中国爆发大规模内战的危险，引起了苏联政府严重关切。皖南事变爆发后不久，苏联驻华大使潘友新于1月25日专门会见了蒋介石，表示：“苏联政府对于此次之冲突与斗争非常关切，深恐由此引起内战，因而损及贵国的抗战力量”。同时，苏联《真理报》也发表社论，抨击国民党政府制造皖南事变是“无异扩大内战，而内战只有削弱中国而已”。
1月31日，蒋介石就皖南事变发给宋子文的电报中就特别指出了苏方的表现，电文如下：“艳（十九）电悉。英美同盟计划我如能正式加入更好，否则间接使之发生关系，以其同盟关系中对中国经济全力支持亦可。俄国态度无论军事政治皆一如往常，并无变更征象，武器亦如常运来。中共今已正式表示服从命令，不再冲突矣。美报有否载中对合众社记者谈话，影响如何。”2月3日，蒋介石再电宋子文，指示他不到万不得已，不必将这一情况明告美国，电文如下：“此时对美宣传不必过重辩白，不久事实必能大白也。自新四军事发表后，俄械于上星期内已到甘肃者有新式飞机150架、野炮100门等武器，当可证明新四军问题决不影响政治与外交也。但此点对美要人非万不得已，不必明告也。至于受德国恶意挑拨，更为反宣传无稽之谈，否则俄国何能对我再加援助乎。”
1941年1月6日，皖南新四军9000余人在安徽泾县茂林遭到国民党7个师80 000人的突然袭击。经过一个星期的激战，新四军只有2000余人突围，大部分牺牲和被俘。军长叶挺被国民党扣押。得知这一消息，毛泽东的心情自然不好受，情急之下，便电告周恩来，要他责问崔可夫：“叶项被俘，全军覆没，蒋介石无法无天至此，请问崔可夫如何办？”
难道蒋介石真的认为袭击新四军莫斯科会无动于衷吗？皖南事变发生后，蒋介石就意识到，“此事对俄关系最大”。但他还是全然不顾，甚至扬言，即使“俄已运到我国边境之武器与飞机停止不来，亦所不惜”。
1月17日，蒋介石下令“撤销”新四军番号，声称要把叶挺交付“军法审判”。莫斯科向蒋介石提供军事援助，无非是要国民党联合共产党抗日。
现在，蒋介石拿了苏联的援助，却把枪口对准中国共产党，这使莫斯科的处境十分尴尬。蒋介石却由此断言，这正好“可以测俄助我抗战之诚意如何”。
崔可夫到达重庆没几天就遇上了皖南事变。起初，苏联在华顾问并不了解皖南事变的真相，也没有从国民党那里得到相关的文件资料，而且，国民党的将领又“随意欺骗他们”。在弄清楚情况之后，崔可夫断定，“这是蒋介石发动的一次背叛袭击”，其目的是“全面打击共产党的地位”。他认为，现在该是苏联人“说话的时候了”。于是，他就“如何做才能防止扩大中国的冲突和使蒋介石转而抗日”同潘友新“考虑了很久”。
莫斯科很快就作出了反应。邵力子原定于1月17日在驻苏大使馆第一次宴请苏联外交、贸易两部部长及其高级官员。已经答应赴宴的莫洛托夫突然以“临时有重要公务”为由，表示不能参加。随后，苏联副外交人民委员洛佐夫斯基向邵力子声明：苏联决不做使敌人快心的事。他还责问邵力子：日本人对国民党军队袭击新四军是否感到高兴？他要邵力子转告蒋介石，不要做敌人快心的事。
1月25日，还在生病中的潘友新向蒋介石表示：国民党中央军与新四军发生冲突与斗争，苏联政府非常关心，深恐由此引起内战，因而损及中国抗战的力量，这有利于日本侵略者。他还提醒蒋介石注意：对中国来说，内战将意味着灭亡。
蒋介石却狡辩说，这完全是“整理军纪”，绝非政治问题，更非党派问题。贵国政府援助中国抗战，如果军纪废弛，命令无效，必无以抗战，更无以答复友邦援华抗战盛意。蒋介石甚至谎称“新四军首先进攻邻近之友军”。
潘友新显然不会相信蒋介石的诡辩，新四军不过六七千人，“何敢进攻邻近之大军？”
