9月26日，中共中央复电朱德、张国焘，不同意红四方面军西进方案。接到电报后，张国焘当日连续数电中共中央，力陈采取新方案的理由。并说：“如无党中央明令停止，决照原计实施，免西渡、北进两失时机。”
对于张国焘与中共中央的分歧，中共中央进行了耐心的说服。9月27日，毛泽东、周恩来、彭德怀致电朱德、张国焘、徐向前、陈昌浩并贺龙、任弼时、刘伯承，明确指出：“我一、四方面军合则力厚；分则力薄。合则宁夏、甘西均可占领，完成国际所示任务；分则两处均难占领，有事实上不能达到任务之危险。一、四方面军合力北进，则二方面军可在外翼制敌；一、四方面军分开，二方面军北上，则外翼无力，将使三个方面军均处于一偏狭地区。……有一着不慎，全局皆非之虞。”“因此，中央认为，四方面军仍宜依照朱、张、陈9月18日之部署，迅从通渭、陇西线北上，不过半月左右即可到达靖远、海原地域，从靖远渡河；一方面军跟即渡河或合力先取宁夏，或分途并取宁夏、甘西。二方面军仍在外翼制敌，是万无一失。”
同日，中共中央再次致电朱德、张国焘、徐向前、陈昌浩：“中央明令已下，请电令通渭部队仍回占通渭，其余跟即北上。”
就在这时，带领先头部队调查行军路线的徐向前在洮州以北当地群众那里得知，黄河对岸已进入大雪封山的季节，气候寒冷，道路难行。根据这样的地形、气候条件，徐向前认为渡河的计划难以实现。他即返回洮州，向朱德、张国焘汇报了情况。朱德、张国焘在洮州召开会议，讨论中共中央的指示。张国焘看到西渡黄河的计划无法实现，只好同意北上。洮州会议一致决定，放弃西渡黄河计划。
9月27日当天，朱德、张国焘、徐向前、陈昌浩联名致电中共中央并贺龙、任弼时、关向应、刘伯承，表示执行中共中央的指示，按照原计划东出会宁，会合红一方面军，先头部队10月8日到达界石铺，决不再改变计划。9月28日，朱德、张国焘发布《通庄静会战役计划》。29日，红四方面军总指挥部向各部队下达北进静、会地区的命令。至此，这次关于进军方向的风波才告平息。
9月30日，红四方面军4万多人，分五路纵队，向通渭、庄浪、会宁、静宁急进。
中共中央得知红四方面军回师北进的消息后，立即部署兵力策应红四方面军北上。10月2日，红十五军团独立支队袭占会宁县城。10月3日，敌人又纠集两个团的兵力反扑，企图把会宁城夺回去。紧张时刻，红一军团第一、第二师赶到，和红七十三师一起，在会宁城外将反扑之敌击溃，使会宁城牢牢地控制在红军手里，为红一、四方面军在会宁会师创造了条件。
10月5日，红四方面军第三十一军占领通渭城。第四军先头部队于10月7日在会宁的青江驿与红七十三师会合。
10月9日上午，碧空万里，阳光和煦，会宁城门楼前扎起了彩门，红旗招展，锣鼓喧天。朱德、张国焘、徐向前、陈昌浩等率领红军总部 和红四方面军直属队自南门进入会宁城。会宁城内，万象更新，标语、人群、欢声笑语，使这座偏僻的小山城空前的热闹。经过会师——分裂——再会师、历尽磨难的两个方面军，真是悲喜交集。他们互赠礼品，互相倾吐分离后的期盼之情，谈论一路走来的艰辛，询问其他同志的下落，都为能够再次重逢而高兴。
10月10日，红一、红四方面军在会宁文庙前的广场上举行庆祝会师大会。大会由红四方面军政治部主任李卓然主持，徐向前、陈昌浩、陈赓先后讲了话。最后由朱德讲话。他阐述了长征胜利的伟大历史意义，强调了团结的重要性，号召部队会师以后“更要团结一心，互相尊重，并肩作战，战胜我们共同的敌人”。
庆祝大会上，还宣读了中共中央、中革军委、中华苏维埃中央政府为红军三大主力会合给全军的贺电。
红四方面军的长征，从1935年3月强渡嘉陵江西进开始，到1936年10月会宁会师结束，历时1年零7个月，途经川、康、青、甘四省，行程近万里。由于张国焘的分裂主义错误，使红四方面军的长征经过了一个艰难曲折的过程，在朱德、徐向前、刘伯承等以及广大红军指战员的斗争下，红四方面军排除了张国焘的干扰，经历无数次战斗，粉碎了数十万敌人的围追堵截，终于完成了北上的战略转移任务。
