想利用当地现有资源，从区域经济发展的角度定位分工角色。
2.基于欠发达地区经济发展的分工格局困境
首先，欠发达地区乡镇的第二、三产业发展落后，为周边低收入村和农户提供的就业岗位较少，直接限制了农户非农收入增长。据统计，2008年全市共有农村劳动力381.4万人，其中从事农林牧渔业103.8万人，占27％，73％的劳动力已转移到其他非农产业。而欠发达地区农村相对全市平均水平而言，要低得多。就欠发达地区丽水来说，该市从事第二、三产业的农村非农劳动力比重33.3％，比全省低42.6个百分点，远远低于全省平均水平。农村住户抽样调查资料显示，按家庭劳动力的主要从业类型分组，2008年该市纯农业户占农村住户的49.1％，他们收入来源主要靠种养业，增收渠道单一，加上丽水又是一个自然灾害多发地区，农业基础设施薄弱，防灾抗灾能力弱，农民基本上靠天吃饭，农民稳定增收更加困难。温州市欠发达地区农民收入来源基本上如丽水地区，来源单一，非农收入比重过低。因此，农村中小企业为主的乡镇工业发展是影响欠发达地区农民增收的重要分工因素，只有地区经济发展了，来料加工，产业承接才会可能。
据农办调研，温州市农村中小企业为主的乡镇工业发展存在以下问题。一是产业层次低。温州市产业以传统产业为主，技术含量低，许多行业处于低、小、散状态，形不成规模竞争力。并且产业结构调整不快，低端产品、低技术含量、低价格环节、低附加值和人才短缺，自主创新能力较弱。二是企业规模偏小和资源配置分散。在产业发展中具有核心竞争力的大企业大集团发展不足，企业规模大多数较小，产业集中度普遍不高，多数行业存在大量过剩的落后的生产能力，产业布局和资源配置较散问题依然突出。农村工业经济增长方式粗放，总体上还是沿袭以数量扩张为主的高投入、高消耗、高排放的增长方式，对资源和环境压力较大。提高企业层次和经济效益，改变粗放型增长方式的任务十分繁重。四是农村中小企业受生产要素制约尤为突出。温州市企业发展与受生产要素制约的矛盾将长期存在。如温州市遇到的土地、资金、人才等要素制约问题十分突出。尤其国家加强宏观调控后，温州市企业在资本市场不发达的情况下，中小企业贷款难问题非常突出。此外，温州市中小企业存在科技创新能力不足、低价无序竞争、受国际贸易摩擦影响加剧等问题。以上各种因素都制约着温州市中小企业的进一步发展，也影响了广大农民收入的增长。