面对如此复杂的局势，莫斯科左右为难。一方面，苏联政府对蒋介石政府有“条约义务”；另一方面，莫斯科“内心的同情在中国共产党一边”。但是，这种同情又不能公开地表示出来，否则，“就会使蒋介石疏远”莫斯科。
蒋介石未必不知道莫斯科同情中国共产党，但“既然还没有在外表上表现出来，他由于渴望苏联的军事援助，也就将忍就忍了”。莫斯科也担心，如果公开宣布支持中国共产党，那么，蒋介石在西方庇护者的压力下可能再次使苏联同国民党政府的关系“产生麻烦”。剩下的唯一办法，崔可夫认为，就是让蒋介石知道：他进犯共产党，调转枪口对准人民，而不是侵略者，这可能影响到苏联方面提供军事援助。毛泽东显然不满意莫斯科的所作所为，于1月20日致电周恩来，要他转告苏方人员：蒋介石1月17日命令是“全国性突然事变的开始，是全面投降与全面破裂的开始”。苏联应该立即“停止接济，准备后事，不然要上当的”。
实际上，莫斯科也在担心蒋介石把苏联的援助用来对付共产党。
崔可夫在同重庆政府军职人员会晤和谈话时，都重复了同样的内容：内战只是有害于反侵略斗争。他还暗示这样做“可能导致苏联方面停止援助”。他为此还责问何应钦：是否在同新四军的冲突中使用了苏联提供的武器？
何应钦声称，苏联提供的任何一种武器都没有用来对付新四军。崔可夫还问道，对于这次冲突，他该如何向莫斯科报告？何应钦扬言，“重庆军事委员会从1940年10月起就对新四军军部提出过警告，新四军没有执行蒋介石的命令，最高统帅只好严惩不贷”。崔可夫当即意识到，何应钦是在“编造”鬼话，这种“厚颜无耻”
的回答使他“怒火中烧”。而何应钦的回答，完全“证实了‘剿灭’新四军教导团的命令出自蒋介石”。崔可夫表示，对于所发生的事件，他“无论如何也无法接受”。因此，他将“不得不把政府军蓄意进攻在和日军作战中表现得不坏的新四军一事详细通报给国防人民委员”铁木辛哥。
但是，有材料显示，这个期间，莫斯科仍然向国民党政府提供了数额庞大的军事援助。蒋介石曾电告邵力子，要他“继续争取苏援”。也就在同时，崔可夫还向蒋介石报告了苏联运往中国的武器种类及数量。
其中有最新式的快速中型SB式轰炸机100架，最新式E16式驱逐机75架，威力巨大的153式驱逐机75架，76毫米口径野炮200门，高射炮50门及30万发炮弹，轻机枪800挺，重机枪500挺，子弹1800万发，载重汽车300辆。
莫斯科相信，在同日本作战的情况下，蒋介石“还不能公开破坏统一战线和公开发动反共内战”。因为对国民党来说，这首先“意味着大大恶化同苏联的关系”。崔可夫也断定，蒋介石“害怕发动内战”，暂时还“没有去进一步加剧同共产党的斗争”。
可是，中国共产党确定的策略是同国民党顽固派进行针锋相对的斗争。毛泽东在1月20日给周恩来的电报中认定，蒋介石“已将我们推到和他完全对立的地位，一切已无话可说”。现在这样的国共关系，“已对我们、对革命没有任何利益”。因此，中共中央决定“将各办事处逐步撤销，人员陆续撤回，八路军总部不再向蒋呈报任何文电”。毛泽东感到不满的是莫斯科，因为“远方的政策与我们所想的相左，3个月来几经往复，尚未解决”。所以，目前我们在政治上应取“猛烈攻势”，而在军事上暂时取守势，惟须作攻势的积极准备，于4个月或6个月后在军事上“能够有力的转入攻势”。
就在毛泽东发出上述电报的当天，季米特洛夫来信，要求中共中央严格把握政策。结果，毛泽东在坚持自己看法的同时，至少在某种程度上接受了共产国际的建议。他强调说：“在目前严重局势下，把握党的正确政策是有极端的重要性。与国民党的分裂并不等于取消统一战线政策”，要反对“痛快干一下”、“这一下子可以恢复内战时代的一套办法了”等错误认识。