红四方面军北上静宁、会宁后，敌胡宗南、毛炳文、王均部一齐向红二方面军猛扑过来。各路敌军进一步靠拢，控制了西兰大道，企图将红二方面军堵截在渭河以南聚歼之。在这种形势下，如果红二方面军单独留在陕甘边界，就有被敌人分割包围、各个击破的危险。由于敌情骤然变化，贺龙、任弼时、关向应、刘伯承向中革军委提议，红二方面军放弃甘南各县，经天水、宝鸡间北渡渭河，转移到清水、张家川、莲花镇地域，一方面策应红一、红四方面军会合，同时背靠红一、四方面军，争取部队休整、补充。
10月2日，毛泽东、周恩来复电，同意红二方面军向通渭转移。3日，贺龙、任弼时、关向应发布命令，以红六军团为右纵队，红二军团及红三十二军为左纵队，从4日起，陆续出发，经天水、甘谷与麻沿河、永兴镇、武山的中间地带向通渭地域开进。
早在9月份，红一军团第一师第三团就奉命到达静宁一带，准备迎接红二、红四方面军。当红六军团的模范师将于10月21日到达兴隆镇的消息传来后，红三团和兴隆镇立刻沸腾起来，战士们和群众一起忙着打扫卫生，杀猪宰羊，家家户户张灯结彩，镇边的围墙上贴满了欢迎的大标语，在镇口扎起了高大的牌楼，在镇西北河滩上搭起了舞台，准备迎接红二方面军。
10月21日，红六军团模范师到达甘肃、宁夏交界的兴隆镇；22日，红二方面军总指挥部到达离此不远的将台堡（与兴隆镇现均属宁夏回族自治区西吉县），同红一军团的第一、第二师胜利会师。
红二方面军的长征，从1935年11月19日南下湘中开始，至1936年10月22日在将台堡与红一方面军会师止，历时11个月，行程两万里，转战湘、黔、滇、康、川、青、甘、陕8省，进行大小战斗110多次，攻克城市39座。红二方面军开始长征比红一、红四方面军晚，这时敌人已有一些围追堵截的经验，因而，红二方面军的长征更困难些。但是，广大红军指战员怀着坚定的革命信念，战胜了数十万敌人的围追堵截，终于取得了长征的胜利。
以红一、红二、红四方面军在会宁和将台堡会师为标志，历时两年的红军长征，宣告胜利结束。
毛泽东在谈到红一方面军长征的意义时曾形象地说：“长征是历史记录上的第一次，长征是宣言书，长征是宣传队，长征是播种机。自从盘古开天地，三皇五帝到于今，历史上曾经有过我们这样的长征吗？十二个月光阴中间，天上每日几十架飞机侦察轰炸，地下几十万大军围追堵截，路上遇着了说不尽的艰难险阻，我们却开动了每人的两只脚，长驱二万余里，纵横十一个省。请问历史上曾有过我们这样的长征吗？没有，从来没有的。长征又是宣言书。它向全世界宣告，红军是英雄好汉，帝国主义者和他们的走狗蒋介石等辈则是完全无用的。长征宣告了帝国主义和蒋介石围追堵截的破产。长征又是宣传队。它向十一个省内大约两万万人民宣布，只有红军的道路，才是解放他们的道路。不因此一举，那么广大的民众怎会如此迅速地知道世界上还有红军这样一篇大道理呢？长征又是播种机。它散布了许多种子在十一个省内，发芽、长叶、开花、结果，将来是会有收获的。总而言之，长征是以我们胜利、敌人失败的结果而告结束。”
江泽民在纪念红军长征胜利60周年大会上的讲话中高度评价了长征，指出：“长征，是历史上无与伦比的革命壮举，是中国共产党及其领导的工农红军创造的人间奇迹，是中华民族一部惊天动地的英雄史诗。长征将永远铭刻在中国革命的丰碑上。”
江泽民还深刻阐述了长征精神的内涵，指出：长征精神“就是把全国人民和中华民族的根本利益看得高于一切，坚定革命的理想和信念，坚信正义事业必然胜利的精神；就是为了救国救民，不怕任何艰难险阻，不惜付出一切牺牲的精神；就是坚持独立自主、实事求是，一切从实际出发的精神；就是顾全大局、严守纪律、紧密团结的精神；就是紧紧依靠人民群众，同人民群众生死相依、患难与共，艰苦奋斗的精神”。他认为：“长征精神，是中华族百折不挠、自强不息的民族精神的最高体现，是保证我们革命和建设事业从胜利走向胜利的强大精神力量。”
胡锦涛在纪念红军长征胜利70周年大会上的讲话中指出：长征“开辟了中国革命继往开来的光明道路，奠定了中国革命胜利前进的重要基础。这一伟大历史事件，是中国共产党人的骄傲，是人民军队的光荣，是中华民族的自豪”。并在重申了长征精神之后指出：“长征精神，是中国共产党人和人民军队革命风范的生动反映，是中华民族自强不息的民族品格的集中展示，是以爱国主义为核心的民族精神的最高体现。长征精神为中国革命不断从胜利走向胜利提供了强大的精神动力。”