（一）依告状鞫狱《大明律》第４３０条（依告状鞫狱）规定：“凡鞫狱，须依所告本状推问。
若于状外别求他事，摭拾人罪者，以故入人罪论。同僚不署文案者，不坐。
若因其告状或应掩捕搜检，因而检得别罪，事合推理者，不在此限。”
（二）依法拷讯《大明律》第４２０条（故禁故勘平人）规定：“依法拷讯者，不坐。若因公事干连平人在官，事须鞫问，及罪人赃仗证佐明白，不服招承，明立文案，依法拷讯，邂逅致死者，勿论。”所谓依法拷讯是指：１须为得拷讯之人，２须依法定刑具拷讯。其详细内容均见本书第三章（第一节）二，兹不赘述。《诸司职掌》规定，刑部拷讯人犯先用笞决勘，再用杖决勘。惟事实上未必如此。
（四）狱囚取服辩《大明律》第４４０条（狱囚取服辩）规定：“凡狱囚徒流死罪，各唤囚，及其家属，具告所断罪名，仍取囚服辩文状。若不服者，听其自理，更为详审。”刑部审理京师案件完结后，应取囚服辩文状，即狱囚信服刑部所办之具结文书。如狱囚不服辩不肯具结，刑部应令调他司详审。此一“取服辩”程序，狡谲人犯得利用此一程序拖延案件之审理。
刑部十三司官1审理京师案件时，应依《大明律》及《问刑条例》审理。
刑部定拟判决时应注意下列四项定拟判决原则：
（一）断罪依新颁律。
（二）引律比附，议定奏闻。
（三）断罪不得听从上司主使。
（四）断罪引律令。
上述四项定拟判决原则之详细内容，请参照本书第三章（第二节）之三，兹不赘述。
刑部十三司审理京师刑名案件完结后，应定拟判决呈堂官（侍郎及尚书）核阅。刑部十三司审理京师刑名案件完结后，可以有下列二种处理方式：
（一）死罪、徒、流者，具写奏本，奏闻皇帝，连囚牒发大理寺。
（二）笞杖罪名，止具公文，连囚牒发大理寺。
上述第一种处理方式，即由刑部具本，奏闻皇帝，发大理寺复审。上述第二种处理方式仅限于笞杖轻罪，刑部得止具公文，移送大理寺复审，而无须奏闻皇帝。两种处理方式均须将人犯移送大理寺复审，惟此项移送人犯复审之原则，弘治年间已有例外。弘治十三年（１５００）议准：“两法司囚犯，若奉特旨令‘问了来说’者，开具召由，奏发本寺审录。其余‘拟罪来说’，具本，发本寺审允，奏请发落。近例，凡奉旨送法司问者，由本寺详审具题。送刑部拟罪者，则该部径题。”
依照弘治十三年议准的规定，刑部（或都察院）奉旨审理京师案件时，应分两种情形处理：
（一）奉特旨今“问了来说”者，开具招由，奏发大理寺审录。
（二）若奉特旨令“拟罪来说”者，具本发大理寺审允，奏请发落。
皇帝在京师案件发交刑部（或都察院）审理前，若先降旨：“问了来说”，尚属合理妥当，若先降旨：“拟罪来说”，则似皇帝已于审理案件前认定人犯有罪，有未审先判之嫌。于此可见，明代皇帝司法审判权之巨大。
又依照弘治十三年议准规定的后段，京师案件是否送大理寺复审，“近例”又有新的规定。据笔者考察，所谓“近例”是指弘治十三年以后，正德四年（１５０９）颁布《大明会典》以前的新例。依照“近例”的规定，刑部（或都察院）奉旨审理京师案件时，应分两种情形处理：
（一）奉旨“送法司问”者，刑部（或都察院）初审后，由大理寺评审（即复审）具题。
（二）奉旨“送刑部拟罪”者，由刑部径题。
上述第一种处理方式，仍维持京师案件初审及复审的规定。上述第二种处理方式，则京师案件于刑部初审后，即由刑部迳行具题，奏闻皇帝裁决，不再由大理寺复审。换言之，弘治末年以后，京师重大案件奉旨“拟罪来说”
者，刑部审理后，即可直接具题，奏闻皇帝裁决，这是明代中央司法审判制度的重大变化。这使得弘治末年以后，刑部之权大为扩张，部权特重，刑部凌驾都察院及大理寺之上。
又《明史·职官志》曰：“弘治以后，（大理寺）止阅案卷，囚徒俱不到寺。”但依《明孝宗实录》弘治十七年（１５０４）八月乙丑，刑部主事朱瑬奏：
