4月6日，陈独秀便写信给吴廷康（维经斯基的化名）提出反对加入国民党的理由，信的大体内容是：吴廷康先生：马林先生建议中国共产党及社会主义青年团均加入国民党一事，我等则持反对意见。理由如下：（1）中国共产党与国民党革命的宗旨及所依据的基础不同；（2）国民党联美国、联张作霖、段祺瑞等政策和共产主义太不相容；（3）国民党未曾发表党纲，在广东以外的各省人民认为国民党仍是一个争权夺利的政党，中国共产党如果加入该党，社会上则认为共产党是没有信仰的政党，永无发展的机会；（4）广东实力派陈炯明名为国民党，实则强烈反对孙中山，我们如果加入国民党，立即会遭到陈派的敌视，在广东也不能活动；（5）国民党孙中山派向来对于新加入的分子绝对不能容纳其意见并赋予其权力（；6）广东、北京、上海、长沙、武昌各区同志对于加入国民党一事均已开会决定绝对不赞成，在事实上也没有加入的可能。第三国际如果议及此事，请先生代我陈述以上6条意见。此信，表达了我党当时的态度。
（2）提出以党外合作的形式与国民党合作
1922年7月16日至23日，中国共产党举行第二次全国代表大会，通过了反对帝国主义反对封建主义的民主革命纲领以后，对国民党的态度有了明显的转变。大会作出《关于“民主联合战线”的决议案》，明确地指出中国无产阶级在“内外两层压迫之下……必须暂时联合民主派才能够打倒共同的敌人”。怎样联合民主派（主要指国民党）呢？《决议案》规定“无产阶级一方面固然应该联合民主派、援助民主派，然亦只是联合与援助，决不能投降附属与合并，因为民主派不是代表无产阶级为无产阶级利益而奋斗的党；一方面应该集合在无产阶级的政党——中国共产党旗帜之下，独立做自己阶级的运动”。为了建立民主联合战线，中共中央准备“先行邀请国民党及社会主义青年团在适宜地点开一次代表会议，互商如何加邀其他各革新团体，及如何进行”。很显然，这时中共所主张的联合是国共两党平行的外部联合，而不是采取由中共党员加入国民党的党内联合形式，《决议案》反对后一种联合形式，认为这是“投降附属与合并”。尽管如此，中共从“一大”时抱排斥国民党的态度，现在转变为积极联合的态度，这是一大进步，促成这一转变的根本原因是中国共产党要为实现它的民主革命纲领而奋斗。对中国共产党主张的国共两党的外部联合，被国民党的总理孙中山严词拒绝了，他只许共产党及青年团分子加入国民党，服从国民党，而不承认党外联合。但是孙中山的意见对共产党并没有什么约束力，对两党究竟采取什么形式合作，并不产生决定性的作用。
3.服从共产国际决议，转变合作方式
（1）共产国际决议
由于中国共产党举行第二次全国代表大会，通过了《中国共产党加入第三国际决议案》：中国共产党“完全承认第三国际所决议的加入条件二十一条，中国共产党为国际共产党之中国支部”。从此，共产国际与中国共产党的关系便正式成为领导与被领导的关系。共产国际对加入的各国共产党拥有最高的权力，中国共产党既然是它的一个支部，当然要无例外地受国际纪律的约束，因此，共产国际必将对中国革命（自然也包括陈独秀本人）产生广泛而又深刻的影响。这种影响首先表现在共产国际就国共两党合作的形式问题所下达的指令性的意见上。
1923年1月12日，共产国际执委会作出了《关于中国共产党与国民党的关系问题的决议》，全面地表述了它对国共合作问题的观点。《决议》认为：“中国唯一重大的民族革命团体是国民党，它既依靠自由资产阶级民主派和小资产阶级，又依靠知识分子和工人”，而中国工人阶级却“尚未完全形成为独立的社会力量”，因此，中共党员加入国民党“是适宜的”。但是，中国共产党“必须保持自己原有的组织和严格集中的领导机构。中国共产党重要而特殊的任务，应当是组织和教育工人群众，建立工会……”。《决议》明确了国共合作的形式是党内合作，即以共产党加入国民党的形式实现国共合作。中国共产党作为共产国际的一个支部必须服从《决议》的要求。
当时，中国工人运动的第一次高潮也达到顶点，其标志是1923年2月的京汉铁路工人的大罢工（二七大罢工）。二七大罢工期间大屠杀的历史事件，使中国共产党对中国革命的认识进一步增强了，认识到：政权和武器掌握在军阀手里，要打倒他们，没有组织力很强的很广大的国民运动是不行的。因此，必须开展统一的国民运动，使全国各阶级、各党派、各部分争自由争民权的各种势力，在一个统一的目标之下结合起来，成为一个有组织的广大的国民运动，如此，才能有充分反抗军阀的力量。血的教训也教育了共产党，加深了对国共合作重要性的认识，加快了国共合作的步伐。
（2）服从共产国际决议中国共产党第三次全国代表大会，作出了与国民党合作的决定，使共产国际的《决议》得到了落实，表明共产党与国民党合作的诚意。
1923年6月12日至20日，中国共产党第三次全国代表大会在广州东山恤孤院31号（现恤孤院路3号）召开。陈独秀、李大钊、毛泽东、蔡和森、陈潭秋、恽代英、瞿秋白、张国焘、李立三、项英等来自全国各地及莫斯科的代表近40人出席大会，他们代表了全国420名党员。
共产国际代表马林参加了会议。陈独秀主持会议并代表第二届中央执行委员会作报告。
会议的中心议题是讨论与国民党合作、建立革命统一战线的问题。
陈独秀在报告中着重说明了中国共产党决定和国民党建立革命统一战线的依据和过程。代表们就共产党员以个人身份加入国民党、建立革命统一战线的问题进行了热烈的讨论。
经过讨论，大会接受了共产国际关于中国共产党同中国国民党进行合作的指示，通过了《关于国民运动及国民党问题的议决案》、《中国共产党第三次全国代表大会宣言》等文件。这些文件的中心思想是，党在现阶段“应该以国民革命运动为中心工作”，共产党员以个人身份加入国民党，采取党内合作的形式，同国民党建立联合战线，以完成反帝反封建的国民革命的重要任务。文件还规定了要保持中国共产党在政治上的独立性的一些原则。
大会选举陈独秀、蔡和森、李大钊、谭平山、王荷波、毛泽东、朱少连、项英、罗章龙等9人为中央委员，邓培、张连光、徐梅坤、李汉俊、邓中夏5人为候补中央委员，由陈独秀、蔡和森、毛泽东、罗章龙、谭平山（后由于谭调职，改为王荷波）5人组成中央局，陈独秀为委员长，毛泽东为秘书，罗章龙担任会计，负责中央日常工作。
党的三大根据马克思列宁主义的策略原则和共产国际的指示，结合中国革命的具体情况，充分发扬民主，在分析中国社会矛盾和明确中国革命性质的基础上，正确解决了建党初期党内在国共合作问题上存在的重大分歧，统一了全党的认识，正式确定了共产党员以个人身份加入国民党，与国民党进行党内合作的策略方针，使党能够团结一切可能联合的力量，共同完成反帝反封建的民主革命任务。
（三）国民党与国共合作
辛亥革命之后，孙中山完成了他革命生涯中的几个重大转变。几经革命失败与挫折，使他逐渐形成了较为彻底的反帝反封建的思想，确定了“联俄、联共、扶助农工”政策。国民党第一次全国代表大会的召开，标志着国共合作的最终形成，为完成北伐战争的任务奠定了重要的政治基础和组织基础。