1月25日，毛泽东在给周恩来的电报中还主张：“我们决不能再容忍，我们决不能怕破裂，否则我们就要犯严重错误”。同一天，季米特洛夫电告毛泽东，要继续利用日蒋之间的矛盾，要求中共集中火力打击国民党亲日派，不可另起炉灶，不要主动破裂同国民党的关系，以免上亲日派的当。
尽管毛泽东对莫斯科的指示有所不满，但这些指示的基本精神在此后中共中央制定的处理国共两党关系的政策中多少得到了反映。1月27日，毛泽东在谈到对付蒋介石的方针时承认，“日蒋矛盾尚可利用”。在新四军领导人员就职之际，中共中央军事委员会发表了声讨亲日派宣言。同时，毛泽东还表示：“惟在蒋没有宣布全部破裂时（宣布八路军及中共“叛变”），我们暂时不公开提出反蒋口号，而以当局二字或其他暗指方法代替蒋介石名字。”
此时，毛泽东发现，在日军大举进攻国民党军队防线的情况下，蒋介石于1月27日的演讲“已转入防御态度”，在危机时刻“求妥协之心已可概见”。于是，他电告周恩来，强调说：“从破裂开始到全面破裂，尚可能有一个过渡时期”，在国民党没有宣布全面破裂以前，“我们并不断绝和他们往来”。同时，毛泽东要周恩来转告苏方人员：“苏联如再接济重庆武器甚为不好，请要武官设法停止。”但他希望莫斯科“公开援助我们”，最好是“援助我们夺取兰州”，以便经过兰州打通与苏联的交通，接受苏联的援助。
蒋介石在遭遇日军大举进攻的情况下，向中共提出“廉价的妥协办法”，允许华中的共产党军队“展期北移”，以及“新四军归入八路军增编一军等条件”，但周恩来坚决拒绝了。而且，毛泽东继续强调要“坚持尖锐斗争立场，不达到我们必要的条件决不与之妥协”。
1月29日，中共中央政治局通过一项决定，重申了坚持抗日民族统一战线的基本立场。但同时又声明：“蒋介石实行全面破裂的前途是确定了的，因为蒋介石所代表的大地主大资产阶级已经日益反动、毫无希望了。”于是，中共中央提出今后的努力方向应该是“鼓励与克服大地主大资产阶级及其首领蒋介石的反动，使一切主张抗日与民主各阶层的人民去代替反动了的大地主大资产阶级”，进行胜利的抗日战争，驱逐日本帝国主义，建立独立自由的中华民国。
自国民党五届五中全会确立“防共”、“溶共”方针，经过皖南事变，中共中央完成了对国民党蒋介石的策略转变。可是，莫斯科对中共中央策略的变动不予理解，而且进行了某种程度上的干预。2月6日，季米特洛夫判断：从毛泽东的一系列电报中，可以看出中国同志相信同国民党的分裂不可避免，并且正在不假思索地走向分裂。在征得斯大林同意之后，季米特洛夫电告毛泽东：我们认为同蒋介石分裂并不是不可避免的。您不应当坚持分裂的方针。恰恰相反，您应当依靠抗日统一战线的广大群众，共产党应当尽一切可能避免分裂与内战。请您清楚地考虑局势，重新研究您现在的立场，并通知我们您的意见和建议。
尽管季米特洛夫的批评有点过分，但中共中央还是部分地接受了莫斯科的建议。2月14日，毛泽东电告周恩来，明确表示：敌必向蒋进攻，莫斯科的估计是对的，“利用日蒋矛盾仍是我们政策中心”。毛泽东预计，日本向蒋进攻的可能甚大，蒋亦不得不被迫应战。到那时“蒋表示对我缓和，我亦可以稍示和缓”。他相信，对于国共关系，“军事守势政治攻势也只会拉拢国共，不会破裂国共”。同时，毛泽东要求周恩来转告崔可夫：目前是“要迫蒋对我让步的时期，非我对蒋让步时期”，必须“以攻势打退攻势”，使蒋不再进攻了，“国共好转的可能性就有了”。
围绕皖南事变后对国民党蒋介石的方针问题，莫斯科同中共中央出现分歧，是由于双方关心的利益不同。但事实证明，毛泽东尖锐对立的攻势策略无疑是成功的。
（三）中国共产党针锋相对
皖南事变发生后，中国共产党采取了“政治攻势”。以周恩来为首的中共南方局，从政治上和宣传上向国民党当局展开了猛烈的反击。