“左右二寺分外用刑”，大理寺卿杨守随复奏：“本寺亦号法司，自永乐年间额设刑具，岂为分外？”可见《明史·职官志》所称：“弘治以后，（大理寺）止阅案卷，囚徒俱不到来。”一节，与史实不合。“囚徒俱不到寺”一事，应在弘治十八年（１５０５）以后，亦即“正德以后”。
综合上述史料言之，自弘治十八年至正德四年的五年间，明代三法司的运作有了重大变化：
（一）京师一般案件，刑部（或都察院）初审后，移送大理寺复核，人犯不到大理寺。大理寺之审理方式由言词审理变为书面审理。
（二）京师重大案件（指奉旨送刑部拟罪者），刑部审理后，得直接具题，奉闻皇帝裁决，无须大理寺复核。
二大理寺复审或复核程序明初，大理寺的存废及职掌，几经变化。大理寺置而废，废而复置，复置而复废。洪武二十九年（１３９６），复罢大理寺，尽移案牍于后湖（大理寺设置沿革请参见本书第二章（第一节）之四）。
明代大理寺复核直隶及各省案件，定制于洪武十七年（１３８４）。洪武十七年，明太祖谕法司曰：“布政、按察司所拟刑名，其间人命重狱，具奏转达刑部、都察院参考，大理寺详拟。着为令。”由这项谕令可以推知，洪武十七年，大理寺也同时取得京师案件的复审权。
洪武末年制定《诸司职掌》，规定大理寺复审刑部及都察院移送的京师案件，从此确立“平行的两组司法审判系统”。但约三四年后（即洪武二十九年），明太祖复罢大理寺。在明太祖复罢大理寺的期间（洪武二十九年至洪武三十一年），明代京师案件的初审机关是刑部、都察院及五军都督府，至于复审则以“多官会审”方式行之。严格言之，“多官会审”并非复审机关。
洪武三十年（１３９７）六月辛巳朔，置政平、讼理二幡，审谕罪囚。上谕刑部官曰：
人言法家少恩，此后世用法之过，故有是言。朕观唐虞之世，好生之德洽于民心，安有是言哉。尔等每论囚，引至朕前，虽详其致罪之由，然一时裁决，恐未得其平。自令论囚，惟武臣死罪，朕亲审之。其余不必亲至朕前，但以所犯来奏，然后引至承天门外，命行人持讼理幡，传旨谕之。其无罪应释者，持政平幡宣德意遣之。继令五军都督府、六部、都察院、六科给事中、通政司、詹事府详加审录。冤者即为奏闻，无冤，实犯死罪以下，悉如律，其杂犯死罪者准赎。
建文初（洪武三十一年九月）复置，成祖初（洪武三十五年秋七月），仍置大理寺。明成祖虽然延续建文旧制，仍置大理寺，但在永乐十八年（１４２０）以前，大理寺并非单独进行京师案件的复审。在永乐十八年以前，大理寺得会同各衙门复审刑部及都察院移送的京师案件。《大明会典》定曰：凡两法司囚犯，永乐七年以后，令大理寺官，每月引赴承天门外。
行人司持节传旨，会同五府、六部、通政司、六科等官审录。输情服罪者，如原拟发遣。其或称冤有词，则仍令有司照勘推鞫。
大理寺得单独进行京师案件的复审，是在永乐十九年（１４２１）。《大明会典》定曰：“永乐十九年奏准，刑部、都察院问拟囚犯，仍照洪武年间定制，送本寺审录发遣。”这项敕令所称的“洪武年间定制”就是《诸司职掌》。从永乐十九年开始，明代三法司审理京师案件，基本上遵照《诸司职掌》的规定，即由刑部及都察院初审京师案件，并由大理寺复审刑部及都察院移送之京师案件。
京师案件（无论案件轻重），刑部初审后，应送大理寺复审，明人谓之：
“详拟罪名”。关于大理寺复审京师案件的程序，《明史·职官志》曰：凡刊部、都察院、五军断事官所推问狱讼，皆移案牍，引囚徒，诣寺详谳。左、右寺寺正，各随其所辖而复审之。既按律例，必复问其款状，情允罪服，始呈堂准拟具奏。不则驳令改拟，曰照驳。三拟不当，则纠问官，曰参驳。有牾律失入者，调他司再讯，曰番异。犹不惬，则请下九卿会讯，曰2审。已评允而招由未明，移再讯，曰追驳。屡驳不合，则请旨发落，曰制决。凡狱既具，未经本寺评允，诸司毋得发遣。误则纠之。
又《明史·刑法志》亦载有关大理寺复审京师案件的程序，惟较《明史·职官志》为简略，语焉不详。《明史·刑法志》曰：
（京师案件，）情词不明或失出入者，大理寺驳回改正，再问驳至三，改拟不当，将当该官吏奏问，谓之照驳。若亭疑谳决，而囚有番异，则改调隔别衙门问拟。二次番异不服，则具奏，会九卿鞫之，谓之2审。至三四讯不服，而后请旨决焉。
《明史·职官志》曰：“不（否也，指情罪不允服）则驳令改拟，曰照驳。三拟不当，则纠问官，曰参驳。”《明史·刑法志》则曰：“再问驳至三，改拟不当，将当该官吏奏问，谓之照驳。”《明史·职官志》所定义的“照驳”和“参驳”是正确的，《明史·刑法志》所定义的“照驳”是错误的。
又《明史·职官志》曰：“有牾律失入者，调他司再讯，曰番异。”《明史·刑法志》则曰：“若亭疑谳决，而囚有番异，则改调隔别衙门问拟。”“调他司再讯”或“改调隔别衙门问拟”两者均系“调问”，所谓“番异”是指人犯翻供（推翻原招），告诉冤枉而言。《明史·职官志》所定义的“番异”是错误的，《明史·刑法志》所说的“番异”及“调问”是正确的。必先有人犯番异，方有改调隔别衙门问拟。
又《明史·职官志》曰：“下九卿会讯，曰2审。”《明史·刑法志》则曰：
“会九卿鞫之，谓之2审。”两制所定义的“2审”基本上相同，都是正确的。
至于《明史·职官志》曰：“屡驳不合，则请旨发落，曰制决。”与《明史·刑法志》所称“至三四讯不服，而后请旨决焉”。基本上相同，都是正确的。
明代弘治以前，大理寺复审京师案件的程序，应以《诸司职掌》所载者为准。《明史·职官志》及《明史·刑法志》所载者，既欠详尽又欠确实，只能作为次要的参考资料。明代弘治以前，大理寺复审京师案件的程序，洪武末年编定的《诸司职掌》定曰：
凡刑部十二部、都察院十二道、五军都督府断事官五司，问拟一应囚人，犯该死罪徒流者，具写奏本发审。笞杖罪名者，行移公文发审。
俱由通政司挂号，另行入递。预先差人连案同囚，送发到寺。照依该管地方，先从右右寺审录。若审得囚无冤枉者，取讫各囚服辩在官，案呈本寺，连囚引领赴堂2审无异。取据原问衙门司狱司印信收管入卷。
将囚连案责付原押人收领回监，听候发落。候递到各项奏本公文到寺，将奏本抄白立案，务要仔细参详情犯罪名，比照律条。
如罪名合律者，准拟。本寺依式具本，同将原来奏本缴送该科给事中，编号收掌。然后印押平允，仍由通政司回报原衙门，如拟施行。如罪名不合律者，依律照驳。亦依式具本，将原来奏本缴送该科收编，驳回原衙门再拟。如二次改拟不当，仍前驳回议拟。但三次改拟不当，照例将当该官吏，具奏送问。或中间招情有未明者，必须驳回再问。若公文不必抄白，就即立案。其参详罪名，准拟合律，照驳不合律，及送问等项，并如前行。
若审得囚人告诉冤枉，果有明白证佐，取责所诉词状，案呈本寺。
连囚引领赴堂2审相同，将囚连案依前发回原问衙门，听候发落。待奏本公文到寺，将原来奏本，依式具本，如前缴送该科。公文止留本寺立案，然后仰令左右寺抄案，备开囚人供词，行移隔别衙门再问。若二次番异者，再取本囚供状在官，照例具奏。会同六部、都察院、通政司等衙门堂上官2审回奏施行。
《大明会典》所载洪武二十六年定例之文字与《诸司职掌》所定大理寺复审程序之文字，完全相同，兹不赘引。《诸司职掌》所定大理寺复审程序，基本上沿用至弘治末年。正德初年以后，京师人犯俱不到大理寺，言词审理变为书面审理，大理寺之复审变为复核。京师重大案件（指奉旨送刑部拟罪者），刑部审理后，得直接具题，奏闻皇帝裁决，无须大理寺复核。
依照《诸司职掌》之规定，大理寺左右寺复审刑部移送之京师刑名案件时，可以有下列三种处理方式：
（一）如罪名合律者，准拟。
（二）如罪名不合律者，依律照驳，驳回原衙门再拟。（如二次改拟不当，则仍照驳，驳回再拟。如三次改拟不当，则行参驳。若人犯招情有未明者，则驳回原衙门再问。）
（三）若囚人告诉冤枉番异，且大理寺会审相同，将原案发回原问衙门，由大理寺行移隔别衙门再问。（如二次番异者，具奏后，会同各衙门堂上官会审，奏闻皇帝裁决）。
大理寺复审京师案件的处理方式在景泰六年（１４５５）及弘治十七年（１５０４）有一些重大变化。
（一）景泰六年（１４５５）六月己亥，“南京大理寺右寺寺正向敬言：‘比者两法司鞫囚有二弊：其一，推情论罪不当、审不允者，辄调问，痛加箠楚。至三四次，仍依原拟，不免有冤。请自今三次不允，送别衙门推鞫，原问不当者罪之……乞禁令如律。’从之。”（北京三法司亦同）
（二）景泰六年（１４５５）冬十月丁卯，“南京大理寺右寺正向敬言：‘臣见本寺审录南京刑部、都察院轻重罪囚，间有情罪不当诉冤驳回问理者，原问及调问官往往衔之，痛肆箠楚，迫其曲承。是致刑狱多冤，伤和召异。乞敕法司，今后本寺驳回诸囚，原问官务在详谳，不许箠楚及辄呈堂调问。其驳回三次者，本寺照《诸司职掌》备具供词，移文调问。或原问官情有增减，罪有出入，并许誉正其罪。’从之。”（北京三法司亦同）
（三）弘治十七年（１５０４），刑部复准：“各该司、道必先推鞫明白，问罪送审。中间倘有冤枉，不肯画字，或招情未明，驳回三次，改调司、道。或原问官事涉嫌疑，虽未及三次，亦许调问，悉遵前项《诸司职掌》并见行事例施行。”
（四）弘治十七年（１５０４）（大理寺）奏准：“（凡驳问罪囚，）原问官事涉嫌疑，或有偏拗者，不拘一次、二次，听本寺驳调问理。若不改，本寺径行隔别衙门问理。又驳回犯人若不须提人者，轻事限五日，重事限十日完报。若故意淹禁，致情轻犯人累死者，听本寺指寔参奏。”
依景泰六年的规定观之，大理寺复审京师案件驳回刑部三次时，大理寺得调问别衙门。又依弘治十七年的两项规定观之，大理寺复审京师案件，人犯或“倘有冤枉，不肯画字，或招情未明”，或“原问官事涉嫌疑，或有偏拗者”，大理寺得驳回刑部（或都察院）再拟或再问。但依《诸司职掌》，只要“囚人告诉冤枉番异，且大理寺会审相同”一次，大理寺即得行移隔别衙门再问。
换言之，《诸司职掌》有关调问的规定比较宽松，弘治十七年的敕令比较严格，又弘治十七年刑部复准的敕令，须大理寺驳回三次，刑部（或都察院）始须改调司（道）复审。《诸司职掌》上所称“三次改拟不当，照例将当该官吏，具奏送问。”一节（即所谓参驳）几成具文。
据笔者考察，正德初年以后，大理寺复审京师人犯时，人犯俱不到寺。
既然人犯俱不到寺，则《诸司职掌》所称《囚人告诉冤枉》（即番异）或“二次番异”已无可能发生。《诸司职掌》有关“番异”或“二次番异”几成具文。
嘉靖年间，大理寺卿刘玉曾上疏奏言“祖宗良法废坏殆尽”，并建言依《诸司职掌》“照驳”及“调问”，并依条例“三法司及锦衣卫会审”。大理寺卿刘玉疏：
（我朝）既设刑部以掌邦禁，又设都察院以司纠察，兼之问刑，又设大理寺以专审录。凡问过罪囚，具招送审。凡招不协情，情不合律，驳回三次，改拟不当，将当该官吏具奏送问，谓之照驳。照者，照其情律也。若问有冤枉，囚自翻异不服，则取供行移，改调隔别衙门问拟。二次翻异不服，则具奏会同九卿2审。详载《诸司职掌》与《大明会典》，为制甚密。及查见行条例，遇有重囚称冤，原问官1辄难辩理者，许该衙门移文会同三法司、锦衣卫堂上官，就于京畿道会问辩理。果有冤枉，及情可矜疑者，奏请定夺。……奈何丰豫之余，人心玩怠……以求寔理为怪异，以论旧章为狂愚，遂使祖宗良法废坏殆尽，臣等有难尽言者……